he closest relatives of the isolate

he closest relatives of the isolates were determined by
performing a search against public databases,
and the sequences of the most closely related species were retrieved
from the NCBI database. Multiple alignments of the
sequences were carried out using the program CLUSTAL_X,
version 2.0 (Thompson et al., 1997). Distance matrices for
the aligned sequences were calculated using the twopara metermethod of Kimura (1980).

The neighbourjoining
method (Saitou & Nei, 1987) was used to construct
a phylogenetic tree. The robustness of individual branches
was estimated by bootstrapping with 1000 replicates
(Felsenstein, 1985). Phylogenetic trees were also constructed
using the maximum-likelihood (Cavalli-Sforza &
Edwards, 1967) and maximum-parsimony (Kluge & Farris,
1969) methods by using PHYLIP version 3.65 (Felsenstein,
2005). The 16S rRNA gene sequences of the isolates were
compared, and the sequence of Ryu1-2T was used to search
for sequence similarities within the database. Sequences of
approx. 1500 bp of the 16S rRNA gene (approx. 400 bp for
rpoA and 350 bp for pheS) were used to construct
phylogenetic trees. The sequence of Ryu1-2T showed quite
low sequence similarity to known species of LAB: all
similarities were less than 93 %, and the closest known
relatives were the type strains of L. hilgardii (92.8 %),
L. kefiri (92.7 %), L. composti (92.6 %) and L. buchneri
(92.4 %). The isolates clustered most closely with
L. composti (Endo & Okada, 2007) using the neighbourjoining
and maximum-parsimony methods (Fig. 1 and

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เขาญาติใกล้ชิดของการแยกก็ตาม
การค้นหาจากฐานข้อมูลสาธารณะ,
และลำดับของสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดมากที่สุดถูกเรียก
จากฐานข้อมูล NCBI การจัดแนวของหลาย
ลำดับถูกดำเนินการโดยใช้โปรแกรม CLUSTAL_X,
รุ่น 2.0 (ทอมป์สันและ al., 1997) ห่างจากเมทริกซ์สำหรับ
ลำดับการจัดตำแหน่งที่ถูกคำนวณโดยใช้ metermethod twopara ของคิมุระโย (1980)

Neighbourjoining
วิธี (Saitou & Nei, 1987) ถูกใช้เพื่อสร้าง
phylogenetic ต้นไม้ เสถียรภาพของแต่ละสาขา
ถูกประเมิน โดย bootstrapping กับ 1000 เหมือนกับ
(Felsenstein, 1985) ยังได้สร้างต้นไม้ phylogenetic
ใช้โอกาสสูงสุด (& Cavalli สฟอร์ซา
เอ็ดเวิร์ด 1967) และสูงสุด parsimony (Kluge & Farris,
1969) วิธี โดยการใช้ PHYLIP รุ่น 3.65 (Felsenstein,
2005) ลำดับ 16S rRNA การยีนของแยกได้
เปรียบเทียบ และลำดับของ Ryu1 2T ถูกใช้เพื่อค้นหา
สำหรับลำดับความเหมือนภายในฐานข้อมูล ลำดับของ
16S rRNA ยีนประมาณ 1500 bp (ประมาณ 400 bp สำหรับ
rpoA และ 350 bp สำหรับ pheS) ถูกใช้สร้าง
ต้นไม้ phylogenetic ลำดับของ Ryu1 2T แสดงให้เห็นว่าค่อนข้าง
ต่ำลำดับคล้ายการรู้จักพันธุ์ห้องปฏิบัติการ: ทั้งหมด
ความเหมือนไม่น้อยกว่า 93% และเป็นที่รู้จักสุด
ญาติถูกสายพันธุ์ชนิดของ L. hilgardii (92.8%),
L. kefiri (92.7%), L. composti (92.6%) และ L. buchneri
(92.4 %) แยกการจับกลุ่มอย่างใกล้ชิดที่สุดกับ
L. composti (Endo &โอคาดะ 2007) โดยใช้การ neighbourjoining
และวิธีการสูงสุด parsimony (Fig. 1 และ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เขาเป็นญาติสนิทของสายพันธุ์ได้รับการพิจารณาโดย
การค้นหากับฐานข้อมูลสาธารณะ
และลำดับของสายพันธุ์มากที่สุดที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดที่ถูกดึง
จากฐานข้อมูล NCBI หลายแนวของ
ลำดับได้ดำเนินการโดยใช้ CLUSTAL_X โปรแกรม
รุ่น 2.0 (ธ อมป์สันและอัล., 1997) การฝึกอบรมทางไกลสำหรับ
ลำดับชิดได้รับการคำนวณโดยใช้ metermethod twopara ของคิมูระ (1980) neighbourjoining วิธี (Saitou และ Nei, 1987) ถูกใช้ในการสร้างต้นไม้สายวิวัฒนาการ ความทนทานของแต่ละสาขาเป็นที่คาดกันโดย bootstrapping 1000 ซ้ำ(Felsenstein, 1985) ต้นไม้ถูกสร้างขึ้นนอกจากนี้ยังใช้โอกาสสูงสุด (Cavalli-ฟอร์ซาและเอ็ดเวิร์ด, 1967) และความประหยัดสูงสุด (Kluge และ Farris, 1969) โดยใช้วิธีการ PHYLIP รุ่น 3.65 (Felsenstein, 2005) 16S rRNA ลำดับยีนของเชื้อที่ถูกเมื่อเทียบและลำดับของ Ryu1-2T ถูกใช้ในการค้นหาความคล้ายคลึงกันกับลำดับในฐานข้อมูล ลำดับของประมาณ 1,500 bp ของยีน 16S rRNA (ประมาณ 400 bp เพื่อRPOA และ 350 bp เพื่อ pheS) ถูกนำมาใช้ในการสร้างต้นไม้ ลำดับของ Ryu1-2T แสดงให้เห็นว่าค่อนข้างคล้ายคลึงกันลำดับต่ำชนิดที่รู้จักกันของ LAB: ทุกความคล้ายคลึงกันน้อยกว่า 93% และเป็นที่รู้จักใกล้ชิดญาติเป็นสายพันธุ์ชนิดของ hilgardii ลิตร (92.8%), แอล kefiri (92.7%), L. composti (92.6%) และ buchneri ลิตร(92.4%) แยกกลุ่มมากที่สุดอย่างใกล้ชิดกับแอล composti (Endo และโอคาดะ, 2007) โดยใช้ neighbourjoining และวิธีการประหยัดสูงสุด (รูปที่ 1 และ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เขาใกล้ญาติของไอโซเลทที่กำหนดโดยการค้นหาจากฐานข้อมูลสาธารณะ

, และลำดับของความสัมพันธ์ใกล้ชิดที่สุดชนิดดึง
จาก ncbi ฐานข้อมูล หลายการจัดแนวของ
ลำดับได้ทดลองใช้โปรแกรม clustal_x
, รุ่น 2.0 ( Thompson et al . , 1997 ) ระยะทางที่เมทริกซ์สำหรับ
ดูแลลำดับได้ใช้ twopara metermethod ของคิมูระ ( 1980 )


neighbourjoining วิธี ( ไซโตะ&เนย , 1987 ) ถูกใช้เพื่อสร้าง
phylogenetic ต้นไม้ . ความทนทานของแต่ละกิ่ง
ประมาณ 1000 ซ้ำ bootstrapping
( felsenstein , 1985 ) ต้นไม้ ซึ่งก็สร้าง
โดยใช้ความน่าจะเป็นสูงสุด ( Cavalli สฟอร์ซา&
เอ็ดเวิร์ด1967 ) และความตระหนี่สูงสุด ( ครุก&ฟาร์ริส
, 1969 ) โดยวิธีใช้รุ่น phylip 3.65 ( felsenstein
, 2005 ) การลำดับเบส 16S rRNA ยีนของไอโซเลท
เมื่อเทียบกับลำดับของ ryu1-2t ใช้ค้นหา
ลำดับความคล้ายคลึงกันในฐานข้อมูล ลำดับของ
ประมาณ 1500 คู่เบสของยีน 16S rRNA ( ประมาณ 400 BP สำหรับ
rpoa และ 350 BP สำหรับเยื่อ ) ถูกใช้เพื่อสร้าง
ต้นไม้วิวัฒนาการ . ลำดับของ ryu1-2t พบค่อนข้างต่ำลำดับเหมือน
ชนิดที่รู้จักของ Lab :
ความคล้ายคลึงกว่า 93% และใกล้กัน
ญาติเป็นชนิดสายพันธุ์ของ L . hilgardii ( 92.8 % )
. kefiri ( 92.7% ) L composti ( 92.6% ) และ buchneri
( ร้อยละ 92.4 ) แยกได้เป็นกลุ่มอย่างใกล้ชิดมากที่สุดด้วย
L composti ( เอ็นโด&โอคาดะ , 2007 ) ใช้ neighbourjoining
และวิธีความตระหนี่สูงสุด ( รูปที่ 1 และ