โตโยต้า มอเตอร์ ประเทศไทย จำกัด ใช้ระบบ President คือ มีกรรมการ ผู้จัดการใหญ่เป็น CEO ซึ่งเป็นชาวญี่ปุ่น ชื่อนายเคียวอิจิ ทานะดะ โดยการบริหารงานภายในแบ่งเป็นสายงาน (Division) ต่าง ๆ ประกอบด้วย สำนักงานโครงการ,ฝ่ายตรวจสอบภายใน, สำนักงานส่งเสริมความพึงพอใจลูกค้า, สายงานการบริหาร, สายงานการตลาด ประกอบด้วย ด้านการตลาด ด้านการขาย และด้านบริการหลังการขาย, สายงานเทคนิค เกี่ยวข้องกับการออกแบบรถยนต์
โครงสร้างองค์ขององค์กรเป็นระบบของกลุ่มกิจกรรมที่มีการประสานงานระหว่างกันหรือการรวมกลุ่มของบุคคลตั้งแต่ 2 คนขึ้นไปบริษัทโตโยต้า ประเทศไทย จำกัด จัดเป็นองค์การแบบหวังผลกำไร (For-profit) หรือองค์การธุรกิจ ถูกสร้างขึ้นมาเพื่อสร้างรายได้และผลกำไรจากการขายสินค้าและบริการ และวัฒนธรรมองค์การของโตโยต้าส่งเสริมความรู้สึกการทำงานเป็นทีมให้กับพนักงานทุกคนโดยไม่ทำให้เกิดการแตกกลุ่ม โครงสร้างองค์การถูกออกแบบให้สนับสนุนการทำงานเป็นทีม เพื่อให้ร่วมมือกันแก้ปัญหา โตโยต้าต้องการโครงสร้างองค์การที่ทำให้พนักงานทุกคนโดยเฉพาะผู้จัดการและหัวหน้างานมีความเข้าใจในจุดมุ่งหมายและวัตถุประสงค์ขององค์การอย่างครบถ้วนรวมพนักงานในฝ่าย แผนก และกลุ่มต่างๆ เข้าไว้ด้วยกันอย่างมีประสิทธิภาพจัดกลุ่มผู้เชี่ยวชาญเฉพาะงาน เพื่อให้พวกเขาเหล่านั้นสามารถพัฒนามาตรฐานและความเชี่ยวชาญให้เพิ่มมากขึ้น ตัดสินใจได้ทันที กระจายข้อมูลได้อย่างสะดวก และบรรลุวัตถุประสงค์ทางธุรกิจ ทั้งในระยะกลางและระยะยาว
โตโยต้ามุ่งหน้าไปสู่โครงสร้างองค์การที่แบนราบ แต่คงไว้ซึ่งจำนวนสมาชิกในกลุ่ม ที่เหมาะสมเพื่อให้ทำการแก้ปัญหาได้อย่างมีประสิทธิภาพ โตโยต้าต้องการให้สมาชิกที่ประสบปัญหาเป็นผู้แก้ปัญหาด้วยตัวเอง โตโยต้าต้องการมีช่วงกว้างของการควบคุมที่ทำให้เกิดความไว้วางใจและการโค้ชได้อย่างเหมาะสม