Web implementationThe algorithm des

Web implementation
The algorithm described for the identification of regulatory regions by comparative sequence analysis has been implemented as an intuitive and easy to use web service named ConSite [23]. The implementation allows for three analysis modes: first, alignment and conserved-site analysis of two orthologous genomic sequences applying one or more TF profiles; second, conserved site analysis on a submitted alignment, which allows users to generate alignments from their preferred tools and allows for the analysis of longer genomic sequences; and third, a single-sequence analysis tool. The single-sequence service is functionally comparable to the TESS system [24], but utilizes the
JASPAR profile collection [15]. Alignment submission accepts the de facto standard CLUSTALW format [25]. In all operating modes, users are allowed to submit a cDNA sequence to define exon locations. Users may also submit new matrix profiles of their own construction.
Results can be obtained in three distinct report formats. Graphical view (Figure 3a) displays an alignment overview and conservation plots with x-axis reference for each submitted sequence. Positions of conserved TFBSs are indicated above the plot. The transcription-factor labels are equipped with mouse-over function to display additional data (the name and structural class of the factor, and the absolute and relative site scores), and are hyperlinked to further information on the TF and its binding profile (Figure 3b). The popup windows provide data summaries, including a sequence logo (graphical representation of the specificity of the profile based on position-specific information content [26]) with the corresponding profile from the database. Alignment view (Figure 3c) provides a detailed overview of the detected potential TFBSs displayed on the sequence. The numbering indicates positions in the actual sequences, and the predicted TFBSs are marked. For convenience, a tabular output of detected sites with associated details is also provided in Table view.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ใช้งานเว็บมีการใช้อัลกอริทึมที่อธิบายไว้สำหรับการระบุขอบเขตการกำกับดูแล โดยการวิเคราะห์เปรียบเทียบเป็นบริการใช้งานง่าย และสะดวกในการใช้เว็บชื่อ ConSite [23] ใช้งานช่วยให้การวิเคราะห์สามโหมด: ครั้งแรก ตำแหน่ง และไซต์อาศัยวิเคราะห์ลำดับ genomic orthologous สองใช้หนึ่ง หรือหลายรหัสโพรไฟล์ วิเคราะห์การจัดส่ง ซึ่งผู้ใช้สามารถสร้างจัดแนวจากเครื่องมือของพวกเขาต้องการ และช่วยให้การวิเคราะห์อีก genomic ลำดับ นำ สองไซต์ และ อื่น ๆ เครื่องมือวิเคราะห์ลำดับเดียว บริการเดียวลำดับฟังก์ชันเทียบได้กับระบบเทสส์ [24], แต่ใช้การ JASPAR โพรไฟล์ชุด [15] จัดส่งยอมรับเดิมมาตรฐาน CLUSTALW รูปแบบ [25] ในโหมดการทำงานทั้งหมด ผู้ได้รับอนุญาตให้ถือลำดับ cDNA เพื่อกำหนดตำแหน่ง exon ผู้ใช้อาจยังส่งค่าเมตริกซ์ใหม่ของตนเองได้ผลลัพธ์ในรูปแบบรายงานทั้งสาม ดูรูปภาพ (รูปที่ 3a) แสดงภาพการจัดตำแหน่ง และอนุรักษ์ผืนกับแกนอ้างอิงสำหรับแต่ละลำดับส่ง ตำแหน่งของ TFBSs นำจะแสดงด้านบนพล็อต ป้าย transcription ปัจจัยเพียบพร้อมไป ด้วยฟังก์ชันมากกว่าเมาส์เพื่อแสดงข้อมูลเพิ่มเติม (ชื่อและระดับโครงสร้างของตัว และคะแนนแบบสัมบูรณ์ และสัมพัทธ์ไซต์), และมีการเชื่อมโยงหลายมิติให้ข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับรหัสและโปรไฟล์ของผูก (รูปที่ 3b) หน้าต่างแบบผุดขึ้นให้สรุปข้อมูล รวมถึงโลโก้ลำดับ (ภาพของ specificity โพรไฟล์ตามเนื้อหาข้อมูลตำแหน่งเฉพาะ [26]) กับส่วนกำหนดค่าที่เกี่ยวข้องจากฐานข้อมูล ดูตำแหน่ง (รูปที่ 3 c) แสดงภาพรวมโดยละเอียดของ TFBSs อาจพบปรากฏในลำดับที่ กำหนดหมายเลขระบุตำแหน่งในลำดับจริง และทำเครื่องหมาย TFBSs คาดการณ์ ยังให้บริการออกแบบตารางของอเมริกาที่ตรวจพบมีรายละเอียดที่เกี่ยวข้องเพื่อความสะดวก ในมุมมองตาราง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การใช้งานเว็บ
ขั้นตอนวิธีการอธิบายเพื่อระบุตัวตนของภูมิภาคกฎระเบียบโดยการวิเคราะห์ลำดับเปรียบเทียบได้รับการดำเนินการตามที่ใช้งานง่ายและง่ายต่อการใช้บริการเว็บชื่อ ConSite [23] การดำเนินงานที่ช่วยให้การวิเคราะห์สามโหมดแรกการจัดตำแหน่งและการวิเคราะห์การอนุรักษ์สถานที่ของสองลำดับจีโนม orthologous ใช้อย่างใดอย่างหนึ่งหรือมากกว่าโปรไฟล์ TF; สองการวิเคราะห์การอนุรักษ์เว็บไซต์ในการจัดตำแหน่งส่งซึ่งจะช่วยให้ผู้ใช้สามารถสร้างจัดแนวจากเครื่องมือที่ต้องการของพวกเขาและช่วยให้การวิเคราะห์ลำดับจีโนมอีกต่อไป; และสามเครื่องมือในการวิเคราะห์ลำดับเดียว บริการเดียวลำดับเป็นหน้าที่เปรียบได้กับระบบ TESS [24] แต่ใช้
การเก็บรวบรวมรายละเอียด Jaspar [15] การจัดส่งยอมรับโดยพฤตินัยรูปแบบ ClustalW มาตรฐาน [25] ในโหมดการปฏิบัติการทั้งหมดผู้ใช้จะได้รับอนุญาตให้ส่งลำดับยีนที่จะกำหนดสถานที่เอกซ์ซอน ผู้ใช้ยังสามารถส่งโปรไฟล์เมทริกซ์ใหม่ของการก่อสร้างของตัวเอง.
ผลสามารถหาได้ในสามรูปแบบที่แตกต่างรายงาน มุมมองแบบกราฟิก (รูปที่ 3a) แสดงภาพรวมของการจัดตำแหน่งและแผนการอนุรักษ์ที่มีการอ้างอิงแกน x สำหรับแต่ละลำดับส่ง ตำแหน่งของ TFBSs อนุรักษ์ที่ระบุไว้ข้างต้นพล็อต ป้ายถอดความปัจจัยต่างๆประกอบไปด้วยฟังก์ชั่นเมาส์มากกว่าเพื่อแสดงข้อมูลเพิ่มเติม (ชื่อและชั้นโครงสร้างของปัจจัยและแน่นอนและคะแนนเว็บไซต์ญาติ) และได้รับการเชื่อมโยงหลายมิติไปยังข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับ TF และรายละเอียดของผลผูกพัน (รูปที่ 3b) หน้าต่างป๊อปอัพให้สรุปข้อมูลรวมทั้งโลโก้ลำดับ (แสดงภาพของความจำเพาะของรายละเอียดขึ้นอยู่กับเนื้อหาข้อมูลตำแหน่งที่เฉพาะเจาะจง [26]) กับรายละเอียดที่เกี่ยวข้องจากฐานข้อมูล มุมมองการจัด (รูปที่ 3c) ให้รายละเอียดภาพรวมของ TFBSs ที่มีศักยภาพที่ตรวจพบปรากฏบนลำดับ หมายเลขบ่งชี้ตำแหน่งในลำดับที่เกิดขึ้นจริงและที่คาดการณ์ไว้ TFBSs มีการทำเครื่องหมาย เพื่ออำนวยความสะดวกการส่งออกตารางของเว็บไซต์ตรวจพบมีรายละเอียดที่เกี่ยวข้องนอกจากนี้ยังมีในมุมมองตาราง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เว็บการปฏิบัติ
ขั้นตอนวิธีอธิบายรหัสของกฎระเบียบภูมิภาคโดยการวิเคราะห์ลำดับเปรียบเทียบได้ถูกพัฒนาเป็นง่ายและสะดวกในการใช้บริการเว็บที่ชื่อ consite [ 23 ] การอนุญาตให้สามโหมดแรก แนวอนุรักษ์ และการวิเคราะห์เว็บไซต์การวิเคราะห์สอง orthologous จีโนมลำดับการใช้หนึ่งหรือมากกว่าหนึ่งโปรไฟล์ TF ; สองศึกษาการวิเคราะห์เว็บไซต์ที่ส่งจัด ซึ่งจะช่วยให้ผู้ใช้เพื่อสร้างแนวร่วมจากเครื่องมือที่ต้องการของพวกเขาและช่วยให้สำหรับการวิเคราะห์จีโนมลำดับอีกต่อไป และสาม เป็นลําดับเดียวเครื่องมือในการวิเคราะห์ บริการลำดับเดียว โดยเทียบเคียงกับระบบเทส [ 24 ] แต่ใช้คอลเลกชันโปรไฟล์ jaspar
[ 15 ]ส่งการยอมรับมาตรฐาน de facto clustalw รูปแบบ [ 25 ] ในปฏิบัติการโหมดผู้ใช้ที่ได้รับอนุญาตให้ส่งดีเอ็นเอลำดับ 8 เพื่อกำหนดตำแหน่ง ผู้ใช้ยังอาจส่งรูปแบบเมทริกซ์ใหม่ของการก่อสร้างของพวกเขาเอง .
ผลลัพธ์ได้ใน 3 รูปแบบ รายงานที่แตกต่างกันมุมมองแบบกราฟิก ( รูปที่ 3 ) จะแสดงแนวภาพรวมและแปลงอนุรักษ์กับแกนอ้างอิงสำหรับแต่ละเป็นลำดับ ตำแหน่งของ tfbss อนุรักษ์ที่ระบุข้างต้นเป็นพล็อต การถอดความปัจจัยป้ายพร้อมเมาส์ฟังก์ชั่นเพื่อแสดงข้อมูลเพิ่มเติม ( ชื่อและโครงสร้างชั้นของปัจจัยและแบบสัมบูรณ์ และสัมพัทธ์เว็บไซต์คะแนน )และมีมิติให้ข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับ TF และโปรไฟล์ของผูกพัน ( รูปที่ 3B ) ป๊อปอัพหน้าต่างให้สรุปข้อมูลรวมทั้งลำดับโลโก้ ( การแสดงกราฟิกของความจำเพาะของโปรไฟล์ตามตําแหน่งข้อมูลเฉพาะเนื้อหา [ 26 ] ) โดยมีรายละเอียดที่เกี่ยวข้องจากฐานข้อมูลจัดมุมมอง ( รูปที่ 3 ) ให้ภาพรวมรายละเอียดของการตรวจพบศักยภาพ tfbss แสดงในลำดับ เลขระบุตำแหน่งในลำดับจริง และคาดการณ์ tfbss เป็นเครื่องหมาย เพื่อสะดวกในการแสดงผลแบบตารางของการตรวจพบเว็บไซต์ที่มีรายละเอียดที่เกี่ยวข้องยังจัดตารางดู