To identify associations and putati

To identify associations and putative functional relationships between DEGs, cluster analysis was performed and
each cluster analyzed for over-represented GO terms. The
DEGs were grouped into 18 clusters by k-means clustering,
seven of which yielded statistically over-represented GO
terms (P < 0.05 Hochberg false discovery rate; Figure S1;
Table S10). Although many GO categories overlapped with
those identified in our time-point comparison (Table S9),
several interesting new groups were highlighted. These
included: lipase activity (cluster 5), nuclear protein import
(cluster 6) and, endo-1,4-b-xylanase activity (cluster 7).
Endo-1,4-b-xylanases are associated with cell expansion
and shape changes, and inclusion of three (of five on the ATH1 microarray) within cluster 7 suggests WUS, or
dependent processes, reduce these activities.
After 30 h of treatment with 2iP, we hoped to identify
early events in WUS-dependent LRP ? SM conversion. To
provide greater resolution of WUS-related DEGs at this
time point, we examined the transcriptome of another wus
mutant allele (GABI_870H12). GABI-KAT constructs were
designed for activation tagging, but in this line an intragenic insertion appears to drive elevated expression of a
truncated non-functional product (Methods S1). Heterozygotes yield loss-of-function wus phenotypes in approximately 25% of progeny, and these homozygous mutants
are unable to undergo LRP ? SM conversion. For comparison of the two alleles with the WT, processed data were
filtered to remove genes absent in one wus mutant allele,
but not the other. Using the LIMMA package of BIOCONDUCTOR,
a P-value threshold of

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การระบุความสัมพันธ์ของและอ้างว่าฝาทำงานสัมพันธ์ระหว่าง DEGs การวิเคราะห์คลัสเตอร์ดำเนินการ และแต่ละคลัสเตอร์วิเคราะห์สำหรับเงื่อนไขการเป็นตัวแทนมากเกินไป การDEGs ถูกแบ่งเป็น 18 กลุ่ม โดย k-คลัสเตอร์7 ซึ่งผลทางสถิติเป็นตัวแทนมากเกินไปเงื่อนไข (P < 0.05 Hochberg ค้นพบเท็จราคา รูป S1S10 ตาราง) แม้ว่าหลายไป ประเภทเหลื่อมกับที่ระบุในการเปรียบเทียบจุดเวลาของเรา (ตาราง S9),กลุ่มใหม่ที่น่าสนใจหลายที่เน้น เหล่านี้รวม: กิจกรรมเอนไซม์ไลเปส (กลุ่ม 5) นำเข้าโปรตีนนิวเคลียร์(คลัสเตอร์ 6) และเอ็นโด 1, 4-b-ไซลาเนสกิจกรรม (กลุ่ม 7)เอ็นโด 1, 4-b-xylanases จะเกี่ยวข้องกับการขยายตัวของเซลล์และการเปลี่ยนแปลงรูปร่าง และรวมสาม (ของห้าบน ATH1 microarray) ภายในคลัสเตอร์ 7 แนะนำ WUS หรือขึ้นอยู่กับกระบวนการ ลดกิจกรรมเหล่านี้หลังจาก h 30 รักษาด้วย 2iP เราหวังว่าการระบุเหตุการณ์เริ่มต้นใน LRP WUS ขึ้น การแปลง SM ถึงให้ความละเอียดมากขึ้นเกี่ยวกับ WUS DEGs นี้เวลาจุด เราตรวจสอบ transcriptome ของ wus อื่นกลายพันธุ์อัลลีล (GABI_870H12) มีโครงสร้าง GABI-KATแต่บรรทัดนี้แทรก intragenic ออกแบบมาสำหรับการเปิดใช้งานแท็ก ปรากฏขึ้นไดรฟ์แสดงยกระดับของการตัดไม่ทำงานผลิตภัณฑ์ (วิธี S1) Heterozygotes ผลผลิตสูญเสียฟังก์ชัน wus ฟีประมาณ 25% ของลูกหลาน และสายพันธุ์หลักเหล่านี้ไม่สามารถรับ LRP การแปลง SM สำหรับการเปรียบเทียบของ alleles ที่สองกับ WT ข้อมูลที่ประมวลผลได้กรองเพื่อเอายีนขาดในหนึ่ง wus กลายพันธุ์อัลลีลแต่อื่น ๆ ไม่ ใช้แพ LIMMA ของ BIOCONDUCTORเกณฑ์ค่า P ของ < 0.05 และต่ำสุดพับเปลี่ยนของลักษณะทางพันธุกรรมที่ 1.5 ในหนึ่ง 144 DEGs ควบคุมในทำนองเดียวกัน ในทั้งกลายพันธุ์ wus alleles ที่ระบุ (S11 ตาราง) ของเหล่านี้เริ่มต้น DEGs, 21% เหลื่อมกับที่ระบุไว้ในwus ที่เราแล่นเรือน้ำหนักเปรียบเทียบ ใช้การเปลี่ยนพับตัดให้ alleles ทั้งเพิ่มซ้อน 37% ประกอบด้วย 25 และ 48% ค่า DEGs - หรือ downregulated ในการ wusกลายพันธุ์พื้นหลัง ตามลำดับ ความแตกต่างที่สังเกตได้ในซ้อนระหว่างยีนที่เพิ่มขึ้น หรือลดลงระดับของนิพจน์อาจสะท้อนถึงความแตกต่างในการทำงานของยีนที่กลายพันธุ์ แต่กลายพันธุ์ทั้งสองalleles ดูเหมือนหน้าที่คล้ายในแง่ของ LRP เอสเอ็มแปลง ชุดย่อยของ DEGs ซึ่งกันและกันจะ มีผู้ที่แข็งแกร่งสำหรับยีน WUS-ขึ้นอยู่กับการเป็นสื่อกลางLRP การพัฒนา SM สอดคล้องกับมุมมองนี้ การสัดส่วนของ WUS ให้จะอัดอั้น WUS ยีนท่ามกลาง DEGs กับนิพจน์ลงใน wus เพิ่มขึ้นในนี้เปรียบเทียบสองอัลลีล (6 รูป)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เพื่อแจ้งสมาคมและความสัมพันธ์ระหว่างการทำงานสมมุติ degs, การวิเคราะห์กลุ่มได้รับการดำเนินการและ
แต่ละคลัสเตอร์สำหรับการวิเคราะห์มากกว่าตัวแทนแง่ GO
degs ถูกแบ่งออกเป็น 18 กลุ่มโดย K-วิธีการจัดกลุ่ม
เจ็ดซึ่งให้ผลทางสถิติมากกว่าตัวแทน GO
แง่ (P <0.05 Hochberg อัตราการค้นพบความจริงรูปที่ S1;
ตาราง S10) แม้ว่าประเภท GO หลายซ้อนทับกับ
ผู้ที่ระบุไว้ในการเปรียบเทียบของเราเวลาจุด (ตารางที่ S9)
หลายกลุ่มใหม่ที่น่าสนใจเป็นไฮไลต์ เหล่านี้
รวม: กิจกรรมเอนไซม์ไลเปส (คลัสเตอร์ 5), นำเข้าโปรตีนนิวเคลียร์
. (คลัสเตอร์ 6) และ Endo-1,4-B-ไซลาเนสกิจกรรม (คลัสเตอร์ 7)
Endo-1,4-B-ไซแลนเนสมีความเกี่ยวข้องกับการขยายตัวของเซลล์
และรูปร่าง การเปลี่ยนแปลงและการรวมของสาม (จากห้า microarray: ath1) ภายในคลัสเตอร์ 7 แสดงให้เห็น WUS หรือ
กระบวนการขึ้นลดกิจกรรมเหล่านี้.
หลังจาก 30 ชั่วโมงของการรักษาด้วย 2iP เราหวังว่าจะได้ระบุ
เหตุการณ์ที่เกิดขึ้นในช่วงต้น WUS ขึ้นอยู่กับ LRP? แปลงเอสเอ็ม เพื่อ
ให้ความละเอียดที่มากขึ้นของ degs WUS ในนี้
จุดเวลาเราตรวจสอบยีนของผู้อื่น WUS
อัลลีลกลายพันธุ์ (GABI_870H12) สร้าง GABI-KAT ถูก
ออกแบบมาสำหรับการติดแท็กการเปิดใช้งาน แต่ในบรรทัดนี้แทรก intragenic ปรากฏขึ้นในการผลักดันการแสดงออกสูงของ
ผลิตภัณฑ์ที่ไม่ใช่หน้าที่ที่ถูกตัดทอน (วิธีการ S1) heterozygotes ผลผลิตสูญเสียของฟังก์ชั่น phenotypes WUS ประมาณ 25% ของลูกหลานและคนเหล่านี้กลายพันธุ์ homozygous
ไม่สามารถที่จะได้รับการ LRP? แปลงเอสเอ็ม สำหรับการเปรียบเทียบของทั้งสองอัลลีลกับ WT ข้อมูลการประมวลผลถูก
กรองเอายีนที่อยู่ในอัลลีลหนึ่งกลายพันธุ์ WUS,
แต่ไม่ได้อื่น ๆ ใช้แพคเกจ Limma ของ Bioconductor,
เกณฑ์ P-value ของ <0.05 และมีการเปลี่ยนแปลงเท่าต่ำสุด
1.5 ในหนึ่งจีโนไทป์ 144 degs ควบคุมในทำนองเดียวกันใน
ทั้งอัลลีลกลายพันธุ์ WUS ถูกระบุ (ตาราง S11) ของ
degs เริ่มต้นเหล่านี้, 21% ซ้อนทับกับผู้ที่ระบุไว้ใน
WUS เรือ / เปรียบเทียบ WT ของเรา การประยุกต์ใช้การเปลี่ยนแปลงพับ
ตัดทั้งอัลลีลที่เพิ่มขึ้นทับซ้อนกันถึง 37% ประกอบไปด้วย 25 และ 48% ของ degs ขึ้นหรือ downregulated ใน WUS
พื้นหลังกลายพันธุ์ตามลำดับ ความแตกต่างที่สังเกต
ในการทับซ้อนระหว่างยีนกับที่เพิ่มขึ้นหรือลดลง
ในระดับของการแสดงออกอาจสะท้อนให้เห็นถึงความแตกต่างในการทำงานของผลิตภัณฑ์ยีนกลายพันธุ์ แต่ขณะที่ทั้งสองกลายพันธุ์
อัลลีลดูเหมือนหน้าที่คล้ายกันในแง่ของ LRP? เอสเอ็ม
แปลงย่อยของ degs ร่วมกันจะปรากฏขึ้นเพื่อให้
ผู้สมัครที่แข็งแกร่งสำหรับยีนไกล่เกลี่ย WUS ขึ้นอยู่กับ
LRP? การพัฒนาเอสเอ็ม สอดคล้องกับมุมมองนี้
สัดส่วนของ WUS ที่เกิดยีน WUS-อัดอั้น
หมู่ degs มีการแสดงออกที่ลดลงใน WUS เพิ่มขึ้น
ในการเปรียบเทียบสองอัลลีลนี้ (รูปที่ 6)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การระบุความสัมพันธ์ระหว่างสมาคมและนอกจากนี้การทำงานกลุ่มและการ degs , การวิเคราะห์แต่ละกลุ่มได้มากว่าแสดงเงื่อนไขไป ที่degs แบ่งออกเป็น 18 กลุ่ม โดย k-means จักรยานยนต์เจ็ดซึ่งให้ผลทางสถิติมาแทนไปเงื่อนไข ( P < 0.05 hochberg เท็จค้นพบรูป S1 ; อัตราตาราง S10 ) แม้ว่าหลายประเภทที่ซ้อนกันกับไปที่ระบุในเวลาจุดเปรียบเทียบ ( ตารางที่ 3 )หลายกลุ่มใหม่ที่น่าสนใจคือ เน้น เหล่านี้รวมกิจกรรมสัมพันธ์ ( กลุ่ม 5 ) , โปรตีนนิวเคลียร์ นำเข้า( กลุ่ม 6 ) และ กิจกรรม endo-1,4-b-xylanase ( กลุ่ม 7 )endo-1,4-b-xylanases เกี่ยวข้องกับการขยายเซลล์และรูปร่างที่เปลี่ยนแปลง และการรวมของทั้งห้าบน ath1 microarray ) ภายในกลุ่ม 7 แนะนำ wus , หรือขึ้นอยู่กับกระบวนการ ลดกิจกรรมเหล่านี้หลังจาก 30 ชั่วโมงของการรักษาด้วย 2ip เราหวังที่จะระบุเหตุการณ์ในช่วงต้น wus ขึ้นอยู่กับ LRP ? การแปลง SM เพื่อให้มากขึ้น ความละเอียดของ wus degs ที่เกี่ยวข้องนี้จุดเวลา , เราตรวจสอบทราน ริปโตม wus อื่นของยีนกลายพันธุ์ ( gabi_870h12 ) gabi-kat โครงสร้างคือที่ออกแบบมาเพื่อเปิดใช้งานแท็ก แต่ในสายนี้มีการแทรก intragenic ปรากฏเพื่อยกระดับการแสดงออกของไดรฟ์ตัดไม่ใช่ผลิตภัณฑ์หน้าที่ ( วิธี S1 ) การสูญเสียผลผลิตของยีนฟังก์ชัน wus ฟีโนไทป์ในประมาณ 25 % ของลูกหลาน และยีนกลายพันธุ์เหล่านี้ไม่สามารถผ่าน LRP ? การแปลง SM สำหรับการเปรียบเทียบของทั้งสองอัลลีลกับ WT , ข้อมูลประมวลผลคือกรองเอายีนกลายพันธุ์ในยีนหนึ่ง wus ขาด ,แต่ไม่ได้อื่น ๆ . ใช้แพคเกจของ bioconductor limma ,p < 0.05 และเกณฑ์ของการเปลี่ยนแปลงพับต่ำสุด1.5 ใน 24 , 144 degs เหมือนกับควบคุมในยีนกลายพันธุ์ทั้ง wus ระบุ ( โต๊ะ S11 ) ของdegs เริ่มต้นเหล่านี้ ร้อยละ 21 จำนวนที่ระบุในของเรา wus แล่นเรือ / WT เปรียบเทียบ ใช้เปลี่ยน พับตัดไปที่ทั้งสองอัลลีลเพิ่มทับซ้อนกันถึง 37 % ประกอบด้วย 25 และ 48% ของ degs ขึ้น - หรือ downregulated ใน wusกลายพันธุ์หลังตามลำดับ สังเกตความแตกต่างในทับซ้อนกันระหว่างยีนที่เพิ่มขึ้นหรือลดลงระดับของการแสดงออกอาจสะท้อนให้เห็นถึงความแตกต่างในการทำงานของผลิตภัณฑ์ยีนกลายพันธุ์ แต่เป็นทั้งกลายพันธุ์อัลลีลที่ดูเหมือนง่ายในแง่ของ LRP ? เอสเอ็มการแปลง , ชุดย่อยของ degs ปรากฏให้ซึ่งกันและกันผู้สมัครที่แข็งแกร่งสำหรับการไกล่เกลี่ย wus ขึ้นอยู่กับยีนLRP ? การพัฒนา SM สอดคล้องกับมุมมองนี้สัดส่วนของ wus induced wus อดกลั้น ยีนท่ามกลาง degs ลดการแสดงออกใน wus เพิ่มขึ้นในการเปรียบเทียบสองอัลลีล ( รูปที่ 6 )