.3. Phylogenetic analysesBoth stran

.3. Phylogenetic analyses
Both strands were assembled and edited with help of the programme
Seqman (Ver. 4.05, DNASTAR).

Multiple sequence alignment was done using Clustal W (Thompson et al., 1994) as
implemented in the software Bioedit (ver. 7.0.0.1, Hall, 1999).

The phylogenetic relationships of species were analysed with all sequences available for cyt b and a subset of sequences for the CR, adjusted to the cyt b dataset, by using maximum parsimony (MP), maximum likelihood (ML) and neighbour joining (NJ) algorithms with the software Paup* (Ver. 4.0b10; Swofford, 1998).


The statistical confidences were evaluated by 1000 non-parametric bootstrap replicates for NJ and MP analyses and by 100 for ML analysis. In order to test if the molecular clock will be rejected, the ML analysis was done with and without molecular clock enforced.
The Shimodaira–Hasegawa (Goldman et al., 2000; Shimodaira and Hasegawa, 1999) and Kishino–Hasegawa (Kishino and Hasegawa, 1989) tests were used to verify if the topologies of the two ML trees are significantly different.


Haplotype networks were drawn including the CR sequences of all samples and cyt b sequences from a subset of samples, based on the results obtained from Arlequin (Schneider et al., 2000).


The program Modeltest (Ver. 3.06; Posada and Cranall, 1998) was used to determine the best-fit model of DNA evolution for the two datasets.

Sequence divergences between individuals were calculated wit Paup* (Swofford, 1998) and the average within and between each group was given, as well as the genetic distances after correcting for within population diversity (dA = dXY _ (pX + pY)/2, Nei 1987 as citedin Camptonet al.,2000).

The corrected genetic distances were further used for comparison and molecular divergence time calculations, whereat the latter were done based on a mutation rate of 6.41% per million years for the CR, estimated in a study on the phylogeography of the coral reef fish Pseudochromis fuscus (Messmer et al., 2005).



This species belongs to the same order and the same CR fragmentwas used, including a conserved and a hypervariable region (Alvarado et al., 1995).

For cyt b, mutation rates of 1.0–2.8% per million years were utilised, as assumed for different fish species (Ortet al., 1994; Martin and Bermingham, 1998; Perdices et al., 2002;
Chenoweth et al., 2002; Banford et al., 2004; Casey et al., 2004).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

.3 วิเคราะห์ phylogeneticทั้งสองถูกรวบรวม และแก้ไขได้ ด้วยความช่วยเหลือของโปรแกรมSeqman (ไม่ 4.05, DNASTAR) ทำหลายตำแหน่งลำดับใช้ W Clustal (ทอมป์สันและ al., 1994)นำมาใช้ในซอฟต์แวร์ Bioedit (ในไม่ที่ 7.0.0.1 ฮอลล์ 1999)ความสัมพันธ์ phylogenetic พันธุ์ถูก analysed กับ cyt b และเซตย่อยของลำดับลำดับทั้งหมดสำหรับ CR ปรับปรุงชุดข้อมูล b, cyt โดย parsimony สูงสุด (MP), ความเป็นไปได้สูงสุด (ML) และเพื่อนบ้านที่เข้าร่วม (NJ) อัลกอริทึมกับซอฟต์แวร์ Paup * (ไม่ 4.0b10 Swofford, 1998) Confidences สถิติถูกประเมิน โดย 1000 ไม่ใช่พาราเมตริกเริ่มต้นระบบเหมือนกับการวิเคราะห์ NJ และ MP และ 100 ML วิเคราะห์ เพื่อทดสอบว่านาฬิกาโมเลกุลจะถูกปฏิเสธ วิเคราะห์ ML ที่ทำด้วย และไม่ มีนาฬิกาโมเลกุลที่บังคับใช้Shimodaira – Hasegawa (โกลด์แมนและ al., 2000 Shimodaira และ Hasegawa, 1999) และ Kishino – Hasegawa (Kishino และ Hasegawa, 1989) ใช้ทดสอบเพื่อตรวจสอบถ้า โทต้นไม้ ML สองแตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญเครือข่าย Haplotype ที่วาดลำดับ CR ของตัวอย่างทั้งหมดและลำดับ cyt b จากการย่อยตัวอย่าง ตามผลได้รับจาก Arlequin (ชไนเดอร์และ al., 2000)โปรแกรม Modeltest (3.06 ไม่ อิ่มและ Cranall, 1998) ถูกใช้เพื่อกำหนดรูปแบบให้พอดีดีที่สุดของ DNA วิวัฒนาการสำหรับ datasets สองDivergences ลำดับระหว่างบุคคลมีปัญญาคำนวณ Paup * (Swofford, 1998) และค่าเฉลี่ยภายใน และ ระหว่างกลุ่มแต่ละกลุ่มได้ รับ และระยะทางพันธุกรรมหลังจากแก้ไขในภายในความหลากหลายของประชากร (ดา =_ dXY (pX และ pY) / 2, Nei 1987 เป็น citedin Camptonet al., 2000)ระยะทางพันธุกรรมที่แก้ไขเพิ่มเติมใช้สำหรับเปรียบเทียบและ divergence โมเลกุลคำนวณเวลา whereat หลังทำตามอัตราการกลายพันธุ์ 6.41% ต่อปีล้านสำหรับ CR ประเมินในการศึกษา phylogeography ของปลาปะการัง fuscus Pseudochromis (Messmer et al., 2005) นกชนิดนี้อยู่ใบเดียวและเดียวกับ CR fragmentwas ใช้ รวมทั้งการนำและภูมิภาค hypervariable (Alvarado et al., 1995) สำหรับ cyt b กลายพันธุ์ราคา 1.0-2.8% ต่อปีล้านถูกใช้ เป็นสมมติสำหรับพันธุ์ปลาต่าง ๆ (Ortet al., 1994 มาร์ตินและ Bermingham, 1998 Perdices และ al., 2002Chenoweth และ al., 2002 Banford et al., 2004 เคซี่ย์ et al., 2004)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

0.3 Phylogenetic วิเคราะห์
เส้นทั้งสองได้รับการประกอบและแก้ไขด้วยความช่วยเหลือของโปรแกรม
Seqman (Ver. 4.05, DNASTAR). ลำดับการจัดเรียงหลายได้รับการดำเนินการโดยใช้ Clustal วัตต์ (ธ อมป์สัน et al., 1994) ในขณะที่การดำเนินการใน Bioedit ซอฟแวร์ (ver. 7.0.0.1 ฮอลล์, 1999). ความสัมพันธ์ของสายวิวัฒนาการของสายพันธุ์ที่ได้รับการวิเคราะห์ด้วยลำดับทั้งหมดที่มีอยู่สำหรับ CYT ขและย่อยของลำดับสำหรับ CR, ปรับให้ CYT ชุดขโดยใช้ความประหยัดสูงสุด (MP), ความน่าจะเป็นสูงสุด (ML) และ เพื่อนบ้านเข้าร่วม (NJ) อัลกอริทึมที่มีซอฟแวร์ PAUP *. (Ver 4.0b10. Swofford, 1998) สถิติความเชื่อมั่นได้รับการประเมินด้วย 1000 บูตที่ไม่ซ้ำพารามิเตอร์สำหรับการวิเคราะห์นิวเจอร์ซีย์และ MP และ 100 สำหรับการวิเคราะห์ ML เพื่อที่จะทดสอบว่านาฬิกาโมเลกุลจะถูกปฏิเสธการวิเคราะห์ ML ได้กระทำที่มีและไม่มีนาฬิกาโมเลกุลบังคับ. Shimodaira-เซกาวา (โกลด์แมนและคณะ, 2000;. Shimodaira และเซกาวา, 1999) และ Kishino-เซกาวา (Kishino และเซกาวา , 1989) การทดสอบถูกนำมาใช้เพื่อตรวจสอบว่าโครงสร้างของต้นไม้สองต้น ML จะแตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญ. เครือข่ายของ haplotype ถูกดึงรวมทั้งลำดับ CR ของกลุ่มตัวอย่างทั้งหมดและ CYT ลำดับจากขย่อยของตัวอย่างบนพื้นฐานของผลที่ได้รับจาก Arlequin (ชไนเดอ และคณะ, 2000).. โปรแกรม Modeltest (Ver 3.06;. Posada และ Cranall, 1998) ถูกใช้ในการกำหนดรูปแบบที่เหมาะสมที่สุดของการวิวัฒนาการดีเอ็นเอทั้งสองชุดข้อมูล. ความแตกต่างระหว่างบุคคลลำดับจะถูกคำนวณปัญญา PAUP * (Swofford, 1998) และโดยเฉลี่ยภายในและระหว่างแต่ละกลุ่มได้รับเช่นเดียวกับระยะทางพันธุกรรมหลังจากการแก้ไขภายในความหลากหลายของประชากร (dA = DXY _ (PX + PY) / 2, Nei ปี 1987 เป็น citedin Camptonet al., 2000). การแก้ไขระยะทางพันธุกรรมถูกนำมาใช้ต่อไปสำหรับการเปรียบเทียบและการคำนวณเวลาที่แตกต่างโมเลกุลที่ซึ่งหลังได้กระทำขึ้นอยู่กับอัตราการกลายพันธุ์ของ 6.41% ต่อปีสำหรับล้าน CR ประมาณในการศึกษาเกี่ยวกับ phylogeography ของปลาแนวปะการัง Pseudochromis fuscus (Messmer et al., 2005). สายพันธุ์นี้เป็นคำสั่งเดียวกันและเหมือนกัน CR fragmentwas ใช้รวมทั้งการอนุรักษ์และภูมิภาค hypervariable (อัลบา et al., 1995). สำหรับ CYT ขอัตราการกลายพันธุ์ของ 1.0-2.8% ต่อล้าน ปีที่ถูกนำมาใช้เป็นสันนิษฐานว่าสำหรับปลาชนิดที่แตกต่างกัน (Ortet อัล, 1994. มาร์ตินและเบอร์มิงแฮม, 1998; Perdices et al, 2002;. Chenoweth et al, 2002. Banford et al, 2004. เคซี่ย์ et al., 2004)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3 . การวิเคราะห์ phylogenetic
ทั้งสองเส้นถูกประกอบและแก้ไข ด้วยความช่วยเหลือของโปรแกรม
seqman ( Ver . คิด dnastar )

หลายลำดับตำแหน่ง โดยใช้ clustal W ( Thompson et al . , 1994 )
ใช้ในซอฟต์แวร์ bioedit ( Ver . 7.0.0.1 , ห้องโถง , 1999 ) .

วิวัฒนาการของสปีชีส์วิเคราะห์ความสัมพันธ์กับลำดับทั้งหมดที่ใช้ได้สำหรับ cyt B และเป็นเซตย่อยของลำดับสำหรับโครเมียม ปรับให้ cyt B ข้อมูล โดยใช้ความตระหนี่สูงสุด ( MP ) , ความน่าจะเป็นสูงสุด ( ML ) และเพื่อนบ้านร่วม ( NJ ) อัลกอริทึมกับซอฟต์แวร์ยาจก * ( Ver . 4.0b10 ; สวอฟฟอร์ด , 1998 )


มีความเชื่อมั่นทางสถิติที่ไม่ใช้พารามิเตอร์จำนวน 1000 บูซ้ำสำหรับ NJ และวิเคราะห์โดยการวิเคราะห์และ MP 100 ml . เพื่อทดสอบว่านาฬิกาโมเลกุล จะถูกปฏิเสธการ วิเคราะห์ มล าที่มีและไม่มีโมเลกุลนาฬิกาบังคับใช้ .
shimodaira –ฮาเซกาว่า ( Goldman et al . , 2000 ; shimodaira กับฮาเซกาว่า 1999 ) และ kishino –ฮาเซกาว่า ( kishino และ ฮาเซกาว่า1989 ) แบบที่ใช้เพื่อตรวจสอบว่าโครงสร้างของต้นไม้ 2 ml มีความแตกต่างกัน


ถูกพบเครือข่ายรวมทั้ง CR ลำดับของทุกตัวอย่างและจาก cyt B ลำดับย่อยตัวอย่าง จากผลที่ได้จาก arlequin ( ชไนเดอร์ et al . , 2000 )


โปรแกรม modeltest ( Ver . ที่ cranall 3.06 ; และ ,1998 ) ถูกใช้เพื่อตรวจสอบที่ดีที่สุดเหมาะสมกับรูปแบบของวิวัฒนาการ DNA สำหรับสองชุดข้อมูล

ลำดับ divergences ระหว่างบุคคลได้ปัญญายาจก * ( สวอฟฟอร์ด , 1998 ) และค่าเฉลี่ยภายในและระหว่างกลุ่มที่ได้รับ ตลอดจนพันธุกรรมระยะทางหลังจากการแก้ไขภายในความหลากหลายของประชากร ( ดา = DXY _ ( 90% PY ) / 2 , เนย 1987 เป็น citedin camptonet al . , 2000 ) .

แก้ไขพันธุกรรมระยะทางได้ใช้สำหรับการเปรียบเทียบความแตกต่างและโมเลกุลเวลาการคำนวณ ที่ซึ่งหลังเสร็จจากการกลายพันธุ์ในอัตราร้อยละ 6.41 ล้านปีสำหรับ CR , ประมาณในการศึกษาเกี่ยวกับ phylogeography ของแนวปะการังปลา ( pseudochromis fuscus เมสเมอร์ et al . , 2005 )



ชนิดนี้เป็นของเดียวกันสั่งซื้อและ CR fragmentwas เดียวกันใช้รวมถึงการอนุรักษ์และพื้นที่ออก ( อัลบา et al . , 1995 )

สำหรับ cyt B , การกลายพันธุ์อัตรา 1.0 – 2.8% ต่อล้านปีถูกใช้เป็นปลาชนิดต่าง ๆ ( ซึ่ง ortet al . , 1994 ; มาร์ติน และ bermingham , 1998 ; perdices et al . , 2002 ;
ทั้งสอง et al . , 2002 ; banford et al . , 2004 ; เคซี่ et al . 2547 ) .