2.4. Identification of individual m

2.4. Identification of individual mitochondrial genomes
A reference database of PCR-based bait fragments was established
for all specimens included in the shotgun pools, by collating
four mitochondrial gene fragments (cox1, cox2, cytb and rrnl). The
cox1 (50 and 30 region), cox2 and rrnl fragments were in part already
available from earlier work on the same specimens and thus
extracted from genbank. In addition, standard PCR reactions to
amplify cox1-30 and cytb were performed for species for which
none or only one fragment was available (see supplementary table
1 for bait regions per specimen and supplementary table 2 for reaction
conditions and primers list). Prior to Sanger sequencing the
PCR products were cleaned using a size-exclusion filter (Merck
Millipore). The chromatograms were assembled and manually edited
using Geneious.
The reference database of bait fragments was used for BLAST
searches against the complete collection of contigs. Only hits of
>98% pairwise similarity over >150 base pairs were considered a
match. Chimera formation was examined by checking whether
baits of different species hit the same contig. Where multiple bait
sequences from a single species showed matches with different
short (non-overlapping) contigs, their position in a phylogenetic
tree (ML tree, 1000 bootstrap replicates) was examined. If these
contigs were sister groups they were considered to represent different
portions of the same mitogenome and the sequences where
fused. The mitogenomes from this study have been submitted to
GenBank (accession numbers KU739421–KU739500; see supplementary
table 1 for details).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.4. รหัสของ genomes ยลละฐานข้อมูลอ้างอิงของ PCR ตามเหยื่อเศษก่อตั้งขึ้นสำหรับชิ้นงานทั้งหมดรวมอยู่ในประเภทปืนลูกซอง โดยเฝ้าแยกส่วนของยีนยลสี่ (cox1, cox2, cytb และ rrnl) การcox1 (ภูมิภาค 50 และ 30), ชิ้นส่วน cox2 และ rrnl ได้ส่วนหนึ่งจากตัวอย่างเดียวงานก่อนหน้านั้นสกัดจาก genbank นอกจากนี้ ปฏิกิริยา PCR มาตรฐานขยาย cox1 30 และ cytb ดำเนินการสายพันธุ์ที่ไม่มีหรือส่วนเดียวเท่านั้นไม่พร้อมใช้งาน (ดูตารางเสริม1 สำหรับภูมิภาคเหยื่อต่อตัวและ 2 ตารางเสริมสำหรับปฏิกิริยาเงื่อนไขและไพรเมอร์รายการ) ก่อน Sanger ลำดับทานผลิตภัณฑ์ PCR โดยใช้ตัวกรองแยกขนาด (เมอร์คมิลลิพอร์) Chromatograms การประกอบ และแก้ไขด้วยตนเองใช้ Geneiousฐานข้อมูลอ้างอิงของเศษเหยื่อใช้สำหรับระเบิดการค้นหากับคอลเลกชันที่สมบูรณ์ของ contigs เพลงฮิตของ> ผ่านคล้ายแพร์ไวส์ 98% > 150 คู่เบสถูกถือว่าเป็นตรงกัน การตรวจสอบก่อความฝัน โดยการตรวจสอบว่าเหยื่อต่างชนิดตี contig เดียว ซึ่งเหยื่อหลายลำดับจากชนิดเดียวพบว่าตรงกันกับสั้น (ไม่ซ้อน) contigs ตำแหน่งของพวกเขาในทางที่มีการตรวจสอบต้นไม้ (ต้นไม้ ML, 1000 เหมือนกับเริ่มต้น) ถ้าเหล่านี้contigs รับน้องกลุ่มที่พวกเขาพิจารณาว่าเป็นตัวแทนแตกต่างกันบางส่วนของ mitogenome เดียวกันและลำดับที่ที่หลอมรวมกัน Mitogenomes จากการศึกษานี้ได้ถูกส่งไป(หมายเลขทะเบียน KU739421 – KU739500 ดูเสริม GenBankตาราง 1 รายละเอียด)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.4 บัตรประจำตัวของแต่ละบุคคลยลจีโนมของ
ฐานข้อมูลอ้างอิงของ PCR-based เศษเหยื่อก่อตั้งขึ้น
สำหรับตัวอย่างทั้งหมดรวมอยู่ในสระว่ายน้ำปืนลูกซองโดยเรียง
สี่เศษยีนยล (cox1, COX2, cytb และ rrnl)
cox1 (50 และ 30 เขต), COX2 และ rrnl เศษอยู่ในส่วนหนึ่งแล้ว
พร้อมใช้งานจากการทำงานก่อนหน้านี้เมื่อชิ้นงานเดียวกันและทำให้
สารสกัดจาก GenBank นอกจากนี้มาตรฐานปฏิกิริยา PCR เพื่อ
ขยาย cox1-30 และ cytb ได้ดำเนินการสำหรับสายพันธุ์ที่
ไม่มีหรือเพียงหนึ่งชิ้นส่วนที่มีอยู่ (ดูตารางเสริม
1 สำหรับภูมิภาคเหยื่อต่อชิ้นงานและโต๊ะเสริม 2 ปฏิกิริยา
เงื่อนไขและไพรเมอร์รายชื่อ) ก่อนที่จะแซงเจอร์ลำดับ
ผลิตภัณฑ์พีซีอาร์ได้รับการทำความสะอาดโดยใช้ตัวกรองขนาดยกเว้น (เมอร์ค
มิลลิพอร์) chromatograms ได้ชุมนุมด้วยตนเองและแก้ไข
โดยใช้ Geneious.
ฐานข้อมูลอ้างอิงของชิ้นส่วนเหยื่อที่ใช้สำหรับการระเบิด
ค้นหากับคอลเลกชันที่สมบูรณ์ของ contigs เพียงฮิตของ
> คล้ายคลึงกัน 98% จากจำนวนกว่า> 150 ฐานคู่ได้รับการพิจารณา
การแข่งขัน ฝันก่อถูกตรวจสอบโดยการตรวจสอบไม่ว่าจะเป็น
เหยื่อของสายพันธุ์ที่แตกต่างกันตี contig เดียวกัน ที่เหยื่อหลาย
ลำดับจากชนิดเดียวที่แสดงให้เห็นการแข่งขันที่แตกต่างกัน
สั้น ๆ (ไม่ทับซ้อนกัน) contigs ตำแหน่งของพวกเขาในสายวิวัฒนาการ
ต้นไม้ (ต้นไม้ ML 1000 บูตซ้ำ) ถูกตรวจสอบ ถ้าสิ่งเหล่านี้
contigs เป็นกลุ่มน้องสาวของพวกเขาได้รับการพิจารณาให้เป็นตัวแทนที่แตกต่างกัน
บางส่วนของ mitogenome เดียวกันและลำดับที่
หลอมละลาย mitogenomes จากการศึกษานี้ได้ถูกส่งไป
GenBank (หมายเลขภาคยานุวัติ KU739421-KU739500 ดูเสริม
ตารางที่ 1 สำหรับรายละเอียด)