มาชูปิกชู คาดว่าสร้างขึ้นราวปี ค.ศ. 1450 ใช้เวลาในการก่อสร้างกว่า 100 ปี โดยจักรพรรดิปาชากูตี ของชาวอินคา มาชูปิกชูถูกปล่อยทิ้งไว้นับร้อยปี เพราะชาวสเปนได้เข้ามาล่าอาณานิคม และฆ่าชาวเปรูและชาวอินคา เมืองอินคาเลยถูกปล่อยร้างไว้
นครกลางฟ้าแห่งนี้ซ่อนตัวอยู่ในเทือกเขาแอนเดส ประเทศเปรู กินเนื้อที่ประมาณ13 ตารางกิโลเมตรของหุบเขาอุรุบัมบ้า ที่ความสูง 6,750 ฟีตจากระดับน้ำทะเล เมื่อมองจากตีนเขาจะไม่สามารถมองเห็นมาชูปิกชูได้
มาชูปิกชูมีส่วนหลักๆ อยู่สองส่วน คือ ส่วนของเมืองและเกษตรกรรม ซึ่งในส่วนของเกษตรกรรมนั้นก็แบ่งออกไปเป็นส่วนบนและล่าง ในขณะที่ส่วนของเมืองแบ่งเป็นสองซีก คือ ซีกตะวันออกและตะวันตก และทั้งสองฟากก็ถูกกั้นด้วยลานกว้างสาธารณะ จุดที่น่าสนใจได้แก่ Intihuatana ที่อินคาใช้เพื่อแสดงถึงตำแหน่งของดวงอาทิตย์ในช่วงเวลาที่ดวงอาทิตย์อยู่ห่างจากเส้นศูนย์สูตรมากที่สุด ซึ่งอินคาจะใช้ช่วงเวลานี้วางแผนวงจรของเกษตรกรรม จุดต่อไปเรียกว่า ลานศักดิ์สิทธิ์ (Sacred Plaza) เป็นสถานที่ที่อินคาใช้ในพิธีกรรมต่างๆ อย่างเป็นทางการ ส่วนลักษณะโครงสร้างด้านข้างทางทิศตะวันออกเป็นวัดสามหน้าต่าง (Temple of the Three Windows) ทางทิศใต้เป็นกุฏิพระ และทางทิศเหนือเป็นข้างหลังวัด ยังมีจุดที่สำคัญอีกแห่ง Temple of the Sun เป็นสิ่งเดียวที่มีโครงสร้างลักษณะเป็นรูปทรงกลม และมีหอหน้าต่างสูงถึงสองหอคอย ซึ่งอยู่เป็นแนวเดียวกันกับจุดที่พระอาทิตย์ขึ้นในช่วงฤดูร้อนและวันที่มีกลางวันสั้นที่สุดในฤดูหนาว
โครงสร้างในส่วนกลางของมาชู ปิกชูเป็นสถาปัตยกรรมฝีมือที่ประณีตมากๆ กำแพงหินขัดเงาสไตล์คลาสซิคอิน การก่อสร้างด้วยหินที่สามารถทำให้ชิดกันโดยปราศจากการฉาบปูนเสมือนการต่อจิ๊กซอร์ แม้กระทั่งใบมีดบางๆ ยังไม่สามารถรอดผ่านรอยต่อไปได้เลย ซึ่งหินแต่ละก้อนนั้นมีขนาดไม่เท่ากัน ประตูและหน้าต่างส่วนใหญ่มีลักษณะเป็นรูปสี่เหลี่ยมคางหมูและเอียงเข้าข้างในจากล่างถึงบน ส่วนมุมต่างๆ จะมน ซึ่งมุมข้างในค่อนข้างโค้งเข้าไปในห้องเล็กน้อย และมุมข้างนอกเชื่อมต่อกับตัวโครงสร้างกีดขวางในลักษณะรูปตัว L ซึ่งกำแพงเหล่านี้จากล่างขึ้นไปบนจะไม่ตั้งตรงกันแต่จะหักกลบลบกันเป็นแถวต่อแถว ด้านหลังของมาชูปิกชูเป็นภูเขายาวไกลสุดลูกหูลูกตา ยังมีคนอาศัยบนภูเขาดำรงชีวิตแบบอินคาดั้งเดิมในป่าลึก
แม้ว่าสาเหตุที่ทำให้มาชูปิกชู กลายเป็นเมืองร้างนั้นอาจเป็นเรื่องลี้ลับตลอดไป ทว่าปมปริศนานี้ยังคงสร้างเสน่ห์น่าพิศวงหลงใหลให้แก่ซากเมืองโบราณนี้อยู่ นับได้ว่าเป็นแหล่งโบราณคดีที่น่าชมที่สุดแห่งหนึ่งของโลก