With the ConSite suite of tools ass

With the ConSite suite of tools assembled, Lenhard et al. [1] conducted several tests to demonstrate the utility of their approach. They analyzed a number of well-characterized human gene promoter regions, comparing sequences with mouse and cow orthologs. They showed that adding the phylogenetic footprinting step improved the selectivity of TFBS prediction by 85% without a great loss of sensitivity. "Phylogenetic footprinting had already been postulated as a means to improve the characterization of the promoter regions of the genes in higher eukaryotic genomes, but the Wasserman article shows that the idea really works," says Guigó. Stormo comments that such programs cannot claim to be fully comprehensive; they will miss some sites, "but the sites that it does identify have a much greater probability of being important. So the reported sites will have a low false-positive rate, in contrast to some of the previous approaches".

The ConSite platform is likely to undergo many modifications and updates as bioinformaticians add new features and capabilities. The ability to align multiple sequences should further improve the phylogenetic footprinting selectivity. "[The authors] don't try to discover new types of sites, just to reliably identify the occurrences of sites for known transcription factors. But the approach can be extended to identifying new sites," says Stormo.

In the future, information from bioinformatic analyses might be combined with experimental datasets to construct models for complex transcriptional regulatory networks. Stormo envisages incorporating data from experiments using microarray analysis, ChIP-on-chip and mutant phenotyping to get a more complete picture of network connections. A recent study from Richard Young and colleagues [10] demonstrated how these approaches can be applied on a genome-wide scale in yeast.

Understanding the genetic networks regulated by transcription-factor activity will not only provide molecular insights into fundamental biological processes: it is also relevant to many disease pathologies and may perhaps indicate novel therapeutic strategies. Computational approaches such as ConSite will prove invaluable in this endeavor. Hunters of the past and present have always begun by tracking down the footprints. Now, genetic hunters have a powerful set of tools to help with their task.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

กับ ConSite ชุดเครื่องมือประกอบ Lenhard และ al. [1] ดำเนินการทดสอบต่าง ๆ แสดงให้เห็นถึงอรรถประโยชน์ของวิธีการ พวกเขาวิเคราะห์จำนวนภูมิภาคโปรโมเตอร์ยีน characterized แห่งมนุษย์ เปรียบเทียบลำดับ ด้วยเมาส์และวัว orthologs พวกเขาแสดงให้เห็นว่า เพิ่มขั้นตอน phylogenetic footprinting พัฒนาวิธีของ TFBS ทำนาย โดย 85% โดยไม่สูญเสียความไวดี "แล้วมีการ postulated phylogenetic footprinting เพื่อปรับปรุงคุณสมบัติของภูมิภาคโปรโมเตอร์ของยีนใน genomes eukaryotic สูง แต่บทความวาแสดงว่า ความคิดในการทำงานจริง ๆ กล่าวว่า Guigó ความคิดเห็น Stormo ที่โปรแกรมดังกล่าวไม่สามารถเรียกร้องให้ครอบคลุมอย่างสมบูรณ์ พวกเขาจะพลาดบางไซต์ "แต่ไซต์ที่ระบุมีการมากมากน่าเป็นกำลังสำคัญ ดังนั้น เว็บไซต์รายงานได้ต่ำบวกเท็จอัตรา ตรงข้ามบางวิธีก่อนหน้านี้"แพลตฟอร์ม ConSite มีแนวโน้มที่จะรับการแก้ไขและปรับปรุงหลายเป็น bioinformaticians เพิ่มคุณสมบัติใหม่และความสามารถ ความสามารถในการจัดลำดับหลายเพิ่มเติมควรปรับปรุงใว phylogenetic footprinting "[ผู้เขียน] ไม่พยายามที่จะค้นพบชนิดใหม่ของอเมริกา จะได้ระบุลักษณะที่ปรากฏของไซต์ transcription รู้จักปัจจัย แต่วิธีสามารถขยายให้ระบุไซต์ใหม่ กล่าวว่า Stormoในอนาคต อาจรวมข้อมูลจากการวิเคราะห์ผลเชิงวิวัฒนาการกับ datasets ทดลองสร้างแบบจำลองสำหรับเครือข่ายกำกับดูแล transcriptional ซับซ้อน Stormo envisages เพจข้อมูลจากการทดลองใช้วิเคราะห์ microarray ชิบนชิป และ phenotyping เต่ารูปภาพสมบูรณ์ของการเชื่อมต่อเครือข่าย การศึกษาล่าสุดจากริชาร์ดเด็กและเพื่อนร่วมงาน [10] แสดงว่าสามารถใช้วิธีนี้ในระดับจีโนมไวด์ในยีสต์ทำความเข้าใจเกี่ยวกับเครือข่ายทางพันธุกรรมที่ควบคุม โดยกิจกรรม transcription ปัจจัยจะเพียงแต่ให้ลึกโมเลกุลพื้นฐานกระบวนการทางชีวภาพ: มันก็เกี่ยวข้องกับโรค pathologies มาก และบางทีอาจระบุกลยุทธ์รักษานวนิยาย วิธีคำนวณเช่น ConSite จะพิสูจน์ประโยชน์อย่างยิ่งในการแข่งขันนี้ นายพรานในอดีต และปัจจุบันได้เริ่ม โดยการติดตามลงรอยเท้าเสมอ ตอนนี้ นักล่าทางพันธุกรรมมีชุดมีประสิทธิภาพของเครื่องมือเพื่อช่วยงานของพวกเขา

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ด้วยชุด ConSite ของเครื่องมือประกอบ Lenhard และคณะ [1] ดำเนินการทดสอบหลายครั้งที่จะแสดงให้เห็นถึงประโยชน์ของวิธีการของพวกเขา พวกเขาวิเคราะห์จำนวนของดีลักษณะภูมิภาคโปรโมเตอร์ของยีนของมนุษย์เปรียบเทียบลำดับด้วยเมาส์และวัว orthologs พวกเขาแสดงให้เห็นว่าการเพิ่มขั้นตอน footprinting สายวิวัฒนาการที่ดีขึ้นหัวกะทิของการทำนาย TFBS ได้ถึง 85% โดยไม่ต้องสูญเสียที่ยิ่งใหญ่ของความไว "footprinting Phylogenetic ได้รับการกล่าวอ้างว่าเป็นวิธีการที่จะปรับปรุงลักษณะของภูมิภาคโปรโมเตอร์ของยีนในจีโนมของยูคาริโอที่สูงขึ้น แต่บทความ Wasserman แสดงให้เห็นว่าความคิดที่ได้ผลจริงๆ" Guigóกล่าวว่า Stormo แสดงความคิดเห็นว่าโปรแกรมดังกล่าวไม่สามารถเรียกร้องให้ครอบคลุมอย่างเต็มที่ พวกเขาจะพลาดบางเว็บไซต์ "แต่เว็บไซต์ที่ว่ามันไม่ระบุมีโอกาสมากขึ้นของการเป็นสิ่งสำคัญ. ดังนั้นเว็บไซต์รายงานจะมีอัตราการเท็จบวกต่ำในทางตรงกันข้ามกับบางส่วนของวิธีการที่ก่อนหน้านี้". แพลตฟอร์ม ConSite เป็น มีแนวโน้มที่จะได้รับการปรับเปลี่ยนหลาย ๆ และการปรับปรุงตลอด bioinformaticians เพิ่มคุณสมบัติใหม่และความสามารถ ความสามารถในการจัดลำดับหลายต่อไปควรปรับปรุงหัวกะทิ footprinting สายวิวัฒนาการ "[ผู้เขียน] ไม่พยายามที่จะค้นพบชนิดใหม่ของเว็บไซต์เพียงเพื่อความน่าเชื่อถือระบุการเกิดขึ้นของเว็บไซต์สำหรับถอดความปัจจัยที่รู้จักกัน. แต่วิธีสามารถขยายไปยังระบุเว็บไซต์ใหม่" Stormo. กล่าวว่าในอนาคตข้อมูลจาก การวิเคราะห์ทางชีววิทยาอาจจะมีการรวมกันกับชุดข้อมูลการทดลองที่จะสร้างแบบจำลองสำหรับเครือข่ายการกำกับดูแลที่ซับซ้อนการถอดรหัส Stormo envisages ผสมผสานข้อมูลจากการทดลองโดยใช้การวิเคราะห์ microarray ชิปบนชิปและ phenotyping กลายพันธุ์เพื่อให้ได้ภาพที่สมบูรณ์มากขึ้นของการเชื่อมต่อเครือข่าย ผลการศึกษาล่าสุดจากริชาร์ดหนุ่มและเพื่อนร่วมงาน [10] แสดงให้เห็นว่าวิธีการเหล่านี้สามารถนำมาใช้ในระดับจีโนมทั้งในยีสต์. ทำความเข้าใจเกี่ยวกับเครือข่ายทางพันธุกรรมที่ควบคุมโดยกิจกรรมการถอดความปัจจัยจะไม่เพียง แต่ให้ข้อมูลเชิงลึกในระดับโมเลกุลกระบวนการทางชีววิทยาพื้นฐาน: มันเป็น นอกจากนี้ยังเกี่ยวข้องกับโรคโรคจำนวนมากและบางทีอาจบ่งบอกถึงกลยุทธ์การรักษานวนิยาย วิธีการคำนวณเช่น ConSite จะพิสูจน์คุณค่าในความพยายามนี้ นักล่าของอดีตและปัจจุบันได้เริ่มเสมอโดยการติดตามการลงรอย ตอนนี้นักล่าทางพันธุกรรมมีชุดที่มีประสิทธิภาพของเครื่องมือที่จะช่วยให้กับงานของพวกเขา

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

กับ consite ชุดเครื่องมือประกอบ lenhard et al . [ 1 ] ดำเนินการทดสอบหลาย ๆ แสดงให้เห็นถึงประโยชน์ของวิธีการของพวกเขา พวกเขาวิเคราะห์จำนวนดีลักษณะมนุษย์ยีนส่งเสริมภูมิภาคเปรียบเทียบลำดับด้วยเมาส์และ orthologs วัวพวกเขาพบว่า การเพิ่มขั้นตอน footprinting ซึ่งเลือกสรรเพิ่มขึ้นของ tfbs การพยากรณ์ โดย 85% ไม่มีการสูญเสียที่ยิ่งใหญ่ของความไว " footprinting ต่างๆได้ซึ่งเป็นวิธีการปรับปรุงคุณสมบัติของโปรโมเตอร์ของยีนในภูมิภาคที่สูงเข้ามาหา แต่บทความ วา ซอร์แมนแสดงให้เห็นว่าความคิดจริงๆ " ว่า guig ó .stormo ความคิดเห็นที่โปรแกรมดังกล่าวจะไม่สามารถอ้างได้ครอบคลุมครบถ้วน พวกเขาจะคิดถึงบางเว็บไซต์ แต่เว็บไซต์ที่ไม่ระบุ มีความเป็นไปได้มากขึ้นที่สำคัญ ดังนั้นรายงานเว็บไซต์จะมีอัตรา false-positive ต่ำ ในทางตรงกันข้ามกับบางส่วนของวิธีก่อนหน้า " .

การ consite แพลตฟอร์มมีโอกาสที่จะได้รับการแก้ไขและการปรับปรุงเป็น bioinformaticians เพิ่มคุณสมบัติใหม่และความสามารถ ความสามารถในการจัดเรียงลำดับหลายควรปรับปรุงเลือกสรร footprinting ต่างๆ " . [ ผู้แต่ง ] อย่าพยายามที่จะค้นพบรูปแบบใหม่ของเว็บไซต์ จะเชื่อถือได้ระบุการเกิดขึ้นของเว็บไซต์ให้ทราบปัจจัย transcriptionแต่วิธีการที่สามารถขยายไปยังเว็บไซต์ใหม่ที่ระบุว่า " stormo

ในอนาคต ข้อมูลจากการวิเคราะห์ไบโอ นฟ ์เมติกอาจจะรวมกับข้อมูลการทดลองเพื่อสร้างแบบจำลองที่ซับซ้อน particle ข้อบังคับเครือข่าย stormo ให้ผสมผสานข้อมูลจากการวิเคราะห์ microarray ทดลองใช้ ,ชิปชิปและกลายพันธุ์อเพื่อให้ได้ภาพที่สมบูรณ์มากขึ้นของการเชื่อมต่อเครือข่าย ผลการศึกษาล่าสุดจากริชาร์ดหนุ่มและเพื่อนร่วมงาน [ 10 ] แสดงให้เห็นว่าวิธีการเหล่านี้สามารถใช้ใน genome-wide มาตราส่วนในยีสต์

เข้าใจพันธุกรรมเครือข่ายการควบคุมโดยกิจกรรมถอดความปัจจัยจะไม่เพียง แต่ให้ข้อมูลเชิงลึกระดับโมเลกุลในกระบวนการพื้นฐานทางชีวภาพนอกจากนี้ยังเกี่ยวข้องกับโรคหลายโรค และบางทีอาจจะบ่งบอกถึงกลยุทธ์การรักษาใหม่ วิธีการเชิงคำนวณ เช่น consite จะพิสูจน์หาค่ามิได้ในความพยายามนี้ นักล่าแห่งอดีตและปัจจุบันได้เริ่มเสมอ โดยการติดตามรอยเท้า ตอนนี้นักล่าพันธุกรรมมีชุดที่มีประสิทธิภาพของเครื่องมือที่จะช่วยให้กับงานของพวกเขา