1.การตัดแบ่งตัวอ่อน การตัดแบ่งตัวอ่อนเป็น 2 ส่วน เท่าๆ กัน และนำไปย้ายฝากให้ตัวรับ จะสามารถทำให้ผลิตลูกแฝดที่เหมือนกันทุกประการ 2 ตัว จากตัวอ่อนใบเดียว ในการตัดแบ่งตัวอ่อนจำเป็นต้องใช้เครื่องมือเฉพาะดำเนินการ คือ เครื่อง micromanipulator และใช้ไปเปตแก้วที่เรียวเล็กมาก (holding pipette) เพื่อดูดจับตัวอ่อน แล้วใช้เข็มขนาดเล็ก (microneedle) กดตัดแบ่งตัวอ่อน หรืออาจใช้ใบมีดขนาดเล็ก (microblade) เพื่อตัดแบ่ง
ตัวอ่อนที่ใช้ตัดแบ่งอาจใช้ตัวอ่อนระยะมอรูล่าหรือบลาสโตซีสก็ได้ เมื่อตัดแบ่งแล้วก็นำไปย้ายฝากให้สัตว์ตัวรับ ในการตัดแบ่งตัวอ่อนนั้นจะต้องตัดแบ่งตัวอ่อนออกเป็น 2 ส่วน ที่สมมาตร (symmetry) กันพอดี โดยเฉพาะอย่างยิ่งส่วนอินเนอร์เซลล์แมส (inner cell mass) ซึ่งในระยะบลาสโตซีสจะสามารถเห็นได้ แต่ระยะมอรูล่าอาจจะตัดแบ่งไม่ได้ส่วนที่สมมาตรกันจริง ๆ เพราะยังไม่มีส่วนอินเนอร์เซลล์แมส
2.การย้ายฝากนิวเคลียส การโคลนนิ่งโดยการย้ายฝากนิวเคลียสอาจใช้นิวเคลียสจากเซลล์ตัวอ่อน ซึ่งเรียกว่า เอ็มบริโอนิคเซลล์โคลนนิ่ง (embryonic cell cloning) หรือใช้เซลล์ร่างกาย (somstic cell) เรียกว่าโซมาติกเซลล์โคลนนิ่ง (somatic cell clonig)
เซลล์ตัวให้ที่ใช้นิวเคลียส (donor cell) เพื่อการย้ายฝากนิวเคลียสจะได้จาก
1.เซลล์ตัวอ่อนหรือบลาสโทเนียร์ จากตัวอ่อนระยะ 2 เซลล์ถึงระยะมอรูล่า ที่นำมาทำให้เซลล์แยกจากกันเป็นเซลล์เดี่ยว ๆ หรืออาจใช้เซลล์จากอินเนอร์เซลล์แมส ซึ่งจะเป็น embryonic stem cells ที่มีความสามารถพัฒนาไปเป็นเซลล์ทุกชนิดได้
2.เซลล์ร่างกายหรือโซมาติกเซลล์จากสัตว์เต็มวัยหรือลูกอ่อน เช่น เซลล์ผิวหนัง เซลล์เต้านม เป็นต้น