3.7. Bayesian inference of relation

3.7. Bayesian inference of relationships among taxa and functional and
physicochemical parameters
Bayesian modeling of physicochemical, functional, and community
structure variables was used to identify directional relationships
among these parameters (Fig. 4). There were inferred relationships between
bacterial families, as well as overall OTU richness, and organic
matter and nutrient levels. Concentrations of NO3-N, SO4-S, and OM
were identified as parent nodes affecting the abundance of at least
one family, while they did not have child relationships to other measured
parameters. Exchangeable Ca was a child node to three bacterial
families and was in turn a parent of exchangeable Mg. OTU richness
(Chao1) had both parent and child relationships to bacterial families. Interestingly,
moisture and pH, although identified by RDA and correlation
analyses as highly predictive of bacterial community composition,
did not emerge as parent nodes to any family abundances. However,
none of the measured functions appeared as nodes in the network, indicating
that there were no inferred relationships between specific functional
activities and particular bacterial families or physicochemical
parameters.
4. Discussion
4.1. Physicochemical effects of treatments and their relationship to bacterial
community composition
Soil physicochemistry differed more by site than by treatment, and differences
in soil function and bacterial community structure (Fernandez
et al., unpublished, manuscript submitted) were correspondingly greater
among sites than among treatments. This is consistent with the findings
of previous farming-system and landscape-scale studies elucidating the
physicochemical determinants of soil microbial communities. (Bossio
et al., 1998; Kuramae et al., 2012; Bissett et al., 2011). Soil pH and moisture
have been repeatedly confirmed to be major drivers of community composition
(Fierer and Jackson, 2006; Lauber et al., 2009).
The three fertilizer treatments showed distinct patterns of effects on
soil chemistry and microbiology. The effects of pelleted poultry manure
and Sustane® treatments, which provided large boosts in soluble N
levels, were somewhat similar to those that would occur with mineral
N addition, including lower pH (Barak et al., 1997). As we report elsewhere,
a decrease in bacterial diversity was also observed in these treatments
(Fernandez et al., unpublished, manuscript submitted). Beef
manure did not increase NO3-N, suggesting that N immobilization
may have overwhelmed N release in this treatment, which has been
previously observed with solid beef manure (Beauchamp, 1986). In
the beef manure treatment, we also did not observe a reduction in pH
or in bacterial diversity.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3.7. ทฤษฎีอนุมานความสัมพันธ์ ระหว่างเหลือง และการทำงาน และพารามิเตอร์ทางเคมีกายภาพทฤษฎีการสร้างโมเดลของคุณลักษณะ ทำงาน และชุมชนตัวแปรโครงสร้างถูกใช้เพื่อระบุทิศทางความสัมพันธ์ในหมู่เหล่านี้พารามิเตอร์ (4 รูป) มีสรุปความสัมพันธ์ระหว่างแบคทีเรียครอบครัว รวม ทั้งความร่ำ รวย OTU โดยรวม และอินทรีย์ระดับสสารและสารอาหาร ความเข้มข้นของ NO3-N, SO4-S และ OMระบุเป็นโหนหลักที่ส่งผลกระทบต่อความอุดมสมบูรณ์ของน้อยครอบครัวหนึ่ง ในขณะที่พวกเขาไม่มีความสัมพันธ์ของเด็กกับวัดอื่น ๆพารามิเตอร์ Ca สามารถแลกเปลี่ยนเป็นโหนกับแบคทีเรียสามครอบครัวและในหลักของความร่ำรวยของมก. OTU สามารถแลกเปลี่ยน(Chao1) มีความสัมพันธ์ครอบครัวแบคทีเรียหลักและรอง เรื่องน่าสนใจความชื้นและค่า pH แม้ว่า RDA และสหสัมพันธ์วิเคราะห์เป็นระบบสูงขององค์ประกอบชุมชนแบคทีเรียไม่โผล่ออกมาเป็นโหนหลักการใด ๆ ร้านแฟมิลี่ อย่างไรก็ตามไม่มีการวัดแสดงฟังก์ชันปรากฏเป็นโหนดในเครือข่ายที่มีความสัมพันธ์ไม่สรุประหว่างทำงานเฉพาะกิจกรรมและครอบครัวโดยเฉพาะอย่างยิ่งแบคทีเรีย หรือปริมาณพารามิเตอร์4. สนทนา4.1 ทางเคมีกายภาพและผลของการรักษาความสัมพันธ์ของเชื้อแบคทีเรียองค์ประกอบของชุมชนPhysicochemistry ดินแตกต่างไปมากขึ้น โดยเว็บไซต์กว่าตามรักษา และความแตกต่างในชุมชนฟังก์ชันและแบคทีเรียดินโครงสร้าง (เฟอร์นานเดซet al. ยกเลิกประกาศ ส่งต้นฉบับตัวเขียน) ได้มากขึ้นตามลำดับในเว็บไซต์กว่าระหว่างการรักษา สอดคล้องกับผลการวิจัยเป็นการศึกษาระบบการทำฟาร์มและภูมิทัศน์ขนาดก่อนหน้านี้แจ่มชัดการดีเทอร์มิแนนต์ทางเคมีกายภาพของชุมชนจุลินทรีย์ดิน (Bossioet al. 1998 คุระ et al. 2012 Bissett et al. 2011) ค่า pH ของดินและความชื้นได้รับการยืนยันซ้ำ ๆ จะ ไดรเวอร์หลักขององค์ประกอบของชุมชน(Fierer และแจ็กสัน 2006 Lauber et al. 2009)รักษาปุ๋ยสามรูปแบบแตกต่างกันของผลกระทบที่แสดงบนดินทางเคมีและจุลชีววิทยา ผลกระทบของมูลสัตว์ไก่และการ รักษา Sustane® ซึ่งให้เพิ่มขนาดใหญ่ในละลาย Nระดับ ได้ค่อนข้างเหมือนกับที่จะเกิดขึ้นกับแร่นอกจาก N รวมทั้งค่า pH ต่ำ (Barak et al. 1997) ตามที่เรารายงานอื่น ๆยังพบว่า การลดลงของความหลากหลายของแบคทีเรียในการรักษาเหล่านี้(เฟอร์นานเดซ et al. ยกเลิกประกาศ ส่งต้นฉบับตัวเขียน) เนื้อวัวปุ๋ยคอกไม่เพิ่ม NO3-N แนะนำที่ตรึง Nอาจมีจมรุ่น N ในการรักษา ซึ่งได้รับก่อนหน้านี้ สังเกต ด้วยเนื้อไม้ปุ๋ย (โบชอมป์ 1986) ในเนื้อ manure รักษา เรายังไม่ได้สังเกตในการลดค่า pHหรือความหลากหลายของแบคทีเรีย

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3.7 อนุมานแบบเบย์ของความสัมพันธ์ระหว่างแท็กซ่าและการทำงานและ
ค่าพารามิเตอร์ทางเคมีกายภาพ
การสร้างแบบจำลองทางเคมีกายภาพของคชกรรมการทำงานและชุมชน
ตัวแปรโครงสร้างถูกใช้ในการระบุความสัมพันธ์ทิศทาง
ในหมู่พารามิเตอร์เหล่านี้ (รูปที่. 4) มีความสัมพันธ์ระหว่างอนุมานเป็น
ครอบครัวแบคทีเรียเช่นเดียวกับความร่ำรวย OTU โดยรวมและอินทรีย์
สารและระดับสารอาหาร ความเข้มข้นของ NO3-N SO4-S และ OM
ถูกระบุว่าเป็นโหนดพ่อแม่ที่มีผลต่อความอุดมสมบูรณ์ของอย่างน้อย
หนึ่งในครอบครัวขณะที่พวกเขาไม่ได้มีความสัมพันธ์กับเด็กที่จะวัดอื่น ๆ
พารามิเตอร์ แลกเปลี่ยน Ca เป็นเด็กโหนดสามแบคทีเรีย
ครอบครัวและในทางกลับกันผู้ปกครองของแลกเปลี่ยน Mg OTU ความร่ำรวย
(Chao1) มีทั้งผู้ปกครองและเด็กความสัมพันธ์ให้กับครอบครัวของเชื้อแบคทีเรีย ที่น่าสนใจ
ความชื้นและค่า pH แม้ว่าระบุ RDA และความสัมพันธ์
การวิเคราะห์เป็นอย่างมากคาดการณ์ขององค์ประกอบชุมชนแบคทีเรีย
ไม่ได้ออกมาเป็นโหนดแม่เพื่อความอุดมสมบูรณ์ของครอบครัวใด แต่
ไม่มีฟังก์ชั่นที่วัดปรากฏเป็นโหนดในเครือข่ายแสดงให้เห็น
ว่าไม่มีความสัมพันธ์ระหว่างการทำงานที่อนุมานเฉพาะ
กิจกรรมและครอบครัวของแบคทีเรียโดยเฉพาะหรือทางเคมีกายภาพ
พารามิเตอร์.
4 การอภิปราย
4.1 ผลกระทบของการรักษาทางเคมีกายภาพและความสัมพันธ์ของพวกเขาเพื่อแบคทีเรีย
ชุมชนองค์ประกอบ
ดินฟิสิกส์แตกต่างกันมากขึ้นโดยเว็บไซต์กว่าโดยการรักษาและความแตกต่าง
ในการทำงานของดินและโครงสร้างของชุมชนแบคทีเรีย (เฟอร์นันเด
et al., ไม่ได้ตีพิมพ์ต้นฉบับส่ง) เป็นคล้าย ๆ กันมากขึ้น
ในเว็บไซต์กว่าในหมู่การรักษา ซึ่งสอดคล้องกับผลการวิจัย
ก่อนหน้านี้การเลี้ยงระบบและการศึกษาภูมิทัศน์ขนาดแจ่มชัด
ปัจจัยทางเคมีกายภาพของชุมชนของจุลินทรีย์ดิน (Bossio
et al, 1998;. Kuramae et al, 2012;. บิซเซท et al, 2011). ค่า pH ของดินและความชื้น
ได้รับการยืนยันซ้ำแล้วซ้ำอีกจะเป็นปัจจัยสำคัญขององค์ประกอบของชุมชน
(Fierer และแจ็คสัน, 2006. Lauber et al, 2009).
สามปุ๋ยแสดงให้เห็นรูปแบบที่แตกต่างของผลกระทบต่อ
คุณสมบัติทางเคมีของดินและจุลชีววิทยา ผลของมูลไก่อัดเม็ด
และการรักษาSustane®ซึ่งให้ช่วยเพิ่มขนาดใหญ่ใน N ที่ละลายน้ำได้
ระดับค่อนข้างคล้ายกับที่จะเกิดขึ้นไปด้วยแร่ธาตุ
นอกจากนี้ยังไม่มีรวมทั้งค่า pH ต่ำกว่า (Barak et al., 1997) ในฐานะที่เรารายงานอื่น ๆ
ลดลงในความหลากหลายของเชื้อแบคทีเรียยังพบว่าในการรักษาเหล่านี้
(เฟอร์นันเด et al., ไม่ได้ตีพิมพ์ต้นฉบับส่ง) เนื้อ
ปุ๋ยคอกไม่ได้เพิ่มขึ้น NO3-N บอกว่ายังไม่มีการตรึง
อาจจะมีการเปิดตัว N จมในการรักษานี้ซึ่งได้รับการ
ตั้งข้อสังเกตก่อนหน้านี้กับปุ๋ยคอกเนื้อแข็ง (Beauchamp, 1986) ใน
การรักษาเนื้อปุ๋ยคอกเรายังไม่ได้สังเกตการลดลงของค่า pH
หรือในความหลากหลายของเชื้อแบคทีเรีย

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3.7 การอนุมานแบบเบย์ความสัมพันธ์ระหว่างความสูงและประโยชน์ใช้สอยและพารามิเตอร์การเปรียบเทียบระบบการทํางานและชุมชนตัวแปรโครงสร้างถูกใช้เพื่อระบุทิศทางของความสัมพันธ์ของพารามิเตอร์เหล่านี้ ( รูปที่ 4 ) มีทั้งความสัมพันธ์ระหว่างครอบครัวแบคทีเรีย รวมทั้งความอุดมสมบูรณ์ otu โดยรวม และอินทรีย์เรื่องและระดับสารอาหาร ความเข้มข้นของ no3-n so4-s , โอม ,ระบุเป็นโหนดแม่มีผลต่อความอุดมสมบูรณ์ของอย่างน้อยครอบครัวหนึ่ง ในขณะที่พวกเขาไม่ได้มีความสัมพันธ์กับเด็ก ๆ วัดพารามิเตอร์ แลกเปลี่ยน CA เป็นโหนดลูกสามเชื้อครอบครัวและในทางกลับกันผู้ปกครองมก. แลกเปลี่ยน . otu ความอุดมสมบูรณ์( chao1 ) มีทั้งพ่อแม่และลูก ความสัมพันธ์ในครอบครัว แบคทีเรีย น่าสนใจความชื้นและความเป็นกรด - ด่าง และระบุปริมาณแม้ว่าความสัมพันธ์การวิเคราะห์องค์ประกอบของชุมชนเป็นอย่างมากโดยแบคทีเรียไม่ได้ออกมาเป็นโหนดใด ๆที่พ่อแม่ครอบครัว abundances . อย่างไรก็ตามไม่มีวัดหน้าที่ปรากฏเป็นโหนดในเครือข่ายที่ระบุที่ไม่มีทั้งความสัมพันธ์ระหว่างหน้าที่เฉพาะกิจกรรมและครอบครัวและแบคทีเรียโดยเฉพาะหรือพารามิเตอร์4 . การอภิปราย4.1 . ผลของการรักษาทางกายภาพและเคมีและความสัมพันธ์กับแบคทีเรียองค์ประกอบของชุมชนphysicochemistry ดินแตกต่างเพิ่มเติมจากเว็บไซต์มากกว่าการรักษาและความแตกต่างในหน้าที่ดินและโครงสร้างชุมชนแบคทีเรีย ( เฟอร์นานเดซet al . , พิมพ์ , เลขส่ง ) ดับมากกว่าของเว็บไซต์กว่าในการรักษา ซึ่งสอดคล้องกับข้อมูลก่อนหน้านี้ระบบฟาร์มและภูมิทัศน์ระดับการศึกษาการศึกษาปัจจัยที่มีผลต่อการเปลี่ยนแปลงประชากรจุลินทรีย์ดิน ( bossioet al . , 1998 ; คูราแม et al . , 2012 ; บิสสิต et al . , 2011 ) และความชื้นในดินได้รับการยืนยันว่าเป็นไดรเวอร์ที่สำคัญๆขององค์ประกอบของชุมชน( ไฟเยอร์ และ แจ็คสัน , 2006 ; เลาเบอร์ et al . , 2009 )3 การรักษา มีรูปแบบแตกต่างกันของปุ๋ยต่อเคมีของดิน และจุลชีววิทยา ผลของปุ๋ยมูลไก่อัดเม็ดsustane ®และการรักษาที่ให้เพิ่มปริมาณไนโตรเจนในขนาดใหญ่ระดับ , ค่อนข้างคล้ายกับผู้ที่จะเกิดขึ้นกับแร่นอกจาก n รวมทั้งค่าพีเอชต่ำ ( Barak et al . , 1997 ) ขณะที่เรารายงานอื่น ๆการลดลงของความหลากหลายของแบคทีเรียพบว่าในการรักษาเหล่านี้( Fernandez et al . , พิมพ์ , เลขส่ง ) เนื้อปุ๋ยไม่ได้เพิ่มขึ้น no3-n บอกว่า N การตรึงอาจจะแพ้ ปลดปล่อยไนโตรเจนในการรักษานี้ ซึ่งได้รับการเคยปฏิบัติกับมูลเนื้อแข็ง ( Beauchamp , 1986 ) ในเนื้อมูลรักษา เรายังไม่ได้สังเกตการอหรือในความหลากหลายของเชื้อแบคทีเรีย