To determine the amount of dissimil

To determine the amount of dissimilarity (distance) between any pair of bacterial communities, we used the UniFrac metric (10, 22, 23). UniFrac distances are based on the fraction of branch length shared between two communities within a phylogenetic tree constructed from the 16S rRNA gene sequences from all communities being compared. A relatively small UniFrac distance implies that two communities are compositionally similar, harboring lineages sharing a common evolutionary history. In unweighted UniFrac, only the presence or absence of lineages is considered. In weighted UniFrac, branch lengths are weighted based on the relative abundances of lineages within communities. We used the analysis of similarities (ANOSIM) (24) function in the program PRIMER (25) to test for differences in community composition among groups of samples.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

กำหนดจำนวน dissimilarity (ระยะทาง) ระหว่างชุมชนแบคทีเรียคู่ใด ๆ เราใช้การวัด UniFrac (10, 22, 23) UniFrac ระยะทางขึ้นอยู่กับสัดส่วนของความยาวสาขาร่วมกันระหว่างสองชุมชนภายในต้นไม้ phylogenetic สร้างจากลำดับ 16S rRNA การยีนจากชุมชนทั้งหมดที่ถูกเปรียบเทียบ ห่าง UniFrac เล็กหมายถึงสองชุมชนคล้ายกัน compositionally, harboring เชื้อชาติประวัติวิวัฒนาการทั่วไปที่ใช้ร่วมกัน Unweighted UniFrac เฉพาะหรือเชื้อชาติจะพิจารณา ใน UniFrac ถ่วงน้ำหนัก ความยาวสาขาจะถ่วงน้ำหนักจาก abundances สัมพัทธ์ของเชื้อชาติในชุมชน เราใช้การวิเคราะห์ความคล้ายคลึง (ANOSIM) (24) ฟังก์ชันในโปรแกรมรองพื้น (25) การทดสอบความแตกต่างในองค์ประกอบชุมชนระหว่างกลุ่มตัวอย่าง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การตรวจสอบปริมาณของความแตกต่างกัน (ระยะทาง) ระหว่างคู่ของชุมชนแบคทีเรียใด ๆ ที่เราใช้ตัวชี้วัด UniFrac (10, 22, 23) ระยะทาง UniFrac จะขึ้นอยู่กับระยะเวลาในส่วนของสาขาที่ใช้ร่วมกันระหว่างสองชุมชนที่อยู่ในต้นไม้สายวิวัฒนาการสร้างจาก 16S rRNA ลำดับยีนจากชุมชนทั้งหมดถูกเปรียบเทียบ ระยะ UniFrac ค่อนข้างเล็กหมายความว่าทั้งสองชุมชนมีส่วนประกอบคล้ายคลึงกัน, ร่วมกันเก็บงำ lineages ประวัติความเป็นมาวิวัฒนาการที่พบบ่อย ในการชั่ง UniFrac เพียงการมีหรือไม่มีของ lineages ถือว่าเป็น ใน UniFrac ถ่วงน้ำหนักความยาวสาขามีน้ำหนักขึ้นอยู่กับญาติของอนุภาค lineages ภายในชุมชน เราใช้การวิเคราะห์ความคล้ายคลึงกัน (ANOSIM) (24) ฟังก์ชั่นในโปรแกรมรองพื้น (25) เพื่อทดสอบความแตกต่างในองค์ประกอบชุมชนของกลุ่มตัวอย่าง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

หาปริมาณของความแตกต่าง ( ระยะทาง ) ระหว่างคู่ชุมชนแบคทีเรียที่เราใช้ unifrac เมตริก ( 10 , 22 , 23 ) unifrac ระยะทางจะขึ้นอยู่กับสัดส่วนของความยาวสาขาร่วมกันระหว่างสองชุมชนภายใน phylogenetic ต้นไม้ที่สร้างขึ้นจากลำดับเบส 16S rRNA ยีนจากทุกชุมชนที่ถูกเปรียบเทียบระยะทาง unifrac ค่อนข้างเล็กบางที่ 2 ชุมชนมีลักษณะที่ compositionally เมื่อใช้ร่วมกัน , วิวัฒนาการประวัติศาสตร์ ใน unifrac ถ่วงน้ำหนัก แต่การแสดงตนหรือขาดของเผ่าพันธุ์ ถือว่า ใน unifrac ถ่วง ความยาวกิ่งจะหนักขึ้นอยู่กับ abundances ญาติพันธุ์ภายในชุมชนที่เราใช้ในการวิเคราะห์ความเหมือน ( anosim ) ( 24 ) ฟังก์ชันในโปรแกรมหลัก ( 25 ) เพื่อทดสอบความแตกต่างในองค์ประกอบชุมชนของกลุ่มตัวอย่าง