Results and discussionThe 16S rRNA

Results and discussion
The 16S rRNA gene sequence analysis grouped the strains
L3B39T, L3D16, and L1E9 within the genus Vogesella (Fig. 1). All
three strains shared an identical 16S rRNA nucleotide sequence and
among the six recognized Vogesella type strains (www.bacterio.
net/vogesella.html). Vogesella perlucida DS-28T showed highest
pairwise 16S rRNA similarity value of 97.59%, followed by V.
mureinivorans 389T (97.0%), V. lacus GR13T (96.3%), V. indigofera
ATCC 19706T (95.3%), V. fluminis Npb07T (94.8%), and V. alkaliphila
JC141T (94.6%), respectively. In the 16S rRNA tree, the strains
L3B39T, L3D16, and L1E9 were positioned as a branch separate from
a monophyletic group comprising all the other species of the genus
Vogesella, with highly significant bootstrap value of 100% regardless
ofthe algorithm used, namely maximum likelihood, maximum parsimony,
and neighbour joining methods (Fig. 1). Thus,the 16S rRNA
analysis clearly supports the classification of the three novel rhizosphere
strains as representatives of a single novel Vogesella species
while considering the recommended cut-off 98.5% 16S rRNA gene
similarity value for species delineation [10] and a distinct phylogenetic
positioning in the 16S rRNA tree. In order to confirm these
conclusions we followed the other standardized methods as recommended
by the ad hoc committee for any new taxa description
[23] including genotypic and phenotypic analysis.
Whole DNA genomic fingerprinting results clearly indicate that
strains L3B39T and L3D16 had similar genomic fingerprints. They
were isolated from the same rhizosphere sample but were isolated
from different isolation media (Supplementary Table S1) (Fig. 2).
Strain L1E9, isolated from the rhizosphere of the hybrid

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ผลและการอภิปราย16S rRNA ยีนลำดับวิเคราะห์จัดกลุ่มสายพันธุ์L3B39T, L3D16 และ L1E9 อยู่ในสกุล Vogesella (รูปที่ 1) ทั้งหมดสามสายพันธุ์ร่วมกันมีเหมือน 16S rRNA ลำดับนิวคลีโอไทด์ และหมู่ 6 สายพันธุ์ชนิด Vogesella (www.bacterio การรับรู้net/vogesella.html) Vogesella perlucida DS-28T พบสูงสุดแพร์ไวส์ 16S rRNA คล้ายค่า 97.59% ตาม ด้วย Vmureinivorans 389T (ก๊าซเรือนกระจก 97.0%), V. lacus GR13T (96.3%), V. ครามATCC 19706T (95.3%), V. fluminis Npb07T (94.8%), และ V. alkaliphilaJC141T (94.6%), ตามลำดับ ใน 16S rRNA ต้นไม้ สายพันธุ์L3B39T, L3D16, L1E9 และถูกตำแหน่งที่เป็นสาขาแยกจากกลุ่ม monophyletic ทุกอื่น ๆ สายพันธุ์ของพืชประกอบด้วยVogesella มูลค่าสูงมากเริ่มต้นที่ 100% โดยไม่คำนึงถึงของอัลกอริธึมที่ใช้ คือโอกาสสูงสุด สูงสุด parsimonyและเพื่อนบ้านที่เข้าร่วมวิธี (1 รูป) ดังนั้น 16S rRNAวิเคราะห์ของไรโซสเฟียร์ที่นวนิยายสามที่รองรับอย่างชัดเจนสายพันธุ์เป็นตัวแทนของชนิดเดียว Vogesella นวนิยายโดยพิจารณาถึงยีนแนะนำตัด 98.5% 16S rRNAความคล้ายคลึงกันคุ้มพันธุ์อำนาจ [10] และความแตกต่างทางกำหนดตำแหน่งในแผนภูมิ 16S rRNA เพื่อยืนยันบทสรุปของเราตามวิธีมาตรฐานอื่น ๆ แนะนำโดยคณะกรรมการเฉพาะกิจสำหรับคำอธิบายใด ๆ วงศ์ใหม่[23] รวมทั้งการวิเคราะห์จีโนไทป์ และฟีโนไทป์ทั้งผลดีเอ็นเอออกลายพิมพ์ชัดเจนบ่งชี้ว่าสายพันธุ์ L3B39T และ L3D16 มีลายนิ้วมือออกคล้าย พวกเขาได้แยกจากตัวไรโซสเฟียร์อย่างเดียวกัน แต่ถูกแยกจากสื่อต่าง ๆ การแยก (เสริมตาราง S1) (2 รูป)สายพันธุ์ L1E9 แยกได้จากไรโซสเฟียร์ของไฮบริ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

และอภิปรายผล
การวิเคราะห์ยีน 16S rRNA จัดกลุ่มสายพันธุ์
L3B39T, L3D16 และ L1E9 ภายในสกุล Vogesella (รูปที่ 1). ทั้งหมด
สามสายพันธุ์ที่ใช้ร่วมกันเหมือน 16S rRNA ลำดับเบสและ
ในหมู่ผู้ที่ได้รับการยอมรับหกสายพันธุ์ชนิด Vogesella (www.bacterio.
สุทธิ / vogesella.html) Vogesella perlucida DS-28T แสดงให้เห็นสูงสุด
16S rRNA คู่ค่าความคล้ายคลึงกันของ 97.59% ตามด้วยวี
mureinivorans 389T (97.0%), โวลต์คัส GR13T (96.3%), วีสกุลคราม
ATCC 19706T (95.3%), โวลต์ fluminis Npb07T (94.8%) และโวลต์ alkaliphila
JC141T (94.6%) ตามลำดับ ในทรี 16S rRNA, สายพันธุ์
L3B39T, L3D16 และ L1E9 อยู่ในตำแหน่งที่เป็นสาขาแยกออกจาก
กลุ่มไฟย์เลติประกอบด้วยทุกสายพันธุ์อื่น ๆ ของสกุล
Vogesella มูลค่าบูตสำคัญมากของแท้ 100% โดยไม่คำนึงถึง
ofthe ขั้นตอนวิธีการใช้ความน่าจะเป็นคือสูงสุด , ความประหยัดสูงสุด
และเพื่อนบ้านมาร่วมงานกับวิธีการ (รูปที่ 1). ดังนั้น 16S rRNA
วิเคราะห์อย่างชัดเจนสนับสนุนการจัดหมวดหมู่ของทั้งสามบริเวณรากนวนิยาย
สายพันธุ์ในฐานะตัวแทนของซิงเกิ้ลสายพันธุ์ Vogesella นวนิยาย
ขณะที่การพิจารณาที่แนะนำตัด 98.5% 16S rRNA ยีน
ค่าความคล้ายคลึงกันสำหรับการขยายพันธุ์การวาดภาพ [10] และสายวิวัฒนาการที่แตกต่างกัน
การวางตำแหน่งใน ต้นไม้ 16S rRNA เพื่อยืนยันเหล่านี้
ข้อสรุปที่เราใช้วิธีการที่ได้มาตรฐานอื่น ๆ ตามคำแนะนำ
ของคณะกรรมการเฉพาะกิจสำหรับคำอธิบายใด ๆ ใหม่แท็กซ่า
[23] รวมทั้งพันธุกรรมและการวิเคราะห์ฟีโนไทป์.
ดีเอ็นเอทั้งผลการพิมพ์ลายนิ้วมือจีโนมอย่างชัดเจนระบุว่า
สายพันธุ์ L3B39T และ L3D16 มีลายนิ้วมือของจีโนมที่คล้ายกัน พวกเขา
ถูกแยกจากบริเวณรากตัวอย่างเหมือนกัน แต่ที่แยกได้
จากสื่อแยกที่แตกต่างกัน (ตารางที่เสริม S1) (รูป. 2).
สายพันธุ์ L1E9 ที่แยกได้จากบริเวณรากของไฮบริด

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ผลและการอภิปรายลำดับเบส 16S rRNA ยีนและการวิเคราะห์การจัดกลุ่มสายพันธุ์l3b39t l3d16 , และ l1e9 ภายในสกุล vogesella ( รูปที่ 1 ) ทั้งหมด3 สายพันธุ์ที่ใช้เหมือนเบส 16S rRNA ลำดับนิวคลีโอไทด์ และระหว่าง 6 ยอมรับ vogesella ชนิดสายพันธุ์ ( www.bacterio .สุทธิ / vogesella . html ) vogesella perlucida ds-28t พบมากที่สุดคู่เบส 16S rRNA ความเหมือนมูลค่า 97.59 % ตามด้วย Vmureinivorans 389t ( 97.0 % ) , V . ลักส์ gr13t ( 96.3 % ) , V . กราซโดย 19706t ( ร่วง ) % V fluminis npb07t ( 94.8 % ) และ alkaliphila Vjc141t ( 94.6 % ) ตามลำดับ 16S rRNA ในต้นไม้ สายพันธุ์l3b39t l3d16 , และ l1e9 มีตําแหน่งเป็นสาขาแยกจากกลุ่ม monophyletic ประกอบด้วยทั้งหมดของพืชชนิดอื่น ๆvogesella , ที่มีค่าเท่ากับ 100 % ไม่สูงอย่างมีนัยสำคัญขั้นตอนวิธีของที่ใช้ คือ ความตระหนี่ สูงสุด สูงสุด โอกาสและเพื่อนบ้านร่วมวิธี ( รูปที่ 1 ) ดังนั้น , 16S rRNAการวิเคราะห์อย่างชัดเจนสนับสนุนการจำแนกชนิดของรากสามนวนิยายสายพันธุ์ที่เป็นตัวแทนของนวนิยาย vogesella ชนิดเดียวในขณะที่การพิจารณาแนะนำตัด 16S rRNA ยีน 98.5 %ค่าความเหมือนกับสายพันธุ์ [ 10 ] และการวิวัฒนาการแตกต่างตำแหน่งใน 16S rRNA ต้นไม้ เพื่อยืนยันเหล่านี้สรุปเราตามมาตรฐานอื่น ๆวิธีที่แนะนำโดยคณะกรรมการเฉพาะกิจเพื่อการอธิบายและใหม่ใด ๆ[ 23 ] รวมทั้งการวิเคราะห์ทางพันธุกรรมและคุณสมบัติ .ทั้งดีเอ็นเอลายนิ้วมือผลอย่างชัดเจนบ่งชี้ว่าl3b39t l3d16 สายพันธุ์และมีลายนิ้วมืออย่างที่คล้ายกัน พวกเขาที่แยกได้จากตัวอย่างรากเดียวกัน แต่แยกจากสื่อต่าง ๆ ( แบบแยกตาราง S1 ) ( รูปที่ 2 )l1e9 สายพันธุ์ที่แยกได้จากรากของไฮบริด