Genomic DNA was isolated from C1 st

Genomic DNA was isolated from C1 strain following the
method of Johnson (1994). The 16S rDNA genes was amplified
with broadly conserved bacterial 16s rDNA primers SSU16s-F
(50
-AAC TCC TAC GGG AGG CAG CAG-30
) and SSU16s-R
(50
-AAG GAC TAC CAG GGT ATC TAA TCC-30
) which
yielded PCR products of about 0.4 Kb (Wilmotte et al., 1993).
The nucleotide sequences of the amplified small subunit rRNA
genes were determined bidirectionally with same SSU 16s primers
according to Shaikh and Tarr (2003). A continuous stretch of
415-nucleotide 16S rRNA gene sequences was used to search for
similar sequences from RDP database site. After confirmation
of generic affiliation, sequences from type strains of different
species were retrieved from NCBI GenBank. A phylogenetic
tree was constructed showing relationship between C1 strain
and other reference strains by neighbor joining (NJ) method
with Jukes and Cantor correction using TREECON software
as described by Saha and Chakrabarti (2006).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Genomic DNA ถูกแยกต่างหากจากการต้องใช้ C1 ต่อวิธีของ Johnson (1994) มีขยายยีน 16S rDNAโดยทั่วไปอาศัยแบคทีเรีย 16s rDNA ไพรเมอร์ SSU16s-F(50-AAC TCC GGG มาตรวัด AGG CAG CAG-30) และ SSU16s-R(50-เอเอจี GAC CAG มาตรวัด GGT ATC แหลมยายณี TCC-30) ซึ่งหาผลิตภัณฑ์ PCR ประมาณ 0.4 Kb (Wilmotte et al., 1993)ลำดับนิวคลีโอไทด์ของย่อยเล็กเอาต์ rRNAยีนที่กำหนด bidirectionally ด้วยไพรเมอร์ SSU 16s เดียวตามอัลกุรอานและ Tarr (2003) ทอดยาวต่อเนื่องลำดับ 415-นิวคลีโอไทด์ 16S rRNA ยีนถูกใช้เพื่อค้นหาลำดับที่คล้ายกันจากเว็บไซต์ฐานข้อมูล RDP หลังจากยืนยันทั่วไปสังกัด ลำดับจากชนิดสายพันธุ์ของแตกต่างกันชนิดถูกเรียกจาก NCBI GenBank การ phylogeneticแผนภูมิถูกสร้างแสดงความสัมพันธ์ระหว่างต้องใช้ C1และอื่น ๆ สายพันธุ์อ้างอิง โดยเพื่อนบ้านเข้าร่วมวิธี (NJ)Jukes และคันทอร์แก้ไขโดยใช้ซอฟต์แวร์ TREECONตามที่อธิบายไว้โดยบริษัทสห Chakrabarti (2006)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ดีเอ็นเอที่แยกจากสายพันธุ์ C1
ต่อไปนี้วิธีการของจอห์นสัน(1994) ยีน 16S rDNA
ถูกขยายด้วย16s อนุรักษ์กว้างแบคทีเรีย rDNA ไพรเมอร์ SSU16s-F
(50
-AAC ทีซีซีแทค GGG AGG CAG
CAG-30) และ SSU16s-R
(50
-AAG GAC TAC CAG GGT ATC TAA
TCC-30) ซึ่งให้ผล PCR ผลิตภัณฑ์ที่มีประมาณ 0.4 Kb (Wilmotte et al., 1993). ลำดับเบสของหน่วยย่อยขนาดเล็ก rRNA ขยายยีนได้รับการพิจารณาด้วยไพรเมอร์สองทิศทางเดียวกัน16s ซุตามเชคและTarr (2003) ยืดอย่างต่อเนื่องของ415-16S rRNA เบื่อหน่ายลำดับยีนถูกใช้ในการค้นหาลำดับที่คล้ายกันจากเว็บไซต์ฐานข้อมูลRDP หลังจากการยืนยันของความร่วมมือทั่วไปลำดับจากสายพันธุ์ที่แตกต่างกันชนิดของสายพันธุ์ที่ถูกดึงออกมาจากNCBI GenBank phylogenetic ต้นไม้ถูกสร้างขึ้นแสดงให้เห็นถึงความสัมพันธ์ระหว่างความเครียด C1 และสายพันธุ์อื่น ๆ โดยอ้างอิงเพื่อนบ้านมาร่วมงาน (NJ) วิธีการที่มีจุกส์และแคนเทอร์การแก้ไขโดยใช้ซอฟต์แวร์TREECON ตามที่อธิบายไว้โดยเครือสหพัฒน์และ Chakrabarti (2006)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ดีเอ็นเอได้จากสายพันธุ์ C1
ต่อไปนี้วิธีการ Johnson ( 1994 ) ช่วง 16S rDNA ยีนได้ขยายวงกว้างอนุรักษ์
กับแบคทีเรีย 16S rDNA ด้วย ssu16s-f
( 50
- AAC ทีซีซีแทค GGG agg CAG cag-30
) (
-
ssu16s-r 50 เท่านั้นก๊าก TAC และ ATC ก่อนทา tcc-30

( PCR ) ซึ่งผลิตภัณฑ์ประมาณ 0.4 kb ( wilmotte et al . , 1993 ) ลำดับของนิวคลีโอไทด์เบส

ซึ่งแบคทีเรียขนาดเล็กยีนที่ถูกกำหนด bidirectionally เดียวกันกับซื่อใช้ไพรเมอร์
ตามเชค และทาร์ ( 2003 ) ยืดอย่างต่อเนื่องของนิวคลีโอไทด์ของยีน 16S rRNA ลำดับ
415 ใช้ค้นหาจากฐานข้อมูลของเว็บไซต์
ดับเหมือนกับเพลง . หลังจากยืนยัน
ความร่วมมือทั่วไป ลำดับ ชนิดสายพันธุ์ สายพันธุ์ที่แตกต่างกัน
ถูกดึงจาก ncbi ขนาด . เป็นวิวัฒนาการ
ต้นไม้ที่ถูกสร้างขึ้นแสดงความสัมพันธ์ระหว่างความเครียดและสายพันธุ์ C1
อ้างอิงจากเพื่อนบ้านร่วม ( NJ )
กับจูกส์และการแก้ไข treecon คันทอร์ใช้ซอฟต์แวร์
ตามที่อธิบายไว้โดยบริษัท สห และ chakrabarti
( 2006 )