ภายในวัดมีเสนาสนะต่างๆ ดังนี้
อุโบสถ กว้าง 14 เมตรยาว 22 เมตร
กุฏิสงฆ์จำนวน 9 หลัง
อาคารเอนกประสงค์ 3 ชั้น
หอสวดมนต์ ศาลาการเปรียญ ศาลาท่าน้ำ ศาลาบำเพ็ญกุศล ฌาปนสถาน
แพให้อาหารปลาสวายหน้าวัด 2 หลัง
หอระฆัง หอกลอง
สิ่งสำคัญภายในวัด
พระบรมรูปรัชกาลที่ 5 พระประธานในอุโบสถปางมารวิชัย พระพุทธโสธรจำลอง พระพุทธจักษุมงคลศาสดา (พระยืน)
สำหรับในด้านการศึกษาวัดมูลจินดารามได้เปิดสอนพระปริยัติธรรมเริ่มมาตั้งแต่ พ.ศ. 2509 นอกจากนี้ยังมีห้องสมุด ที่อ่านหนังสือพิมพ์ และโรงเรียนประชาบาล อนุบาลถึง มัธยมปีที่ 3 ตั้งอยู่ในที่ดินวัดเนื้อที่ 7 ไร่เศษ
ประวัติเจ้าอาวาส มีเจ้าอาวาสมาแล้ว 6 รูปคือ
1. พระครูยิ้ม (ไม่ทราบว่าเป็นเจ้าอาวาสตั้งแต่ พ.ศ.ใหนถึงใหน)
2. พระอาจารย์เรียง (ไม่ทราบว่าเป็นเจ้าอาวาสตั้งแต่ พ.ศ.ใหนถึงใหน)
3. พระครูบม (ไม่ทราบว่าเป็นเจ้าอาวาสตั้งแต่ พ.ศ.ใหนถึงใหน)
4. พระครูแข (ไม่ทราบว่าเป็นเจ้าอาวาสตั้งแต่ พ.ศ.ใหนถึงใหน)
5. พระอธิการเลื่อน (ไม่ทราบว่าเป็นเจ้าอาวาสตั้งแต่ พ.ศ.ใหน แต่สิ้นสุดการเป็นเจ้าอาวาสเมื่อปี พ.ศ. 2509
6. พระเทพวุฒาจารย์ เจ้าอาวาสองค์ปัจจุบัน ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสเมื่อวันที่ 16 พฤษภาคม พ.ศ. 2509 ถึงปัจจุบัน