DGGE is simplified for a given frag

DGGE is simplified for a given fragment when the
region of interest lies in a single domain. However,
functional genes such as the nirS, nirK and nosZ genes
have great sequence variation, and melting profiles obtained
in WinMelt showed that all three denitrification
genes had multiple melting domains. Some of the nirS
fragments that were analysed had up to six different
domains. To minimise the effects of these domains and
avoid complete denaturing of the PCR-amplified fragments,
a 33-bp GC-clamp was added to the three reverse
primers, R3cd, R3Cu and nosZ1622R. The introduction
of the GC-clamp did not affect the amplification efficiency
of either the denitrifying strains or the environmental
samples. After amplification, the three different
DGGE methods in our study were optimised regarding
gradient concentration and running time using amplicons
from the denitrifying strains as controls. We initially
experienced problems with multiple bands, but
once the DGGE methods were optimised, only one band
appeared on the gel from each of the pure cultures
without any smear. After the DGGE optimisations,
partial nirK and nosZ genes from denitrifying pure cultures
were clearly separated from each other and covered
the whole gradient, but the nirS-gene separation
was not as good (e.g., Fig. 2).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

DGGE เป็นเรื่องง่ายสำหรับส่วนกำหนดเมื่อการน่าสนใจที่อยู่ในโดเมนเดียว อย่างไรก็ตามทำงานยีนเช่นยีนผลิตภัณฑ์ nirK และ nosZมีการเปลี่ยนแปลงของลำดับดี และละลายในโพรไฟล์ได้ใน WinMelt ที่แสดงให้เห็นว่าทั้งสาม denitrificationยีนมีหลายโดเมนละลาย บางส่วนของผลิตภัณฑ์ชิ้นส่วนที่ถูกนำมาวิเคราะห์ได้ถึงหกแตกต่างกันโดเมน เพื่อลดผลกระทบของโดเมนเหล่านี้ และหลีกเลี่ยงสมบูรณ์ denaturing เล็ก ๆ ขยาย PCRGC 33 bp-แคลมป์ถูกย้อนกลับสามไพรเมอร์ R3cd, R3Cu และ nosZ1622R การแนะนำของ GC-หนีบไรประสิทธิภาพขยายสายพันธุ์ denitrifying หรือที่สิ่งแวดล้อมตัวอย่าง หลังจากขยาย สามแตกต่างกันDGGE วิธีในการศึกษาของเราเหมาะสมเกี่ยวกับไล่ระดับความเข้มข้นและเวลาที่ทำงานโดยใช้ ampliconsจากสายพันธุ์ denitrifying เป็นตัวควบคุม เราเริ่มต้นด้วยพบปัญหาเกี่ยวกับวงหลาย แต่เมื่อได้ปรับวิธีการ DGGE เพียงหนึ่งวงปรากฏบนเจจากแต่ละวัฒนธรรมบริสุทธิ์โดยไม่เลอะเปื้อนใด ๆ หลังจากปรับ DGGEยีน nirK และ nosZ บางส่วนจาก denitrifying วัฒนธรรมบริสุทธิ์แยกจากกันอย่างชัดเจน และครอบคลุมการไล่ระดับสีทั้งหมด แต่การแยกยีนเช่นเดียวไม่ดี (เช่น รูป 2)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

DGGE จะง่ายสำหรับชิ้นส่วนที่กำหนดเมื่อ
ภูมิภาคที่น่าสนใจอยู่ในโดเมนเดียว อย่างไรก็ตาม
ยีนทำงานเช่น nirS, nirK และ nosZ ยีน
มีการเปลี่ยนแปลงลำดับที่ดีและโปรไฟล์ละลายได้
ใน WinMelt แสดงให้เห็นว่าทั้งสาม denitrification
ยีนมีโดเมนละลายหลาย บางส่วนของ nirS
ชิ้นส่วนที่ถูกนำมาวิเคราะห์ได้ถึงหกที่แตกต่างกัน
โดเมน เพื่อลดผลกระทบของโดเมนเหล่านี้และ
หลีกเลี่ยงขั้นเปลี่ยนที่สมบูรณ์ของชิ้นส่วน PCR-ขยาย
33 bp GC-ยึดถูกบันทึกอยู่ในสามกลับ
ไพรเมอร์, R3cd, R3Cu และ nosZ1622R การแนะนำ
ของ GC-ยึดไม่ได้ส่งผลกระทบต่อประสิทธิภาพการใช้เครื่องขยายเสียง
ของทั้งสายพันธุ์ Denitrifying หรือสิ่งแวดล้อม
ตัวอย่าง หลังจากที่ขยายสามที่แตกต่างกัน
วิธีการ DGGE ในการศึกษาของเราได้ที่ดีที่สุดเกี่ยวกับ
ความเข้มข้นของการไล่ระดับสีและทำงานโดยใช้เวลา amplicons
จากสายพันธุ์ Denitrifying เป็นตัวควบคุม เราเริ่ม
ประสบปัญหากับวงดนตรีหลาย แต่
ครั้งเดียววิธี DGGE ที่ถูกที่ดีที่สุดเพียงหนึ่งวง
ที่ปรากฏบนเจลจากแต่ละวัฒนธรรมบริสุทธิ์
โดยไม่ต้องละเลงใด ๆ หลังจาก optimisations DGGE ที่
บางส่วน nirK และ nosZ ยีนจาก Denitrifying เชื้อบริสุทธิ์
ถูกแยกออกอย่างชัดเจนจากแต่ละอื่น ๆ และปกคลุม
ลาดทั้งหมด แต่การแยกยีน nirS
ไม่ดี (เช่นรูปที่. 2)