Temperature Effects
Temperature will have an effect on the intensities of the powder diffraction pattern. However it is not an effect that can be expressed as a simple multiplier, as was the case for example with multiplicity, polarisation, Lorentz and absorption factors. This is because temperature expresses itself differently from one atom to another in the structure. The structure factor equation given earlier yields the diffracted intensities as though all atoms were stationary. As the temperature rises the atoms execute increased excursions from their average position. Such excursions can involve complex coupled motions of several atoms. However if one restricts consideration to just the independent motions of each atom there is a relatively simple trick that can be used which is to (artificially) modify the atomic scattering factors, f, of each atom to represent the net broadening of their electron clouds resulting from atomic motion. For example a given atom will have its "stationary" f changed to fT according to:
fT = f exp(−B sin2θ / λ2)
where T is the temperature and B = 8π2 (units of Å2 ), being the root mean square displacement of the atom from its average position. The B values are often referred to as B factors (Debye-Waller is a another, similar, term often used) and increase with temperature (typical values are 0.2 to 0.8 Å2 ). So clearly temperature will modify the diffraction intensities by changing the various values of f to fT in the structure factor equation, but these changes are determined by structural refinement methods (rather than by simple multipliers) and these will be discussed further elsewhere in the course. Before that, one final point to be explained is that the above method assumes that the B factors and fT values are the same in all directions. These are termed isotropic B factors but more challenging refinements allow each atom to vibrate differently in different directions. This is termed anisotropic B factor refinement and its result can be illustrated graphically using individual ellipsoids to indicate the angular profile of vibration for each atom; an example of this, for the tyrosine molecule in a structure, is shown below:
Complete Structure Factor Equation
If we now take into account the effect of temperature, the structure factor equation becomes:
F(S) =
Σ
n fn Nn exp{2π i (hx + ky + lz)} exp(−B sin2θ / λ)
for the case of isotropic thermal motion. There is now an additional multiplier, N, in this final equation for the structure factor, which takes into account atomic disorder in crystal structures. Thus an atomic site that is only half occupied will have this value set to 0.5, which is equivalent to reducing the scattering factor, f, by 50%.
Temperature EffectsTemperature will have an effect on the intensities of the powder diffraction pattern. However it is not an effect that can be expressed as a simple multiplier, as was the case for example with multiplicity, polarisation, Lorentz and absorption factors. This is because temperature expresses itself differently from one atom to another in the structure. The structure factor equation given earlier yields the diffracted intensities as though all atoms were stationary. As the temperature rises the atoms execute increased excursions from their average position. Such excursions can involve complex coupled motions of several atoms. However if one restricts consideration to just the independent motions of each atom there is a relatively simple trick that can be used which is to (artificially) modify the atomic scattering factors, f, of each atom to represent the net broadening of their electron clouds resulting from atomic motion. For example a given atom will have its "stationary" f changed to fT according to:fT = f exp(−B sin2θ / λ2)where T is the temperature and B = 8π2 (units of Å2 ), being the root mean square displacement of the atom from its average position. The B values are often referred to as B factors (Debye-Waller is a another, similar, term often used) and increase with temperature (typical values are 0.2 to 0.8 Å2 ). So clearly temperature will modify the diffraction intensities by changing the various values of f to fT in the structure factor equation, but these changes are determined by structural refinement methods (rather than by simple multipliers) and these will be discussed further elsewhere in the course. Before that, one final point to be explained is that the above method assumes that the B factors and fT values are the same in all directions. These are termed isotropic B factors but more challenging refinements allow each atom to vibrate differently in different directions. This is termed anisotropic B factor refinement and its result can be illustrated graphically using individual ellipsoids to indicate the angular profile of vibration for each atom; an example of this, for the tyrosine molecule in a structure, is shown below:Complete Structure Factor EquationIf we now take into account the effect of temperature, the structure factor equation becomes:F(S) = Σn fn Nn exp{2π i (hx + ky + lz)} exp(−B sin2θ / λ)for the case of isotropic thermal motion. There is now an additional multiplier, N, in this final equation for the structure factor, which takes into account atomic disorder in crystal structures. Thus an atomic site that is only half occupied will have this value set to 0.5, which is equivalent to reducing the scattering factor, f, by 50%.
การแปล กรุณารอสักครู่..

อุณหภูมิผลอุณหภูมิจะมีผลกระทบต่อความเข้มของเลนส์แบบผง แต่มันไม่ได้เป็นผลที่สามารถแสดงเป็นตัวคูณที่เรียบง่ายเช่นกรณีเช่นกับหลายหลากที่โพลาไรซ์, ลอเรนและปัจจัยการดูดซึม นี้เป็นเพราะอุณหภูมิที่แสดงออกถึงตัวเองที่แตกต่างกันจากที่หนึ่งไปยังอีกอะตอมในโครงสร้าง สมปัจจัยโครงสร้างอัตราผลตอบแทนที่ได้รับก่อนหน้านี้ความเข้มกระจายได้ราวกับว่าอะตอมทุกคนนิ่ง ในฐานะที่เป็นอุณหภูมิที่เพิ่มขึ้นอะตอมรันทัศนศึกษาเพิ่มขึ้นจากตำแหน่งของพวกเขาเฉลี่ย ทัศนศึกษาดังกล่าวสามารถที่เกี่ยวข้องกับการเคลื่อนไหวที่ซับซ้อนหลายคู่ของอะตอม อย่างไรก็ตามหาก จำกัด การพิจารณาเพียงแค่การเคลื่อนไหวที่เป็นอิสระของแต่ละอะตอมมีเคล็ดลับง่าย ๆ ที่สามารถนำมาใช้ซึ่งก็คือการ (เทียม) ปรับเปลี่ยนปัจจัยการกระเจิงอะตอม, F, ของอะตอมแต่ละคนที่จะเป็นตัวแทนของการขยายสุทธิของเมฆอิเล็กตรอนของพวกเขาส่งผลให้ จากการเคลื่อนไหวของอะตอม ตัวอย่างเช่นอะตอมจะได้รับในที่ "นิ่ง" ฉเปลี่ยนไป Ft ตาม: FT f = exp (-B sin2θ / λ2) ที่ T คืออุณหภูมิและ B = 8π2
(หน่วย A2) ถูกรากหมายถึงการเคลื่อนที่ของอะตอมตารางจากตำแหน่งเฉลี่ย ค่า B มักจะเรียกว่าปัจจัยบี (เดอบาย-วอลเลอร์เป็นอีกคนหนึ่งที่คล้ายกันมักจะใช้ระยะ) และเพิ่มอุณหภูมิ (ค่าปกติอยู่ที่ 0.2-0.8 A2) ดังนั้นอุณหภูมิที่ชัดเจนจะปรับเปลี่ยนความเข้มของเลนส์โดยการเปลี่ยนค่าต่างๆของ f เพื่อ Ft ในสมปัจจัยโครงสร้าง แต่การเปลี่ยนแปลงเหล่านี้จะถูกกำหนดโดยวิธีการปรับแต่งโครงสร้าง (มากกว่าโดยคูณง่าย) และสิ่งเหล่านี้จะมีการหารือต่อไปที่อื่น ๆ ในการเรียนการสอน ก่อนที่หนึ่งในจุดสุดท้ายที่จะอธิบายก็คือว่าวิธีการดังกล่าวสันนิษฐานว่าปัจจัย B และค่า FT จะเหมือนกันในทุกทิศทาง เหล่านี้จะเรียกว่าปัจจัย B isotropic แต่การปรับแต่งที่ท้าทายมากขึ้นช่วยให้อะตอมแต่ละสั่นแตกต่างกันในทิศทางที่แตกต่าง นี้เรียกว่าการปรับแต่งปัจจัย B anisotropic และผลของมันสามารถแสดงภาพกราฟิกโดยใช้ ellipsoids บุคคลที่จะบ่งบอกถึงรายละเอียดเชิงมุมของการสั่นสะเทือนสำหรับแต่ละอะตอม; ตัวอย่างนี้สำหรับโมเลกุลซายน์ในโครงสร้างที่แสดงอยู่ด้านล่าง: ปัจจัยโครงสร้างที่สมบูรณ์สมถ้าตอนนี้เราคำนึงถึงผลกระทบของอุณหภูมิสมปัจจัยโครงสร้างกลายเป็น: F (S) = Σ n ศุกร์ Nn ประสบการณ์ {2π ฉัน (HX + เคนตั๊กกี้ + LZ)} exp (-B sin2θ / λ) สำหรับกรณีที่มีการเคลื่อนไหวทางความร้อน isotropic ขณะนี้มีตัวคูณที่เพิ่มขึ้น, N ในสมการนี้สุดท้ายสำหรับปัจจัยโครงสร้างซึ่งคำนึงถึงความผิดปกติของอะตอมในโครงสร้างผลึก ดังนั้นเว็บไซต์ของอะตอมที่เป็นเพียงการครอบครองครึ่งหนึ่งจะมีค่านี้ตั้ง 0.5 ซึ่งเทียบเท่ากับการลดปัจจัยกระเจิง, F, 50%
การแปล กรุณารอสักครู่..
