An almost uncharacterized area of p

An almost uncharacterized area of plant biology is the complement of organisms that live mutually with plant communities, or the metagenome. In many plants, the acquisition of inorganic minerals is facilitated by an active network of mycorrhizal associations between soil fungal species and plant roots. However, assessing how these fungal and plant species interact has been hampered by the fact that many fungal species cannot be cultured. The advent of high throughput sequencing has enabled an unprecedented opportunity to identify the genomic changes induced through these communal relationships. Ruzicka et al. (2013, this issue) use high throughput sequencing to characterize the transcriptomes of both the tomato genome and its arbuscular mycorrhizal fungal symbiont in the field (Ruzicka et al., 2013). Instead of culturing the symbiont, a metagenomic sequencing strategy was employed where RNA from a wild-type tomato plant and a mutant for reduced mycorrhizal colonization were sequenced and bioinfomatically separated. This metagenomic analysis revealed a suite of genes for transport and cell wall remodeling required for the symbiotic relationship. Metagenomic sequencing will open up the opportunity to explore additional symbiotic relationships and further functionally characterize aspects of the genome that are not innate to the genome sequence.
Future Plant Genomes

The first ∼50 plant genomes have provided a glimpse at the gene number, types and numbers of repeats, and how genomes grow and contract. However, we are just at the beginning of defining the functional aspects of plant genomes. To reach the goal of breeding better plants for future food, clothing, and energy, we will need to expand both the species sequenced, the number of species re-sequenced, and the type of omics data layered on genomes. Currently only one gymnosperm has been sequenced and no CAM (Crassulacean acid metabolism) photosynthetic plants have been sequenced. While we have come a long way over the past 13 yr since the publication of the Arabidopsis genome, we still have a long way to go before we will be able to engineer the plant of the future.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

พื้นที่เกือบ uncharacterized ชีววิทยาพืชเป็นส่วนประกอบของสิ่งมีชีวิตที่อาศัยอยู่ร่วมกันกับชุมชนโรงงาน หรือ metagenome ในพืชจำนวนมาก ซื้อแร่อนินทรีย์จะอำนวยความสะดวก โดยเครือข่ายการใช้งานของสมาคม mycorrhizal ระหว่างสายพันธุ์เชื้อราดินและรากพืช อย่างไรก็ตาม ประเมินวิธีการโต้ตอบของสายพันธุ์เชื้อราและพืชเหล่านี้ได้รับการขัดขวางความจริงที่ว่า ไม่ cultured เชื้อราหลายชนิด มายลำดับอัตราความเร็วสูงได้เปิดโอกาสประวัติการณ์ระบุการเปลี่ยนแปลง genomic ที่ทำให้เกิดสัมพันธ์ชุมชนเหล่านี้ Ruzicka et al. (2013 ปัญหานี้) ใช้อัตราความเร็วสูงลำดับเพื่อลักษณะ transcriptomes ของกลุ่มมะเขือเทศและมัน arbuscular mycorrhizal เชื้อรา symbiont ในฟิลด์ (Ruzicka et al., 2013) แทน culturing symbiont กลยุทธ์ลำดับ metagenomic ถูกจ้างที่อาร์เอ็นเอจากพืชป่าชนิดมะเขือเทศและ mutant สำหรับสนามลด mycorrhizal ถูกเรียงลำดับ และแยก bioinfomatically วิเคราะห์นี้ metagenomic เปิดเผยชุดของยีนสำหรับการขนส่ง และการเปลี่ยนแปลงของผนังเซลล์จำเป็นสำหรับความสัมพันธ์ symbiotic ลำดับ Metagenomic จะเปิดโอกาสที่จะได้ความสัมพันธ์ symbiotic เพิ่มเติม และเพิ่มเติม ฟังก์ชันลักษณะด้านจีโนมที่ไม่ใช่ข้อสอบลำดับกลุ่มGenomes พืชในอนาคตพืช genomes แรกของ ∼50 ได้ให้เหลือบที่ยีนจำนวน ชนิด และจำนวนการทำซ้ำ และวิธี genomes เติบโต และสัญญา อย่างไรก็ตาม เราอยู่ที่จุดเริ่มต้นของการกำหนดลักษณะงานของ genomes พืช การเข้าถึงเป้าหมายของการเพาะพันธุ์ต้นไม้ดีกว่าในอนาคตอาหาร เสื้อผ้า และพลังงาน เราจะต้องขยายทั้งชนิดการเรียงลำดับ จำนวนสปีชีส์ใหม่ที่เรียงลำดับ และชนิดของข้อมูลรุ่นชั้นใน genomes ปัจจุบันหนึ่ง gymnosperm มีการเรียงลำดับ และพืชไม่ photosynthetic CAM (Crassulacean กรดเมแทบอลิซึม) มี การเรียงลำดับ ในขณะที่เรามีวิธีมานานเหนือปี 13 ผ่านมาตั้งแต่การประกาศของจีโนม Arabidopsis เรายังมีแบบไปก่อนที่เราจะสามารถวิศวกรโรงงานในอนาคต

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

พื้นที่ uncharacterized เกือบชีววิทยาพืชเป็นส่วนประกอบของสิ่งมีชีวิตที่อาศัยอยู่ร่วมกันกับสังคมพืชหรือ metagenome ในพืชหลายชนิดเข้าซื้อกิจการของแร่ธาตุอนินทรีอำนวยความสะดวกโดยเครือข่ายที่ใช้งานของสมาคม mycorrhizal ระหว่างสายพันธุ์ของเชื้อราในดินและรากพืช อย่างไรก็ตามการประเมินวิธีการเหล่านี้เชื้อราและพันธุ์พืชโต้ตอบได้รับการขัดขวางจากข้อเท็จจริงที่ว่าสายพันธุ์ของเชื้อราจำนวนมากไม่สามารถจะเลี้ยง การถือกำเนิดของลำดับสูง throughput ได้เปิดใช้งานมีโอกาสเป็นประวัติการณ์ที่ระบุการเปลี่ยนแปลงจีโนมเหนี่ยวนำผ่านทางความสัมพันธ์ของชุมชนเหล่านี้ Ruzicka et al, (2013 ปัญหานี้) ใช้ลำดับอัตราความเร็วสูงที่จะอธิบายลักษณะรานทั้งจีโนมมะเขือเทศและ symbiont เชื้อราไมคอไรซาของ Arbuscular ในสนาม (Ruzicka et al., 2013) แทนการเพาะเลี้ยง symbiont เป็นกลยุทธ์ลำดับ Metagenomic ถูกจ้างมาที่อาร์เอ็นเอจากมะเขือเทศชนิดป่าและกลายพันธุ์สำหรับการล่าอาณานิคม mycorrhizal ลดลงมีลำดับขั้นตอนและแยก bioinfomatically การวิเคราะห์ Metagenomic เปิดเผยชุดของยีนสำหรับการขนส่งและการเปลี่ยนแปลงของผนังเซลล์จำเป็นสำหรับความสัมพันธ์ทางชีวภาพ ลำดับ Metagenomic จะเปิดโอกาสในการสำรวจความสัมพันธ์ทางชีวภาพเพิ่มเติมและต่อไปการทำงานลักษณะด้านของจีโนมที่ไม่ทำให้เกิดลำดับจีโนม.
ในอนาคตพืชจีโนมครั้งแรก ~50 จีโนมของพืชได้ให้เหลือบที่หมายเลขยีนชนิดและตัวเลข ซ้ำและวิธีการที่จีโนมของการเจริญเติบโตและการทำสัญญา แต่เราเป็นเพียงจุดเริ่มต้นของการกำหนดลักษณะการทำงานของจีโนมของพืช เพื่อบรรลุเป้าหมายของการปรับปรุงพันธุ์พืชที่ดีขึ้นในอนาคตสำหรับอาหาร, เสื้อผ้า, และพลังงานที่เราจะต้องมีการขยายตัวทั้งสองสายพันธุ์ติดใจจำนวนของสายพันธุ์ใหม่ติดใจและชนิดของข้อมูล omics ชั้นในจีโนม ขณะนี้มีเพียงหนึ่ง gymnosperm ได้รับการจัดลำดับและไม่มี CAM (การเผาผลาญกรด Crassulacean) พืชสังเคราะห์แสงได้รับการจัดลำดับ ในขณะที่เรามีวิธีมานานกว่า 13 ปีที่ผ่านมาตั้งแต่การประกาศของจีโนมของ Arabidopsis ที่เรายังคงมีทางยาวไปก่อนที่เราจะสามารถให้วิศวกรโรงงานในอนาคต

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

พื้นที่เกือบ uncharacterized ชีววิทยาของพืชเป็นส่วนเติมเต็มของสิ่งมีชีวิตที่อาศัยอยู่ร่วมกันกับชุมชน โรงงาน หรือ metagenome . ในพืชหลายชนิด การซื้อของแร่ธาตุอนินทรีย์ คือ สนับสนุนโดยเครือข่ายที่ใช้งานของสมาคมระหว่างเชื้อราไมโคไรซาชนิดดินและรากพืช . อย่างไรก็ตามการประเมินวิธีการชนิดของเชื้อราและพืชเหล่านี้โต้ตอบได้รับการขัดขวางโดยความจริงที่ว่าชนิดของเชื้อรามากไม่สามารถเลี้ยง การมาถึงของการส่งผ่านสูงได้เปิดโอกาสประวัติการณ์เพื่อระบุการเปลี่ยนแปลงพันธุกรรมและความสัมพันธ์ของชุมชน ผ่านเหล่านี้ รูซีค่า et al . ( ปี 2556ปัญหานี้ ) ใช้สูง throughput sequencing เพื่อวิเคราะห์ transcriptomes ทั้งจีโนมของน้ำมะเขือเทศและเชื้อราไมโคไรซา symbiont ในฟิลด์ ( รูซีค่า et al . , 2013 ) การเพาะเลี้ยง symbiont แทน ,กลยุทธ์การเป็นเมตาจีโนมิคใช้ยีนจากพืชที่กลายพันธุ์ของมะเขือเทศและเพื่อลดการเป็นลำดับ bioinfomatically ไมโคไรซาและแยกออกจากกัน การวิเคราะห์เมตาจีโนมิคพบชุดของยีนสำหรับการขนส่งและการเปลี่ยนแปลงผนังเซลล์ที่จำเป็นสำหรับความสัมพันธ์ symbiotic .