AbstractBACKGROUND:Tapping panel dr

Abstract
BACKGROUND:
Tapping panel dryness (TPD) involves in the partial or complete cessation of latex flow thus seriously affect latex production in rubber tree (Hevea brasiliensis). Numerous studies have been conducted to define its origin and nature, but the molecular nature and mechanism of TPD occurrence remains unknown. This study is committed to de novo sequencing and comparative analysis of the transcriptomes of healthy (H) and TPD-affected (T) rubber trees to identify the genes and pathways related to the TPD.
RESULTS:
Total raw reads of 34,632,012 and 35,913,020 bp were obtained from H and T library, respectively using Illumina Hiseq 2000 sequencing technology. De novo assemblies yielded 141,456 and 169,285 contigs, and 96,070 and 112,243 unigenes from H and T library, respectively. Among 73597 genes, 22577 genes were identified as differential expressed genes between H and T library via comparative transcript profiling. A majority of genes involved in natural rubber biosynthesis and jasmonate synthesis with most potential relevance in TPD occurrence were found to be differentially expressed.
CONCLUSIONS:
In TPD-affected trees, the expression of most genes related to the latex biosynthesis and jasmonate synthesis was severely inhibited and is probably the direct cause of the TPD. These new de novo transcriptome data sets provide a significant resource for the discovery of genes related to TPD and improve our understanding of the occurrence and maintainace of TPD.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

บทคัดย่อพื้นหลัง:เคาะความแห้งกร้านแผง (TPD) เกี่ยวข้องกับการยุติการไหลยางบางส่วน หรือสมบูรณ์ดังอย่างจริงจังผลผลิตยางในยาง (ยางพารา) ได้ดำเนินการศึกษาจำนวนมากสามารถกำเนิด และธรรมชาติ แต่ลักษณะโมเลกุล และกลไกของ TPD เหตุการณ์ยังคงไม่ทราบ การศึกษานี้คือ de novo ลำดับและการวิเคราะห์เปรียบเทียบ transcriptomes ของสุขภาพ (H) และต้นยางได้รับผลกระทบ TPD (T) การระบุยีนและมนต์ที่เกี่ยวข้องกับ TPDผลลัพธ์:อ่านทั้งหมดวัตถุดิบของ bp 34,632,012 และ 35,913,020 ได้รับจาก H และ T ไลบรารี ใช้เทคโนโลยีลำดับ Illumina Hiseq 2000 ตามลำดับ แอสเซมบลี novo de ผล contigs 141,456 และ 169,285 และ unigenes 96,070 และ 112,243 จาก H และ T ไลบรารี ตามลำดับ ระหว่าง 73597 ยีน ยีน 22577 ได้ระบุเป็นยีนที่แสดงส่วนที่แตกต่างระหว่าง H และ T ไลบรารีได้อย่างง่าย ๆ ด้วยการสร้างโพรไฟล์เสียงบรรยายเปรียบเทียบ ส่วนใหญ่ของยีนที่เกี่ยวข้องในการสังเคราะห์ยางสังเคราะห์และ jasmonate ที่เกี่ยวข้องมีศักยภาพมากที่สุดในเหตุการณ์ TPD พบการแสดง differentiallyบทสรุป:ในต้นไม้ผล TPD นิพจน์ของยีนส่วนใหญ่เกี่ยวข้องกับยางสังเคราะห์และ jasmonate สังเคราะห์ถูกห้ามอย่างร้ายแรง และอาจเป็นสาเหตุโดยตรงของ TPD ชุดเหล่านี้ใหม่ de novo transcriptome ข้อมูลให้ทรัพยากรที่สำคัญสำหรับการค้นพบยีนที่เกี่ยวข้องกับ TPD และปรับปรุงของเราเข้าใจการเกิดและ maintainace TPD

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บทคัดย่อ
ภูมิหลัง:
ความแห้งกร้านแผงแตะ (TPD) ที่เกี่ยวข้องกับการหยุดชะงักในบางส่วนหรือทั้งหมดของน้ำยางไหลอย่างจริงจังจึงส่งผลกระทบต่อการผลิตน้ำยางข้นในต้นยางพารา (Hevea brasiliensis) การศึกษาจำนวนมากได้รับการดำเนินการกำหนดแหล่งที่มาและธรรมชาติของมัน แต่ลักษณะโมเลกุลและกลไกของการเกิด TPD ยังไม่ทราบ การศึกษาครั้งนี้มีความมุ่งมั่นที่จะจัดลำดับโนโวและการวิเคราะห์เปรียบเทียบรานสุขภาพ (H) และ TPD ได้รับผลกระทบ (T) ต้นยางที่จะระบุยีนและทางเดินที่เกี่ยวข้องกับ TPD.
ผล
ดิบรวมอ่านของ 34632012 และ 35913020 bp เป็น ที่ได้รับจากเอชทีและห้องสมุดตามลำดับโดยใช้ Illumina Hiseq 2000 เทคโนโลยีลำดับ De ประกอบโนโวให้ผล 141,456 และ 169,285 contigs และ 96,070 และ 112,243 unigenes จากเอชทีและห้องสมุดตามลำดับ ท่ามกลาง 73,597 ยีน 22,577 ยีนถูกระบุว่าเป็นความแตกต่างระหว่างการแสดงออกของยีนเอชทีและห้องสมุดผ่านโปรไฟล์หลักฐานเปรียบเทียบ ส่วนใหญ่ของยีนที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์ยางธรรมชาติและการสังเคราะห์ jasmonate ที่มีความเกี่ยวข้องที่มีศักยภาพมากที่สุดในการเกิด TPD ถูกพบว่ามีการแสดงออกแตกต่างกัน.
สรุป
ในต้น TPD รับผลกระทบจากการแสดงออกของยีนส่วนใหญ่ที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์น้ำยางและการสังเคราะห์ jasmonate ถูกยับยั้งอย่างรุนแรง และอาจจะเป็นสาเหตุโดยตรงของ TPD เหล่านี้ใหม่โนโวชุดข้อมูลยีนให้ทรัพยากรที่สำคัญสำหรับการค้นพบของยีนที่เกี่ยวข้องกับการ TPD และปรับปรุงความเข้าใจของเราเกิดขึ้นและการซ่อมบำรุงของ TPD

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

พื้นหลังนามธรรม
:
เคาะแผงแห้ง ( TPD ) ที่เกี่ยวข้องกับในบางส่วนหรือสมบูรณ์การไหลของน้ำยางจึงกระทบกับการผลิตน้ำยางในยางพารา ( ยางพารา ) การศึกษาจำนวนมากได้รับการดำเนินการเพื่อระบุที่มาและธรรมชาติ แต่ธรรมชาติและกลไกของการเกิดโมเลกุลที่เกี่ยวข้องยังคงไม่ทราบแน่ชัดการศึกษานี้มีความมุ่งมั่นที่จะอีกครั้งและลำดับการวิเคราะห์เปรียบเทียบ transcriptomes สุขภาพ ( H ) และที่เกี่ยวข้องได้รับผลกระทบ ( T ) ต้นยางสามารถระบุยีนและเซลล์ที่เกี่ยวข้องกับ TPD .

รวมผลดิบ และอ่าน 34632012 35913020 BP ได้จาก H และ T ตามลำดับ การใช้ห้องสมุด hiseq Illumina ลำดับ 2 เทคโนโลยี เดอโนโวแอสเซมบลีและให้ผล 141456 169 ,285 และสูง และ 96070 112243 unigenes จาก H และ T ห้องสมุดตามลำดับ ระหว่าง 73597 ยีน 22577 ยีนที่ถูกระบุว่าเป็นค่าแสดงยีนระหว่าง H และ T ห้องสมุดผ่านเปรียบเทียบ บันทึกโปรไฟล์ ส่วนใหญ่ของยีนที่เกี่ยวข้องในวิถีการสังเคราะห์ยางธรรมชาติและสังเคราะห์ที่มีศักยภาพมากที่สุด jasmonate ที่มีความเกี่ยวข้องใน TPD ที่เกิดขึ้นพบว่ามีแสดงออกแตกต่างกัน .
สรุป :
ใน TPD กระทบต้นไม้ การแสดงออกของยีนที่เกี่ยวข้องกับกระบวนการมากที่สุดน้ำยาง และ jasmonate อย่างรุนแรงยับยั้งการสังเคราะห์และอาจเป็นสาเหตุโดยตรงของ TPD . เหล่านี้ใหม่ โนโวทราน ริปโตมข้อมูล de ชุดให้เป็นทรัพยากรที่สำคัญสำหรับการค้นพบยีนที่เกี่ยวข้องกับ TPD และปรับปรุงความเข้าใจของการเกิดและ maintainace TPD .