10. Evidence of the mobile proton m

10. Evidence of the mobile proton model
Collision-energy-resolved SID experiments played a key role in establishing the mobile proton model [4], [5], [118], [119] and [120]. In these experiments, fragmentation efficiency curves (FECs) for protonated peptides were constructed from the experimental data by plotting the dependence of the fragmenting fraction of precursor ions as a function of collision energy. The relative position of FECs obtained for peptides of different sequences is determined by the amount of internal energy required to observe ion fragmentation on the experimental timescale. It has been demonstrated that FECs of peptides containing basic arginine and lysine residues are shifted toward higher energies, while FECs of doubly protonated peptides containing only one basic residue are shifted toward lower collision energies [5] and [118]. These results indicate that higher internal excitations are necessary for proton mobilization in peptides containing one basic residue and one ionizing proton. This finding was rationalized by assuming that the ionizing proton is sequestered by the basic residue, while the second proton, initially located on the second most basic site, is more readily mobilized when the ion’s internal energy increases during collision with a surface [121].

11. Energetics, dynamics, and mechanisms of peptide fragmentation
SID also has been widely used for understanding peptide fragmentation mechanisms [4], [5], [119], [121], [122], [123], [124], [125], [126], [127], [128], [129], [130] and [131]. For example, SID provided unique insights on the mechanisms of selective cleavages C-terminal to acidic residues. It has been demonstrated that FECs of peptides containing both basic (e.g., arginine, lysine, or histidine) and acidic residues (e.g., aspartic and glutamic acid) are shifted toward lower collision energies [123], [124] and [128]. This observation combined with the unique fragmentation patterns of peptides containing acidic and basic residues was attributed to charge-remote fragmentation at acidic residues facilitated by the strong solvation of charged side chains by the nearby carboxylic groups [119]. FT-ICR SID studies confirmed that salt-bridge intermediates, in which the protonated arginine residue is solvated by carboxyl groups play an important role in dissociation of arginine-containing peptides [127]. Dissociation pathways involving SB intermediates produce the same reaction products as canonical pathways but are kinetically hindered [127].

Time- and collision-energy-resolved SID experiments in FT-ICR combined with RRKM-based modeling of the experimental data [132] and [133] revealed that selective cleavage at acidic residues is associated with relatively low dissociation threshold and large negative activation entropy [128] and [129]. The kinetically hindered fragmentation at acidic residues is attributed to substantial rearrangements required to reach the transition state structure for dissociation. Similar results were obtained for selective fragmentation of peptides containing methionine sulfoxide residues [134]. FT-ICR SID also enabled the determination of the energetics and dynamics of individual dissociation pathways of protonated peptides, providing unique insights on the competition between backbone cleavage and small molecules loss (e.g., H2O and NH3) from different precursor ions [125] and [131].

FT-ICR SID of peptide radical cations and anions (M+radical dot and [M − 2H]−radical dot) produced through gas-phase fragmentation of positively and negatively charged CoIII(salen)–peptide complexes,[135] and [136] respectively, indicate that gas-phase fragmentation of peptide radical ions is an ergodic process [137]. Two populations of structures were identified in SID of M+radical dot ions of angiotensin analogs [138], while SID of the corresponding [M − 2H]−radical dot ions could be adequately described using a single population of structures [139]. The two populations of radical cation structures were ascribed to the canonical and zwitterionic structures separated by a high barrier [138]. SID also provided the first quantitative account of the effect of the charge and radical on the energetics and dynamics of peptide fragmentation [138] and [139]. It has been demonstrated that even-electron peptide ions containing basic arginine and histidine residues dissociate at higher collision energies than their odd-electron counterparts. RRKM modeling of SID data indicates that entropy effects are responsible for the reduced stability of the [M − 2H]−radical dot ions toward fragmentation, while the reduced stability of the M+radical dot ions is mainly determined by the lower dissociation threshold.

12. SID of proteins and protein complexes
Rapid excitation of ions in SID is particularly advantageous for the structural characterization of large proteins and protein complexes using MS/MS [12]. CID of such systems typically results in asymmetric fragmentation, where

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

10. หลักฐานรุ่นโปรตอนเคลื่อนชนพลังงานแก้ไข SID ทดลองเล่นบทบาทสำคัญในการสร้างโปรตอนเคลื่อนแบบ [4], [5], [118], [119] [120] และ ในการทดลองเหล่านี้ การกระจายตัวของประสิทธิภาพโค้ง (FECs) สำหรับเปปไทด์ protonated ได้จัดสร้างจากข้อมูลทดลอง โดยพล็อตการพึ่งพาของเศษ fragmenting ของประจุสารตั้งต้นเป็นฟังก์ชันของพลังงานการชน ตำแหน่งสัมพันธ์ของ FECs ได้เปปไทด์ลำดับแตกต่างกันจะถูกกำหนด โดยจำนวนของพลังงานภายในที่ต้องสังเกตการกระจายตัวของไอออนในสเกลทดลอง มันได้ถูกสาธิตว่า FECs ของเปปไทด์ที่ประกอบด้วยอาร์จินีนและไลซีนตกพื้นฐานจะเปลี่ยนไปทางพลังงานสูง ขณะ FECs ของสองเหตุการณ์ protonated เปปไทด์ ที่ประกอบด้วยสารตกค้างพื้นฐานเดียวจะเปลี่ยนไปทางล่างชนพลังงาน [5] และ [118] ผลลัพธ์เหล่านี้บ่งชี้ว่า excitations สูงภายในจำเป็นสำหรับโปรตอนเคลื่อนไหวในเปปไทด์ที่ประกอบด้วยสารตกค้างพื้นฐานหนึ่งและโปรตอนหนึ่ง ionizing ค้นหานี้ถูก rationalized โดยสมมติว่าโปรตอน ionizing จะนั้นถูกแยกจากสารตกค้างที่พื้นฐาน ขณะปฏิบัติโปรตอนสอง เริ่มต้นอยู่ที่ไซต์สองพื้นฐาน มากขึ้นเมื่อพลังงานภายในของไอออนเพิ่มขึ้นในระหว่างการชนกับพื้นผิว [121]11. พลัง dynamics และกลไกของการกระจายตัวของเพปไทด์SID ยังได้ถูกใช้สำหรับการทำความเข้าใจเกี่ยวกับเพปไทด์การกระจายตัวของกลไก [4], [5], [119], [121], [122], [123], [124], [125], [126], [127], [128], [129], [130] [131] และด้วย ตัวอย่าง SID ให้เฉพาะความเข้าใจในกลไกของ cleavages ใช้ C-เทอร์มินัลการตกค้างของกรด มันได้ถูกสาธิตว่า FECs ของเปปไทด์ที่ประกอบด้วยพื้นฐาน (เช่น อาร์จินีน แอล-ไลซีน หรือ histidine) และกรดตกค้าง (เช่น aspartic และกลูตาเมต) จะเปลี่ยนไปสู่พลังงานต่ำชน [123], [124] และ [128] สังเกตนี้รวมกับรูปแบบการกระจายตัวของเฉพาะของเปปไทด์ที่ประกอบด้วยกรด และพื้นฐานตกค้างเกิดจากการกระจายตัวของค่ารีโมทที่ตกเปรี้ยวอาศัย solvation แข็งแรงของโซ่ข้างคิดค่าธรรมเนียมกลุ่ม carboxylic ใกล้เคียง [119] ศึกษา FT ICR SID ยืนยันว่า สะพานเกลือ intermediates ซึ่งตกค้างอาร์จินีน protonated เป็น solvated กลุ่ม carboxyl มีบทบาทสำคัญใน dissociation ของอาร์จินีนที่ประกอบด้วยเปปไทด์ [127] มนต์ dissociation ที่เกี่ยวข้องกับ SB intermediates ผลิตผลิตภัณฑ์ปฏิกิริยาเดียวกันเป็นหลักเป็นที่ยอมรับแต่ ผู้ที่ขัดขวาง kinetically [127]เวลา - และชนพลังงานแก้ไขทดลอง SID ในกับ RRKM ตามโมเดลของข้อมูลทดลอง [132] [133] ICR ฟุตเปิดเผยว่า ปริเลือกที่ตกเปรี้ยวเกี่ยวข้องจำกัด dissociation ค่อนข้างต่ำ และเอนโทรปีของการเปิดใช้งานการลบจำนวนมาก [128] [129] กระจายตัวของ kinetically hindered ที่ตกเปรี้ยวเป็นบันทึกต้องถึงโครงสร้างการเปลี่ยนแปลงสถานะสำหรับ dissociation rearrangements พบ ผลคล้ายได้รับสำหรับงานการกระจายตัวของเปปไทด์ที่ประกอบด้วย methionine sulfoxide ตก [134] FT ICR SID ยังเปิดใช้งานการกำหนดพลังและของแต่ละ dissociation มนต์ของเปปไทด์ protonated ให้ข้อมูลเชิงลึกเฉพาะในการแข่งขันระหว่างแกนหลักปริและโมเลกุลขนาดเล็กขาดทุน (เช่น H2O และ NH3) จากสารตั้งต้นที่แตกต่างกัน [125] [131]FT-ICR SID ของเพปไทด์รุนแรงเป็นของหายากและ anions (M + รุนแรงจุดและจุด −radical [M − 2H]) ผลิตแก๊สระยะเรียงบวก และในเชิงลบคิด CoIII (เลน) – เพปไทด์คอมเพล็กซ์, [135] [136] และตามลำดับ บ่งชี้ว่า การกระจายตัวของเฟสก๊าซของเพปไทด์รุนแรงกันกระบวนการ ergodic [137] ประชากรสองของโครงสร้างได้ระบุใน SID ของ M + รุนแรงจุดประจุของพเตอร์ analogs [138], ขณะ SID สอดคล้องกัน [M − 2H] −radical จุดประจุอาจจะเพียงพออธิบายใช้ประชากรเดียวโครงสร้าง [139] ประชากรสองโครงสร้าง cation รุนแรงถูก ascribed การโครงสร้างมาตรฐาน และ zwitterionic โดยสิ่งกีดขวางสูง [138] SID ยังให้บัญชีแรกเชิงปริมาณของผลกระทบ ของค่าธรรมเนียม และรุนแรงในพลังและพลศาสตร์ของการกระจายตัวของเพปไทด์ [138] [139] มันได้ถูกแสดงว่า ประจุอิเล็กตรอนแม้เพปไทด์ประกอบด้วยพื้นฐานอาร์จินีนและ histidine ตก dissociate ที่สูงชนพลังงานกว่าคู่คี่อิเล็กตรอนของพวกเขา โมเดล RRKM SID ข้อมูลบ่งชี้ลักษณะเอนโทรปีชอบความมั่นคงลดลงของประจุจุด −radical [M − 2H] ไปกระจายตัว ในขณะที่เสถียรภาพลดลงของประจุ M + รุนแรงจุดส่วนใหญ่ถูกกำหนด โดยขีดจำกัดล่าง dissociation12. SID ของโปรตีนและโปรตีนคอมเพล็กซ์ในการกระตุ้นอย่างรวดเร็วของประจุใน SID เป็นประโยชน์อย่างยิ่งสำหรับการจำแนกโครงสร้างของโปรตีนขนาดใหญ่และสิ่งอำนวยความสะดวกโปรตีนโดยใช้ MS/MS [12] ซิดของระบบโดยทั่วไปผลการกระจายตัวของ asymmetric ที่

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

10.
หลักฐานของรูปแบบมือถือโปรตอนชน-พลังงานมีมติทดลองSID มีบทบาทสำคัญในการสร้างแบบจำลองโปรตอนมือถือ [4] [5], [118], [119] และ [120] ในการทดลองเหล่านี้มีประสิทธิภาพการกระจายตัวของเส้นโค้ง (FECs) สำหรับโปรตอนเปปไทด์ที่ถูกสร้างขึ้นจากข้อมูลการทดลองโดยการวางแผนการพึ่งพาอาศัยกันของส่วน fragmenting ของไอออนสารตั้งต้นที่เป็นฟังก์ชั่นของการใช้พลังงานการปะทะกัน ตำแหน่งสัมพัทธ์ของ FECs ได้รับสำหรับเปปไทด์ของลำดับที่แตกต่างกันจะถูกกำหนดโดยปริมาณของพลังงานภายในที่จำเป็นในการสังเกตการกระจายตัวของไอออนในระยะเวลาการทดลอง มันได้รับการแสดงให้เห็นว่า FECs ของเปปไทด์ที่มีพื้นฐานและ arginine ตกค้างไลซีนจะถูกเลื่อนไปทางพลังงานที่สูงขึ้นในขณะ FECs ของเปปไทด์โปรโตเนตทวีคูณที่มีเพียงคนเดียวที่เหลือจะถูกเลื่อนขั้นพื้นฐานไปสู่การปะทะกันพลังงานที่ต่ำกว่า [5] และ [118] ผลการศึกษานี้แสดงให้เห็นว่า excitations ภายในที่สูงขึ้นมีความจำเป็นในการระดมโปรตอนในเปปไทด์ที่มีสารตกค้างพื้นฐานหนึ่งและโปรตอนโอโซนหนึ่ง การค้นพบนี้ได้รับการให้เหตุผลโดยสมมติว่าโปรตอนโอโซนถูกแยกจากสารตกค้างขั้นพื้นฐานในขณะโปรตอนที่สองที่ตั้งอยู่ในขั้นต้นบนเว็บไซต์พื้นฐานที่สุดที่สองมากขึ้นกองกำลังได้อย่างง่ายดายเมื่อพลังงานภายในไอออนเพิ่มขึ้นในช่วงการปะทะกันกับพื้นผิว [121] 11 energetics การเปลี่ยนแปลงและกลไกของการกระจายตัวของเปปไทด์ซิดยังได้รับการใช้กันอย่างแพร่หลายสำหรับการทำความเข้าใจกลไกการกระจายตัวของเปปไทด์[4] [5], [119], [121], [122], [123], [124], [125 ], [126], [127], [128], [129], [130] และ [131] ยกตัวอย่างเช่น SID ให้ข้อมูลเชิงลึกที่ไม่ซ้ำกันในกลไกของปริเลือก C-terminal เพื่อตกค้างที่เป็นกรด มันได้รับการแสดงให้เห็นว่า FECs ของเปปไทด์ที่มีทั้งระดับล่าง (เช่นอาร์จินี, ไลซีนหรือฮิสติดีน) และสารตกค้างที่เป็นกรด (เช่นกรดกลูตามิกและ aspartic) จะขยับตัวไปทางพลังงานที่ต่ำกว่าการปะทะกัน [123], [124] และ [128] ข้อสังเกตนี้รวมกับรูปแบบการกระจายตัวที่เป็นเอกลักษณ์ของเปปไทด์ที่มีสารตกค้างที่เป็นกรดและพื้นฐานถูกนำมาประกอบในการเรียกเก็บระยะไกลที่การกระจายตัวของสารตกค้างที่เป็นกรดอำนวยความสะดวกโดย solvation ที่แข็งแกร่งของเครือข่ายด้านค่าใช้จ่ายโดยกลุ่มคาร์บอกซิบริเวณใกล้เคียง [119] FT-ICR SID การศึกษายืนยันว่าตัวกลางเกลือสะพานซึ่งตกค้างอาร์จินีโปรโตเนตเป็น solvated โดยกลุ่ม carboxyl มีบทบาทสำคัญในการแยกตัวของอาร์จินีเปปไทด์ที่มี [127] ทางเดินแยกออกจากกันที่เกี่ยวข้องกับตัวกลาง SB ผลิตสินค้าปฏิกิริยาเช่นเดียวกับทางเดินที่ยอมรับ แต่จะมีการขัดขวาง kinetically [127]. เวลาและการปะทะกันมีมติพลังงานในการทดลอง SID FT-ICR รวมกับการสร้างแบบจำลอง RRKM ตามข้อมูลการทดลอง [132] และ [ 133] เปิดเผยว่าความแตกแยกเลือกที่ตกค้างที่เป็นกรดมีความเกี่ยวข้องกับการแยกตัวออกเกณฑ์ที่ค่อนข้างต่ำและเอนโทรปียืนยันการใช้งานในเชิงลบที่มีขนาดใหญ่ [128] และ [129] กระจายตัวขัดขวางการเคลื่อนไหวร่างกายที่ตกค้างที่เป็นกรดมีสาเหตุมาเรียบเรียงใหม่อย่างมีนัยสำคัญที่จำเป็นในการเข้าถึงโครงสร้างการเปลี่ยนแปลงของรัฐในการแยกออกจากกัน ผลที่คล้ายกันที่ได้รับการคัดเลือกสำหรับการกระจายตัวของเปปไทด์ที่มีสารตกค้าง sulfoxide methionine [134] FT-ICR SID ยังเปิดใช้งานการกำหนด energetics และการเปลี่ยนแปลงของทางเดินแยกออกจากกันส่วนบุคคลของเปปไทด์โปรโตเนตให้ข้อมูลเชิงลึกที่ไม่ซ้ำกันในการแข่งขันระหว่างความแตกแยกกระดูกสันหลังและการสูญเสียโมเลกุลขนาดเล็ก (เช่น H2O และ NH3) จากไอออนสารตั้งต้นที่แตกต่างกัน [125] และ [ 131]. FT-ICR SID ของไพเพอร์เปปไทด์ที่รุนแรงและแอนไอออน (M + จุดที่รุนแรงและ [M - 2H] -radical dot) ผลิตผ่านการกระจายตัวของก๊าซธรรมชาติเป็นขั้นตอนของการบวกและประจุลบ CoIII (ซาเลน) คอมเพล็กซ์ -peptide [135] และ [136] ตามลำดับแสดงให้เห็นว่าการกระจายตัวของก๊าซเฟสของไอออนรุนแรงเปปไทด์เป็นกระบวนการอัตลักษณ์ [137] สองประชากรของโครงสร้างที่ถูกระบุใน SID ของ M + ไอออนจุดรุนแรงของ analogs angiotensin [138] ในขณะที่ SID ของที่สอดคล้องกัน [M - 2H] ไอออนจุด -radical อาจจะอธิบายอย่างเพียงพอโดยใช้ประชากรเดียวของโครงสร้าง [139] ทั้งสองของโครงสร้างประชากรไอออนบวกที่รุนแรงได้รับการกำหนดโครงสร้างที่ยอมรับและ zwitterionic คั่นด้วยกำแพงสูง [138] SID ยังให้บัญชีเชิงปริมาณครั้งแรกของผลกระทบของค่าใช้จ่ายและความรุนแรงใน energetics และการเปลี่ยนแปลงของการกระจายตัวของเปปไทด์ [138] และ [139] มันได้รับการแสดงให้เห็นว่าแม้อิเล็กตรอนประจุเปปไทด์ที่มีพื้นฐานและอาร์จินี histidine ตกค้างที่แยกตัวออกพลังงานชนที่สูงกว่าคู่แปลกอิเล็กตรอนของพวกเขา การสร้างแบบจำลอง RRKM ข้อมูล SID แสดงให้เห็นว่าผลกระทบเอนโทรปีมีความรับผิดชอบในความมั่นคงลดลงของ. [M - 2H] ไอออนจุด -radical ต่อการกระจายตัวในขณะที่ลดความมั่นคงของ M + ไอออนจุดที่รุนแรงจะถูกกำหนดโดยส่วนใหญ่เกณฑ์ที่ต่ำกว่าการแยกตัวออก12 . SID ของโปรตีนและโปรตีนคอมเพล็กซ์กระตุ้นอย่างรวดเร็วของไอออนในSID เป็นประโยชน์อย่างยิ่งสำหรับลักษณะโครงสร้างของโปรตีนที่มีขนาดใหญ่และโปรตีนโดยใช้ MS / MS [12] ตำรวจสันติบาลของระบบดังกล่าวมักจะส่งผลให้เกิดการกระจายตัวไม่สมมาตรที่