Single mismatch (MM) present at the

Single mismatch (MM) present at the region where primer binds onto the template strand can greatly affect the PCR efficacy. Earlier studies revealed that PCR or primer extension is hindered by a single MM at the primer 3′ end. The MMs located at other positions within a primer also have similar performance, but to what extent they can decrease the efficiency is not clear. In this study, a modified single base extension assay was used to systematically compare the extension efficiencies between a perfect-matched (PM) primer and its single-MM primers with all possible MM types. The extension efficiencies of single-MM primers, which were generally lower or equivalent to that of the PM primer, were observed to strongly depend on the MM location and/or type. Due to the enzymatic activity, single MMs present at the last 3–4 positions from the primer 3′ end exhibited zero or minimal (

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Single mismatch (MM) present at the region where primer binds onto the template strand can greatly affect the PCR efficacy. Earlier studies revealed that PCR or primer extension is hindered by a single MM at the primer 3′ end. The MMs located at other positions within a primer also have similar performance, but to what extent they can decrease the efficiency is not clear. In this study, a modified single base extension assay was used to systematically compare the extension efficiencies between a perfect-matched (PM) primer and its single-MM primers with all possible MM types. The extension efficiencies of single-MM primers, which were generally lower or equivalent to that of the PM primer, were observed to strongly depend on the MM location and/or type. Due to the enzymatic activity, single MMs present at the last 3–4 positions from the primer 3′ end exhibited zero or minimal (<3.9%) extension efficiencies. For those MMs at positions 5 onward from primer 3′ end where was affected mainly by the primer-target binding stability, an increasing trend in extension efficiency with the highest (i.e., 69.3%) occurring at the primer 5′ end was observed to significantly correlate in an inverse relationship with the duplex stability (i.e., difference of melting temperature) under a empirically polynomial equation, y=−0.0731x3+2.2519x2−22.617x+76.691 (R2=0.5318). It was further shown that the extension efficiencies of these MM types could be improved with a factor of 3.25 on averagein relation to the decrease in the annealing temperature by 7 °C. On the other hand,substitution of a less selective inosine nucleotide did not convincingly improve the extension efficiency. Overall findings obtained could further improve the rational design of oligonucleotide primers in various microbiological studies that involve the use of PCR techniques.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ไม่ตรงกันเดี่ยว (MM) ในปัจจุบันที่ภูมิภาคที่ผูกไพรเมอร์บนฝั่งแม่แบบมากสามารถส่งผลกระทบต่อการรับรู้ความสามารถ PCR การศึกษาก่อนหน้านี้แสดงให้เห็นว่าวิธี PCR หรือส่วนขยายไพรเมอร์ถูกขัดขวางโดย MM เดียวในไพรเมอร์ปลาย 3 ' MMs ตั้งอยู่ที่ตำแหน่งอื่น ๆ ที่อยู่ในไพรเมอร์ยังมีประสิทธิภาพการทำงานที่คล้ายกัน แต่สิ่งที่ขอบเขตที่พวกเขาสามารถลดประสิทธิภาพไม่ชัดเจน ในการศึกษานี้ทดสอบการขยายฐานเดียวที่แก้ไขได้ถูกใช้ในระบบการเปรียบเทียบประสิทธิภาพระหว่างการขยายการจับคู่ที่สมบูรณ์แบบ (PM) และไพรเมอร์ไพรเมอร์-MM เดียวกับทุกประเภทเอ็มเอ็มที่เป็นไปได้ ประสิทธิภาพในการขยายตัวของไพรเมอร์เดียว-MM ซึ่งโดยทั่วไปต่ำกว่าหรือเทียบเท่ากับที่ของไพรเมอร์นถูกตั้งข้อสังเกตอย่างยิ่งที่จะขึ้นอยู่กับสถานที่ตั้ง MM และ / หรือชนิด เนื่องจากเอนไซม์, MMS เดียวนำเสนอที่ผ่านมา 3-4 ตำแหน่งจากไพรเมอร์ปลาย 3 'แสดงเป็นศูนย์หรือน้อย (<3.9%) ส่วนขยายประสิทธิภาพ สำหรับผู้ที่มี MMs ตำแหน่งที่ 5 เป็นต้นไปจากไพรเมอร์ปลาย 3 'ที่ได้รับผลกระทบส่วนใหญ่โดยความมั่นคงผูกพันไพรเมอร์เป้าหมายมีแนวโน้มเพิ่มขึ้นในการขยายประสิทธิภาพสูงสุด (เช่น 69.3%) ที่เกิดขึ้นในไพรเมอร์ 5' ปลายเป็นข้อสังเกตอย่างมีนัยสำคัญ ความสัมพันธ์ในความสัมพันธ์แบบผกผันกับความมั่นคงเพล็กซ์ (เช่นความแตกต่างของอุณหภูมิหลอมเหลว) ภายใต้สมการพหุนามสังเกตุ, y = -0.0731x3 2.2519x2-22.617x + + 76.691 (R2 = 0.5318) มันแสดงให้เห็นว่ามีประสิทธิภาพการขยายตัวของเหล่านี้ชนิดเอ็มเอ็มอาจจะดีขึ้นกับปัจจัยที่ 3.25 โดยเฉลี่ย
ในความสัมพันธ์กับการลดลงของอุณหภูมิการหลอม 7 ° C บนมืออื่น ๆ ทดแทนเบื่อหน่าย inosine เลือกน้อยไม่น่าเชื่อในการปรับปรุงประสิทธิภาพการขยาย ผลการวิจัยที่ได้รับโดยรวมยังสามารถปรับปรุงการออกแบบเหตุผลของไพรเมอร์ oligonucleotide ในการศึกษาทางจุลชีววิทยาต่างๆที่เกี่ยวข้องกับการใช้เทคนิค PCR

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เดียวไม่ตรงกัน ( มม. ) อยู่ในเขตที่ใช้ผูกลงบนแม่แบบเกลียวมากสามารถส่งผลกระทบต่อวิธี PCR มีประสิทธิภาพ . การศึกษาก่อนหน้านี้พบว่า PCR หรือตัวอย่างเช่นการขัดขวางโดยมิลลิเมตรเดียวที่ไพรเมอร์ 3 ได้รับจบ MMS อยู่ที่ตำแหน่งอื่น ๆ ภายในสีรองพื้นก็มีงานเหมือนกัน แต่เท่าที่พวกเขาสามารถลดประสิทธิภาพยังไม่ชัด ในการศึกษานี้แก้ไขนามสกุลเดียวฐานการทดสอบใช้อย่างเป็นระบบเปรียบเทียบประสิทธิภาพระหว่างการสมบูรณ์แบบจับคู่ ( PM ) ไพรเมอร์ชนิดเดียวและชนิดมม. มม. มันเป็นไปได้ทั้งหมด การขยายประสิทธิภาพของไพรเมอร์มิลลิเมตรเดียว ซึ่งโดยทั่วไปจะต่ำกว่าหรือเทียบเท่ากับที่ของนายกไพรเมอร์พบว่าขอขึ้นอยู่กับมม. ที่ตั้งและ / หรือชนิดเนื่องจากเอนไซม์ , MMS เดียวในปัจจุบันที่ 3 – 4 ตำแหน่งจากไพรเมอร์ 3 นั้นจบมีศูนย์หรือน้อยที่สุด ( < 3.9 ) การส่งเสริมประสิทธิภาพ . สำหรับ MMS ที่ตำแหน่ง 5 เป็นต้นไปจากไพรเมอร์ 3 จบ ที่ได้รับผลกระทบส่วนใหญ่จากไพรเมอร์ประตัก ความมั่นคง การเพิ่มขึ้นในประสิทธิภาพส่วนขยายที่มีสูงสุด ( คือ 693 % ) เกิดขึ้นที่ปลาย 5 ’ไพรเมอร์ซึ่งมีความสัมพันธ์ในความสัมพันธ์ที่ผกผันกับห้องมั่นคง ( เช่น ความแตกต่างของอุณหภูมิหลอมเหลว ) ภายใต้สมการพหุนามเชิงประจักษ์ , Y = −− 0.0731x3 2.2519x2 22.617x 76.691 ( R2 = 0.5318 ) มันยังแสดงให้เห็นว่าการส่งเสริมประสิทธิภาพของชนิด MM เหล่านี้อาจจะดีขึ้นด้วยปัจจัยการเติบโตเฉลี่ย
ในความสัมพันธ์กับการลดอุณหภูมิในการอบโดย 7 องศา บนมืออื่น ๆ , การแทนที่ของนิวคลีโอไทด์อินโนเลือกน้อยไม่ได้ convincingly ปรับปรุงส่งเสริมประสิทธิภาพ รวมข้อมูลที่ได้รับเพิ่มเติมสามารถปรับปรุงการออกแบบของเหตุผล ซึ่งไพรเมอร์ในการศึกษาจุลินทรีย์ต่างๆที่เกี่ยวข้องกับการใช้เทคนิค PCR