ปัญหาเรื่องอัตลักษณ์ ความสับสนทางประวัติศาสตร์ และเส้นแบ่งเขตแดนที่ละเลยเชื้อชาติ และอัตลักษณ์ ยังทำให้เกิดปัญหาเรื่องความมั่นคง ทั้งในระดับรัฐ และระดับระหว่างประเทศ เช่น ปัญหาบริเวณพรมแดนไทย-มาเลเซีย หรือบริเวณพรมแดนมาเลเซีย-ฟิลิปปินส์
ศ.ดร.ธเนศนำเสนอประเด็นว่า สิ่งหนึ่งที่ชาติสมาชิกอาเซียนมีร่วมกันเกือบทุกประเทศ ยกเว้นไทย คืออิทธิพลจากชาติตะวันตก ผ่านการเป็นส่วนหนึ่งของอาณานิคม ซึ่งไม่ได้มาด้วยความสมัครใจของชาติสมาชิก
การบังคับ-กดขี่จากชาติตะวันตก กลับทำให้เกิดระบบระเบียบ ภาษา และแนวคิด ตามแบบตะวันตกแท้ๆ ที่ทำให้ชาติในอาเซียนหลายชาติมีความเชื่อมโยงกับประเทศแม่ จากทางยุโรป มากกว่ารากเหง้าแต่เดิม
เช่น ในฟิลิปปินส์ ที่มองว่าตนเป็นส่วนหนึ่งของสเปน และความเป็นยุโรป จนถึงก่อนการเกิดการตระหนักรู้ถึงความเป็นเอเชียเมื่อปีทศวรรษที่ 1880-1900 ฟิลิปปินส์จึงเริ่มมองสถานะตัวเองว่าเป็นส่วนหนึ่งของโลกมลายู และเริ่มหันหน้ายอมรับอัตลักษณ์ความเป็นอาเซียนมากขึ้น
ศ.ดร.ธเนศ อาภรณ์สุวรรณ
การปลุกระดบกระแสชาตินิยมไปจนถึงการพัฒนาทางด้านเศรษฐกิจและสังคมอย่างก้าวกระโดด ตามตัวแบบอย่างญี่ปุ่นในหลายประเทศ ยังทำให้เกิดชนชั้นใหม่ในอาเซียนอย่าง "ชนชั้นกลาง" ซึ่งเป็นกลุ่มคนที่ปรับตัวและเติบโตขึ้นพร้อมกับสังคมเมือง ทำให้ไม่ยึดติดกับอัตลักษณ์และวัฒนธรรมดังเดิม และพร้อมที่จะมีบทบาทในการประสานความร่วมมือ เพื่อสร้างสิ่งที่ดีกว่าขึ้นใหม่ในอนาคต
จริงอยู่ ที่การก่อตั้งอาเซียนในยุคเริ่มแรก เป็นเหตุผลทางการเมือง เนื่องจากต้องการต้านภัยคอมมิวนิสต์ โดยชาติสมาชิกทั้ง 5 ชาติ ต่างได้รับอิทธิพลจากโลกเสรีฝ่ายตะวันตก กระทั่งเมื่อผ่านไประยะหนึ่ง เห็นว่าการแบ่งแยกกีดกันเพื่อนบ้านไม่ก่อให้เกิดประโยชน์ร่วมกันในภูมิภาคเท่าความร่วมมือ จึงเกิดความพยายามประสานความร่วมมือด้านเศรษฐกิจ ร่างข้อตกลงระหว่างกันและตั้งเป้าที่จะเป็น "ประชาคมอาเซียน" ในปี 2558 นี้
จะเห็นได้ว่า การตัดสินใจของอาเซียนแต่ละครั้งนั้น เป็นไปเพื่อผลประโยชน์ของ "รัฐ" ในองค์รวมเป็นสำคัญ ทำให้ความพยายามที่จะสร้างอัตลักษณ์ร่วมกันของชาติในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้เป็นความพยายามด้านโครงสร้าง ที่ดำเนินการโดยส่วนกลางหรือรัฐบาลของประเทศสมาชิกมาตลอด
นอกจากนี้ "วิถีแห่งอาเซียน" เอง ก็ยังเป็นตัวขัดขวางพัฒนาการ เพราะทำให้การตัดสินใจเชื่องช้า ต้องรอทุกชาติลงมติเป็นเอกฉันท์ ขณะเดียวกันก็ห้ามแทรกแซงกิจการภายในของกันและกัน ทำให้ ข้อตกลงทั้งหลายที่ทำไว้ไม่สามารถออกมาเป็นรูปธรรม โดยเฉพาะเรื่องสิทธิมนุษยชน
เช่น การค้ามนุษย์ การปิดกั้นเสรี ภาพในการสื่อสาร และการตั้งคำถามต่อรัฐบาล ซึ่งถูกปิดกั้นไม่ให้มีการแทรกแซงแก้ปัญหาระหว่างกัน ตามวิถีแห่งอาเซียน
ศ.ดร.ธเนศระบุอีกว่า "อาเซียนจะเป็นประชาคมไม่ได้ หากยังมีการใช้อำนาจเกินหน้าที่โดยเจ้าหน้าที่รัฐ"
พร้อมเสนอว่า หากมีการแลกเปลี่ยนวัฒนธรรมร่วมกัน การเข้าพื้นที่ไปศึกษา ส่งเสริมบทบาทของสถาบันอาเซียน ในการแทรกแซงกิจการภายในแบบเชิงบวก ก็อาจจะเกิดการเปลี่ยนแปลงที่ดีขึ้นได้ นอกจากนี้ ยังส่งเสริมให้มีการชำระประวัติศาสตร์ ร่วมกันในหมู่ชาติสมาชิก เพื่อทำความเข้าใจรากเหง้าที่มีร่วมกัน