To measure mutation rate change ass

To measure mutation rate change associated with NSAID use, we used a two epoch model in BEAST [31], where the transition time between the first and second sampling periods is the time of change in NSAID use. We ran BEAST for 10 million Bayesian MCMC iterations that sample the space of genealogies and population parameters to obtain posterior distributions for model parameters that best fit the data. We used uniform prior distributions for SGA rate with lower and upper bounds of 10−5 and 104 SGAs per biopsy genome per year, respectively, for the duration of any of the on-NSAID and off-NSAID periods and estimated SGA rate separately for the first and second sampling periods, where each SGA rate adheres to the molecular clock hypothesis (SGA occur at constant rate for all evolving lineages) for the period duration. We added a 0/1 mutation model in BEAST for the SGA absence/presence character states (Text S1: Equations S3–4) and this model assumed that SGAs do not revert to the normal type, i.e., 1→0 transition is impossible. An SGA character was defined by the breakpoints, which had to occur at the exact same SNPs between samples to be considered the same character. We also modified BEAST's likelihood calculation algorithm to consider a last universal common ancestor (LUCA) that has an unaltered genomic state (zeros for all sites), and that connects to the most recent common ancestor (MRCA), at the root of the tree, creating an extra LUCA-MRCA branch. Thus, the final likelihood of the tree is the product of the likelihood of the tree at the root, calculated with Felsenstein's pruning algorithm [46], multiplied by the probability of the LUCA-MRCA branch length. We used crypt density results (Table S4) and a logistic growth model (Text S1) to estimate the age of the root of the tree and to constrain the internal node coalescence times in the two epoch (off- on- NSAID) BEAST analysis.

Maximum parsimony trees were estimated using Wagner parsimony with delayed transformation (DELTRAN) on the individual-specific phylogenetic matrix with 0/1 SGA states using the PAUP program [47]. For PAUP analyses, we also used a character transition matrix that assumes infinite cost for 1→0 transitions, i.e. SGAs do not revert to normal type. For individuals with off-on NSAID regimens (a–k) all lineages (i.e. phylogeny branches) having any off-NSAID descendant lineages (i.e. leading to off-NSAID biopsies) were considered to have evolved during off-NSAID usage period. Similarly, for individuals l and m, all lineages having any on-NSAID descendant lineages were considered to have evolved during on-NSAID usage period. In all individuals (a–m), lineages having descendant lineages leading to all on-NSAID or all off-NSAID biopsies were considered to have evolved during on-NSAID and off-NSAID usage periods, respectively.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การวัดการเปลี่ยนแปลงอัตราการกลายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องกับการใช้ NSAID เราใช้แบบสองยุคในสัตว์ [31], ที่เวลาเปลี่ยนแปลงระหว่างงวด และสุ่มตัวอย่างเป็นเวลาของการเปลี่ยนแปลงในการใช้ NSAID เราวิ่งสัตว์สำหรับการเกิดซ้ำทฤษฎี MCMC 10 ล้านที่ตัวอย่างพื้นที่ของ genealogies และประชากรพารามิเตอร์จะได้รับหลังการกระจายสำหรับพารามิเตอร์ของแบบจำลองที่เหมาะข้อมูล เราใช้ชุดก่อนการกระจายสำหรับอัตรา SGA ด้วยล่าง และขอบเขตบนของ 10−5 และ SGAs 104 ต่อเนื้อกลุ่มต่อปี ตามลำดับ สำหรับระยะเวลาใด ๆ บน NSAID และปิด NSAID และประมาณการอัตรา SGA แยกต่างหากสำหรับการสุ่มตัวอย่าง และสอง ซึ่งแต่ละอัตรา SGA ยึดโมเลกุลที่นาฬิกาสมมติฐาน (SGA ที่เกิดขึ้นในอัตราคงที่สำหรับเชื้อชาติพัฒนาทั้งหมด) สำหรับระยะเวลารอบระยะเวลา เราเพิ่มแบบ 0/1 กลายพันธุ์ในสัตว์สำหรับอเมริกาตัวละครขาดงาน/สถานะการออนไลน์ของ SGA (S1 ข้อความ: สมการ S3-4) และรุ่นนี้สันนิษฐานว่า SGAs ไม่ย้อนกลับไปสู่รูปแบบปกติ เช่น การเปลี่ยน 1→0 เป็นไปไม่ได้ มี SGA อักขระถูกกำหนด โดยจุดพัก ซึ่งจะเกิดขึ้นใน SNPs เดียวที่แน่นอนระหว่างตัวอย่างที่ถือเป็นอักขระเดียวกัน เราปรับเปลี่ยนอัลกอริทึมการคำนวณโอกาสของสัตว์พิจารณาสุดท้ายสากลบรรพบุรุษ (เก๊า) ที่มีสถานะที่ออก unaltered (เลขศูนย์สำหรับไซต์ทั้งหมด), และที่เชื่อมต่อกับบรรพบุรุษร่วมกันล่าสุด (MRCA), ที่รากของต้นไม้ สร้างสาขา MRCA เก๊าเป็นพิเศษอีกครั้ง ดังนั้น โอกาสสุดท้ายของต้นไม้เป็นผลิตภัณฑ์ของโอกาสของต้นไม้ที่ราก คำนวณของ Felsenstein ตัดอัลกอริทึม [46], คูณ ด้วยความน่าเป็นความยาวสาขา MRCA เก๊า เราใช้ crypt ผลลัพธ์ความหนาแน่น (ตาราง S4) และแบบเติบโตโลจิสติก (ข้อความ S1) เพื่อประเมินอายุของรากของต้นไม้ และจำกัดเวลา coalescence โหนภายในในการวิเคราะห์สัตว์ยุคสอง (ปิดบน-NSAID)ต้นไม้สูงสุด parsimony ถูกประเมินใช้วากเนอร์ parsimony กับการเปลี่ยนแปลงล่าช้า (DELTRAN) บนเมทริกซ์ผลเฉพาะบุคคลกับรัฐ SGA 0/1 โดยใช้โปรแกรม PAUP [47] สำหรับการวิเคราะห์ PAUP นอกจากนี้เรายังใช้เมทริกซ์การเปลี่ยนอักขระที่อนุมานค่าอนันต์ 1→0 เปลี่ยน เช่น SGAs กลับพิมพ์ปกติ สำหรับบุคคลที่มีปิดยา NSAID (a – k) เชื้อชาติทั้งหมด (เช่นสาขา phylogeny) ใด ๆ ปิด NSAID เชื้อสายเชื้อชาติ (เช่นนำไปปิด NSAID ประสาทการตรวจชิ้นเนื้อ) มีการพิจารณาว่ามีพัฒนาในช่วงระยะเวลาการใช้งานปิด NSAID ในทำนองเดียวกัน สำหรับบุคคล l และ m ทุกเชื้อชาติทุกเชื้อชาติเชื้อสายจาก NSAID มีการพิจารณาว่ามีพัฒนาในช่วงระยะเวลาการใช้งานบน NSAID ในทุกคน (a – m), เชื้อชาติที่มีเชื้อสายเชื้อชาติชั้นนำทั้งหมดบน NSAID หรือประสาทการตรวจชิ้นเนื้อปิด NSAID ทั้งหมดถูกถือว่าได้วิวัฒนาการช่วงบน NSAID และ NSAID ปิดการใช้งาน ตามลำดับ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ในการวัดการเปลี่ยนแปลงอัตราการกลายพันธุ์เกี่ยวข้องกับการใช้ NSAID เราใช้รูปแบบที่สองยุคใน BEAST [31] ที่เวลาการเปลี่ยนแปลงระหว่างระยะเวลาการสุ่มตัวอย่างครั้งแรกและครั้งที่สองเป็นช่วงเวลาของการเปลี่ยนแปลงในการใช้งาน NSAID เราวิ่ง BEAST สำหรับ 10 ล้านซ้ำ MCMC คชกรรมว่ากลุ่มตัวอย่างพื้นที่ของวงศ์วานว่านเครือและพารามิเตอร์ของประชากรที่จะได้รับการกระจายหลังสำหรับพารามิเตอร์รูปแบบที่ดีที่สุดเหมาะสมกับข้อมูล เราใช้เครื่องแบบกระจายก่อนที่อัตรา SGA กับล่างและขอบบนของ 10-5 และ 104 SGAs ต่อการตรวจชิ้นเนื้อจีโนมต่อปีตามลำดับสำหรับระยะเวลาของการใด ๆ ของระยะเวลาใน NSAID และปิด NSAID และอัตรา SGA ประมาณแยกต่างหากสำหรับ ระยะเวลาการสุ่มตัวอย่างครั้งแรกและครั้งที่สองซึ่งแต่ละอัตรา SGA เป็นไปตามสมมติฐานนาฬิกาโมเลกุล (SGA เกิดขึ้นในอัตราคงที่สำหรับ lineages พัฒนาทั้งหมด) ในช่วงระยะเวลาระยะเวลา เราได้เพิ่มรูปแบบการกลายพันธุ์ใน 0/1 BEAST สำหรับตัวละครรัฐขาดเอสจีเอ / ปรากฏตัวอักษร (Text S1: สม S3-4) และรูปแบบนี้สันนิษฐานว่า SGAs ไม่เปลี่ยนกลับไปเป็นปกติประเภทคือ 1 → 0 การเปลี่ยนแปลงเป็นไปไม่ได้ ตัวละครเอสจีเอได้รับการกำหนดโดยจุดพักซึ่งจะต้องเกิดขึ้นใน SNPs เดียวกันแน่นอนระหว่างกลุ่มตัวอย่างที่จะได้รับการพิจารณาลักษณะเดียวกัน นอกจากนี้เรายังมีการปรับเปลี่ยนขั้นตอนวิธีการคำนวณความน่าจะเป็นของ BEAST ที่จะต้องพิจารณาสุดท้ายบรรพบุรุษร่วมกันสากล (LUCA) ที่มีรัฐจีโนมไม่เปลี่ยนแปลง (ศูนย์สำหรับทุกไซต์) และที่เชื่อมต่อกับบรรพบุรุษร่วมกันล่าสุด (MRCA) ที่รากของต้นไม้ การสร้างเสริมสาขา LUCA-MRCA ดังนั้นโอกาสสุดท้ายของต้นไม้ที่เป็นผลิตภัณฑ์ของความน่าจะเป็นของต้นไม้ที่รากคำนวณด้วยวิธีการตัดแต่งกิ่ง Felsenstein ของ [46] คูณด้วยความน่าจะเป็นของความยาวสาขา LUCA-MRCA ที่ เราใช้ผลการฝังศพใต้ถุนโบสถ์หนาแน่น (ตารางที่ S4) และรูปแบบการเจริญเติบโตของโลจิสติก (Text S1) เพื่อประเมินอายุของรากของต้นไม้และ จำกัด เวลาการเชื่อมต่อกันภายในโหนดในสองยุค (นอกจอ NSAID) การวิเคราะห์ BEAST ต้นไม้ประหยัดสูงสุดอยู่ที่ประมาณโดยใช้ตระหนี่แว็กเนอร์กับการเปลี่ยนแปลงภายหลัง (Deltran) บนเมทริกซ์สายวิวัฒนาการของแต่ละบุคคลที่เฉพาะเจาะจงกับ 0/1 SGA รัฐโดยใช้โปรแกรม PAUP [47] สำหรับ PAUP วิเคราะห์เรายังใช้ตัวอักษรเมทริกซ์การเปลี่ยนแปลงที่ถือว่าค่าใช้จ่ายอนันต์ 1 → 0 เปลี่ยน SGAs IE ไม่กลับไปใช้ประเภทปกติ สำหรับบุคคลที่มี OFF-ON ยา NSAID (a-k) lineages ทั้งหมด (เช่นสาขาเชื้อชาติ) มีนอก NSAID lineages ลูกหลาน (เช่นนำไปสู่การขริบปิด NSAID) ได้รับการพิจารณาให้มีการพัฒนาในช่วงระยะเวลาการใช้งานออก NSAID ในทำนองเดียวกันสำหรับบุคคล L และ M, lineages ใด ๆ ทั้งหมดที่มีใน NSAID lineages ลูกหลานได้รับการพิจารณาที่จะมีการพัฒนาในช่วงระยะเวลาการใช้งานบน NSAID ในบุคคลทุกชนิด (A-m) lineages lineages มีลูกหลานนำไปสู่การทั้งหมดใน NSAID หรือทั้งหมดออก NSAID ขริบได้รับการพิจารณาที่จะมีการพัฒนาในช่วงบน NSAID และปิด NSAID งวดการใช้งานตามลำดับ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

วัดอัตราการเปลี่ยนแปลงที่เกี่ยวข้องกับการใช้ บอกว่า เราใช้แบบสองยุคในสัตว์ [ 31 ] ซึ่งเวลาที่เปลี่ยนแปลงระหว่างตัวแรกและตัวที่สองเป็นคนช่วงเวลาของการเปลี่ยนแปลงในการใช้พูด . เราเจอสัตว์ 10 ล้านแบบ MCMC ซ้ำตัวอย่างพื้นที่ฝังในและพารามิเตอร์ประชากรที่จะได้รับหลังการสำหรับพารามิเตอร์ที่เหมาะสมกับข้อมูล เราใช้การแจกแจงก่อนที่ชุด SGA ซึ่งขอบเขตบนและล่าง 10 − 5 104 sgas ต่อพันธุกรรมเนื้อต่อปี ตามลำดับ สำหรับระยะเวลาของการใด ๆของบนมาและปิดระยะเวลาและอัตราประมาณว่า SGA ที่แยกต่างหากสำหรับ 1 และ 2 ) ระยะเวลาที่แต่ละ SGA ยึดสมมติฐานอัตรานาฬิกาโมเลกุล ( SGA เกิดขึ้นในอัตราคงที่สำหรับการพัฒนาพันธุ์ ) สำหรับงวดระยะเวลา เราเป็น 0 / 1 การกลายพันธุ์แบบสัตว์ใน SGA ขาด / การแสดงสถานะตัวละคร ( ข้อความ S1 S3 : สมการ ( 4 ) และรุ่นนี้ถือว่า sgas ไม่กลับไปใช้แบบปกติคือ 1 → keyboard - key - name 0 เปลี่ยน มันเป็นไปไม่ได้ เป็น SGA อักขระที่กำหนด โดยจุดที่ต้องเกิดขึ้นที่แน่นอนเดียวกัน snps ระหว่างตัวอย่างที่เป็นลักษณะเดียวกัน เรายังมีโอกาสแก้ไขสัตว์การคำนวณขั้นตอนวิธีพิจารณาล่าสุดสากลบรรพบุรุษร่วม ( ลูก้า ) ที่มีสภาพอย่างที่ไม่เปลี่ยนแปลง ( เลขศูนย์สำหรับเว็บไซต์ทั้งหมด ) , และเชื่อมต่อกับบรรพบุรุษล่าสุด ( mrca ) ที่รากของต้นไม้ สร้างสาขา luca-mrca พิเศษ ดังนั้น โอกาสสุดท้ายของต้นไม้ที่เป็นผลิตภัณฑ์ของความน่าจะเป็นของต้นไม้ที่รากของกิ่ง felsenstein คำนวณด้วยวิธี [ 46 ] , คูณความน่าจะเป็นของ luca-mrca สาขาความยาว เราใช้ห้องใต้ดินความหนาแน่นผล ( โต๊ะ S4 ) และรูปแบบการขนส่ง ( ข้อความ S1 ) เพื่อประเมินอายุของรากของต้นไม้และการกำหนดภายในโหนดการรวมตัวครั้งใน 2 ยุค ( ปิด - เปิด - พูด ) การวิเคราะห์สัตว์ต้นไม้ตระหนี่สูงสุดประมาณโดยใช้วากเนอร์ตระหนี่ล่าช้าเปลี่ยนแปลง ( deltran ) ในแต่ละที่เฉพาะเจาะจงซึ่งเมทริกซ์ด้วย 0 / 1 SGA สหรัฐอเมริกาใช้โปรแกรมยาจก [ 47 ] โดยยาจก เรายังใช้ตัวละครเปลี่ยนเมทริกซ์ที่ถือว่าค่าใช้จ่ายไม่มีที่สิ้นสุด 1 → keyboard - key - name 0 เปลี่ยน เช่น sgas ไม่กลับไปใช้แบบปกติ สำหรับบุคคลที่มีปิด บอกว่ายา ( ( k ) ทุกเผ่าพันธุ์ ( เช่น ระบบเชื้อชาติสาขา ) มีปิด บอกว่าลูกหลานเผ่าพันธุ์ ( เช่น นำออกมา biopsies ) ถือว่ามีการพัฒนาในช่วงปิด บอกว่าการใช้ระยะเวลา ในทำนองเดียวกันสำหรับบุคคล L และ M ทุกพันธุ์มีบนบอกว่าลูกหลานเชื้อสายถือว่ามีวิวัฒนาการในการบอกระยะเวลา ในแต่ละบุคคลทั้งหมด ( ( M ) , เมื่อมีทายาทเมื่อนำทั้งหมดมาพูดหรือปิดทั้งหมด จึงถือว่ามีการพัฒนาในช่วงระยะเวลาที่ใช้พูดและปิด มาตามลำดับ