Accurate and rapid typing of pathog

Accurate and rapid typing of pathogens is essential for effective surveillance and outbreak detection. Conventional serotyping of Escherichia coli is a delicate, laborious, time-consuming, and expensive procedure. With whole-genome sequencing (WGS) becoming cheaper, it has vast potential in routine typing and surveillance. The aim of this study was to establish a valid and publicly available tool for WGS-based in silico serotyping of E. coli applicable for routine typing and surveillance. A FASTA database of specific O-antigen processing system genes for O typing and flagellin genes for H typing was created as a component of the publicly available Web tools hosted by the Center for Genomic Epidemiology (CGE) (www.genomicepidemiology.org). All E. coli isolates available with WGS data and conventional serotype information were subjected to WGS-based serotyping employing this specific SerotypeFinder CGE tool. SerotypeFinder was evaluated on 682 E. coli genomes, 108 of which were sequenced for this study, where both the whole genome and the serotype were available. In total, 601 and 509 isolates were included for O and H typing, respectively. The O-antigen genes wzx, wzy, wzm, and wzt and the flagellin genes fliC, flkA, fllA, flmA, and flnA were detected in 569 and 508 genome sequences, respectively. SerotypeFinder for WGS-based O and H typing predicted 560 of 569 O types and 504 of 508 H types, consistent with conventional serotyping. In combination with other available WGS typing tools, E. coli serotyping can be performed solely from WGS data, providing faster and cheaper typing than current routine procedures and making WGS typing a superior alternative to conventional typing strategies.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

พิมพ์ถูกต้อง และรวดเร็วของโรคเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับการเฝ้าระวังที่มีประสิทธิภาพและตรวจสอบการระบาดของโรค Serotyping Escherichia coli ปกติเป็นขั้นตอนที่ละเอียดอ่อน ลำบาก เวลา และราคาแพง มีทั้งจีโนมลำดับ (WGS) กลายเป็นถูกกว่า มีศักยภาพมากในการพิมพ์และเฝ้าระวังตามปกติ จุดมุ่งหมายของการศึกษานี้คือการ สร้างเครื่องมือที่ถูกต้อง และเผยแพร่ต่อสาธารณะสำหรับใช้ WGS ใน silico serotyping ของ E. coli ใช้สำหรับพิมพ์งานประจำและการเฝ้าระวังการ สร้างฐานข้อมูล FASTA ยีนระบบตรวจหา O ประมวลผลเฉพาะสำหรับพิมพ์ O และ flagellin ยีน H พิมพ์เป็นส่วนประกอบของเครื่องมือเว็บเผยที่โฮสต์ โดยศูนย์สำหรับ Genomic ระบาด (CGE) (www.genomicepidemiology.org) ทั้งหมด E. coli ที่แยกได้มีข้อมูล WGS และ serotype ธรรมดาข้อมูลถูกต้องเพื่อใช้ WGS serotyping ใช้เครื่องมือเฉพาะ SerotypeFinder CGE SerotypeFinder ถูกประเมินใน genomes E. coli 682, 108 ซึ่งถูกเรียงลำดับในการศึกษานี้ ซึ่งกลุ่มทั้งหมดและ serotype มี รวม 601 และ 509 แยกได้ให้ O และ H พิมพ์ ตามลำดับ Wzx ยีน O ตรวจหา wzy, wzm และ wzt และ flagellin ยีน fliC, flkA, fllA, flmA และ flnA พบในลำดับกลุ่ม 569 และ 508 ตามลำดับ SerotypeFinder สำหรับใช้ WGS O และ H พิมพ์ทำนาย 560 ชนิด O 569 และ 504 ชนิด 508 H สอดคล้องกับ serotyping ธรรมดา ร่วมกับ WGS อื่น ๆ ว่างพิมพ์มือ E. coli serotyping สามารถดำเนินจาก WGS ข้อมูล ให้เร็ว และถูกกว่าพิมพ์กว่า ตอนปัจจุบันประจำ และทำ WGS พิมพ์เป็นทางเลือกเหนือกว่ากลยุทธ์ทั่วไปพิมพ์เท่านั้น

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

พิมพ์ที่ถูกต้องและรวดเร็วของเชื้อโรคเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับการเฝ้าระวังที่มีประสิทธิภาพและการตรวจสอบการระบาดของโรค serotyping ทั่วไปของเชื้อ Escherichia coli เป็นละเอียดอ่อนลำบากใช้เวลานานและขั้นตอนที่มีราคาแพง ด้วยการหาลำดับจีโนมทั้งหมด (สักคน) กลายเป็นที่ถูกกว่า แต่ก็มีศักยภาพมากมายในชีวิตประจำการพิมพ์และการเฝ้าระวัง จุดมุ่งหมายของการศึกษาครั้งนี้คือการสร้างเครื่องมือที่ถูกต้องและเปิดเผยต่อสาธารณชนสำหรับ WGS-based ใน silico serotyping ของเชื้อ E. coli บังคับสำหรับการพิมพ์งานประจำและการเฝ้าระวัง ฐานข้อมูล FASTA เฉพาะ O-แอนติเจนยีนระบบการประมวลผลสำหรับการพิมพ์ O และยีนแฟสำหรับการพิมพ์ H ถูกสร้างขึ้นเป็นส่วนหนึ่งของเครื่องมือที่เว็บที่เปิดเผยต่อสาธารณชนเป็นเจ้าภาพโดยศูนย์ระบาดวิทยาจีโนม (CGE) (www.genomicepidemiology.org) ทั้งหมดเชื้อ E. coli สายพันธุ์ที่มีอยู่กับข้อมูลสักคนและข้อมูล serotype ธรรมดาถูกยัดเยียดให้ serotyping สักคนตามการจ้างงานนี้โดยเฉพาะเครื่องมือ SerotypeFinder CGE SerotypeFinder ได้รับการประเมินใน 682 E. coli จีโนมของ 108 ที่มีลำดับขั้นตอนการศึกษาครั้งนี้ที่ทั้งจีโนมทั้งหมดและ serotype เป็นใช้ได้ โดยรวมแล้ว 601 และ 509 ไอโซเลทได้รวมสำหรับ O และ H พิมพ์ตามลำดับ ยีน O-แอนติเจน wzx, wzy, WZM และ wzt และยีนแฟ Flic, flkA, fllA, flmA และ flnA ถูกตรวจพบใน 569 และ 508 ลำดับจีโนมตามลำดับ SerotypeFinder สำหรับ WGS-based O และ H การพิมพ์ที่คาดการณ์ไว้ 560 ของ O 569 ชนิดและ 504 ของ 508 ชนิด H, สอดคล้องกับ serotyping ธรรมดา ร่วมกับเครื่องมือการพิมพ์สักคนอื่น ๆ ที่อีโคไล serotyping สามารถดำเนินการ แต่เพียงผู้เดียวจากข้อมูลการสักคนให้เร็วขึ้นและมีราคาถูกกว่าการพิมพ์ขั้นตอนการประจำการในปัจจุบันและ WGS พิมพ์เป็นทางเลือกที่ดีกว่าการพิมพ์กลยุทธ์เดิม

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ที่ถูกต้องและรวดเร็วพิมพ์ของเชื้อโรคเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับการเฝ้าระวังที่มีประสิทธิภาพ และตรวจจับการระบาด การสำรวจทั่วไปของ Escherichia coli เป็นละเอียดอ่อน ลําบาก ใช้เวลานาน และขั้นตอนราคาแพง ทั้งจีโนมลำดับ ( wgs ) กลายเป็นที่ถูกกว่า มีศักยภาพมากในการพิมพ์และการเฝ้าระวังตามปกติจุดมุ่งหมายของการศึกษานี้คือ เพื่อสร้างเครื่องมือที่ถูกต้องและเปิดเผยต่อสาธารณชน เพื่อ wgs ใช้สำหรับการสำรวจของ E . coli สามารถใช้ได้สำหรับการพิมพ์และการเฝ้าระวังตามปกติ เป็นฐานข้อมูลของระบบการประมวลผล fasta เฉพาะ o-antigen ยีนและยีนแฟลคจิลิน H O พิมพ์พิมพ์ถูกสร้างขึ้นเป็นส่วนประกอบของสาธารณชนเว็บเครื่องมือที่จัดโดยศูนย์ระบาดวิทยาจีโนม ( cge ) ( www .genomicepidemiology . org ) ( เช่นทุกไอโซเลทที่สามารถใช้ได้กับ wgs ข้อมูลและสารสนเทศ โดยทั่วไปจะถูก wgs ตามการสำรวจโดยเฉพาะ serotypefinder cge เครื่องมือ serotypefinder ถูกประเมินใน 682 E . coli Genomes , 108 ซึ่งได้ทำการศึกษานี้ ที่ทั้งทั้งจีโนมและโดยมี ในรวมและถ้ารวมสายพันธุ์เป็น O และ H พิมพ์ตามลำดับ การ o-antigen ยีน wzx wzy wzm , , , และ wzt และบริเวณยีน Flic flka flla flma , , , , flna และถูกตรวจพบในและ 508 จีโนมลำดับ ตามลำดับ serotypefinder สำหรับ wgs O และ H พิมพ์ตามคาดการณ์ของพวก O ประเภท 560 504 ของ 508 H ประเภท สอดคล้องกับการสำรวจทั่วไปในการรวมกันกับอื่น ๆที่มีอยู่ wgs พิมพ์เครื่องมือ , E . coli การสำรวจที่สามารถดำเนินการได้ แต่จากข้อมูล wgs ให้เร็วขึ้นและราคาถูกกว่าปัจจุบัน และทำให้กระบวนการพิมพ์ตามปกติ wgs พิมพ์ทางเลือกที่ดีกว่าปกติ พิมพ์งาน กลยุทธ์