Reads obtained from the Torrent Sui

Reads obtained from the Torrent Suite Software (version 3.6)
were converted to FastQ format for subsequent data analysis.
Sequencing quality was assessed by aligning the reads to housekeeping
genes of Gastropods (CEGMA database and NCBI BLAST
version 2.2.26). Data belonging to rRNA and identical sequences
were removed by matching reads against public rRNA sequences
(Silva database and NCBI BLAST version 2.2.26) followed by clustering
together reads of 100% identity (CD-HIT-454 version 4.5.4).
De novo assembly was performed using MIRA (version 3.9.15) with
default parameters for Ion Torrent data. Contigs represented by
less than 10 reads were discarded. Sequences coding for toxins
were detected using GeneWise (EMBL-EBI version 2.4.1 – (Birney
et al., 2004)) and HMMER2 models based on public sequences of
conotoxins (ConoServer and UniProt). Signal sequences in toxins
were identified using an in-house (Koua et al., 2013).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ผู้อ่านที่ได้รับจากซอฟต์แวร์ท Torrent (เวอร์ชัน 3.6)ถูกแปลงเป็นรูปแบบ FastQ สำหรับการวิเคราะห์ข้อมูลภายหลังลำดับเบสคุณภาพถูกประเมินโดยอ่านเพื่อทำความสะอาดยีนของ Gastropods (ฐานข้อมูล CEGMA และระเบิด NCBIรุ่น 2.2.26) ข้อมูลของ rRNA และลำดับเหมือนกันถูกลบ โดยการอ่านตรงกับลำดับ rRNA สาธารณะ(ฐานข้อมูล Silva และรุ่นระเบิด NCBI 2.2.26) ตามคลัสเตอร์อ่านกันของตัว 100% (ซีดีตี-454 รุ่น 4.5.4)ทำแอสเซมบลี novo de ใช้มิร่า (รุ่น 3.9.15) ด้วยพารามิเตอร์เริ่มต้นสำหรับข้อมูล Torrent ไอออน แสดงโดย Contigsอ่านน้อยกว่า 10 ที่ถูกละทิ้ง ลำดับที่รหัสสำหรับสารพิษพบใช้ GeneWise (EMBL-EBI รุ่น 2.4.1 – (Birneyร้อยเอ็ด al., 2004)) และลำดับตามสาธารณะของรุ่น HMMER2conotoxins (ConoServer และ UniProt) ลำดับสัญญาณในสารพิษได้ระบุใช้การภายใน (Koua et al., 2013)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

อ่านได้จากชุดซอฟต์แวร์ Torrent (เวอร์ชั่น 3.6)
ได้ถูกแปลงเป็นรูปแบบ FastQ ในการวิเคราะห์ข้อมูลที่ตามมา.
คุณภาพลำดับได้รับการประเมินโดยจัดให้อ่านเพื่อการดูแลห้องพักยีนของหอย (ฐานข้อมูล CEGMA และ NCBI ระเบิดรุ่น2.2.26) ข้อมูลที่เป็น rRNA และลำดับที่เหมือนถูกถอดออกโดยการจับคู่กับอ่านลำดับrRNA สาธารณะ(ฐานข้อมูล NCBI ซิลวาและระเบิดรุ่น 2.2.26) ตามด้วยการจัดกลุ่มเข้าด้วยกันอ่านของตัว100% (CD-HIT-454 รุ่น 4.5.4). De โนโว การชุมนุมได้รับการดำเนินการโดยใช้ MIRA (เวอร์ชั่น 3.9.15) มีค่าเริ่มต้นสำหรับข้อมูลIon Torrent contigs แสดงโดยน้อยกว่า 10 อ่านถูกโยนทิ้ง ลำดับการเข้ารหัสสำหรับสารพิษที่ตรวจพบโดยใช้ GeneWise (EMBL-EBI รุ่น 2.4.1 - (Birney., et al, 2004)) และรูปแบบ HMMER2 ตามลำดับของประชาชนconotoxins (ConoServer และ UniProt) สัญญาณลำดับในสารพิษที่ถูกระบุว่าใช้ในบ้าน (Koua et al., 2013)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

อ่านได้จากฝนตกหนักชุดซอฟต์แวร์ ( เวอร์ชั่น 3.6 )
ถูกแปลงเป็น fastq รูปแบบการวิเคราะห์ที่ตามมา การประเมินคุณภาพ

โดยสอดคล้องกับแม่บ้านอ่านยีนของหอย ( cegma ฐานข้อมูลและ ncbi ระเบิด
รุ่น 2.2.26 ) ข้อมูลและลำดับของ rRNA เหมือนกัน
ถูกกำจัดโดยการจับคู่อ่านต่อสาธารณะ rRNA ลำดับ
( ซิลวาฐานข้อมูลและ ncbi ระเบิดรุ่น 2.2.26 ) ตามด้วยการจัดกลุ่ม
ด้วยกันอ่าน 100% เอกลักษณ์ ( cd-hit-454 รุ่น 4.5.4 ) .
อีกครั้ง ประกอบมีการใช้มิร่า ( รุ่น 3.9.15 ) กับพารามิเตอร์เริ่มต้นสำหรับข้อมูล
ฝนตกหนักไอออน สูงแสดงโดย
น้อยกว่า 10 อ่านถูกละทิ้ง . ลำดับรหัสสารพิษ
ถูกตรวจพบใช้ genewise ( embl-ebi รุ่นเครื่องมือกำจัดเพื่อย้าย– ( เบอร์นีย์
et al . ,2004 ) และรุ่น hmmer2 ขึ้นอยู่กับประชาชนลำดับ
โคโนทอกซิน ( conoserver และ uniprot ) สัญญาณลำดับในสารพิษ
ระบุใช้ในบ้าน ( koua et al . , 2013 )