2.4. Molecular analysis for the mix

2.4. Molecular analysis for the mixed culture composition studies
DNA analysis was carried out either in pure or mixed cultures in order to characterize the microbial composition of the samples. The selected time intervals were the same ones than in the Cr(VI) decay experiments. The DNA extraction procedure was the CTAB (N-cetyl-N,N,N-trimethylammoniumbromide) method modified for soil samples [11]. First of all, in order to estimate DNA quantities obtained by this technique, DNA was extracted from K. oxytoca P2 and P. veronii 2E cultures and checked in an agarose gel 0.8% electrophoresis (Horizon 58 model), revealed with ethidium bromide and ultraviolet light (320 nm, GelDoc 200 Biorad). The DNA concentration was defined using nanodrop (ND1000-
Nanodrop technology). Due to the presence of big amounts of RNA in the extracts, it was necessary to eliminate it using the corresponding enzyme. The presence or absence of each strain at the different time intervals in batch pure or mixed cultures was determined by the PCRDGGE technique (polymerase chain reaction-denaturating gradient
gel electrophoresis) [12]. For 16S rRNA gene amplification by PCR, F341-GC (5 CGCCCGCCGCGCCCCGCGCCCGTCCCGCCGCCCCCGCCCGCCTACGGGAGGCAGCAG 3)
and R518 (5CCGTCAATTCCTTTRAGTTT 3) primers were used and electrophoresis was carried
out in a 40% (acrylamide/bisacriylamide) polyacrilamide gel with 30% to 60% of denaturant (urea/formamide) at 60◦C and 120 V for 4.5 h with TAE buffer (20 mM Tris–acetate, pH 7.4; 10 mM sodium acetate and 0.5 mM Na2–EDTA). To visualize DNA bands, SYBR Gold(Molecular Probes, Eugene, OR) and ultraviolet light transillumination (320 nm, GelDoc 200 Biorad) were implemented. 2.5. Cr(III) chemical flocculation Preliminary tests for Cr(III) flocculation were performed using 5 mL aliquots of a 0.0192 M solution of CrCl3·6H2O (pH 4, 18 M water, Millipore) and different volumes of 0.1 M Na2CO3 solution
(0.5, 1.0, 1.5, 2.0, 2.5 and 3.0 mL). The samples obtained were centrifuged (3000 × g, 10 min), the pH of the all the supernatants was determined before separating them. The mass of each precipitate was weighed with an electronic balance (±0.0001 g) and compared

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.4 การการวิเคราะห์โมเลกุลศึกษาองค์ประกอบผสมวิเคราะห์ดีเอ็นเอถูกดำเนินการอย่างใดอย่างหนึ่งในวัฒนธรรมบริสุทธิ์ หรือผสมเพื่อกำหนดลักษณะองค์ประกอบของตัวอย่างจุลินทรีย์ ช่วงเวลาที่เลือกได้คนเดียวมากกว่าในทดลองผุ Cr(VI) ขั้นตอนการสกัดดีเอ็นเอ modified วิธี CTAB (cetyl-N-N, N, N trimethylammoniumbromide) สำหรับตัวอย่างดิน [11] ครั้งแรกของทั้งหมด เพื่อประเมินปริมาณดีเอ็นเอที่ได้จากเทคนิคนี้ ดีเอ็นเอแยกจากคุณ oxytoca p 2 และ P. veronii 2E วัฒนธรรม และเช็คอิน agarose เจ 0.8% electrophoresis (รุ่น 58 ฮอไรซอน), เปิดเผยโบรไมด์ ethidium และรังสีอัลตราไวโอเลต (320 nm, GelDoc 200 Biorad) ความเข้มข้นของดีเอ็นเอใช้ nanodrop (ND1000-definedNanodrop เทคโนโลยี) เนื่องจากจำนวนเงินใหญ่ของอาร์เอ็นเอในการแยก ไม่จำเป็นต้องกำจัดโดยใช้เอนไซม์ที่เกี่ยวข้อง สถานะการขาดงานของแต่ละต้องใช้ช่วงเวลาที่แตกต่างในวัฒนธรรมบริสุทธิ์ หรือผสมชุดที่ถูกกำหนด โดยเทคนิค PCRDGGE (พอลิเมอเรสปฏิกิริยาลูกโซ่ denaturating ไล่ระดับสีเจ electrophoresis) [12] สำหรับ 16S rRNA ยีน amplification โดย PCR, F341 GC (5 CGCCCGCCGCGCCCCGCGCCCGTCCCGCCGCCCCCGCCCGCCTACGGGAGGCAGCAG 3) และ R518 (5 CCGTCAATTCCTTTRAGTTT 3) ใช้ไพรเมอร์ และทำ electrophoresisออกในเจ polyacrilamide (bisacriylamide อะคริลาไมด์) 40% 30% 60% ของ denaturant (ยู เรีย/formamide) ที่ 60◦C และ 120 V สำหรับ h 4.5 กับเต้บัฟเฟอร์ (20 มม.ตรี – acetate ค่า pH 7.4; 10 mM โซเดียม acetate และ 0.5 mM Na2 – EDTA) เห็นภาพดีเอ็นเอวง SYBR Gold(Molecular Probes, Eugene, OR) และ transillumination แสงรังสีอัลตราไวโอเลต (320 nm, GelDoc 200 Biorad) ถูกนำมาใช้ 2.5. Cr(III) เคมี flocculation ทดสอบเบื้องต้นสำหรับ Cr(III) flocculation ดำเนินใช้ 5 mL aliquots ของโซลูชัน 0.0192 M ของ CrCl3·6H2O (pH 4, 18 M น้ำ มาก) และไดรฟ์ข้อมูลอื่นของ 0.1 M Na2CO3(0.5, 1.0, 1.5, 2.0, 2.5 และ 3.0 mL) ตัวอย่างที่ได้รับถูก centrifuged (3000 × g, 10 นาที) pH ของ supernatants ทั้งหมดถูกกำหนดก่อนที่จะแยกพวกเขา มวลของแต่ละ precipitate หนัก มียอดอิเล็กทรอนิกส์ (±0.0001 g) และเปรียบเทียบ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.4 การวิเคราะห์องค์ประกอบโมเลกุลวัฒนธรรมผสมศึกษา
วิเคราะห์ดีเอ็นเอถูกดำเนินการอย่างใดอย่างหนึ่งในวัฒนธรรมที่บริสุทธิ์หรือผสมเพื่อลักษณะองค์ประกอบของจุลินทรีย์ของกลุ่มตัวอย่าง ช่วงเวลาที่เลือกเป็นคนเดียวกันกว่าใน Cr (VI) การทดลองการสลายตัว ขั้นตอนการสกัดดีเอ็นเอเป็น CTAB (N-Cetyl-N, N, N-trimethylammoniumbromide) เอ็ด Modi วิธี Fi สำหรับตัวอย่างดิน [11] ครั้งแรกของทั้งหมดเพื่อประเมินปริมาณ DNA ที่ได้จากเทคนิคนี้ดีเอ็นเอที่สกัดจากเค oxytoca P2 และพี veronii 2E วัฒนธรรมและตรวจสอบใน agarose เจลอิเล็ก 0.8% (Horizon 58 แบบ) เปิดเผยกับโบรไมด์ ethidium และรังสีอัลตราไวโอเลต แสง (320 นาโนเมตร GelDoc 200 Biorad) ความเข้มข้นของดีเอ็นเอเป็นนิยามที่ใช้ nanodrop (ND1000-
เทคโนโลยี Nanodrop) เพราะการปรากฏตัวของจำนวนเงินขนาดใหญ่ของอาร์เอ็นเอในสารสกัดจากมันก็จำเป็นที่จะกำจัดมันโดยใช้เอนไซม์ที่เกี่ยวข้อง มีหรือไม่มีของแต่ละสายพันธุ์ที่ช่วงเวลาที่แตกต่างกันในชุดวัฒนธรรมบริสุทธิ์หรือผสมถูกกำหนดโดยเทคนิค PCRDGGE (polymerase ปฏิกิริยาลูกโซ่-denaturating ลาด
เจลอิเล็ก) [12] สำหรับ 16S rRNA ยีนไอออนบวก Fi Ampli โดยวิธี PCR, F341-GC (5? CGCCCGCCGCGCCCCGCGCCCGTCCCGCCGCCCCCGCCCGCCTACGGGAGGCAGCAG 3)
และ R518 (5? CCGTCAATTCCTTTRAGTTT 3) ไพรเมอร์ถูกนำมาใช้และอิเล็กได้รับการดำเนิน
การใน 40% (acrylamide / bisacriylamide) polyacrilamide เจลที่มี 30% ถึง 60% ของ denaturant (ยูเรีย / ไมด์) ที่60◦Cและ 120 V 4.5 ชั่วโมงด้วยบัฟเฟอร์ TAE (20 mM Tris-อะซิเตท, พีเอช 7.4; acetate โซเดียม 10 มมและ 0.5 มิลลิ Na2-EDTA) เพื่อให้มองเห็นแถบดีเอ็นเอทอง SYBR (Probes โมเลกุล Eugene, OR) และแสงอัลตราไวโอเลต transillumination (320 นาโนเมตร GelDoc 200 Biorad) ถูกนำมาใช้ 2.5 Cr (III) สารเคมีชั้น occulation การทดสอบเบื้องต้นสำหรับ Cr (III) ชั้น occulation ถูกดำเนินการโดยใช้ 5 aliquots มล 0.0192 M แก้ปัญหาของ CrCl3 · 6H2O (pH 4, 18 M? น้ำค) และปริมาณที่แตกต่างกัน 0.1 การแก้ปัญหา M Na2CO3
(0.5 , 1.0, 1.5, 2.0, 2.5 และ 3.0 มิลลิลิตร) ตัวอย่างที่ได้มาปั่น (3000 ×กรัม, 10 นาที), พีเอชของ supernatants ทั้งหมดถูกกำหนดก่อนที่จะแยกพวกเขา มวลของตะกอนแต่ละคนถูกชั่งน้ำหนักที่มีความสมดุลทางอิเล็กทรอนิกส์ (± 0.0001 กรัม) และเมื่อเทียบกับ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.4 . การวิเคราะห์ระดับโมเลกุลเพื่อศึกษาองค์ประกอบของวัฒนธรรมผสม
ดีเอ็นเอวิเคราะห์ให้บริสุทธิ์หรือผสมวัฒนธรรมเพื่อวิเคราะห์องค์ประกอบของเชื้อจุลินทรีย์ในตัวอย่าง เลือกช่วงเวลาได้เหมือนกัน มากกว่าใน Cr ( VI ) การทดลองผุ ขั้นตอนการสกัดดีเอ็นเอเป็น ctab ( n-cetyl-n ไนโตรเจนn-trimethylammoniumbromide ) วิธีสมัครงาน จึงเอ็ดสำหรับดินตัวอย่าง [ 11 ] ครั้งแรกของทั้งหมด เพื่อใช้ในการประมาณปริมาณดีเอ็นเอที่ได้จากเทคนิคนี้ ดีเอ็นเอจาก K . oxytoca P2 และวัฒนธรรมหน้า veronii 2e และตรวจสอบในการเจลอิเลคโตรโฟรีซีส ( 0.8% รูปแบบขอบฟ้า 58 ) เปิดเผยกับทิเดียมโบรไมด์ และรังสีอัลตราไวโอเลต ( 320 nm geldoc 200 biorad )ความเข้มข้นของ DNA คือ เดอ จึงใช้ nanodrop เน็ด ( nd1000 -
nanodrop เทคโนโลยี ) เนื่องจากมีปริมาณขนาดใหญ่ของอาร์เอ็นเอที่สกัด มันเป็นความจำเป็นที่จะกำจัดมันโดยใช้เอนไซม์ที่สอดคล้องกัน การแสดงตนหรือขาดของแต่ละสายพันธุ์ ที่แตกต่างกัน ช่วงเวลาในชุดเพียวหรือผสมวัฒนธรรมถูกกำหนดโดยเทคนิคปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอร์เรส pcrdgge (
denaturating ไล่ระดับgel electrophoresis ) [ 12 ] สำหรับเบส 16S rRNA ยีน ampli จึงบวกโดย PCR , f341-gc ( 5  cgcccgccgcgccccgcgcccgtcccgccgcccccgcccgcctacgggaggcagcag
3 ) และ ( 5  r518 ccgtcaattcctttragttt 3 ) ไพรเมอร์ที่ใช้และวิธีดำเนินการ
ใน 40% ( เทป / bisacriylamide ) polyacrilamide เจลกับ 30% ถึง 60% ทำให้ผิดธรรมชาติ ( ยูเรีย / ฟอร์มาไมด์ ) ที่อุณหภูมิ 60 องศาเซลเซียส และ◦ 120 v 45 H กับแทบัฟเฟอร์ ( 20 มม. โดย– acetate pH 7.4 ; โซเดียมอะซีเตท 10 มิลลิเมตร ( 0.5 mM EDTA และๆ ) เห็นภาพ DNA วง SYBR ทอง ( โมเลกุลโพรบ ยูจีนหรือ ) และ transillumination แสงอัลตราไวโอเลต ( 320 nm geldoc 200 biorad ) ถูกนำมาใช้ 2.5 โครเมียม ( III ) เคมีfl occulation เบื้องต้นแบบโครเมียม ( III ) fl occulation จำนวน 5 มิลลิลิตรเฉยๆใช้ของ 00192 M แก้ไข crcl3 ด้วย 6h2o ( pH 4 , 18 ม.  น้ำมิลลิ ) และปริมาณสารละลาย 0.1 M Na2CO3
( 0.5 , 1.0 , 1.5 , 2.0 , 2.5 และ 3.0 มิลลิลิตร ) ตัวอย่างที่ 1 ระดับ ( 3000 ×กรัมต่อ 10 นาที ) , pH ของทั้งหมด supernatants ตั้งใจก่อนที่จะแยกพวกเขา มวลของแต่ละและมีน้ำหนักด้วยเครื่องชั่ง ( ± 0.0001 กรัม และเปรียบเทียบ