AbstractIn this study we developed

Abstract

In this study we developed a specific and sensitive quantitative PCR (qPCR) method combined with a propidium monoazide (PMA) sample treatment to quantify tdh-positive viable cells of V. parahaemolyticus in raw seafood (PMA-qPCR). The high selectivity of primers and probes were demonstrated by using purified DNA from 57 strains belonging to 18 species. Using these primers and probes for qPCR and in artificial contamination samples, a good correlation was obtained between Ct values and log CFU/reaction in the range of 12–1.2 × 106 CFU/reaction both from qPCR and PMA-qPCR with R2 values of 0.9973 and 0.9919, respectively. The optimization of PMA concentration showed that 8 μg/mL was considered optimal to achieve a compromise between minimal impact on intact cells and maximal signal reduction in compromised cells. However, turbidity and cell concentration experiments showed that PMA treatment was not effective in samples where turbidities were ≥ 10 NTU and OD600nm values were ≥ 0.8. PMA-qPCR was compared with culture isolation and traditional qPCR in environmental samples (including oyster, scallop, shrimp, and crab). The PMA-qPCR resulted in lower numbers of log CFU g− 1 than qPCR, with values having better agreement with numbers determined by culture isolation. In conclusion, this method is an effective tool for producing reliable quantitative data on viable V. parahaemolyticus in raw seafood.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

บทคัดย่อในการศึกษานี้เราพัฒนาเฉพาะ และสำคัญเชิงปริมาณ (qPCR) PCR วิธีรวมกับ monoazide propidium (PMA) ตัวอย่างรักษาวัดปริมาณเซลล์ tdh บวกได้ของ V. parahaemolyticus ในอาหารดิบ (PMA qPCR) วิธีสูงของไพรเมอร์และคลิปปากตะเข้ถูกแสดง โดยใช้ดีเอ็นเอบริสุทธิ์จาก 57 สายพันธุ์ของสายพันธุ์ 18 ใช้ไพรเมอร์เหล่านี้และคลิปปากตะเข้ qPCR และตัวอย่างปนเปื้อนประดิษฐ์ ความสัมพันธ์ที่ดีได้รับระหว่างค่า Ct และล็อก CFU/ปฏิกิริยา ในช่วง 12 – 1.2 × 106 CFU/ปฏิกิริยา ทั้งจาก qPCR และ PMA qPCR มีค่า R2 0.9973 และ 0.9919 ตามลำดับ การเพิ่มประสิทธิภาพของความเข้มข้น PMA พบว่า μg 8 mL ถือเป็นดีที่สุดเพื่อให้เกิดการประนีประนอมระหว่างผลกระทบน้อยที่สุดในเซลล์เช่นเดิม และลดสัญญาณสูงสุดในการทำลายเซลล์ อย่างไรก็ตาม ความขุ่นและเซลล์ความเข้มข้นที่ทดลองพบว่า PMA รักษาไม่มีประสิทธิภาพในตัวอย่างที่ turbidities มี≥ 10 NTU และค่า OD600nm ถูก≥ 0.8 PMA qPCR ถูกเปรียบเทียบกับวัฒนธรรมแยก qPCR แบบในตัวอย่างสิ่งแวดล้อม (รวมถึงหอยนางรม หอยแครง กุ้ง และปู) ผลตัวเลขล่างของล็อก CFU g− 1 กว่า qPCR, PMA qPCR มีค่าที่มีข้อตกลงที่ดีกว่าหมายเลขที่กำหนด โดยแยกวัฒนธรรม เบียดเบียน วิธีนี้เป็นเครื่องมือมีประสิทธิภาพการผลิตเชื่อถือได้ข้อมูลเชิงปริมาณได้ V. parahaemolyticus ในอาหารทะเลดิบ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บทคัดย่อในการศึกษานี้เราพัฒนาที่เฉพาะเจาะจงและมีความสำคัญเชิงปริมาณ PCR (qPCR) วิธีการรวมกับ propidium monoazide (PMA) การรักษาตัวอย่างที่จะหาจำนวนเซลล์ที่มีชีวิต TDH บวกของ V. parahaemolyticus ในอาหารทะเลดิบ (PMA-qPCR) การเลือกสูงของไพรเมอร์และโพรบถูกแสดงให้เห็นโดยใช้ดีเอ็นเอบริสุทธิ์จาก 57 สายพันธุ์ที่อยู่ใน 18 ชนิด การใช้ไพรเมอร์เหล่านี้และโพรบสำหรับ qPCR และการปนเปื้อนในตัวอย่างเทียมมีความสัมพันธ์ที่ดีที่ได้รับระหว่างค่ากะรัตและเข้าสู่ระบบโคโลนี / ปฏิกิริยาในช่วง 12-1.2 × 106 CFU / ปฏิกิริยาทั้งจาก qPCR และ PMA-qPCR มีค่า R2 ของ 0.9973 และ 0.9919 ตามลำดับ การเพิ่มประสิทธิภาพของความเข้มข้นของ PMA แสดงให้เห็นว่า 8 ไมโครกรัม / มิลลิลิตรได้รับการยอมรับที่ดีที่สุดเพื่อให้บรรลุการประนีประนอมระหว่างผลกระทบน้อยที่สุดต่อเซลล์เหมือนเดิมและลดสัญญาณสูงสุดในเซลล์ที่ถูกบุกรุก อย่างไรก็ตามความขุ่นความเข้มข้นและการทดลองแสดงให้เห็นว่าเซลล์รักษา PMA ไม่ได้มีประสิทธิภาพในตัวอย่างที่มีความขุ่น≥ 10 NTU และค่า OD600nm เป็น≥ 0.8 PMA-qPCR ถูกเมื่อเทียบกับการแยกทางวัฒนธรรมและ qPCR แบบดั้งเดิมในตัวอย่างจากสิ่งแวดล้อม (รวมถึงหอยนางรม, หอยเชลล์, กุ้งและปู) PMA-qPCR ส่งผลให้ในจำนวนที่ลดลงของ log CFU G- กว่า 1 qPCR มีค่าที่มีข้อตกลงที่ดีขึ้นกับตัวเลขที่กำหนดโดยแยกวัฒนธรรม สรุปได้ว่าวิธีนี้เป็นเครื่องมือที่มีประสิทธิภาพในการผลิตข้อมูลเชิงปริมาณที่เชื่อถือได้ใน parahaemolyticus โวลต์ทำงานได้ในอาหารทะเลดิบ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

นามธรรม

ในการศึกษานี้เราพัฒนาเฉพาะและความไวเชิงปริมาณ ( qpcr PCR ) ร่วมกับ propidium monoazide ( PMA ) การรักษาตัวอย่างปริมาณเซลล์บวก tdh ปฏิบัติ tdh ในอาหารทะเลดิบ ( PMA qpcr ) เลือกสรรสูงของดีเอ็นเอโพรบและถูกแสดง โดยการใช้ดีเอ็นเอจาก 57 สายพันธุ์บริสุทธิ์ของ 18 ชนิดใช้ไพรเมอร์เหล่านี้และติดตาม qpcr และตัวอย่างการปนเปื้อนเทียม , ความสัมพันธ์ที่ดีได้ระหว่างค่า CT และ log CFU / ปฏิกิริยาในช่วง 12 – 1.2 × 106 cfu / ปฏิกิริยาทั้งจาก qpcr PMA และ qpcr มีค่า R2 ของ 0.9973 และ 0.9919 ตามลำดับการเพิ่มประสิทธิภาพของ PMA ความเข้มข้น พบว่า 8 μ g / ml ถือว่าเหมาะสมที่จะบรรลุการประนีประนอมระหว่างผลกระทบน้อยที่สุดต่อเซลล์ปกติและลดสัญญาณสูงสุดในการทำลายเซลล์ อย่างไรก็ตาม ความขุ่น และปริมาณเซลล์ ผลการทดลองพบว่า การรักษาแบบใหม่ยังไม่มีประสิทธิภาพอย่างที่ turbidities เป็น≥ 10 NTU และ od600nm ค่า≥ 0.8 .PMA qpcr เทียบกับวัฒนธรรมดั้งเดิม และการ qpcr ในตัวอย่างสิ่งแวดล้อม ( รวมทั้งหอยนางรม , หอยเชลล์ , กุ้ง , ปู ) การ PMA qpcr ส่งผลให้เกิดลดจำนวน log CFU G − 1 กว่า qpcr ด้วยค่ามีข้อตกลงที่ดีกับตัวเลขที่กำหนดโดยการแยกเพาะเลี้ยง สรุป วิธีนี้เป็นเครื่องมือที่มีประสิทธิภาพสำหรับข้อมูลเชิงปริมาณ ใช้ผลิตที่เชื่อถือได้ .ร้อยละในอาหารทะเลดิบ