Nearly full-length 16S rRNA gene se

Nearly full-length 16S rRNA gene sequences were PCR-amplified using primers 27F (forward 5’-TAG AGT TTG ATC CTG GCT CAG-3’) and 1392R (reverse, 5’-GAC GGG CGG TGT GTA CA-3’) (Sigma) according to the position in relation to Escherichia coli gene sequence (Embley and Stackebrandt, 1994). PCR (35 cycles) was performed with a model PTC-100 thermal cycler (MJ research inc., USA).
The sequences were compared to sequences in the public database with Blast search program on the National Center for Biotechnology Information (NCBI) website (http:/www.ncbi.nlm.nih.gov) to find closely related bacterial 16S rRNA sequences. The ARB software package (Ludwig and Struck, 1996) was used to align the sequences. Alignment were checked and corrected manually where necessary. Highly variable regions of the 16s rRNA gene sequences and sequence position with possible alignment errors were excluded by using only those positions of the alignment that were identical in at least 50% of all sequences. Phylogenetic trees were calculated according to the neighbour joining method (Saitou and Nei, 1987) and maximum-likelihood (Felsenstein, 1981), and visualized using tree view of the same software. Sequence similarity matrices were calculated.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เกือบปราศจาก 16S rRNA ยีนลำดับถูก PCR-ขยายโดยใช้ไพรเมอร์ 27F (5'-แท็ก AGT TTG ATC CTG GCT CAG ส่งต่อ-3) และ 1392R (ย้อนกลับ 5'-GAC GGG CGG TGT GTA CA-3) (ซิกมา) ตามตำแหน่งเกี่ยวกับ Escherichia coli ยีนลำดับ (Embley และ Stackebrandt, 1994) PCR (35 รอบ) ที่ดำเนินการ ด้วยเป็นรุ่น PTC-100 ความร้อน cycler (MJ วิจัย inc., USA) ลำดับที่ถูกเปรียบเทียบกับลำดับในฐานข้อมูลสาธารณะ ด้วยโปรแกรมค้นหาระเบิดแห่งชาติศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพ (NCBI) เว็บไซต์ (http:/ www.ncbi.nlm.nih.gov) ในการค้นหาที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดจากแบคทีเรีย 16S rRNA ลำดับ แพคเกจซอฟต์แวร์ ARB (ลุดวิกแห่งและ Struck, 1996) ถูกใช้เพื่อจัดลำดับที่ ตำแหน่งตรวจสอบ และแก้ไขด้วยตนเองจำเป็น ขอบเขตตัวแปรสูงของ 16s ลำดับยีน rRNA และลำดับตำแหน่ง มีข้อผิดพลาดในการจัดตำแหน่งได้ถูกแยกออกโดยเฉพาะที่ตำแหน่งของการจัดตำแหน่งที่เหมือนกันอย่างน้อย 50% ของลำดับทั้งหมด ต้นไม้ phylogenetic ก็คำนวณตามเพื่อนบ้านที่เข้าร่วมวิธี (Saitou และ Nei, 1987) และสูงสุดโอกาส (Felsenstein, 1981), และใช้ visualized ต้นไม้ดูซอฟต์แวร์เดียวกัน มีคำนวณเมทริกซ์ความคล้ายคลึงกันของลำดับ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

16S เกือบเต็มความยาว rRNA ลำดับยีนถูก PCR-ขยายโดยใช้ไพรเมอร์ 27 (ข้างหน้า 5'-TAG AGT TTG ATC CTG GCT CAG-3) และ 1392R (ย้อนกลับ 5'-GAC GGG CGG TGT GTA CA-3 ') ( ซิกม่า) ตามตำแหน่งในความสัมพันธ์กับ Escherichia coli ลำดับยีน (ที่ Embley และ Stackebrandt, 1994) PCR (35 รอบ) ได้ดำเนินการกับรูปแบบ PTC-100 ความร้อน Cycler (MJ วิจัย inc. สหรัฐอเมริกา).
ลำดับที่ถูกเมื่อเทียบกับลำดับในฐานข้อมูลของประชาชนที่มีโปรแกรมค้นหาระเบิดในศูนย์แห่งชาติสำหรับข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพ (NCBI) เว็บไซต์ ( http: /www.ncbi.nlm.nih.gov) เพื่อหาสิ่งที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด 16S rRNA แบคทีเรียลำดับ แพคเกจซอฟต์แวร์ ARB (ลุดวิกและหลง, 1996) ถูกนำมาใช้ในการจัดลำดับ การจัดตำแหน่งได้รับการตรวจสอบและแก้ไขด้วยตนเองในกรณีที่จำเป็น ภูมิภาคตัวแปรของ 16s rRNA ลำดับยีนและตำแหน่งลำดับมีข้อผิดพลาดที่เป็นไปได้การจัดตำแหน่งที่ได้รับการยกเว้นโดยใช้ตำแหน่งเฉพาะของการจัดตำแหน่งที่อยู่เหมือนกันในอย่างน้อย 50% ของลำดับทั้งหมด ต้นไม้ที่ถูกคำนวณตามวิธีการร่วมงานกับเพื่อนบ้าน (Saitou และ Nei, 1987) และโอกาสสูงสุด (Felsenstein 1981) และมองเห็นการใช้มุมมองแบบต้นไม้ของซอฟต์แวร์เดียวกัน การฝึกอบรมความคล้ายคลึงกันนี้จะถูกคำนวณลำดับ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ลำดับเบส 16S rRNA ยีนเกือบเต็มตัว คือ PCR ไพรใช้ไพรเมอร์ 27f ( เดินหน้า 5 ' - แท็ก agt ทีทีจี ATC CTG GCT cag-3 ' ) และ 1392r ( ย้อนกลับ , 5 ' - แก๊ก GGG CGG TGT GTA ca-3 ' ) ( Sigma ) ตามตำแหน่งที่สัมพันธ์กับยีนของเชื้อ Escherichia coli ( บลีย์ และ ลำดับ stackebrandt , 1994 ) PCR ( 3 รอบ ) ได้ด้วยโมเดล ptc-100 ความร้อนรอบ ( USA ) MJ Inc . , )
ลำดับถูกเปรียบเทียบกับลำดับในฐานข้อมูลสาธารณะด้วยโปรแกรมการค้นหาระเบิดบนศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ ( ncbi ) เว็บไซต์ ( http : / www.ncbi . nlm . NIH . gov ) เพื่อค้นหาที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด 16S rRNA เชื้อดังนี้ วันพฤ. แพคเกจซอฟต์แวร์ ( ลุดวิกและหลง , 1996 ) คือใช้ในการจัด ลำดับ การตรวจสอบและแก้ไขด้วยตนเอง ) ที่จำเป็นตัวแปรอย่างสูงภูมิภาคของยีนและลำดับเบส 16S rRNA ลำดับตำแหน่งตำแหน่งได้รับข้อผิดพลาดถูกตัดออกโดยใช้เฉพาะตำแหน่งของตำแหน่งที่เหมือนกันอย่างน้อย 50% ของทั้งหมดดังนี้ ต้นไม้ ซึ่งได้คำนวณตามวิธีการเพื่อนบ้านร่วม ( ไซโตะกับเนย , 1987 ) และความน่าจะเป็นสูงสุด ( felsenstein , 1981 )และการมองเห็นโดยใช้มุมมองแบบต้นไม้ของซอฟต์แวร์เดียวกัน ลำดับคล้ายเมทริกซ์ได้