While genetic variants can become f

While genetic variants can become fixed in different populations by either neutral forces (genetic drift) or positive selection, we took advantage of the genetic differentiation between groups to search for group-specific SNPs that might be of biological relevance. We investigated whether particular functional categories (biological processes in Gene Ontology) were enriched among genes containing high or moderate effect group- and species-specific SNP variants (Supplementary file 12). While most enrichment terms were specific to one marker set, the terms ‘protein phosphorylation’, ‘microtubule-based movement’ and ‘movement of cell or subcellular component’ were enriched in five, three and two out of the nine tested SNP sets, respectively (Figure 9—figure supplement 4). More group specific enrichments with potentially more easily interpretable biological implications include 1) ‘response to immune response of other organism involved in symbiotic interaction’ for Ldon1, 2) ‘mismatch repair’ for Linf1 in response to oxidative stress and 3) ‘pathogenesis’ for the L. infantum – L. donovani species comparison (Figure 9—figure supplement 4). For the species comparison, the enrichment of the term ‘pathogenesis’ was due to fixed differences of putative functional relevance in genes including a protein containing a Tir chaperone (CesT) domain, a subtilisin protease and a Bardet-biedl syndrome one protein that are putative candidates for increased pathogenicity in L. donovani (Table 3, Supplementary file 4). Tir (translocated intimin receptor) chaperones are a family of key indicators of pathogenic potential in gram-negative bacteria, where they support the type III secretion system (Delahay et al., 2002). Proteins containing these domains are almost exclusive to kinetoplastids among eukaryotes. In L. donovani, a subtilisin protease (SUB; Clan SB, family S8), has been found to alter regulation of the trypanothione reductase system, which is required for reactive oxygen detoxification in amastigotes and to be necessary for full virulence (Swenerton et al., 2010). The Bardet-biedl syndrome 1 (BBS1) gene in Leishmania was shown to be involved in pathogen infectivity. BBS1 knock-out strains, as promastigotes in vitro, had no apparent defects affecting growth, flagellum assembly, motility or differentiation but showed a reduced infectivity for in vitro macrophages and the ability to infect BALB/c mouse of null parasites was severely compromised (Price et al., 2013).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แม้ว่าความแปรปรวนทางพันธุกรรมสามารถแก้ไขได้ในประชากรที่แตกต่างกันโดยแรงเป็นกลาง (การเลื่อนลอยทางพันธุกรรม) หรือการคัดเลือกเชิงบวก เราใช้ประโยชน์จากความแตกต่างทางพันธุกรรมระหว่างกลุ่มเพื่อค้นหา SNP เฉพาะกลุ่มที่อาจมีความเกี่ยวข้องทางชีวภาพ เราตรวจสอบว่าหมวดหมู่การทำงานเฉพาะ (กระบวนการทางชีวภาพใน Gene Ontology) ได้รับการเสริมสมรรถนะในยีนที่มีกลุ่มเอฟเฟกต์สูงหรือปานกลางและตัวแปร SNP เฉพาะสปีชีส์ (ไฟล์เสริม 12) ในขณะที่คำศัพท์เสริมสมรรถนะส่วนใหญ่มีความเฉพาะเจาะจงกับชุดมาร์กเกอร์ชุดเดียว คำว่า 'โปรตีนฟอสโฟรีเลชั่น', 'การเคลื่อนไหวตามไมโครทูบูล' และ 'การเคลื่อนไหวของเซลล์หรือส่วนประกอบของเซลล์ย่อย' ได้รับการเสริมสมรรถนะในชุด SNP ที่ทดสอบห้า, สามและสองจากเก้าชุด ตามลำดับ (รูปที่ 9—รูปที่เสริม 4) การเพิ่มคุณค่าเฉพาะกลุ่มเพิ่มเติมที่อาจมีผลกระทบทางชีวภาพที่ตีความได้ง่ายขึ้น ได้แก่ 1) 'การตอบสนองต่อการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันของสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องกับปฏิสัมพันธ์ทางชีวภาพ' สำหรับ Ldon1, 2) 'การซ่อมแซมที่ไม่ตรงกัน' สำหรับ Linf1 เพื่อตอบสนองต่อความเครียดจากปฏิกิริยาออกซิเดชัน และ 3) 'การเกิดโรค' สำหรับ การเปรียบเทียบสายพันธุ์ L. infantum – L. donovani (รูปที่ 9 — รูปที่เสริม 4) สำหรับการเปรียบเทียบสายพันธุ์ การเพิ่มคุณค่าของคำว่า 'กลไกการเกิดโรค' เกิดจากความแตกต่างคงที่ของความเกี่ยวข้องเชิงฟังก์ชันสมมุติในยีน รวมถึงโปรตีนที่มีโดเมน Tir chaperone (CesT) โปรตีเอสซับติลิซิน และกลุ่มอาการ Bardet-biedl หนึ่งโปรตีนที่สมมุติ ผู้สมัครเพื่อเพิ่มการเกิดโรคใน L. donovani (ตารางที่ 3 ไฟล์เสริม 4) พี่เลี้ยง Tir (translocated intimin receptor) เป็นตระกูลของตัวบ่งชี้สำคัญเกี่ยวกับศักยภาพในการทำให้เกิดโรคในแบคทีเรียแกรมลบ ซึ่งพวกมันสนับสนุนระบบการหลั่งประเภท III (Delahay et al., 2002) โปรตีนที่มีโดเมนเหล่านี้แทบจะไม่มีอยู่ในไคเนโทพลาสติดในยูคาริโอตเลย ใน L. donovani พบว่าโปรตีเอส subtilisin (SUB; Clan SB, ตระกูล S8) พบว่ามีการเปลี่ยนแปลงกฎระเบียบของระบบ trypanothione reductase ซึ่งจำเป็นสำหรับการล้างพิษด้วยออกซิเจนปฏิกิริยาใน amastigotes และจำเป็นสำหรับความรุนแรงเต็มรูปแบบ (Swenerton et al ., 2010) ยีน Bardet-biedl syndrome 1 (BBS1) ใน Leishmania แสดงให้เห็นว่าเกี่ยวข้องกับการติดเชื้อของเชื้อโรค สายพันธุ์ BBS1 ที่ทำให้ล้มลง เช่น promasticotes ในหลอดทดลอง ไม่มีข้อบกพร่องที่ชัดเจนซึ่งส่งผลต่อการเจริญเติบโต การประกอบแฟลเจลลัม การเคลื่อนที่หรือการสร้างความแตกต่าง แต่แสดงให้เห็นการติดเชื้อที่ลดลงสำหรับมาโครฟาจ ในหลอดทดลอง และความสามารถในการติดเชื้อในหนู BALB/c ของปรสิตที่เป็นโมฆะถูกบุกรุกอย่างรุนแรง (ราคา และคณะ 2013)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

แม้ว่าการกลายพันธุ์ทางพันธุกรรมสามารถแก้ไขได้ในกลุ่มต่าง ๆ ด้วยแรงที่เป็นกลาง (การเลื่อนทางพันธุกรรม) หรือการเลือกในเชิงบวก แต่เราใช้ความแตกต่างทางพันธุกรรมระหว่างกลุ่มเพื่อค้นหา SNP ที่เฉพาะเจาะจงของประชากรที่อาจมีความสัมพันธ์ทางชีวภาพ เราศึกษาว่าหมวดหมู่การทำงานเฉพาะ (กระบวนการทางชีวภาพในภววิทยาของยีน) อุดมไปด้วยยีนที่มีกลุ่มผลกระทบสูงหรือปานกลางและตัวแปร SNP ที่จำเพาะต่อสายพันธุ์ (ไฟล์เสริม 12) ในขณะที่คำที่อุดมไปด้วยส่วนใหญ่มีความจำเพาะต่อชุดเครื่องหมายหนึ่งคำว่า "phosphorylation ของโปรตีน", "การเคลื่อนไหวตามไมโครหลอด" และ "การเคลื่อนไหวของเซลล์หรือส่วนประกอบของเซลล์ย่อย" จะรวมอยู่ในห้าสามและสองในเก้าชุด SNP ทดสอบ (รูปที่ 9 - เสริมรูปที่ 4) ความอุดมสมบูรณ์ของความจำเพาะประชากรมากขึ้นที่มีความสำคัญทางชีวภาพที่อธิบายได้ง่ายขึ้น ได้แก่ 1) Ldon1 ของ "การตอบสนองของภูมิคุ้มกันต่อสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการปฏิสัมพันธ์ทางชีวภาพ" และ 2) "repa ที่ไม่ตรงกัน"

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

แม้ว่าความแปรปรวนทางพันธุกรรมสามารถแก้ไขได้ในประชากรที่แตกต่างกันโดยใช้กําลังที่เป็นกลาง(การลอยตัวทางพันธุกรรม)หรือการคัดเลือกเชิงบวกเราใช้ความแตกต่างทางพันธุกรรมระหว่างประชากรเพื่อหาSNPเฉพาะกลุ่มที่อาจมีความเกี่ยวข้องทางชีวภาพ เราได้ตรวจสอบว่าประเภทการทํางานที่เฉพาะเจาะจง(กระบวนการทางชีววิทยาในontologyของยีน)มีการเพิ่มขึ้นในยีนที่มีผลกระทบสูงหรือปานกลางและความแตกต่างของSNPเฉพาะชนิด(เอกสารเสริม12 ) แม้ว่าคําศัพท์ส่วนใหญ่ที่อุดมสมบูรณ์จะเฉพาะเจาะจงกับชุดเครื่องหมายคําว่า"โปรตีนฟอสเฟต","การเคลื่อนไหวของไมโครหลอด"และ"การเคลื่อนไหวของเซลล์หรือส่วนประกอบของเซลล์ย่อย"จะถูกเสริมในชุดSNPที่ทดสอบเก้าชุดตามลําดับห้า,สามและสอง(รูปที่9 -เสริมรูปที่4 ) รวมถึง"การตอบสนองต่อภูมิคุ้มกันของสิ่งมีชีวิตอื่นๆที่เกี่ยวข้องกับการมีปฏิสัมพันธ์ทางชีวภาพ"ของLdon 1,"การซ่อมแซมความไม่ตรงกัน"ของLinf 1ต่อการตอบสนองต่อความเครียดออกซิเดชัน"และ3) "พยาธิกําเนิด"ของการเปรียบเทียบleishmaniaทารก-leishmaniasis (รูปที่9 -เสริมรูปที่4 ) สําหรับการเปรียบเทียบสายพันธุ์ความอุดมสมบูรณ์ของคําว่า"พยาธิกําเนิด"เป็นผลมาจากความแตกต่างที่คงที่ของความสัมพันธ์ในการทํางานที่สันนิษฐานในยีนรวมทั้งโปรตีนที่ประกอบด้วยโดเมนCesT,Bacillus subtilisและBardet-biedl syndromeโปรตีนที่1ซึ่งเป็นผู้สมัครที่สันนิษฐานว่าเป็นโรคที่เพิ่มขึ้นของDucleishmaniasis (ตารางที่3เอกสารเสริม4 ) ไทร์โปรตีนคู่( receptor translocation stretch protein )เป็นตัวบ่งชี้ที่สําคัญของศักยภาพในการทําให้เกิดโรคในแบคทีเรียแกรมลบซึ่งสนับสนุนระบบการหลั่งชนิดiii ( Delahay et al.,2002 ) โปรตีนที่มีโดเมนเหล่านี้เกือบจะไม่ซ้ํากันในสัตว์eukaryotic ในlactobacillus duxyllactobacillus (ครอบครัวSUB,ครอบครัวs8)พบว่ามีการเปลี่ยนแปลงกฎระเบียบของระบบไส้เดือนฝอยซัลเฟตลดเอนไซม์ซึ่งจําเป็นสําหรับการยับยั้งการเกิดออกซิเจนในร่างกายที่ปราศจากสเวนเทอร์และจําเป็นต้องมีความเป็นพิษอย่างสมบูรณ์( Swenerton et al.,2010 ) ยีนBardet-biedl syndrome 1 ( BBS1)ในleishmaniaแสดงให้เห็นว่าเกี่ยวข้องกับการติดเชื้อของเชื้อโรค ในหลอดทดลองสายพันธุ์bbs 1 knockoutไม่มีข้อบกพร่องที่เห็นได้ชัดต่อการเจริญเติบโตการชุมนุมแส้การเคลื่อนไหวหรือความแตกต่างแต่แสดงให้เห็นถึงการลดการติดเชื้อของmacrophagesในหลอดทดลองและความสามารถในการติดเชื้อแบคทีเรียBALB/cที่ปราศจากปรสิตได้รับความเสียหายอย่างรุนแรง( Price et al.,2013 )