AbstractSurvey sequencing of the br

Abstract
Survey sequencing of the bread wheat (Triticum aestivum L.) genome (AABBDD) has been approached through different strategies delivering important information. However, the current wheat sequence knowledge is not complete. The aim of our study is to provide different and complementary set of data for chromosome 4D. A survey sequence was obtained by pyrosequencing of flow-sorted 4DS (7.2×) and 4DL (4.1×) arms. Single ends (SE) and long mate pairs (LMP) reads were assembled into contigs (223 Mb) and scaffolds (65 Mb) that were aligned to Aegilops tauschii draft genome (DD), anchoring 34 Mb to chromosome 4. Scaffolds annotation rendered 822 gene models. A virtual gene order comprising 1973 wheat orthologous gene loci and 381 wheat gene models was built. This order was largely consistent with the scaffold order determined based on a published high density map from the Ae. tauschii chromosome 4, using bin-mapped 4D ESTs as a common reference. The virtual order showed a higher collinearity with homeologous 4B compared to 4A. Additionally, a virtual map was constructed and ∼5700 genes (∼2200 on 4DS and ∼3500 on 4DL) predicted. The sequence and virtual order obtained here using the 454 platform were compared with the Illumina one used by the IWGSC, giving complementary information.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

บทคัดย่อสำรวจการจัดลำดับของจีโนมข้าวสาลี (Triticum aestivum L.) ของขนมปัง (AABBDD) มีการทาบทามผ่านกลยุทธ์ต่าง ๆ ที่นำเสนอข้อมูลที่สำคัญ อย่างไรก็ตาม ความรู้ลำดับข้าวสาลีปัจจุบันยังไม่สมบูรณ์ เป้าหมายของเราคือเพื่อ ให้แตกต่าง และเพิ่มเติมชุดข้อมูลสำหรับโครโมโซม 4D สำรวจลำดับกล่าว โดย pyrosequencing 4DS เรียงกระแส (7.2 ×) และแขน (ตาราง 4.1) 4DL เดี่ยวปลาย (SE) และคู่ยาวอ่านคู่ (LMP) ได้รวมตัวกันเป็น contigs (223 Mb) และ scaffolds (65 Mb) ที่ถูกจัดตำแหน่งให้ Aegilops tauschii ร่างจีโนม (DD), ที่ anchoring 34 Mb โครโมโซม 4 คำอธิบาย scaffolds แสดงรูปแบบยีน 822 1973 ข้าวสาลี orthologous ยีน loci และรูปแบบยีนข้าวสาลี 381 การยีนเสมือนถูกสร้างขึ้น ใบสั่งนี้เป็นส่วนใหญ่สอดคล้องกับใบสั่งนั่งร้านกำหนดตามแผนที่ความหนาแน่นสูงที่เผยแพร่จาก Ae โครโมโซม tauschii 4 ใช้ช่องแมป 4 D ESTs เป็นอ้างอิงร่วมกัน สั่งเสมือนพบภาวะร่วมเส้นตรงสูง ด้วยเทียบกับ 4A 4B homeologous นอกจากนี้ แผนที่เสมือนถูกสร้างขึ้น และยีน ∼5700 ทำนาย (∼2200 บน 4DS) และ ∼3500 ใน 4 DL ลำดับการสั่งเสมือนที่ได้รับที่นี่โดยใช้แพลตฟอร์ม 454 ถูกเปรียบเทียบกับ Illumina หนึ่งใช้ IWGSC ให้ข้อมูลเพิ่มเติม

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บทคัดย่อ
ลำดับการสำรวจของข้าวสาลีขนมปัง (Triticum aestivum L. ) จีโนม (AABBDD) ได้รับการทาบทามผ่านทางกลยุทธ์ที่แตกต่างกันในการส่งมอบข้อมูลที่สำคัญ แต่ความรู้ลำดับข้าวสาลีในปัจจุบันยังไม่สมบูรณ์ จุดมุ่งหมายของการศึกษาของเราคือการให้ชุดที่แตกต่างกันและเสริมของข้อมูลสำหรับ 4D โครโมโซม ลำดับที่ได้รับการสำรวจโดย pyrosequencing ของ 4DS ไหลเรียง (7.2 เท่า) และ 4DL (4.1 x) แขน ปลายเดี่ยว (SE) และคู่คู่ยาว (LMP) อ่านถูกประกอบเป็น contigs (223 Mb) และโครง (65 Mb) ที่ได้สอดคล้องกับจีโนม Aegilops tauschii ร่าง (DD) ทอดสมอ 34 Mb โครโมโซม 4. บันทึกย่อนั่งร้านแสดงผล 822 รูปแบบของยีน เพื่อยีนเสมือนประกอบด้วย loci ยีน orthologous ข้าวสาลีปี 1973 และ 381 รุ่นยีนข้าวสาลีที่ถูกสร้างขึ้น คำสั่งนี้เป็นส่วนใหญ่สอดคล้องกับการสั่งซื้อนั่งร้านกำหนดขึ้นอยู่กับการตีพิมพ์แผนที่ความหนาแน่นสูงจาก Ae โครโมโซม tauschii 4 โดยใช้โคลน 4D ถังแมปเป็นข้อมูลอ้างอิงที่พบบ่อย เพื่อแสดงให้เห็นเสมือน collinearity ที่สูงขึ้นกับ 4B homeologous เมื่อเทียบกับ 4A นอกจากนี้แผนที่เสมือนจริงที่ถูกสร้างขึ้นและ ~5700 ยีน (~2200 ใน 4DS และ ~3500 ใน 4DL) ที่คาดการณ์ไว้ ลำดับและสั่งซื้อได้ที่นี่เสมือนใช้ 454 แพลตฟอร์มที่ถูกเมื่อเทียบกับหนึ่ง Illumina ใช้โดย IWGSC ให้ข้อมูลที่สมบูรณ์

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

นามธรรม
การสำรวจจัดลำดับของขนมปังโฮลวีท ( ข้าวสาลี ) ( L . ) aabbdd ) ได้รับการทาบทามผ่านที่แตกต่างกันกลยุทธ์การส่งมอบข้อมูลที่สำคัญ อย่างไรก็ตาม ปัจจุบันข้าวสาลีลำดับความรู้ไม่สมบูรณ์ จุดมุ่งหมายของการศึกษาของเราคือเพื่อ ให้แตกต่างกัน และประกอบชุดของข้อมูลสำหรับโครโมโซม 4D . การสำรวจลำดับได้โดยไพโรซีเควนซิงไหลเรียง 4ds ( 72 × ) และ 4dl ( 4.1 × ) แขน จบเดียว ( SE ) และคู่คู่ยาว ( lmp ) อ่านถูกประกอบเป็นสูง ( 223 MB ) และนั่งร้าน ( 65 MB ) ที่สอดคล้องกับ aegilops tauschii ร่างจีโนม ( DD ) , anchoring 34 MB โครโมโซม 4 นั่งร้านหมายเหตุให้พวกจีนรุ่น ลำดับยีนเสมือนประกอบด้วย 1973 orthologous ยีนและยีนของข้าวสาลีข้าวสาลี 381 รุ่นถูกสร้างขึ้นคำสั่งนี้ส่วนใหญ่สอดคล้องกับนั่งร้านเพื่อตัดสินใจบนพื้นฐานที่ความหนาแน่นสูงแผนที่จากเอ tauschii โครโมโซม 4 ใช้บิน 4D เป็นแมปฐานข้อมูลอ้างอิงทั่วไป คำสั่งเสมือนมี collinearity สูงกว่าเมื่อเทียบกับ homeologous 4B 4A นอกจากนี้แผนที่เสมือนจริงที่ถูกสร้างขึ้น และ∼ 5700 ยีน ( ∼ 2200 ใน 4ds ∼ 3500 และใน 4dl ) คาดการณ์ไว้ลำดับ และสั่งซื้อได้ ที่นี่ใช้ 454 แพลตฟอร์มเสมือนเปรียบเทียบกับ Illumina ที่ใช้โดย iwgsc ให้ข้อมูลเสริม