5.1, according to the results of el

5.1, according to the results of electrostatic calculations, and the
appropriate number of Na+ and Cl ions was added to neutralise
the system and reproduce a 20 mM salt concentration. The
structures were put in a rhombic dodecahedron box with periodic
boundary conditions and solvated with TIP3P water molecules. Long-range electrostatic interactions
were treated with the particle-mesh Ewald method with a
grid spacing of 0.12 nm and cutoff of 8 Å. The molecules were submitted to initial energy
minimisation with the steepest descent for 5000 steps followed
by 100 ns NVT and 300 ps NPT equilibration with position
restraints. Production runs were performed for 10 ns with a 2 fs
step. Temperature and pressure coupling were obtained with
the v-rescale and the
Parrinello–Rahman algorithms,
respectively. Visual inspection of the trajectories and model
manipulations were performed with the UCSF Chimera package
(version 1.9)

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

5.1 ตามผลลัพธ์ของการคำนวณไฟฟ้าสถิต และจำนวนที่เหมาะสมของ Na + และ Cl กันถูกเพิ่มเข้าไปปรึกษาระบบการสร้างความเข้มข้นเกลือ 20 มม. ที่โครงสร้างถูกวางในกล่องทรงสิบสองหน้ารอมบิกมีเป็นครั้งคราวเงื่อนไขขอบเขตและ solvated กับโมเลกุลของน้ำ TIP3P โต้ตอบงานระยะยาวได้รับการรักษา ด้วยวิธี Ewald อนุภาคตาข่ายด้วยการระยะห่างเส้น nm และตัด 8 Å 0.12 โมเลกุลส่งมาที่พลังงานเริ่มต้นminimisation กับโคตร steepest 5000 ขั้นตอนตามโดย 100 ns NVT equilibration NPT 300 ps กับตำแหน่งrestraints ทำงานผลิตดำเนินการ 10 ns กับ 2 fsขั้นตอนการ อุณหภูมิและความดันคลัปก็ได้ด้วยv rescale และอัลกอริทึม Parrinello – Rahmanตามลำดับ ตรวจสอบภาพของ trajectories และรุ่นmanipulations ดำเนินกับแพคเกจชิเมร่า UCSF(รุ่น 1.9)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

5.1
ตามผลของการคำนวณไฟฟ้าสถิตและในจำนวนที่เหมาะสมของนา+ และ Cl? ไอออนถูกเพิ่มเข้ามาในการต่อต้านระบบและทำซ้ำความเข้มข้นของเกลือ 20 มิลลิเมตร เค้าใส่ในกล่องเฟขนมเปียกปูนที่มีระยะเงื่อนไขขอบเขตและ solvated TIP3P กับโมเลกุลของน้ำ ระยะยาวปฏิสัมพันธ์ไฟฟ้าสถิตได้รับการรักษาด้วยอนุภาคตาข่ายวิธีวาลด์มีระยะห่างของตาราง0.12 นาโนเมตรและตัดของ 8 โมเลกุลที่ถูกส่งมาเพื่อเริ่มต้นการใช้พลังงานลดกับโคตรลาดชัน 5000 ขั้นตอนตามด้วย100 ns การ NVT และ 300 PS สมดุล NPT กับตำแหน่งพันธนาการ วิ่งได้ดำเนินการผลิต 10 นาโนวินาทีกับ FS 2 ขั้นตอน อุณหภูมิความดันและการมีเพศสัมพันธ์ที่ได้รับกับV-rescale และขั้นตอนวิธีการParrinello เราะห์มาน, ตามลำดับ ตรวจสอบภาพจากไบร์ทและแบบผสมได้ดำเนินการกับแพคเกจ UCSF ฝัน (เวอร์ชั่น 1.9)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

5.1 ตามผลลัพธ์ของการคำนวณ ไฟฟ้าสถิต และจำนวนที่เหมาะสมของ Na และ Cl

 ไอออนถูกเพิ่มเพื่อต่อต้านระบบและการทำซ้ำ 20 มิลลิเมตร ความเข้มข้นของเกลือ
โครงสร้างที่ถูกใส่ในกล่องทรงสิบสองหน้ารอมบิกกับเงื่อนไขขอบเขตและเป็นระยะ ๆ
solvated กับ tip3p น้ำโมเลกุล ติดต่อ
ยาวช่วงไฟฟ้าสถิตได้รับการรักษาด้วยวิธีอนุภาคตาข่ายยูเอิลด์กับ
ตารางระยะ 0.12 nm และตัด 8 • . โมเลกุลที่ถูกส่งเพื่อลดพลังงาน
เริ่มต้นกับเชื้อสายสูงชัน 5000 ก้าวตาม
100 NS nvt 300 ps NPT equilibration ตำแหน่ง
ใดๆ การผลิตวิ่งจำนวน 10 ns กับขั้นตอนที่ 2 FS

อุณหภูมิและความดันต่อได้
การ v-rescale และ

parrinello – Rahman ขั้นตอนวิธี ตามลำดับ ภาพการตรวจสอบของวิถีและรูปแบบการตกแต่งด้วย

( UCSF คิเมร่าแพคเกจรุ่น 1.9 )