Screening for antibiotics biosynthe

Screening for antibiotics biosynthetic genes
Antibiotic biosynthesis potential of the 80 strains was
estimated by PCR screening. Five related genes encoding key
enzymes were tested, including Type I and type II (aromatic)
polyketide synthetases (PKS-I & PKS-II), nonribosomal
peptide synthetase (NRPS), 3-amino-5-hydroxybenzoic acid
synthase (AHBA), and glycopeptides associated gene oxyB.
Five sets of PCR primers were used: K1F (5′-TSA AGT CSA
ACA TCG GBC A-3′) and M6R (5′-CGC AGG TTS CSG
TAC CAG TA-3′) targeting PKS-I sequences [16]; A3F
(5′-GCS TAC SYS ATS TAC ACS TCS GG-3′) and A7R
(5′-SAS GTC VCC SGT SCG GTA S-3′) targeting NRPS
sequences [16]; ARO-PKS-F (5′-GGC AGC GGI TTC GGC
GGI TTC CAG-3′) and ARO-PKS-R (5′-CGI TGT TIA CIG
CGT AGA ACC AGG CG-3′) targeting PKS-II sequences [32];
ANSA-F (5′-CCS GCS TTC ACS TTC ATC TC-3′) and
ANSA-R (5′-AIS YGG AIC ATI GCC ATG TAG-3′)
targeting 3, 5-AHBA synthase gene rifK sequences [32]; rifK
gene of Amycolatopsis mediterranei was used as positive
control; Foxy (5′-CTG GTC GGC AAC CTG ATG GAC-3′)
and Roxy (5′-CAG GTA CCG GAT CAG CTC GTC-3′)
targeting P450 mono-oxygenase gene oxyB associated with
glycopeptides antibiotics [32]. The amplify system was similar
to the amplify system of 16S rRNA except for an addition of
2.5 μL DMSO per tube [33]. PCR reaction procedure was
performed as follows: (1) 5 min pre-denaturation at 96 oC; (2)
35 cycles of 45-s denaturation at 96 oC, 30-s annealing at 55
oC (for PKS-I), 59 oC (for NRPS), 64 oC (for PKS-II), 56 oC
(for ANSA) and 64 oC (for oxyB), and 45-s extension at 72 oC;
and (3) 10 min final extension step at 72 oC. Aliquots of the
PCR products (5 μL) were visualized by 1% agarose gel
electrophoresis stained with ethidium bromide.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Screening for antibiotics biosynthetic genesAntibiotic biosynthesis potential of the 80 strains wasestimated by PCR screening. Five related genes encoding keyenzymes were tested, including Type I and type II (aromatic)polyketide synthetases (PKS-I & PKS-II), nonribosomalpeptide synthetase (NRPS), 3-amino-5-hydroxybenzoic acidsynthase (AHBA), and glycopeptides associated gene oxyB.Five sets of PCR primers were used: K1F (5′-TSA AGT CSAACA TCG GBC A-3′) and M6R (5′-CGC AGG TTS CSGTAC CAG TA-3′) targeting PKS-I sequences [16]; A3F(5′-GCS TAC SYS ATS TAC ACS TCS GG-3′) and A7R(5′-SAS GTC VCC SGT SCG GTA S-3′) targeting NRPSsequences [16]; ARO-PKS-F (5′-GGC AGC GGI TTC GGCGGI TTC CAG-3′) and ARO-PKS-R (5′-CGI TGT TIA CIGCGT AGA ACC AGG CG-3′) targeting PKS-II sequences [32];ANSA-F (5′-CCS GCS TTC ACS TTC ATC TC-3′) andANSA-R (5′-AIS YGG AIC ATI GCC ATG TAG-3′)targeting 3, 5-AHBA synthase gene rifK sequences [32]; rifKgene of Amycolatopsis mediterranei was used as positivecontrol; Foxy (5′-CTG GTC GGC AAC CTG ATG GAC-3′)and Roxy (5′-CAG GTA CCG GAT CAG CTC GTC-3′)targeting P450 mono-oxygenase gene oxyB associated withglycopeptides antibiotics [32]. The amplify system was similarto the amplify system of 16S rRNA except for an addition of2.5 μL DMSO per tube [33]. PCR reaction procedure wasperformed as follows: (1) 5 min pre-denaturation at 96 oC; (2)รอบ 35 ของ 45 s แปรสภาพที่ 96 oC, 30 s หลอมที่ 55oC (สำหรับ PKS-ฉัน), 59 oC (สำหรับ NRPS) 56 oC, 64 องศา (สำหรับ PKS-II)(สำหรับ ANSA) และ 64 องศา (สำหรับ oxyB), และส่วนขยาย 45 s ที่ 72 oCและ (3) ขั้นตอนสุดท้ายขยาย 10 นาทีที่ 72 องศาเซลเซียส Aliquots ของการผลิตภัณฑ์ PCR (5 μL) มาแสดงเป็นภาพ โดยเจ 1% agaroseอิเลอะโบรไมด์ ethidium

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การตรวจคัดกรองยาปฏิชีวนะยีนสังเคราะห์
ที่มีศักยภาพการสังเคราะห์ยาปฏิชีวนะของ 80 สายพันธุ์ที่ได้รับการ
ประเมินโดยการตรวจคัดกรอง PCR ห้ายีนที่เกี่ยวข้องกับการเข้ารหัสคีย์
เอนไซม์ได้รับการทดสอบรวมทั้ง Type I และ Type II (หอม)
polyketide synthetases (PKS-I & PKS-II) nonribosomal
เปปไทด์ synthetase (NRPS) 3-Amino-5-hydroxybenzoic กรด
เทส (AHBA) และไกลโคเพเกี่ยวข้อง oxyB ยีน.
ห้าชุดของไพรเมอร์ PCR ถูกนำมาใช้: K1F (5'-TSA AGT CSA
ACA TCG GBC A-3) และ M6R (5'-CGC AGG TTS CSG
TAC CAG TA-3 ') กำหนดเป้าหมาย PKS- ผมลำดับ [16]; A3F
(5'-TAC GCS SYS ATS TAC ACS TCS GG-3) และ A7R
(5'-SAS GTC VCC จีทีเอสซีจี GTA S-3) การกำหนดเป้าหมาย NRPS
ลำดับ [16]; ARO-PKS-F (5'-GGC AGC GGI TTC GGC
GGI TTC CAG-3) และ ARO-PKS-R (5'-CGI TGT TIA CIG
CGT AGA แม็ก AGG CG-3 ') กำหนดเป้าหมายลำดับ PKS-II [ 32];
ANSA-F (5'-CCS GCS TTC ACS TTC ATC TC-3) และ
ANSA-R (5'-เอไอเอสเอไอซี Ygg ATI GCC ATG TAG-3 ')
กำหนดเป้าหมาย 3, 5-AHBA เทสยีนลำดับ rifK [32]; rifK
ยีน Amycolatopsis mediterranei ถูกใช้เป็นบวก
ควบคุม เจ้าเล่ห์ (5'-CTG GTC GGC AAC CTG ATG GAC-3 ')
และร็อก (5'-CAG GTA CCG GAT CAG CTC GTC-3')
กำหนดเป้าหมาย P450 oxyB โมโน oxygenase ยีนที่เกี่ยวข้องกับ
ยาปฏิชีวนะไกลโคเพ [32] ระบบขยายก็คล้ายคลึง
กับระบบขยายของ 16S rRNA ยกเว้นนอกเหนือจาก
2.5 ไมโครลิตร DMSO ต่อหลอด [33] ขั้นตอนการเกิดปฏิกิริยา PCR ได้รับการ
ดำเนินการดังต่อไปนี้ (1) 5 นาทีก่อน denaturation ที่ 96 องศา; (2)
35 รอบของ 45-S denaturation ที่ 96 องศา 30-S การอบที่ 55
องศา (สำหรับ PKS-I) 59 องศา (สำหรับ NRPS) 64 องศา (สำหรับ PKS-II) 56 องศา
(สำหรับ ANSA) และ 64 องศา (สำหรับ oxyB) และ 45-s ขยายที่ 72 องศา;
และ (3) 10 นาทีขั้นตอนสุดท้ายส่วนขยายที่ 72 องศาเซลเซียส aliquots ของ
ผลิตภัณฑ์พีซีอาร์ (5 ไมโครลิตร) ได้รับการมองเห็นโดย 1% agarose เจล
อิเล็กย้อมด้วย ethidium bromide

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ยาปฏิชีวนะ การคัดกรองยีนศักยภาพการผลิตยาปฏิชีวนะของ 80 สายพันธุ์ คือโดยประมาณ การตรวจ PCR ห้ายีนที่เกี่ยวข้องกับการเข้ารหัสคีย์เอนไซม์ทดสอบ ได้แก่ ชนิด และประเภทที่ 2 ( หอม )โดย synthetases ( pks-i & nonribosomal pks-ii )เปปไทด์เทส ( nrps ) 3-amino-5-hydroxybenzoic กรดซินเทส ( ahba ) และยีนไกลโคเปปไตด์ที่ oxyb .ห้าชุด PCR ไพรเมอร์ที่ใช้ : k1f ( 5 ’ - TSA agt CSAACA TCG GBC A-3 School ) และ m6r ( 5 ’ - CGC agg TTS บริการลูกค้าTAC และได้รับ ta-3 ) เป้าหมาย pks-i ลำดับ [ 16 ] ; a3f( 5 ’ - GCS TAC SYS ที่ TAC ACS TCS gg-3 School ) และ a7r( 5 ’ - SAS GTC VCC จ่า เอสซีจี s-3 GTA นั้น nrps ) เป้าหมายลำดับ [ 16 ] ; aro-pks-f ( 5 ’ - ggc อาซาฮี GGI ggc ทีทีซีบริษัท ทีทีซี cag-3 GGI School ) และ aro-pks-r ( 5 ’ - CGI TGT เทีย CIGสสาขาบัญชี agg cg-3 MBC ) เป้าหมาย pks-ii ลำดับ [ 32 ] ;ansa-f ( 5 ’ - CCS GCS ttc ttc ACS ATC tc-3 School ) และansa-r ( 5 ’ - เอไอเอส ygg AIC ATI GCC ATG tag-3 School )เป้าหมายที่ 3 และ 5-ahba ยีน rifk ลำดับ [ 32 ] ; rifkยีนของ amycolatopsis mediterranei ใช้เป็นบวกการควบคุม ; เจ้าเล่ห์ ( 5 ’ - CTG GTC ggc AAC CTG ATG gac-3 School )และ ร็อกซี่ ( 5 ’ - CAG GTA ccg GAT และ CTC gtc-3 School )เป้าหมายพี โมโน oxygenase oxyb ที่เกี่ยวข้องกับยีนไกลโคเปปไตด์ยาปฏิชีวนะ [ 32 ] การขยายระบบที่คล้ายกันการขยายระบบของ 16S rRNA ยกเว้นนอกจากนี้2.5 μ L DMSO ต่อท่อ [ 33 ] กระบวนการปฏิกิริยา PCR คือดำเนินการดังนี้ ( 1 ) 5 นาที ( ก่อนถึง 96 องศาเซลเซียส ; ( 2 )35 รอบ 45-s ( 96 30-s อบอ่อนที่อุณหภูมิ 55 องศาเซลเซียสOC ( pks-i ) 59 องศาเซลเซียส ( สำหรับ nrps ) 64 องศาเซลเซียส ( สำหรับ pks-ii 56 oc )( ANSA ) และ 64 องศาเซลเซียส ( สำหรับ oxyb ) และ 45-s ส่วนขยายที่ 72 องศาเซลเซียส ;และ ( 3 ) การส่งเสริมขั้นตอนสุดท้าย 10 นาทีที่ 72 องศาเซลเซียส เฉยๆของผลิตภัณฑ์ PCR ( 5 μ L ) ถูกมองเห็นโดย 1% เจลวิธีย้อมด้วยทิเดียมโบรไมด์ .