Interestingly, modified proteins fr

Interestingly, modified proteins from several function groups
were identified exclusively in FA group. Those included three
proteins of nuclear pore organization, namely two nucleoporins
(Nup250 and Nup358) and nucleoprotein TPR. Furthermore, cytoskeletal
proteins involved in cell division were show only for FA
group, including several members of kinesin family and subunits
of condensin complex. Additionally, modified proteins involved in
DNA repair, such as DNA mismatch repair protein Msh6, post-replication
repair protein RAD18 and DNA ligase IV, were exclusively
identified. Interestingly, DNA damage and activation of DNA repair
upon FA and FA/CoCl2 treatment was confirmed by western blot
analysis of H2AX phosphorylation (Fig. 5). However, among LPP
modified proteins in FA group only linker histone H1.3 was found
to be modified by HHE in three experimental replicates. In
FA/CoCl2 group several other histones were identified to form
adducts with LPP, including core histones H2A.2 and H2B.1, and
linker histones H1.5 and H1x.
FA/CoCl2 group showed the second highest functional enrichment
of LPP modified proteins (Fig. S2). In total STRING analysis
and MCL clustering allowed to define eight functional clusters
which were further manually annotated. These clusters included
cytoskeletal–plasma membrane proteins (7 proteins), secreted
Table 1
Functional protein–protein interaction clusters of oxoLPP-modified proteins, identified in untreated cells and cells treated with FA, CoCl2 and a combination of both, assigned
by STRING analysis and manual annotation. Cluster numbers corresponds to the one provided in Figs. 6 and S2–S4. Number of proteins involved in a cluster shown in
[brackets]. PM—plasma membrane; C—cytoskeleton; ECM—extracellular matrix.
Control FA CoCl2 FA/CoCl2
I. Cytoskeleton–plasma membrane–ECM (C–PM–ECM)
1. C–PM–ECM architecture [16] 1. C–PM architecture [7] 2. C–PM architecture [7]
2. PM associated ATPases [7] 2. C–PM architecture [11]
3. C–PM receptors signaling [7]
4. C–PM signaling [10]
II. Plasma membrane and secreted proteins
5. PM and secreted proteins [5] 3. PM and secreted proteins [14]
4. Proteoglycan synthesis [3]
III. Cytoskeleton related transport and motility
7. Cytoskeletal transport [8] 9. Dynein related motility [3]
8. Cytoskeletal transport [6]
IV. Nuclear pore organization
5. Nuclear pore and transport [3]
V. Cytoskeletal proteins involved in cell division
6. Cell division, chromosome segregation
[17]
7. Centrosome organization [5]
VI. Signaling
3. Cytoskeleton mediated signaling [6] 3. Inositol-phosphate related [3] 1. PM-cytoskeleton signal transduction [18]
#4. Signaling [3]
VII. Regulation of transcription
12. NFκB related transcription [5]
13. Regulation of transcription [13]
VIII. Chromatin remodeling
1. Chromatin remodeling [4] 6. Chromatin remodeling and DNA replication
[15]
IX. Splicing
8. Regulation of transcription and splicing
[12]
6. Splicing [3] 7. Splicing [7]
X. Protein synthesis and degradation
9. Ribosome biogenesis and regulation [16]
10. Protein synthesis and folding [9] 5. Protein synthesis and folding [7]
2. Proteosome [3]
XI. DNA repair
11. DNA repair [9]
XII. Regulation of lipid metabolism
14. Regulation of lipid metabolism [5] 8. Regulation of lipid metabolism [5]
S. Anavi et al. / Redox Biology 4 (2015) 158–168 165
proteins (14) and proteins involved in proteoglycan synthesis (3
proteins), dynein related motility (3), signal transduction (18), lipid
metabolism (5), chromatin remodeling and DNA replication
(15), splicing (7) and protein synthesis and folding (7). In addition
to histone proteins discussed above, among modified proteins
involved in chromatin remodeling and DNA replication were
N-lysine methyltransferase SETD8 and histone acetyltransferases
KAT6B (tandem mass spectrum of HHE-modified peptide 961EKLILSHHHEMEKLK972 exemplified in Fig. 4C) and KAT8, which
might indicate interference of LPP protein adducts with histone
methylation and acetylation pathways of epigenetic regulation of
gene transcription. Among lipid metabolism associated proteins
PGC-1α, carnitine palmitoyltransferase, retinoid X receptor and
phospholipase A2 were identified. Seven modified proteins within
FA/CoCl2 group were related to mRNA splicing including hnRNP A/
B (tandem mass spectrum of HHE-modified peptide 154GFGFVTFDDHHNEDPVDKIVLQK173 exemplified on Fig. 4D) and L,
small nuclear ribonucleoprotein snRNP D2, and splicing factor
Prp8. In contrast to the FA group, in which most of the annotated
clusters were related to nuclear proteins (8 clusters out of 14), in
FA/CoCl2 group only two clusters (chromatin remodeling/DNA
replication, and splicing) corresponded to the nuclear proteome.
Many of modified proteins were associated with cytoskeleton.
Thus, proteins involved in cytoskeleton interaction with plasma
membrane, dynein mobility and signal transduction from plasma
membrane to cytoskeleton were enriched. Additionally, 14 plasma
membrane associated and secreted proteins were clustered together
as well as three proteins involved in proteoglycan synthesis.
For CoCl2-treated cells protein–protein interaction analysis revealed
only few defined clusters with low number of proteins
involved (Fig. S3) despite similar to FA/CoCl2 group number of
entries subjected to STRING analysis (227 and 229 protein entries
for CoCl2 and Fat/CoCl2 groups, respectively). Among them only
three nuclear proteins involved in splicing were enriched by
functional interaction analysis, whereas the rest contained proteins
involved in organization of cytoskeleton–plasma membrane
architecture (18 proteins), cytoskeleton transport (14 proteins),
signaling (6 proteins) or plasma membrane associated and secreted
proteins (5 proteins).
Even lower number of functional interaction clusters was
shown for control group (Fig. S4). It was possible to define only
three distinct clusters involved in chromatin remodeling (4 proteins),
related to proteasomal protein degradation (3 proteins) and
cytoskeleton mediated signaling (6 proteins).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เป็นเรื่องน่าสนใจ ปรับเปลี่ยนโปรตีนจากแต่ละฟังก์ชันมีระบุเฉพาะในกลุ่ม FA คนรวม 3โปรตีนของรูขุมขนนิวเคลียร์องค์กร ได้แก่สอง nucleoporins(Nup250 และ Nup358) และ nucleoprotein TPR นอกจากนี้ cytoskeletalในเซลล์ส่วนโปรตีนถูกแสดงสำหรับ FAกลุ่ม รวมทั้งสมาชิกของครอบครัว kinesin subunitsของ condensin ซับซ้อน นอกจากนี้ ปรับเปลี่ยนโปรตีนที่เกี่ยวข้องในซ่อมแซมดีเอ็นเอ เช่นดีเอ็นเอไม่ตรงซ่อมแซมโปรตีน Msh6 จำลองหลังซ่อมแซมโปรตีน RAD18 และ DNA ligase IV ถูกเฉพาะระบุ เป็นเรื่องน่าสนใจ การซ่อมแซมของความเสียหายของดีเอ็นเอและเปิดใช้งานของดีเอ็นเอFA และ FA/CoCl2 รักษายืนยันการรับคืนในตาตะวันตกการวิเคราะห์ของ H2AX phosphorylation (Fig. 5) อย่างไรก็ตาม ในหมู่แอลปรับเปลี่ยนโปรตีนใน FA กลุ่มฮิสโตนตัวเชื่อมโยงข้อมูลเท่าที่พบ H1.3การปรับเปลี่ยน โดย HHE ในสาม ทดลองเหมือนกับการ ในFA/CoCl2 กลุ่มระบุ histones อื่น ๆ หลายฟอร์มadducts กับแอล รวม histones หลัก H2A.2 และ H2B.1 และตัวเชื่อมโยงข้อมูล histones H1.5 และ H1xFA/CoCl2 กลุ่มที่สองที่แสดงให้เห็นว่าขอทำงานสูงสุดของแอลปรับเปลี่ยนโปรตีน (ฟิก S2) ในการวิเคราะห์การรวมสายอักขระและ MCL คลัสเตอร์สามารถกำหนดคลัสเตอร์ทำงานแปดซึ่งถูกเพิ่มเติมด้วยตนเองใส่คำอธิบายประกอบ คลัสเตอร์เหล่านี้รวมโปรตีน cytoskeletal – พลาสมาเมมเบรน (โปรตีน 7), secretedตารางที่ 1กำหนดให้กลุ่ม oxoLPP ปรับเปลี่ยนโปรตีน ระบุในเซลล์ที่ไม่ถูกรักษาและเซลล์รับ FA, CoCl2 และ ทั้งโต้ตอบทำงานโปรตีน – โปรตีนโดยสายวิเคราะห์และคู่มือคำอธิบาย คลัสเตอร์เลขที่สอดคล้องกับหนึ่งใน Figs. 6 และ S2-S4 จำนวนโปรตีนที่เกี่ยวข้องในคลัสเตอร์ที่แสดงใน[วงเล็บ] น. — พลาสมาเมมเบรน C คือ cytoskeleton ECM-เคลือบควบคุม FA CoCl2 FA/CoCl2I. cytoskeleton – พลาสมาเมมเบรน – ECM (C – PM – ECM)1. C – PM – ECM สถาปัตยกรรม [16] 1 สถาปัตยกรรม C – น. [7] 2 สถาปัตยกรรม C – น. [7]2. น.เชื่อมโยง ATPases [7] 2 C – น.สถาปัตยกรรม [11]3. C – น. receptors ตามปกติ [7]4. C-น.ตามปกติ [10]II. พลาสมาเมมเบรนและโปรตีน secreted5. น. และ secreted โปรตีน [5] 3 PM และ secreted โปรตีน [14]4 การสังเคราะห์ Proteoglycan [3]III. Cytoskeleton ที่เกี่ยวข้องกับการขนส่งและ motility7. ขนส่ง cytoskeletal [8] 9 Dynein เกี่ยวข้อง motility [3]8. cytoskeletal ขนส่ง [6]IV. นิวเคลียร์องค์กรรูขุมขน5. นิวเคลียร์รูขุมขนและขนส่ง [3]ในเซลล์ส่วนโปรตีน V. Cytoskeletal6. เซลล์แบ่ง แบ่งแยกโครโมโซม[17]7. เซนโทรโซมองค์กร [5]VI. ตามปกติ3. cytoskeleton mediated ตามปกติ [6] 3 ฟอสเฟต inositol เกี่ยวข้อง [3] 1 น. cytoskeleton สัญญาณ transduction [18]#4 สัญญาณ [3]VII. ระเบียบของราชบัณฑิตยสถาน12. NFκB เกี่ยวข้อง transcription [5]13. ระเบียบของราชบัณฑิตยสถาน [13]VIII. โครมาตินปรับปรุง1. โครมาตินการเปลี่ยนแปลง [4] 6 จำลองดีเอ็นเอและการปรับปรุงโครมาติน[15]IX. Splicing8. ระเบียบของ transcription และ splicing[12]6. splicing [3] 7 Splicing [7]ย่อยสลายและสังเคราะห์โปรตีน x. อัพ9. ไรโบโซม biogenesis และระเบียบ [16]10. โปรตีนสังเคราะห์และพับ [9] 5 การสังเคราะห์โปรตีนและการพับ [7]2. Proteosome [3]ซ่อมแซม DNA สิ11. ดีเอ็นเอซ่อม [9]XII. ควบคุมการเผาผลาญไขมัน14. ควบคุมการเผาผลาญไขมัน [5] 8 ระเบียบของการเผาผลาญไขมัน [5]S. Anavi et al. / Redox ชีววิทยา 4 (2015) 158-168 165(14) โปรตีนและโปรตีนที่เกี่ยวข้องในการสังเคราะห์ proteoglycan (3โปรตีน), dynein เกี่ยวข้อง motility (3), สัญญาณ transduction (18), ไขมันเผาผลาญ (5), การปรับปรุงโครมาติน และการจำลองดีเอ็นเอ(15), splicing (7) และการสังเคราะห์โปรตีน และพับ (7) นอกจากนี้กับฮิสโตน โปรตีนกล่าวถึงข้างต้น ระหว่างปรับเปลี่ยนโปรตีนเกี่ยวข้องกับโครมาตินจำลองดีเอ็นเอและการเปลี่ยนแปลงได้ไลซีน N methyltransferase acetyltransferases SETD8 และฮิสโตนKAT6B (ตัวตามกันไปโดยรวมรุ้ง 961EKLILSHHHEMEKLK972 HHE ปรับเปลี่ยนเพปไทด์ exemplified ใน Fig. 4C) และ KAT8 ซึ่งอาจระบุรบกวนโปรตีนแอล adducts กับฮิสโตนปรับและ acetylation มนต์ของ epigenetic ระเบียบของtranscription ของยีน ในการเผาผลาญไขมันโปรตีนที่เกี่ยวข้องPGC 1α คาร์นิที palmitoyltransferase ตัวรับ retinoid X และphospholipase A2 ได้ระบุ โปรตีน 7 ปรับเปลี่ยนภายในFA/CoCl2 กลุ่มเกี่ยวข้องกับ mRNA splicing รวม hnRNP A /B (ตัวตามกันไปโดยรวมรุ้ง 154GFGFVTFDDHHNEDPVDKIVLQK173 HHE ปรับเปลี่ยนเพปไทด์ exemplified บนโตโยต้า Fig.) และ Lribonucleoprotein นิวเคลียร์ขนาดเล็ก snRNP D2 และคูณ splicingPrp8 ตรงข้ามกลุ่ม FA ในที่สุดของการประกอบคลัสเตอร์เกี่ยวข้องกับนิวเคลียร์โปรตีน (8 คลัสเตอร์จาก 14), ในFA/CoCl2 กลุ่มคลัสเตอร์สองเท่า (โครมาตินเปลี่ยนแปลง/ดีเอ็นเอจำลอง และ splicing) corresponded proteome นิวเคลียร์ปรับเปลี่ยนโปรตีนมากมายเกี่ยวข้องกับ cytoskeletonดังนั้น โปรตีนเกี่ยวข้องกับ cytoskeleton ติดต่อกับพลาสม่าเมมเบรน dynein เคลื่อน และ transduction สัญญาณจากพลาสมาเยื่อ cytoskeleton อุดมไป นอกจากนี้ 14 พลาสมาเมมเบรนโปรตีนที่เกี่ยวข้อง และ secreted ได้จับกลุ่มกันเป็นโปรตีนที่เกี่ยวข้องในการสังเคราะห์ proteoglycan สามสำหรับการวิเคราะห์โต้ตอบโปรตีน – โปรตีนเซลล์ CoCl2 ถือว่าเปิดเผยเพียงไม่กี่กำหนดคลัสเตอร์ มีจำนวนโปรตีนต่ำเกี่ยวข้อง (ฟิก S3) มีความคล้ายคลึงกับ FA/CoCl2 กลุ่มจำนวนการวิเคราะห์สายอักขระ (227 229 โปรตีนรายการ และรายการสำหรับกลุ่ม CoCl2 และ ไขมัน/CoCl2 ตามลำดับ) ในหมู่พวกเขาเท่านั้นใน splicing นิวเคลียร์ 3 โปรตีนอุดมไปด้วยทำงานโต้ตอบการวิเคราะห์ ในขณะที่ส่วนเหลือประกอบด้วยโปรตีนเกี่ยวข้องในองค์กรของ cytoskeleton – พลาสมาเมมเบรนสถาปัตยกรรม (โปรตีน 18), cytoskeleton ขนส่ง (14 โปรตีน),เชื่อมโยงสัญญาณ (6 โปรตีน) หรือพลาสมาเมมเบรน และ secretedโปรตีน (โปรตีน 5)มีจำนวนคลัสเตอร์โต้ตอบทำงานต่ำลงแสดงในกลุ่มควบคุม (ฟิก S4) สามารถกำหนดเท่านั้นเกี่ยวข้องกับโครมาตินเปลี่ยนแปลง (4 โปรตีน), ทั้งหมด 3 กลุ่มที่เกี่ยวข้องกับการย่อยสลายโปรตีนของ proteasomal (3 โปรตีน) และcytoskeleton mediated ตามปกติ (6 โปรตีน)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ที่น่าสนใจโปรตีนที่ดัดแปลงมาจากหลายกลุ่มฟังก์ชั่นที่ถูกระบุเฉพาะในกลุ่มเอฟเอ ผู้ที่รวมสามโปรตีนขององค์กรรูขุมขนนิวเคลียร์คือสอง nucleoporins (Nup250 และ Nup358) และนิวคลีโอ TPR นอกจากนี้ cytoskeletal โปรตีนมีส่วนร่วมในการแบ่งเซลล์มีการแสดงเฉพาะสำหรับเอฟเอคักลุ่มรวมทั้งสมาชิกหลายคนของครอบครัว Kinesin และหน่วยย่อยของcondensin ซับซ้อน นอกจากนี้โปรตีนที่มีส่วนร่วมในการแก้ไขซ่อมแซมดีเอ็นเอเช่นการซ่อมแซมไม่ตรงกันดีเอ็นเอโปรตีน Msh6 โพสต์การทำแบบจำลองการซ่อมแซมโปรตีนRAD18 และดีเอ็นเอลิกาเซ IV ได้เฉพาะระบุ ที่น่าสนใจเสียหายของดีเอ็นเอและการทำงานของซ่อมแซมดีเอ็นเอเมื่อเอฟเอเอฟเอและการรักษา / COCl2 รับการยืนยันจากดวงตะวันวิเคราะห์phosphorylation H2AX (รูปที่. 5) แต่ใน LPP โปรตีนการปรับเปลี่ยนในกลุ่มเอฟเอสโตนเพียงตัวเชื่อมโยง H1.3 ก็พบว่าจะได้รับการแก้ไขโดยHHE ในสามซ้ำการทดลอง ในเอฟเอ / COCl2 histones กลุ่มอื่น ๆ อีกหลายที่ถูกระบุในรูปแบบ adducts กับ LPP รวมทั้งหลัก histones H2A.2 และ H2B.1 และลิงเกอร์H1.5 histones และ H1x. เอฟเอ / COCl2 กลุ่มแสดงให้เห็นคุณค่าที่สองการทำงานสูงสุดของLPP โปรตีนการแก้ไข (รูป. S2) ในการวิเคราะห์ STRING รวมและการจัดกลุ่มMCL ได้รับอนุญาตให้กำหนดแปดกลุ่มการทำงานที่ได้รับการต่อข้อเขียนด้วยตนเอง กลุ่มเหล่านี้รวมถึงโปรตีน cytoskeletal พลาสม่า (7 โปรตีน) หลั่งตารางที่1 การทำงานกลุ่มปฏิสัมพันธ์โปรตีนของโปรตีน oxoLPP แก้ไขระบุในเซลล์ได้รับการรักษาและเซลล์รับการรักษาด้วยเอฟเอคั COCl2 และการรวมกันของทั้งสองที่ได้รับมอบหมายโดยการวิเคราะห์STRING และ คู่มือคำอธิบายประกอบ ตัวเลขคลัสเตอร์สอดคล้องกับที่ระบุไว้ในมะเดื่อ 6 และ S2-S4 จำนวนของโปรตีนที่มีส่วนร่วมในกลุ่มที่แสดงใน[วงเล็บ] เมมเบรน PM-พลาสม่า; C-โครงร่างของเซลล์; เมทริกซ์ ECM-extracellular. ควบคุมเอฟเอเอฟเอ COCl2 / COCl2 ครั้งที่หนึ่ง โครงร่างของเซลล์เมมเบรนพลาสม่า-ECM (C-PM-ECM) 1 C-PM-ECM สถาปัตยกรรม [16] 1. สถาปัตยกรรม C-PM [7] 2. สถาปัตยกรรม C-PM [7] 2 PM ที่เกี่ยวข้อง ATPases [7] 2. สถาปัตยกรรม C-PM [11] 3 รับ C-PM สัญญาณ [7] 4 การส่งสัญญาณ C-PM [10] ครั้งที่สอง เมมเบรนพลาสม่าและหลั่งโปรตีน5 PM และโปรตีนหลั่ง [5] 3. PM และโปรตีนที่หลั่ง [14] 4 การสังเคราะห์ proteoglycan [3] ที่สาม โครงร่างการขนส่งที่เกี่ยวข้องและการเคลื่อนไหวของ7 การขนส่ง cytoskeletal [8] 9 Dynein การเคลื่อนไหวที่เกี่ยวข้อง [3] 8 การขนส่ง cytoskeletal [6] IV องค์กรที่รูขุมขนนิวเคลียร์5 รูขุมขนนิวเคลียร์และการขนส่ง [3] โวลต์ โปรตีน cytoskeletal มีส่วนร่วมในการแบ่งเซลล์6 การแบ่งเซลล์การแยกโครโมโซม[17] 7 องค์กร centrosome [5] VI ส่งสัญญาณ3 โครงร่างการส่งสัญญาณสื่อกลาง [6] 3. Inositol ฟอสเฟตที่เกี่ยวข้อง [3] 1. PM-โครงร่างของเซลล์สัญญาณ [18] # 4 สัญญาณ [3] ปกเกล้าเจ้าอยู่หัว กฎระเบียบของการถอดความ12 NFκBถอดความเกี่ยวข้อง [5] 13 กฎระเบียบของการถอดความ [13] VIII การเปลี่ยนแปลงโครมา1 การเปลี่ยนแปลงโครมาติ [4] 6. การเปลี่ยนแปลงโครมาติและการจำลองดีเอ็นเอ[15] ทรงเครื่อง ประกบ8 กฎระเบียบของการถอดความและประกบ[12] 6 ประกบ [3] 7. ประกบ [7] เอ็กซ์ การสังเคราะห์โปรตีนและการย่อยสลาย9 biogenesis ไรโบโซมและการควบคุม [16] 10 การสังเคราะห์โปรตีนและพับ [9] 5. การสังเคราะห์โปรตีนและพับ [7] 2 Proteosome [3] จิน ซ่อมแซมดีเอ็นเอ11 ซ่อมแซมดีเอ็นเอ [9] สิบ กฎระเบียบของการเผาผลาญไขมัน14 กฎระเบียบของการเผาผลาญไขมัน [5] 8. กฎระเบียบของการเผาผลาญไขมัน [5] เอส Anavi et al, / Redox ชีววิทยา 4 (2015) 158-168 165 โปรตีน (14) และโปรตีนที่เกี่ยวข้องในการสังเคราะห์ proteoglycan (3 โปรตีน) dynein เคลื่อนที่ที่เกี่ยวข้อง (3), สัญญาณ (18), ไขมันเผาผลาญอาหาร(5), การเปลี่ยนแปลงโครมาติและการจำลองดีเอ็นเอ(15) ประกบ (7) และการสังเคราะห์โปรตีนและพับ (7) นอกจากนี้โปรตีนฮีสโตนกล่าวข้างต้นในหมู่โปรตีนการแก้ไขที่เกี่ยวข้องกับการเปลี่ยนแปลงโครมาติและการจำลองดีเอ็นเอเป็นSETD8 ใบพัด N-ไลซีนและสโตน acetyltransferases KAT6B (สเปกตรัมมวลควบคู่ของเปปไทด์ HHE แก้ไข 961EKLILSHHHEMEKLK972 สุดขั้วในรูป. 4C) และ KAT8 ซึ่งอาจบ่งชี้การรบกวนของ adducts โปรตีน LPP กับสโตนmethylation acetylation และทางเดินของการควบคุม epigenetic ของการถอดรหัสยีน ท่ามกลางการเผาผลาญไขมันโปรตีนที่เกี่ยวข้องPGC-1α, คาร์นิที palmitoyltransferase, retinoid รับ X และphospholipase A2 ถูกระบุ เซเว่นโปรตีนแก้ไขภายในเอฟเอ / COCl2 กลุ่มที่เกี่ยวข้องกับ mRNA ประกบรวมทั้ง hnRNP A / B (สเปกตรัมมวลควบคู่ของเปปไทด์ HHE แก้ไข 154GFGFVTFDDHHNEDPVDKIVLQK173 สุดขั้วในรูป. 4D) และ L, ribonucleoprotein นิวเคลียร์ขนาดเล็ก snRNP D2 และปัจจัยประกบPrp8 ในทางตรงกันข้ามกับกลุ่มเอฟเอซึ่งในส่วนใหญ่ของข้อเขียนกลุ่มที่เกี่ยวข้องกับโปรตีนนิวเคลียร์ (8 กลุ่มจาก 14) ในเอฟเอ/ กลุ่ม COCl2 เพียงสองกลุ่ม (การเปลี่ยนแปลงโครมาติ / ดีเอ็นเอจำลองแบบและการประกบ) ตรงกับโปรตีนนิวเคลียร์ . หลายคนของโปรตีนการแก้ไขที่เกี่ยวข้องกับโครงร่างของเซลล์. ดังนั้นโปรตีนที่มีส่วนร่วมในการทำงานร่วมกันกับโครงร่างของเซลล์พลาสมาเมมเบรนคล่องตัว dynein และสัญญาณจากพลาสม่าเมมเบรนจะถูกโครงร่างของเซลล์อุดม นอกจากนี้ 14 พลาสม่าเมมเบรนที่เกี่ยวข้องและโปรตีนที่หลั่งถูกคลัสเตอร์ร่วมกันเช่นเดียวกับสามโปรตีนมีส่วนร่วมในการสังเคราะห์proteoglycan. สำหรับ COCl2 ที่ได้รับการวิเคราะห์ปฏิสัมพันธ์โปรตีนเซลล์เผยให้เห็นกลุ่มที่กำหนดไว้เพียงไม่กี่ที่มีจำนวนต่ำของโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับ(รูป. S3) แม้จะมีความคล้ายกัน เพื่อให้เอฟเอ / COCl2 จำนวนกลุ่มของรายการที่อยู่ภายใต้การวิเคราะห์STRING (227 และ 229 รายการโปรตีนสำหรับกลุ่มCOCl2 และไขมัน / COCl2 ตามลำดับ) ในหมู่พวกเขาเพียงสามโปรตีนนิวเคลียร์ที่เกี่ยวข้องในการประกบถูกอุดมไปด้วยการวิเคราะห์การทำงานร่วมกันทำงานในขณะที่ส่วนที่เหลือที่มีโปรตีนที่มีส่วนร่วมในองค์กรของเยื่อหุ้มโครงร่างพลาสม่าสถาปัตยกรรม(18 โปรตีน), การขนส่งโครงร่าง (14 โปรตีน) การส่งสัญญาณ (6 โปรตีน) หรือเมมเบรนพลาสม่า ที่เกี่ยวข้องและหลั่งโปรตีน(5 โปรตีน). แม้จำนวนที่ลดลงของกลุ่มปฏิสัมพันธ์การทำงานได้รับการแสดงสำหรับกลุ่มควบคุม (รูป. S4) มันเป็นไปได้ที่จะกำหนดเพียงสามกลุ่มที่แตกต่างกันมีส่วนร่วมในการเปลี่ยนแปลงโครมาติ (4 โปรตีน) ที่เกี่ยวข้องกับการย่อยสลายโปรตีน proteasomal (3 โปรตีน) และโครงร่างของเซลล์พึ่งการส่งสัญญาณ(6 โปรตีน)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

น่าสนใจ ดัดแปลงโปรตีนจากหลายกลุ่มฟังก์ชัน
ระบุเฉพาะในเอฟเอ กรุ๊ป ที่รวม 3
โปรตีนขององค์กรจากนิวเคลียร์ คือ สอง nucleoporins
( nup250 และ nup358 ) และนิวคลีโอโปรตีน TPR . นอกจากนี้โปรตีนไซโตร กเลตัล
ที่เกี่ยวข้องในการแบ่งเซลล์ได้แสดงเพียงฟ้า
กลุ่มรวมถึงสมาชิกหลายครอบครัว และหน่วยย่อยของไคเนซิน
condensin ซับซ้อนนอกจากนี้ ดัดแปลงโปรตีนที่เกี่ยวข้องใน
ซ่อมแซมดีเอ็นเอ เช่น การซ่อมแซมดีเอ็นเอโปรตีน msh6 โพสต์ซ้ำ
ซ่อม rad18 โปรตีนและดีเอ็นเอไลเกส 4 มีเฉพาะ
ระบุ ทั้งนี้ ความเสียหาย DNA และการกระตุ้นการซ่อมแซมดีเอ็นเอ
เมื่อฟ้าและ fa / cocl2 การรักษาที่ได้รับการยืนยันโดยการวิเคราะห์ Western blot
ของ h2ax ฟอสโฟริเลชัน ( ภาพที่ 5 ) อย่างไรก็ตาม ระหว่างการ
ดัดแปลงโปรตีนในเอฟเอกรุ๊ปเท่านั้น ลิงเกอร์ ช่วย h1.3 พบ
จะแก้ไขโดยเขาใน 3 ซ้ำการทดลอง ใน
ฟ้า / cocl2 กลุ่มฮิสโตนอีกหลายรูปแบบ
adducts ที่มีการระบุ รวมทั้งหลักฮิสโตน h2a 2 และ h2b 1 และ
ลิงเกอร์และ h1.5 ฮิสโตน h1x .
ฟ้า / cocl2 กลุ่มมีผลสูงสุดที่สองของการเสริมโปรตีนดัดแปลงการทำงาน
( รูป S2 )รวมสตริงและข้อมูลการวิเคราะห์
mcl ได้รับอนุญาตให้กำหนดแปดการทำงานกลุ่ม
ซึ่งถูกเพิ่มเติมด้วยตนเองบันทึกย่อ . กลุ่มนี้รวม
ไซโตร กเลตัล–เยื่อหุ้มเซลล์โปรตีน ( โปรตีน 7 ตารางที่ 1

) หลั่งโปรตีนโปรตีนปฏิสัมพันธ์และการทำงานของโปรตีนกลุ่ม oxolpp แก้ไขระบุในเซลล์ และเซลล์ที่ได้รับการรักษาด้วยสาร cocl2 ฟ้า , และการรวมกันของทั้งสองได้รับมอบหมาย
โดยการวิเคราะห์และคู่มือการจัดการสตริง สอดคล้องกับตัวเลขกลุ่มหนึ่งให้ลูกมะเดื่อ . 6 S2 - S4 . จำนวนโปรตีนที่เกี่ยวข้องในกลุ่มแสดงใน
[ วงเล็บเหลี่ยม ] พลาสมาเมมเบรนน. , c-cytoskeleton ; ECM extracellular เมทริกซ์
ควบคุมฟ้า cocl2 ฟ้า / cocl2
ผมขาดตอนและเยื่อหุ้มเซลล์– ECM ( C ) PM ( ECM )
1 c ) น. – ECM สถาปัตยกรรม [ 16 ] 1 C –สถาปัตยกรรมน. [ 7 ] 2C –สถาปัตยกรรม [ PM ]
7 2 น. ที่ atpases [ 7 ] 2 C –สถาปัตยกรรมน. [ 11 ]
3 C – PM ตัวรับส่งสัญญาณ [ 7 ]
4 C - PM ส่งสัญญาณ [ 10 ]
2 เมมเบรนพลาสม่าและหลั่งโปรตีน
5 น. และหลั่งโปรตีน [ 5 ] 3 . น. และหลั่งโปรตีน [ 14 ]
4 สังเคราะห์โปรตีนโอไกลแคน [ 3 ]
III ขาดตอนที่เกี่ยวข้องการขนส่งและการเคลื่อนที่
7 ไซโตร กเลตัลขนส่ง [ 8 ] 9 . ไดนีนที่เกี่ยวข้องกับการเคลื่อนที่ [ 3 ]
8ไซโตร กเลตัลขนส่ง [ 6 ] องค์กรนิวเคลียร์พอร์
4
5 รูขุมขนและขนส่ง [ 3 ]
V ไซโตร กเลตัลโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับการแบ่งเซลล์
6 นิวเคลียร์ การแบ่งเซลล์โครโมโซมแยก
, [ 17 ]
7 ไมค์ ชิโนดะองค์กร [ 5 ]
6 สัญญาณ
3 ไซโทสเกเลตอน ( สัญญาณ [ 6 ] 3 . ไอโนซิทอลฟอสเฟตที่เกี่ยวข้อง [ 3 ] 1 . สัญญาณผ่าน PM ขาดตอน [ 18 ]
# 4 สัญญาณ [ 3 ]
7 .ระเบียบของบัณฑิตยสถาน
12 NF κ B ที่เกี่ยวข้องถอดความ [ 5 ]
13 ระเบียบของบัณฑิตยสถาน [ 13 ]
8 . การเปลี่ยนแปลง
1 การเปลี่ยนแปลง [ 4 ] 6 . การเปลี่ยนแปลงและดีเอ็นเอ
[ 15 ]
9 splicing
8 กฎระเบียบของการถอดความและ splicing
[ 12 ]
6 ตัดต่อ [ 3 ] 7 . ตัดต่อ [ 7 ]
x การสังเคราะห์โปรตีนและการย่อยสลาย
9 ไรโบโซมเครื่องกรองอากาศและระเบียบ [ 16 ]
10การสังเคราะห์โปรตีนและพับ [ 9 ] 5 . การสังเคราะห์โปรตีนและพับ [ 7 ]
2 โปรตีโอโซม [ 3 ]
Xi การซ่อมแซมดีเอ็นเอ
11 ดีเอ็นเอซ่อมแซม [ 9 ]
12 . ระเบียบของลิปิดเมแทบอลิซึม
14 ระเบียบของการเผาผลาญไขมัน [ 5 ] 8 . ระเบียบของลิปิดเมแทบอลิซึม [ 5 ]
S . anavi et al . / รีดอกซ์ชีววิทยา 4 ( 2015 ) โปรตีน 158 – 168 165
( 14 ) และโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์โปรตีนโอไกลแคน ( 3
โปรตีน ) , ไดนีนการเคลื่อนที่ที่เกี่ยวข้อง ( 3 )การแปรสัญญาณ ( 18 ) , การเผาผลาญไขมัน
( 5 ) , การเปลี่ยนแปลงและการ
การจำลองตัวเองของดีเอ็นเอ ( 15 ) , แต่งงาน ( 7 ) และการสังเคราะห์โปรตีนและพับ ( 7 ) นอกจากนี้ในโปรตีนฮิสโตน
กล่าวข้างต้นในโปรตีนที่เกี่ยวข้องในการเปลี่ยนแปลงและแก้ไข

setd8 ดีเอ็นเอเป็น methyltransferase n-lysine หมอกแดดฟ้องกลับ
และkat6b ( ตีคู่แมสสเปกตรัมของเขาแก้ไขเปปไทด์ 961eklilshhhemeklk972 exemplified ในรูปที่ 4C ) และ kat8 ซึ่ง
อาจบ่งชี้การ adducts กับการรบกวนของโปรตีนฮิสโตน ข้อเสนอแนะและแนวทางของระเบียบ Epigenetic ทิเลชัน

ของยีนถอดความ . ในการเผาผลาญไขมันโปรตีนที่เกี่ยวข้อง pgc-1 αคาร์นิทีน palmitoyltransferase
, ,
x ตัวรับประกันและphospholipase A2 มีการระบุ . เจ็ดดัดแปลงโปรตีนภายใน
ฟ้า / cocl2 กลุ่มที่เกี่ยวข้องกับยีน splicing รวมทั้ง hnrnp /
b ( ตีคู่แมสสเปกตรัมของเขาแก้ไขเปปไทด์ 154gfgfvtfddhhnedpvdkivlqk173 exemplified ในรูป 4D ) และ L ,
นิวเคลียร์ขนาดเล็กไรโบนิวคลีโอโปรตีน snrnp D2 และ splicing prp8 ปัจจัย

ในทางตรงกันข้ามกับกลุ่มฟาซึ่งในส่วนใหญ่ของบันทึกย่อ
กลุ่มที่เกี่ยวข้องกับโปรตีนนิวเคลียร์ ( 8 กลุ่มจาก 14 ) ,
ฟ้า / cocl2 เพียงกลุ่มสองกลุ่ม ( การเปลี่ยนแปลง / ดีเอ็นเอ
ซ้ำและ splicing ) ตรงกับโปรตีนนิวเคลียร์ .
มากมายของโปรตีนดัดแปลง มีความสัมพันธ์กับขาดตอน .
ดังนั้นโปรตีนที่เกี่ยวข้องในไซโทสเกเลตอนปฏิสัมพันธ์กับพลาสมา
เมมเบรนไดนีนการเคลื่อนไหวและสัญญาณผ่านจากพลาสมา
เยื่อขาดตอนอยู่ด้วย นอกจากนี้ พลาสมา เมมเบรนที่ 14
หลั่งโปรตีนและมีการจัดกลุ่มเข้าด้วยกัน
รวมทั้งสามโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์โปรตีนโอไกลแคน .
สำหรับ cocl2 รักษาเซลล์โปรตีน ) โปรตีนการวิเคราะห์ปฏิสัมพันธ์เพียงไม่กี่กลุ่ม มีกำหนดเปิดเผย

จำนวนต่ำของโปรตีนที่เกี่ยวข้อง ( ภาพที่ S3 ) แม้จะคล้ายกับฟ้า / cocl2 หมายเลขกลุ่ม
รายการภายใต้การวิเคราะห์ของสตริง ( 227 229 รายการและโปรตีน
สำหรับ cocl2 และกลุ่มไขมัน / cocl2 ตามลำดับ ) ในหมู่พวกเขาเท่านั้น
3 นิวเคลียร์โปรตีนที่เกี่ยวข้องใน splicing เป็นอุดมด้วย
การวิเคราะห์ปฏิสัมพันธ์การทำงานในขณะที่ส่วนที่เหลือประกอบด้วยโปรตีนที่เกี่ยวข้องในองค์กรขาดตอน

สถาปัตยกรรมและเยื่อหุ้มเซลล์ ( 18 โปรตีนขนส่ง ( 14 ) ขาดตอน
โปรตีน )สัญญาณ ( 6 ชนิด ) หรือเยื่อหุ้มเซลล์และโปรตีนที่หลั่ง

เบอร์ 5 โปรตีน ) ต่ำกว่ากลุ่มการโต้ตอบการทำงานคือ
แสดงเป็นกลุ่มควบคุม ( ภาพ S4 ) มันเป็นไปได้ที่จะกำหนดเพียงแตกต่างกันสามกลุ่มที่เกี่ยวข้องในการ
Remodeling ( 4 ชนิด ) ที่เกี่ยวข้องกับการสลายของโปรตีน ( proteasomal
3
ขาดตอน ( โปรตีน ) และส่งสัญญาณ ( 6 ชนิด )