ClustalX alignments with gap openin

ClustalX alignments with gap opening cost 8 and
extension gap penalty of 2 were selected as the ones that
best represented the elision matrix for both the 18S
and the 28S gene fragments under the optimality criteria
adopted (see Section 2). For the 16S alignment optimal
parameter costs depended on the criteria used.
Using percent shared clades, gap opening 8 and gap
extension 4 were optimal. Using average symmetricdifference
distance criterion selected gap opening 8 and
gap extension 2 were optimal. Because the 8/4 alignment
shared more clades than the 8/2 (34–23) and was only
marginally worse under average symmetric-difference
distance (15–14), we chose this alignment to merge the
static data in the combined data matrix. The number of
characters for each of the preferred alignments was 871,
343, and 549 for the 18S, 28S, and 16S, respectively. The
static alignment of the five gene fragments combined
yielded 2562 positions. Under gaps as missing data (975
informative positions) parsimony analysis resulted in
three trees of length 7066, CIผ0.26, RI0.36 (Fig. 4).
Under 5th state gap coding (1092 informative positions)
the same matrix yielded 2 trees of length 7975, CIผ0.27,
RIผ0.37 (Fig. 5). The Simmons and Ochotorena_s
simple indel coding method added 95, 71, and 238 indel
absence/presence characters to 18S, 28S, and 16S gene
fragments, respectively, for a total combined alignment
of 2967 positions (1153 informative). Analysis of the
recoded matrix resulted in 1 tree of 7772 steps,
CIผ0.26, RIผ0.37 (Fig. 6). Surprisingly, ‘‘gaps as
missing data’’ analysis is much more similar to the optimization
alignment analysis under equal costs than to
other static gap-coding methods (Table 2). The PRImeasured
performance of the independent gene fragments
if analyzed separately varies drastically depending
on the gap treatment (Table 4). When gaps were coded
as missing data, the 18S most resembles the combined
results. However, 16S performs better under 5th state
coding and under absence/presence CO1 has the lowest
PRI. In all cases, 28S performs the worst.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

จัดแนว ClustalX กับช่องว่างที่เปิดต้นทุน 8 และปรับช่องว่างขยาย 2 เลือกเป็นคนที่ดีที่สุดแทนเมทริกซ์ elision สำหรับ 18 ปีทั้งสองและบางส่วนของยีน 28S ภายใต้เงื่อนไข optimalityนำมาใช้ (ดูส่วนที่ 2) สำหรับ 16S จัดตำแหน่งที่ดีที่สุดค่าพารามิเตอร์ขึ้นอยู่กับเกณฑ์ที่ใช้ใช้เปอร์เซ็นต์ร่วม clades เปิด 8 ช่องว่าง และช่องว่างขยาย 4 ได้ดีที่สุด ใช้เฉลี่ย symmetricdifferenceระยะเกณฑ์เลือกช่องว่างเปิด 8 และขยายช่องว่าง 2 ดีที่สุด เนื่องจากการจัดตำแหน่ง 8/4clades เพิ่มเติมกว่า 8/2 (34-23) ที่ใช้ร่วมกัน และได้เฉพาะแย่ลงเล็กน้อยใต้เฉลี่ยต่างแบบระยะทาง (15-14), เราเลือกการจัดตำแหน่งการผสานการข้อมูลแบบคงที่ในการรวมข้อมูล จำนวนอักขระแต่ละจัดแนวต้องถูก 871343 และ 549 18 ปี 28S และ 16S ตามลำดับ การรวมคงตำแหน่งของชิ้นส่วนยีนที่ห้าผลตำแหน่ง 2562 ภายใต้ช่องว่างเป็นข้อมูลขาดหายไป (975ผลการวิเคราะห์ข้อมูลตำแหน่ง) parsimonyต้นไม้สามของความยาว 7066, CIผ0.26, RI0.36 (4 รูป)ภายใต้ 5 รัฐช่องว่างเขียน (1092 ข้อมูลตำแหน่ง)เมตริกซ์เดียวกันตอนต้น 2 ความยาว 7975, CIผ0.27RIผ0.37 (5 รูป) ซิมมอนส์และ Ochotorena_sง่าย indel วิธีการเข้ารหัสเพิ่ม 95, 71 และ 238 indelการขาดงาน/มีอักขระจะ 18 ปี 28S และ 16Sชิ้นส่วน ตามลำดับ รวมรวมจัดตำแหน่ง 2967 (1153 ข้อมูล) การวิเคราะห์การส่งผลให้เมทริกซ์ recoded ในแผนภูมิที่ 1 ขั้นตอน 7772CIผ0.26, RIผ0.37 (รูป 6) น่าแปลกใจ, '' ช่องว่างเป็นขาดข้อมูล '' วิเคราะห์เป็นมากขึ้นคล้ายกับการเพิ่มประสิทธิภาพวิเคราะห์ตำแหน่งใต้เท่ากับต้นทุนการคงที่ช่องว่างในการเขียนโค้ดวิธีอื่น ๆ (ตารางที่ 2) PRImeasured การประสิทธิภาพของการแยกส่วนอิสระยีนถ้าวิเคราะห์แยกต่างหาก จะขึ้นอยู่กับปริมาณในการบำบัดรักษาช่องว่าง (ตาราง 4) เมื่อมีการเข้ารหัสช่องว่างเป็นข้อมูลที่หายไป 18 ปีสุดคล้ายกับการรวมผลลัพธ์ที่ อย่างไรก็ตาม 16S ทำงานได้ดีภายใต้รัฐ 5เขียนโค้ด และภายใต้การขาดงาน/สถานะ CO1 มีต่ำที่สุดPRI ในทุกกรณี 28S ทำร้าย

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การจัดแนว ClustalX ด้วยการเปิดช่องว่างค่าใช้จ่าย 8 และ
ขยายช่องว่างของโทษที่ 2 ได้รับเลือกเป็นคนที่
เป็นตัวแทนที่ดีที่สุดเมทริกซ์ตัดออกทั้ง 18S
และ 28S เศษยีนภายใต้เกณฑ์ optimality
บุตรบุญธรรม (ดูมาตรา 2) สำหรับการจัดตำแหน่งที่ดีที่สุด 16S
ค่าใช้จ่ายพารามิเตอร์ขึ้นอยู่กับเกณฑ์ที่ใช้.
ใช้ร้อยละที่ใช้ร่วมกัน clades ช่องว่างเปิด 8 ช่องว่างและ
ขยายเป็น 4 ที่ดีที่สุด ใช้ symmetricdifference เฉลี่ย
ระยะทางเลือกเกณฑ์ช่องว่างเปิด 8 และ
ขยายช่องว่าง 2 เป็นที่ดีที่สุด เพราะการจัดตำแหน่งที่ 8/4
ที่ใช้ร่วมกัน clades กว่า 8/2 (34-23) และเป็นเพียง
เล็กน้อยที่เลวร้ายยิ่งภายใต้ความแตกต่างสมมาตรเฉลี่ย
ระยะทาง (15-14) เราเลือกการจัดตำแหน่งนี้จะผสาน
ข้อมูลแบบคงที่ในเมทริกซ์รวมข้อมูล . จำนวน
ตัวอักษรสำหรับแต่ละการจัดแนวที่แนะนำคือ 871,
343 และ 549 สำหรับ 18S, 28S และ 16S ตามลำดับ
จัดตำแหน่งคงที่ของห้าเศษยีนรวม
ผล 2,562 ตำแหน่ง ภายใต้ช่องว่างเป็นข้อมูลที่ขาดหายไป (975
ตำแหน่งข้อมูล) การวิเคราะห์ความตระหนี่ผลใน
สามต้นของความยาว 7066, CI ผ 0.26 RI0.36 (รูปที่. 4).
ภายใต้ช่องว่างของรัฐที่ 5 การเข้ารหัส (1,092 ตำแหน่งข้อมูล)
เมทริกซ์เดียวกันผลของต้นไม้ 2 ความยาว 7975, CI ผ 0.27
RI ผ 0.37 (รูปที่. 5) ซิมมอนส์และ Ochotorena_s
เข้ารหัส Indel ง่ายวิธีการเพิ่ม 95, 71, 238 และ Indel
ขาด / ตัวอักษรที่ปรากฏตัวเพื่อ 18S, 28S และ 16S ยีน
ชิ้นส่วนตามลำดับสำหรับการจัดตำแหน่งรวมทั้งหมด
ของ 2,967 ตำแหน่ง (1,153 ข้อมูล) การวิเคราะห์ของ
เมทริกซ์ recoded ผลใน 1 Tree of 7772 ขั้นตอน
CI ผ 0.26 RI ผ 0.37 (รูปที่. 6) น่าแปลกที่ '' ช่องว่างเป็น
ข้อมูลที่หายไป '' การวิเคราะห์มากขึ้นคล้ายกับการเพิ่มประสิทธิภาพ
การวิเคราะห์การจัดตำแหน่งภายใต้ค่าใช้จ่ายเท่ากับกว่า
วิธีการอื่น ๆ ช่องว่างการเข้ารหัสแบบคงที่ (ตารางที่ 2) PRImeasured
ประสิทธิภาพการทำงานของชิ้นส่วนยีนอิสระ
ถ้าวิเคราะห์แยกแตกต่างกันอย่างเห็นได้ชัดขึ้นอยู่
กับการรักษาช่องว่าง (ตารางที่ 4) เมื่อช่องว่างถูกเข้ารหัส
เป็นข้อมูลที่ขาดหายไปในที่สุด 18S คล้ายรวม
ผลการ อย่างไรก็ตาม 16S มีประสิทธิภาพดีกว่าภายใต้สภาวะที่ 5
การเข้ารหัสและอยู่ภายใต้การขาดงาน / การแสดงตน CO1 ​​มีต่ำสุด
ปรีดี ในทุกกรณี 28S ดำเนินการที่เลวร้ายที่สุด

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

clustalx แนวร่วมกับช่องว่างเปิด 8 และต้นทุนขยายช่องว่าง โทษ 2 ได้รับเลือกเป็นคนที่ที่ดีที่สุดแสดงเมทริกซ์การตัดออกทั้งพบและ 28s ยีนเศษภายใต้คุณภาพเกณฑ์บุญธรรม ( ดูส่วนที่ 2 ) สำหรับการใช้ที่เหมาะสมค่าพารามิเตอร์ ขึ้นอยู่กับเกณฑ์ที่ใช้ที่ใช้ร่วมกัน clades ร้อยละ 8 และช่องว่าง , ช่องเปิด4 ) ส่งเสริมให้เหมาะสมที่สุด การใช้ symmetricdifference เฉลี่ยเกณฑ์การเลือกช่อง 8 และระยะทางขยายช่องว่าง ( 2 ) ที่ดีที่สุด เพราะ 8 / 4 ตำแหน่งที่ใช้ร่วมกันมากขึ้น clades กว่า 8 / 2 ( 34 ) 23 ) และเป็นเพียงทำให้แย่ลงภายใต้ผลต่างสมมาตรโดยเฉลี่ยระยะทาง ( 15 – 14 ) เราเลือกที่จะผสานแนวนี้ข้อมูลคงที่ในเมทริกซ์ข้อมูลรวมกัน หมายเลขของตัวละครทั้งสองเป็นอย่างที่ต้องการ ,343 , 549 สำหรับ 28s พบ และใช้ , ตามลำดับ ที่ดิเรกของห้าของชิ้นส่วนรวมหา 2562 ตำแหน่ง ภายใต้ช่องว่างเป็นข้อมูลที่ขาดหายไป ( 975ตำแหน่งข้อมูล ) การวิเคราะห์ความตระหนี่ )สามต้นไม้ของความยาว 7066 , CI ผ 0.26 , ri0.36 ( รูปที่ 4 )ภายใต้สภาพที่ 5 ช่องนะครับ ( ตำแหน่ง 1011 ข้อมูล )เมทริกซ์เดียวกันจำนวน 2 ต้น ความยาว 7975 , CI ผ 0.27 ,รีผ 0.37 ( ภาพที่ 5 ) และที่ ochotorena_s ซิมมอนส์วิธีง่ายๆเพิ่มการเข้ารหัส INDEL 95 , 71 และ 238 INDELขาด / สถานะตัวละคร พบ 28s และยีน 16S ,เศษ ตามลำดับ รวมรวม และวางแนวจำนวน 1 ตำแหน่ง ( มีข้อมูล ) การวิเคราะห์ของrecoded เมทริกซ์ ( 1 7772 ต้นของขั้นตอนCI ผ 0.26 , ริผ 0.37 ( ภาพที่ 6 ) จู่ ๆ "gaps " เป็นข้อมูลขาดหายไป " " การวิเคราะห์มากขึ้นคล้ายกับการเพิ่มประสิทธิภาพแนวการวิเคราะห์ภายใต้ต้นทุนเท่ากันมากกว่าช่องว่างคงที่อื่น ๆการเข้ารหัสวิธี ( ตารางที่ 2 ) การ primeasuredประสิทธิภาพของชิ้นส่วนยีนที่เป็นอิสระถ้าวิเคราะห์แยกแตกต่างกันอย่างมากทั้งนี้ในการรักษาช่องว่าง ( ตารางที่ 4 ) เมื่อช่องว่างถูกเข้ารหัสเป็นข้อมูลที่ขาดหายไป ที่พบมากที่สุดมีลักษณะรวมผลลัพธ์ อย่างไรก็ตาม การใช้รัฐภายใต้ 5 ดีกว่าการเข้ารหัสและภายใต้การขาด / ซีโอ 1 ได้ถูกที่สุดพรี ในทุกกรณี , 28s มีประสิทธิภาพที่สุด