by enrichment analysis on cellular

by enrichment analysis on cellular compartments. In fact the vast
majority of genes belonged to extracellular compartments and to
cell periphery, confirming the typology and function of peel as a
defensive and protecting tissue. As regards orange pulp, the PPI
network was characterised by a higher number of hub genes.
One of them was mostly formed by genes encoded for ribosomal
proteins (AT1G18540, At1G43170, UNQ1), the others were characterised
by genes involved in cytoplasmic actions like glucose metabolism
(PGM2, PMDH1, PGK) and vacuolar proton transport
(VHAA, AVP1, APA1). Also in this case the cellular compartment
enrichment analysis has reported the prevalence of intracellular
locations like cytoplasm, intracellular organelle and cytosol, con-
firming the specific role of pulp in energy metabolism and cell life
processes. Some proteins, involved in limonene synthesis, could be
very interesting, like limonene synthase (A7BG59) and D-limonene
synthase (Q6F5H2), both found in CPLL eluates of native extraction.
In fact limonene is a lemon essential oil, which is gaining a wide
interest in the food industry for its potential as a decontaminating
agent (Lucera, Costa, Conte, & DelNobile, 2012). This essential oil
has showed anti-yeast effects in acidic pH range, normally optimal
for yeast growth (Tserennadmid et al., 2011). For this reason limonene
has been proposed as an alternative to traditional artificial
preservatives to prevent yeast and bacterial spoilage (Belletti,
Kamdem, Tabanelli, Lanciotti, & Gardini, 2010).
4.2. Comparison of orange juice proteome during different steps of
industrial processing
In order to monitor the presence of the orange proteome during
industrial processes, we have investigated the proteomes of a Spanish
juice (Z1), which was a filtered but unpasteurised juice, and of a
commercial Spanish orange juice not from concentrate (Z2), but corresponding
to the pasteurised beverage. In both cases we have
observed a strong reduction of the number of identified proteins,
as reported in the Venn diagrams of Fig. 5. During the industrial processes
the reduction is greater in Z2 when the pasteurisation occurs
after the filtering process, while in Z1 the number of identified proteins
is higher because it was subjected only to filtration. So the
industrial steps, which are fundamental for the commercialisation
of product, decrease the number of identified proteins and maybe
change the nutritional properties of juice. The number of identified
proteins decreased not only in terms of number of identifications
but also in terms of protein quantity. In fact protein assay has
revealed concentration values of 3.9 ± 0.02 g/kg in pulp extracts,
prepared freshly in the laboratory, while it was 3.84 ± 0.25 g/L in
Z1 and 3.12 ± 0.19 g/L in Z2. Hence, a reduction in protein content
upon pasteurisation may result in the lower number of recognised
species in juices. Moreover, in both orange juices many proteins
were identified as different from orange proteins, due probably to
the addition of other components during industrial processes.
Finally it is interesting to underline that identification of proteins,
180 in Z1 and 165 in Z2, was possible only after CPLL treatment,
which was able to extensively capture the proteome: in fact the
majority of identified species were recognised in CPLL eluates, as
demonstrated by the Venn diagram in Fig. 5, where proteins of different
eluates were compared with untreated sample (control).
4.3. Comparison of proteome in different commercial orange juices
Finally we wanted to evaluate the proteomic fingerprinting in
different commercial beverages and for this purpose we have
selected one commercial Italian 100% orange juice coming from
concentrate (Z3) and two soft drinks (Z4 and Z5). The Italian
100% orange juice has shown a protein concentration of 3.88 g/L,
similar to Z1, and this value has confirmed the percentage declared
on the label. In addition, MS analysis has identified 181 proteins,

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

โดยขอการวิเคราะห์ในช่องเซล ในความเป็นจริงมากมายส่วนใหญ่ของยีนอยู่ช่อง extracellular และเพื่อเซลล์ยสปริง ยืนยันการจำแนกและการทำงานของเปลือกเป็นแบบป้องกัน และปกป้องเนื้อเยื่อ สำหรับเยื่อกระดาษสีส้ม PPIเครือข่ายมีประสบการ์ของยีนฮับหนึ่งในนั้นส่วนใหญ่ก่อตั้งขึ้น โดยเข้ารหัสยีน ribosomalโปรตีน (AT1G18540, At1G43170, UNQ1), คนถูกโรคโดยยีนที่เกี่ยวข้องในการดำเนินการ cytoplasmic เช่นกระชับสัดส่วน(PGM2, PMDH1, PGK) และโปรตอน vacuolar ขนส่ง(VHAA, AVP1, APA1) นอกจากนี้ ในกรณีช่องสำหรับใส่โทรศัพท์มือถือขอวิเคราะห์ได้รายงานส่วน intracellularสถานเช่นไซโทพลาซึม intracellular ออร์แกเนลล์ และไซโตซอล คอน-ยืนยันบทบาทเฉพาะของเยื่อกระดาษในการเผาผลาญพลังงานและชีวิตเซลล์กระบวนการทาง บางโปรตีน เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์ limonene อาจจะน่าสนใจมาก เช่น limonene synthase (A7BG59) และ D-limonenesynthase (Q6F5H2), ทั้งสองพบใน eluates CPLL ของสกัดพื้นเมืองในความเป็นจริง limonene จะเป็นมะนาวน้ำมัน ซึ่งจะดึงดูดเป็นสนใจในอุตสาหกรรมอาหารสำหรับศักยภาพเป็นแบบ decontaminatingตัวแทน (Lucera คอส Conte, & DelNobile, 2012) น้ำมันหอมระเหยนี้ได้แสดงให้เห็นผลของยีสต์ต่อต้านในช่วง pH กรด ปกติเหมาะสมสำหรับยีสต์เจริญเติบโต (Tserennadmid et al., 2011) สำหรับ limonene เหตุผลนี้มีการนำเสนอเป็นทางเลือกแบบประดิษฐ์สารกันบูดเพื่อป้องกันการเน่าเสียจากแบคทีเรีย (Belletti ยีสต์Kamdem, Tabanelli, Lanciotti, & Gardini, 2010)4.2 การเปรียบเทียบน้ำส้ม proteome ในระหว่างขั้นตอนต่าง ๆ ของการประมวลผลอุตสาหกรรมเพื่อตรวจสอบสถานะของ proteome ส้มระหว่างกระบวนการอุตสาหกรรม เราได้สืบสวน proteomes ที่สเปนน้ำ (Z1), ซึ่งเป็นการกรอง แต่น้ำ unpasteurised และของโฆษณาน้ำส้มสเปนจากข้น (Z2), แต่ตรงไม่การ pasteurised เครื่องดื่ม ในทั้งสองกรณีสังเกตลดจำนวนโปรตีนที่ระบุ แข็งแรงตามรายงานในไดอะแกรมเวนน์ 5 Fig. ในระหว่างกระบวนการอุตสาหกรรมการลดจะมากกว่าใน Z2 เมื่อ pasteurisation ที่เกิดขึ้นหลังจากขั้นตอนการกรอง ในขณะที่ใน Z1 จำนวนระบุโปรตีนจะสูงขึ้นเนื่องจากมันถูกต้องเท่านั้นเครื่องกรอง ดังนั้นการขั้นตอนที่โรงงานอุตสาหกรรม ซึ่งเป็นพื้นฐานสำหรับการ commercialisationผลิตภัณฑ์ ลดจำนวนโปรตีนที่ระบุ และอาจเปลี่ยนแปลงคุณสมบัติทางโภชนาการของน้ำ ระบุจำนวนโปรตีนลดลงไม่เพียงแต่ในแง่ของจำนวนของรหัสแต่ในแง่ของปริมาณโปรตีน ในความเป็นจริงมีการทดสอบโปรตีนเปิดเผยค่าความเข้มข้นของ 3.9 ± 0.02 g/kg สารสกัดจากเยื่อกระดาษเตรียมสดในห้องปฏิบัติการ ขณะ 3.84 ± 0.25 g/L ในZ1 และ 3.12 ± 0.19 g/L ใน Z2 ดังนั้น ลดโปรตีนเมื่อ pasteurisation อาจส่งผลให้ลดจำนวนของยังสปีชีส์ในน้ำ นอกจากนี้ ออเร้นจ์ทั้งเปิดโปรตีนมากระบุเป็นแตกต่างจากโปรตีนส้ม ครบกำหนดคงไปนอกจากนี้องค์ประกอบอื่น ๆ ในระหว่างกระบวนการอุตสาหกรรมสุดท้าย เป็นที่น่าสนใจที่รหัสของโปรตีน การขีดเส้นใต้180 ใน Z1 และ 165 ใน Z2 เป็นไปได้หลังจากการรักษา CPLLซึ่งไม่สามารถจับภาพ proteome อย่างกว้างขวาง: ในความเป็นจริงส่วนใหญ่ระบุพันธุ์ได้ตราบใดที่ใน CPLL eluatesไดอะแกรมเวนน์ใน Fig. 5 โดยที่โปรตีนของแตกต่างกันeluates ถูกเปรียบเทียบกับตัวอย่างที่ไม่ถูกรักษา (ควบคุม)4.3 การเปรียบเทียบของ proteome ในน้ำส้มค้าแตกต่างกันสุดท้าย เราต้องการประเมินลายพิมพ์ proteomic ในเครื่องดื่มค้าแตกต่างกัน สำหรับวัตถุประสงค์นี้เรามีเลือกหนึ่งค้าอิตาลี 100% สีส้มน้ำมาเข้มข้น (Z3) และสองดื่ม (Z4 และ Z5) ที่อิตาลีน้ำส้ม 100% ได้แสดงความเข้มข้นโปรตีนของ 3.88 g/Lคล้ายกับ Z1 และค่านี้ยืนยันเปอร์เซ็นต์ประกาศบนฉลาก นอกจากนี้ MS วิเคราะห์ได้ระบุโปรตีน 181

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โดยการวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่าในช่องโทรศัพท์มือถือ ในความเป็นจริงมากมายส่วนใหญ่ของยีนที่เป็นช่องนอกและรอบนอกเซลล์ยืนยันการจำแนกประเภทและการทำงานของเปลือกเป็นเนื้อเยื่อป้องกันและการปกป้อง ที่เกี่ยวกับการผลิตเยื่อกระดาษสีส้มที่ PPI เครือข่ายก็มีลักษณะเป็นจำนวนที่สูงขึ้นของยีนฮับ. หนึ่งในนั้นถูกสร้างขึ้นโดยส่วนใหญ่ยีนเข้ารหัสสำหรับโซมอลโปรตีน (AT1G18540, At1G43170, UNQ1) คนอื่น ๆ มีลักษณะโดยยีนที่เกี่ยวข้องกับการกระทำของนิวเคลียสเช่นกลูโคสการเผาผลาญอาหาร(PGM2, PMDH1, PGK) และการขนส่งโปรตอน vacuolar (VHAA, AVP1, APA1) นอกจากนี้ในกรณีนี้ช่องโทรศัพท์มือถือการวิเคราะห์การตกแต่งที่มีรายงานความชุกของเซลล์สถานที่เช่นพลาสซึม, เนลล์ภายในเซลล์และเซลล์, จะประกอบด้วยกระชับบทบาทที่เฉพาะเจาะจงของเยื่อกระดาษในการเผาผลาญพลังงานและชีวิตเซลล์กระบวนการ บางโปรตีนมีส่วนร่วมในการสังเคราะห์ limonene อาจจะเป็นที่น่าสนใจมากเช่นเทสlimonene (A7BG59) และ D-limonene เทส (Q6F5H2) ทั้งที่พบใน eluates CPLL ของการสกัดพื้นเมือง. ใน limonene ความจริงก็คือมะนาวน้ำมันหอมระเหยซึ่งเป็นที่ดึงดูด กว้างความสนใจในอุตสาหกรรมอาหารที่มีศักยภาพสำหรับเป็นdecontaminating ตัวแทน (Lucera, คอสตาคอนเต้และ DelNobile 2012) น้ำมันหอมระเหยนี้ได้แสดงให้เห็นว่าผลการต่อต้านยีสต์ในช่วงที่เป็นกรดด่างที่เหมาะสมตามปกติสำหรับการเจริญเติบโตของยีสต์(Tserennadmid et al., 2011) สำหรับ limonene ด้วยเหตุนี้ได้รับการเสนอเป็นทางเลือกให้เทียมแบบดั้งเดิมสารกันบูดเพื่อป้องกันการเน่าเสียยีสต์และแบคทีเรีย(Belletti, Kamdem, Tabanelli, Lanciotti และ Gardini 2010). 4.2 เปรียบเทียบ proteome น้ำส้มในระหว่างขั้นตอนที่แตกต่างกันของการประมวลผลอุตสาหกรรมเพื่อที่จะตรวจสอบการปรากฏตัวของโปรตีนส้มระหว่างกระบวนการทางอุตสาหกรรมเรามีการสอบสวนproteomes ของสเปนน้ำผลไม้(Z1) ซึ่งเป็นน้ำที่ผ่านการกรอง แต่ผ่านการฆ่าเชื้อและการพาณิชย์น้ำส้มสเปนไม่ได้มาจากสมาธิ (Z2) แต่ที่เกี่ยวข้องกับเครื่องดื่มพาสเจอร์ไรส์ ในทั้งสองกรณีที่เราได้สังเกตเห็นการลดลงที่แข็งแกร่งของจำนวนของโปรตีนที่ระบุตามที่รายงานในแผนภาพเวนน์ของรูป 5. ในระหว่างกระบวนการทางอุตสาหกรรมที่ลดลงเป็นมากขึ้นในการพาสเจอร์ไรซ์Z2 เมื่อเกิดขึ้นหลังจากที่ขั้นตอนการกรองในขณะZ1 จำนวนโปรตีนที่ระบุเป็นราคาที่สูงเพราะมันถูกยัดเยียดเท่านั้นที่จะกรอง ดังนั้นขั้นตอนอุตสาหกรรมซึ่งเป็นพื้นฐานสำหรับการค้าของผลิตภัณฑ์ลดจำนวนของโปรตีนที่ระบุและอาจจะเปลี่ยนคุณสมบัติทางโภชนาการของน้ำผลไม้ จำนวนระบุโปรตีนลดลงไม่เพียง แต่ในแง่ของจำนวนระบุ แต่ยังอยู่ในแง่ของปริมาณโปรตีน ในความเป็นจริงการทดสอบโปรตีนได้เปิดเผยค่าความเข้มข้นของ 3.9 ± 0.02 กรัม / กิโลกรัมสารสกัดจากเยื่อกระดาษที่เตรียมสดใหม่ในห้องปฏิบัติการในขณะที่มันเป็น3.84 ± 0.25 กรัม / ลิตรZ1 และ 3.12 ± 0.19 กรัม / ลิตรใน Z2 ดังนั้นการลดปริมาณโปรตีนเมื่อพาสเจอร์ไรซ์อาจส่งผลให้ในจำนวนที่ลดลงของการได้รับการยอมรับสายพันธุ์ในน้ำผลไม้ นอกจากนี้ในน้ำผลไม้สีส้มทั้งโปรตีนจำนวนมากถูกระบุว่าเป็นความแตกต่างจากโปรตีนส้มเนื่องจากอาจจะนอกเหนือจากส่วนประกอบอื่นๆ ในระหว่างกระบวนการอุตสาหกรรม. ในที่สุดมันก็น่าสนใจที่จะขีดเส้นใต้ตัวของโปรตีนที่180 ใน Z1 และ 165 ใน Z2 เป็นไปได้เท่านั้น หลังการรักษา CPLL, ซึ่งก็สามารถที่จะจับภาพอย่างกว้างขวางโปรตีน: ในความเป็นจริงส่วนใหญ่ของสายพันธุ์ที่ระบุได้รับการยอมรับในeluates CPLL เป็นแสดงให้เห็นโดยแผนภาพเวนน์ในรูป 5 ที่แตกต่างกันของโปรตีนeluates เปรียบเทียบกับกลุ่มตัวอย่างที่ได้รับการรักษา (ควบคุม). 4.3 เปรียบเทียบโปรตีนในน้ำผลไม้สีส้มในเชิงพาณิชย์ที่แตกต่างกันในที่สุดเราต้องการที่จะประเมินผลการพิมพ์ลายนิ้วมือโปรตีโอมิในเครื่องดื่มที่แตกต่างกันและในเชิงพาณิชย์เพื่อการนี้เราได้เลือกอย่างใดอย่างหนึ่งในเชิงพาณิชย์อิตาลี100% น้ำส้มมาจากสมาธิ(Z3) และสองเครื่องดื่ม (Z4 และ Z5) อิตาลี100% น้ำส้มได้แสดงให้เห็นความเข้มข้นของโปรตีน 3.88 กรัม / ลิตร, คล้ายกับ Z1 และค่านี้ได้รับการยืนยันเปอร์เซ็นต์ประกาศบนฉลาก นอกจากนี้การวิเคราะห์ได้ระบุ MS 181 โปรตีน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

โดยการวิเคราะห์ค่าในช่องเซลล์ ในความเป็นจริงส่วนใหญ่ของยีนเป็นของภายนอก

ขอบช่องและเซลล์ยืนยันรูปแบบและฟังก์ชั่นของเปลือกเป็น
เนื้อเยื่อป้องกันและปกป้อง ส่วนสีส้มเยื่อ , PPI
เครือข่ายเป็นลักษณะ ด้วยตัวเลขที่สูงขึ้นของฮับยีน .
หนึ่งของพวกเขาส่วนใหญ่เกิดจากยีนไรโบโซมอล
เข้ารหัสสำหรับโปรตีน ( at1g18540 at1g43170 unq1 , , ) , คนอื่น ๆมีลักษณะ
โดยยีนที่เกี่ยวข้องกับการกระทำนี้ชอบ
การเผาผลาญกลูโคส ( pgm2 pmdh1 , โปรตอน , vacuolar PGK ) และการขนส่ง ( vhaa avp1 apa1
, , ) นอกจากนี้ในกรณีนี้เซลล์ช่อง
เสริมการวิเคราะห์รายงานความชุกของสถานที่ภายในไซโตปลาสซึมและออร์แกเนลล์ภายในเซลล์
ชอบ , PDF , con -
กระชับเฉพาะบทบาทของเยื่อกระดาษในกระบวนการเผาผลาญพลังงาน และเซลล์ในชีวิต

มีโปรตีนที่เกี่ยวข้องในการสังเคราะห์ไลโมนีน อาจ
น่าสนใจมาก เช่น ลิโมนีน ซินเทส ( a7bg59 ) และดีไลโมนีน
synthase ( q6f5h2 ) ทั้งสองพบใน cpll eluates การสกัดพื้นเมือง .
ในความเป็นจริงลิโมนิน เป็นมะนาว น้ำมันหอมระเหย ซึ่งได้ความกว้าง
ความสนใจในอุตสาหกรรมอาหารให้มีศักยภาพเป็น decontaminating
แทน ( ลูเซรา , Costa ดยุค& delnobile , 2012 ) นี้น้ำมันหอมระเหย
พบต่อต้านยีสต์ผลในช่วง pH เป็นกรดที่เหมาะสมสำหรับการเจริญเติบโตของยีสต์ ( ปกติ
tserennadmid et al . , 2011 ) ด้วยเหตุนี้ ไลโมนีน
ได้รับการเสนอเป็นทางเลือก
เทียมแบบดั้งเดิมสารกันบูดเพื่อป้องกันไม่ให้ยีสต์และแบคทีเรียที่ทำให้เกิดการเน่าเสีย ( เบลล์เล็ดตี่เก็ม tabanelli lanciotti
, , , , gardini & , 2010 ) .
4.2 . การเปรียบเทียบโปรตีนในระหว่างขั้นตอนที่แตกต่างกันของน้ำส้ม

อุตสาหกรรมแปรรูปเพื่อตรวจสอบสถานะของโปรตีโอมส้มระหว่าง
กระบวนการอุตสาหกรรม เราได้ศึกษา proteomes ของน้ำผลไม้สเปน
( Z1 ) ซึ่งเป็นกรองแต่ unpasteurised น้ำผลไม้และของ
ส้มสเปนพาณิชย์ไม่เข้มข้น ( กขึ้น ) แต่ที่สอดคล้องกัน
การพาสเจอร์ไรซ์เครื่องดื่ม ในทั้งสองกรณีเรามี
สังเกตลดความแข็งแกร่งของระบุหมายเลขโปรตีน
ตามที่รายงานในเวนน์ไดอะแกรม ของรูปที่ 5 ในระหว่างกระบวนการอุตสาหกรรม
ลดมากกว่าในกขึ้นเมื่อปา ตอไรเซชั่นเกิดขึ้น
หลังจากการกรองกระบวนการในขณะที่ Z1 จำนวนระบุโปรตีน
สูงขึ้นเพราะมันเป็นตัวเดียวที่จะกรอง ดังนั้น
ขั้นตอนอุตสาหกรรม ซึ่งเป็นพื้นฐานสำหรับการค้า
ของผลิตภัณฑ์ ลดจำนวนระบุโปรตีนและบางที
เปลี่ยนคุณสมบัติทางโภชนาการของน้ำผลไม้ การระบุหมายเลข
โปรตีนลดลงไม่เพียง แต่ในแง่ของจำนวนของการแสดงตัวของ
แต่ในแง่ของปริมาณโปรตีน การทดสอบโปรตีนในความเป็นจริงมี
พบมีค่าความเข้มข้น 3.9 ± 0.02 กรัม / กิโลกรัม ผลิตสารสกัดสด
เตรียมในห้องปฏิบัติการ ในขณะที่มัน 3.84 ± 0.25 กรัม / ลิตร
Z1 และ 3.12 ± 0.19 กรัม / ลิตรในเซสท์แอร์เวย์ . ดังนั้น การลดปริมาณโปรตีนใน
เมื่อปา ตอไรเซชั่น อาจจะส่งผลให้ลดจำนวนการยอมรับ
ชนิดในน้ำผลไม้ นอกจากนี้ ทั้ง ส้ม ผลไม้หลายโปรตีน
ระบุเป็นแตกต่างจากโปรตีนส้ม เนื่องจากอาจ

เพิ่มส่วนประกอบอื่น ๆ ในกระบวนการอุตสาหกรรม .
สุดท้ายก็น่าสนใจที่จะขีดเส้นใต้ที่ตัวของโปรตีน ใน Z1
180 และ 165 ในเซสท์แอร์เวย์ , เป็นไปได้เฉพาะหลังจากที่ cpll รักษา
ซึ่งสามารถอย่างกว้างขวางจับโปรตีโอม : ในความเป็นจริง
ส่วนใหญ่ ระบุชนิด ที่ได้รับการยอมรับใน cpll eluates เป็น
แสดงโดยแผนภาพเวนน์ ในรูปที่ 5 ที่แตกต่างกันของโปรตีน eluates
เปรียบเทียบกับสารตัวอย่าง ( ควบคุม ) .
4.3 . การเปรียบเทียบโปรตีนในน้ำผลไม้สีส้มค้าต่าง
ในที่สุดเราต้องการประเมินรูปแบบโปรตีนใน
เครื่องดื่มเชิงพาณิชย์ที่แตกต่างกันและเพื่อวัตถุประสงค์นี้ เราได้เลือกพาณิชย์อิตาลี 100%

น้ำส้ม มา จากสมาธิ ( z3 ) และสองเครื่องดื่ม ( Z4 และ z5 ) อิตาลี
100% น้ำส้มได้แสดงความเข้มข้นของสารละลายโปรตีน 3.88 กรัม / ลิตร
คล้ายกับ Z1 และค่านิยมนี้ได้ยืนยันค่าประกาศ
บนฉลาก นอกจากนี้ การวิเคราะห์ MS ได้ระบุเรื่องโปรตีน