Relationship coefficients are tradi

Relationship coefficients are traditionally based on pedigree data. Today, with the development of molecular techniques, they are often completely replaced by coefficients calculated from molecular data. Examples are relationships from microsatellites for biodiversity studies but also genomic relationships from SNP as currently used in genomic prediction of breeding values. There are, however, many situations in which optimal combination of both sources would be the best solutions. Obviously, this is the case for incompletely genotyped populations, but also when pedigree information is sparse. Also, markers, even dense ones, do not reflect the whole genome and therefore give only an incomplete picture of relationships. The main objective of this study was therefore to develop a method to calculate a relationship matrix by the combination of molecular and pedigree data. It will be useful for all situations where pedigree and molecular data are available. In this study, based on simulations of pedigree and marker data, we used partial least squares regression and linear regression to combine total allelic relationship coefficients calculated for each marker with additive relationship coefficients calculated from incomplete pedigree. The results showed that the greatest advantage of this method, compared with the one that replaces a part of the pedigree-based relationship matrix by a genomic relationship matrix, is that adding the partial pedigree data allows for the correction of the molecular coefficient for the ungenotyped part of the genome.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ค่าสัมประสิทธิ์ความสัมพันธ์แบบดั้งเดิมอยู่กับเลือดข้อมูล วันนี้ มีการพัฒนาเทคนิคโมเลกุล พวกเขาจะมักจะแทน ด้วยสัมประสิทธิ์ที่คำนวณได้จากข้อมูลระดับโมเลกุล ตัวอย่างคือ ความสัมพันธ์จาก microsatellites ศึกษาความหลากหลายทางชีวภาพ แต่ความสัมพันธ์ของ genomic จาก SNP ในปัจจุบันใช้ genomic ทำนายค่าการผสมพันธุ์ ได้ อย่างไรก็ตาม ในสถานการณ์ที่เหมาะสมรวมทั้งแหล่งที่จะแก้ปัญหาดีที่สุด อย่างชัดเจน อยู่กรณีประชากร genotyped สมบูรณ์ แต่เมื่อเลือดข้อมูลบ่อ ยัง เครื่องหมาย แม้คนหนาแน่น ไม่สะท้อนกลุ่มทั้งหมด แล้วจึง ให้เฉพาะภาพไม่สมบูรณ์ของความสัมพันธ์ วัตถุประสงค์หลักของการศึกษานี้จึงได้พัฒนาวิธีการคำนวณเมทริกซ์ความสัมพันธ์ โดยรวมของโมเลกุล และข้อมูลสายเลือด มันจะเป็นประโยชน์สำหรับสถานการณ์ทั้งหมดที่สายเลือดและข้อมูลโมเลกุลมี ในการศึกษานี้ ตามจำลองของเลือดและทำเครื่องหมายข้อมูล เราใช้ถดถอยกำลังสองน้อยที่สุดบางส่วนและการถดถอยเชิงเส้นการรวมค่าสัมประสิทธิ์ความสัมพันธ์ allelic รวมคำนวณสำหรับแต่ละเครื่องหมาย มีค่าสัมประสิทธิ์ความสัมพันธ์สามารถคำนวณได้จากสายเลือดไม่สมบูรณ์ ผลพบว่าประโยชน์มากที่สุดของวิธีการนี้ เมื่อเทียบกับแทนที่เป็นส่วนหนึ่งของความสัมพันธ์ตามสายเลือดเมทริกซ์โดยเมทริกซ์ความสัมพันธ์ genomic เป็นที่เพิ่มข้อมูลบางส่วนเลือดช่วยให้การแก้ไขของสัมประสิทธิ์โมเลกุลในส่วน ungenotyped ของกลุ่ม

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ค่าสัมประสิทธิ์ความสัมพันธ์เป็นไปตามประเพณีที่เกี่ยวกับข้อมูลสายเลือด วันนี้มีการพัฒนาเทคนิคโมเลกุลพวกเขามักจะถูกแทนที่อย่างสมบูรณ์โดยค่าสัมประสิทธิ์คำนวณจากข้อมูลในระดับโมเลกุล ตัวอย่างมีความสัมพันธ์จากไมโครสำหรับการศึกษาความหลากหลายทางชีวภาพ แต่ยังความสัมพันธ์กับจีโนมจาก SNP ที่ใช้อยู่ในปัจจุบันคาดการณ์จีโนมของค่าการผสมพันธุ์ อย่างไรก็ตามยังมีหลาย ๆ สถานการณ์ที่ผสมผสานกันของแหล่งที่มาของทั้งสองจะเป็นโซลูชั่นที่ดีที่สุด เห็นได้ชัดว่าเป็นกรณีนี้สำหรับประชากร genotyped ไม่สมบูรณ์ แต่ยังเมื่อข้อมูลโคตรจะเบาบาง นอกจากนี้เครื่องหมายแม้กระทั่งหนาแน่นไม่สะท้อนทั้งจีโนมและดังนั้นจึงให้เพียงภาพที่ไม่สมบูรณ์ของความสัมพันธ์ วัตถุประสงค์หลักของการศึกษาครั้งนี้จึงพัฒนาวิธีการคำนวณเมทริกซ์ความสัมพันธ์โดยการรวมกันของข้อมูลโมเลกุลและสายเลือด มันจะเป็นประโยชน์สำหรับทุกสถานการณ์ที่โคตรและข้อมูลของโมเลกุลที่มีอยู่ ในการศึกษาครั้งนี้ขึ้นอยู่กับแบบจำลองของข้อมูลสายเลือดและเครื่องหมายเราใช้บางส่วนถดถอยกำลังสองน้อยที่สุดและการถดถอยเชิงเส้นที่จะรวมค่าสัมประสิทธิ์ความสัมพันธ์ allelic รวมคำนวณเครื่องหมายแต่ละคนมีค่าสัมประสิทธิ์ความสัมพันธ์ของสารเติมแต่งที่คำนวณจากสายเลือดที่ไม่สมบูรณ์ ผลการศึกษาพบว่าประโยชน์ที่ยิ่งใหญ่ที่สุดของวิธีการนี​​้เมื่อเทียบกับคนที่มาแทนที่ส่วนหนึ่งของเมทริกซ์ความสัมพันธ์สายเลือดตามโดยเมทริกซ์ความสัมพันธ์ของจีโนมเป็นว่าการเพิ่มข้อมูลบางส่วนสายเลือดช่วยให้การแก้ไขค่าสัมประสิทธิ์โมเลกุล ungenotyped ส่วนหนึ่งของจีโนม

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ค่าสัมประสิทธิ์ความสัมพันธ์แบบดั้งเดิมบนพื้นฐานของข้อมูลที่สายเลือด วันนี้ มีการพัฒนาเทคนิคระดับโมเลกุล พวกเขามักจะถูกแทนที่อย่างสมบูรณ์โดยค่าสัมประสิทธิ์ที่คำนวณจากข้อมูลระดับโมเลกุล ตัวอย่างความสัมพันธ์จากไมโครแซเทลไลต์สำหรับความหลากหลายทางชีวภาพ การศึกษา แต่ยังพบความสัมพันธ์จาก SNP เป็นปัจจุบันที่ใช้ในการทำนายที่มีคุณค่าการผสมพันธุ์ มี , อย่างไรก็ตามหลายสถานการณ์ที่การรวมกันที่ดีที่สุดของทั้งสองแหล่งที่มาจะเป็นโซลูชั่นที่ดีที่สุด เห็นได้ชัดว่าเป็นกรณีนี้สำหรับ genotyped ประชากรปกติ แต่เมื่อข้อมูลสายเลือดเป็นป่าโปร่ง นอกจากนี้ เครื่องหมาย ยังหนาแน่นอยู่ ไม่สะท้อนจีโนมทั้งหมดและดังนั้นจึงให้เฉพาะภาพที่ไม่สมบูรณ์ของความสัมพันธ์วัตถุประสงค์หลักของการศึกษานี้จึงเพื่อพัฒนาวิธีการคำนวณความสัมพันธ์เมทริกซ์โดยใช้การรวมกันของโมเลกุลและสายเลือด มันจะเป็นประโยชน์สำหรับทุกสถานการณ์ ที่สายเลือด และข้อมูลระดับโมเลกุลสามารถ ในการศึกษานี้ได้จากการจำลองของสายเลือดและข้อมูลเครื่องเราใช้สมการถดถอยกำลังสองน้อยที่สุดบางส่วนและการถดถอยเชิงเส้นเพื่อรวมรวม allelic ความสัมพันธ์สัมประสิทธิ์คำนวณสำหรับแต่ละเครื่องหมายคำนวณจากความสัมพันธ์กับการบวกค่าสมบูรณ์สายเลือด ผลการศึกษาพบว่า ประโยชน์ที่ยิ่งใหญ่ที่สุดของวิธีการนี้เมื่อเทียบกับหนึ่งที่แทนที่เป็นส่วนหนึ่งของสายเลือดเมทริกซ์ความสัมพันธ์ โดยใช้เมทริกซ์ความสัมพันธ์คือการเพิ่มข้อมูลจีโนม สายเลือดบางส่วนช่วยให้แก้ไขค่าโมเลกุลสำหรับ ungenotyped ส่วนหนึ่งของโครโมโซม .