Summary: A 16S rRNA-based molecular

Summary: A 16S rRNA-based molecular ecological study was performed to search for dominant bacterial sequences in Drentse A grassland soils (The Netherlands). In the first step, a library of 165 clones was generated from PCR-amplified 16S rDNA. By sequence comparison, clone DA079 and two other identical clones could be affiliated to a group of recently described uncultured Actinobacteria. This group contained 16S rDNA clone sequences obtained from different environments across the world. To determine whether such uncultured organisms were part of the physiologically active population in the soil, ribosomes were isolated from the environment and 16S rRNA was partially amplified via RT-PCR using conserved primers for members of the domain Bacteria. Subsequent sequence-specific separation by temperature-gradient gel electrophoresis (TGGE) generated fingerprints of the amplicons. Such community fingerprints were compared with the TGGE pattern of PCR-amplified rDNA of clone DA079 which was generated with the same set of primers. One of the dominant fingerprint bands matched with the band obtained from the actinobacterial clone. Southern blot hybridization with a probe made from clone DA079 confirmed sequence identity of clone and fingerprint band. This is the first report that a member of the novel actinobacterial group may play a physiologically active role in a native microbial community.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

สรุป: 16S rRNA ตามโมเลกุลระบบนิเวศศึกษาที่ดำเนินการเพื่อหาลำดับหลักจากแบคทีเรียในดินเนื้อปูนกราสแลนด์ Drentse A (ประเทศเนเธอร์แลนด์) ในขั้นแรก ไลบรารีของ 165 โคลนถูกสร้างจาก PCR ขยาย 16S rDNA โดยเปรียบเทียบลำดับ โคลน DA079 และโคลนเหมือนสองอื่น ๆ สามารถสังกัดอยู่กับกลุ่มของ Actinobacteria uncultured อธิบายไว้เมื่อเร็ว ๆ นี้ กลุ่มนี้ประกอบด้วย 16S rDNA โคลนลำดับได้จากสภาพแวดล้อมที่แตกต่างกันทั่วโลก การกำหนดว่า สิ่งมีชีวิตเช่น uncultured ได้เป็นส่วนหนึ่งของประชากรใช้งาน physiologically ในดิน ribosomes ถูกแยกจากสิ่งแวดล้อม และ 16S rRNA บางส่วนถูกขยายผ่าน RT-PCR โดยใช้ไพรเมอร์นำสำหรับสมาชิกของโดเมนแบคทีเรีย ลายนิ้วมือของ amplicons แยกเฉพาะลำดับต่อมา โดยการไล่ระดับสีอุณหภูมิเจ electrophoresis (TGGE) ขึ้น ลายนิ้วมือดังกล่าวชุมชนถูกเปรียบเทียบกับรูปแบบ TGGE ของ rDNA ขยาย PCR ของโคลน DA079 ซึ่งถูกสร้างขึ้นโดยมีการตั้งค่าเดียวกันของไพรเมอร์ หนึ่งวงหลักลายนิ้วมือที่จับคู่กับวงดนตรีที่ได้รับจากโคลน actinobacterial คืนในตาใต้ hybridization กับโพรบที่ทำจากโคลน DA079 ยืนยันลำดับรหัสประจำตัวของโคลน และวงลายนิ้วมือ รายงานแรกที่สมาชิกของกลุ่ม actinobacterial นวนิยายอาจมีบทบาทงาน physiologically ในชุมชนจุลินทรีย์ดั้งเดิมอยู่

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ข้อมูลอย่างย่อ: เป็น 16S rRNA ตามการศึกษาระบบนิเวศโมเลกุลได้ดำเนินการค้นหาลำดับแบคทีเรียที่โดดเด่นใน Drentse ดินทุ่งหญ้า (เนเธอร์แลนด์) ในขั้นตอนแรกที่ห้องสมุด 165 โคลนถูกสร้างขึ้นจาก PCR-16S rDNA ขยาย โดยเปรียบเทียบลำดับ DA079 โคลนและสองโคลนเหมือนคนอื่น ๆ ที่อาจจะมีส่วนเกี่ยวข้องกับกลุ่มของอธิบายไว้เมื่อเร็ว ๆ นี้ไม่มีมารยาท actinobacteria กลุ่มนี้มี 16S rDNA ลำดับโคลนที่ได้รับจากสภาพแวดล้อมที่แตกต่างกันทั่วโลก เพื่อตรวจสอบว่าสิ่งมีชีวิตที่ไม่มีมารยาทดังกล่าวเป็นส่วนหนึ่งของประชากรที่ใช้งานทางสรีรวิทยาในดินไรโบโซมที่แยกได้จากสภาพแวดล้อมและ 16S rRNA ถูกขยายบางส่วนผ่าน RT-PCR โดยใช้ไพรเมอร์อนุรักษ์สำหรับสมาชิกของแบคทีเรียโดเมน การแยกลำดับเฉพาะที่เกิดขึ้นภายหลังจากอุณหภูมิลาดข่าวคราว (TGGE) สร้างลายนิ้วมือข​​อง amplicons ลายนิ้วมือกับชุมชนดังกล่าวถูกนำมาเปรียบเทียบกับรูปแบบของ TGGE rDNA PCR-ขยายของ DA079 โคลนซึ่งถูกสร้างขึ้นด้วยชุดเดียวกันของไพรเมอร์ หนึ่งในวงดนตรีที่โดดเด่นลายนิ้วมือที่จับคู่กับวงดนตรีที่ได้รับจากโคลน actinobacterial blot hybridization ภาคใต้ที่มีการสอบสวนที่ทำจากโคลน DA079 ยืนยันตัวตนลำดับของโคลนและวงดนตรีของลายนิ้วมือ รายงานนี้เป็นรายงานแรกที่สมาชิกของกลุ่ม actinobacterial นวนิยายอาจมีบทบาทงานทางสรีรวิทยาในชุมชนจุลินทรีย์พื้นเมือง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

สรุป : 16S rRNA จากโมเลกุลการศึกษานิเวศวิทยาการค้นหาเด่นแบคทีเรียลำดับใน drentse เป็นทุ่งหญ้าดิน ( เนเธอร์แลนด์ ) ในขั้นตอนแรก ห้องสมุด 165 โคลนถูกสร้างขึ้นจากยีนของ 16S rDNA . โดยการเปรียบเทียบลำดับ da079 โคลนและโคลนเหมือนอื่น ๆ อาจจะร่วมกับกลุ่มเมื่อเร็ว ๆนี้อธิบายไร้การศึกษาแอคติโนมัยสีท .กลุ่มนี้ประกอบด้วยโคลนลำดับ 16S rDNA ได้จากสภาพแวดล้อมที่แตกต่างกันทั่วโลก เพื่อตรวจสอบว่าไร้การศึกษา สิ่งมีชีวิตดังกล่าวเป็นส่วนหนึ่งของประชากรที่เราใช้งานอยู่ในดิน ไรโบโซมที่แยกได้จากสิ่งแวดล้อมและเบส 16S rRNA บางส่วนขยายผ่าน RT-PCR โดยใช้ไพรเมอร์เพื่อสมาชิกของโดเมนแบคทีเรียตามมาลำดับเฉพาะแยกจากอุณหภูมิสี gel electrophoresis ( tgge ) สร้างขึ้นรอยนิ้วมือของ amplicons . ชุมชนเช่นลายนิ้วมือเปรียบเทียบกับ tgge แบบแผนสามารถขยายด้วยการโคลน da079 ซึ่งถูกสร้างขึ้นด้วยชุดเดียวกับรองพื้น หนึ่งของเด่นลายนิ้วมือวงจับคู่กับวงดนตรีที่ได้จากโคลน actinobacterial .Southern blot hybridization กับหัววัดทำจากโคลน da079 ยืนยันลำดับเอกลักษณ์ของโคลนและวงดนตรีลายนิ้วมือ นี่เป็นครั้งแรกที่รายงานว่าสมาชิกของกลุ่ม actinobacterial นวนิยายอาจมีบทบาทให้เราใช้งานในพื้นที่ชุมชนของจุลินทรีย์