QUANTIFICATION OF BAIT CAPTURE SUCC

QUANTIFICATION OF BAIT CAPTURE SUCCESS AND
PHYLOGENETIC DISTANCE TO MODEL SPECIES
We found no association between the success of capture
and the phylogenetic distance between the
model species and the target species (Fig. 2).
Despite the extracted DNA concentration being
standardized across all samples prior to bait capture,
the number of assembled contigs recovered was highly
variable. Six of the species assembled approximately
31 000 contigs, whereas three samples (R. inops,
R. bocharicus, and R. malayanus) yielded much
higher numbers (up to above 85 249) and one sample
(R. subrufus) yielded substantially fewer contigs (approximately
23 000) (Table 1). However, these numbers
did not scale well with the number of contigs that
could be mapped to the bait sequences; for example,
only 16.61% of 85 249 contigs could be identified in
R. malayanus compared to 86.55% of 52 357 contigs
for R. bocharicus (Table 1). This made the mean number
of genes recovered more standardized.
Of the 3520 genes included in the baits, the mean
number of genes recovered per sample was 3141
(89.2%), with a range from 3024 (85.9%) for
R. bocharicus to 3186 (90.5%) for R. clivosus. However,
when considering only those genes with
sequence coverage of ≥ 90%, the mean was only
1206.8 (34.3%) and ranged from 662 (18.8%) for
R. malayanaus to 1562 (44.4%) for R. shameli
(Table 1). Overall, 449 of these genes with high coverage
were recovered in all 10 target species.
DISCUSSION
To assess the viability of target sequence capture on
museum specimens across a diverse clade, we performed
target sequence capture of 3520 genes using
a bait designed from RNA-Seq data from two species
of horseshoe bat. In total, we were able to recover
most (89.23%) of the target genes from multiple, previously
unsequenced taxa seperated by up to 15 Myr
(Guill
en-Servent et al., 2003). We detected no clear
pattern of variation in the number of genes recovered
in each of the target species in relation to their
phylogenetic distance to the ‘bait’ species (Fig. 2).
Indeed, we were able to recover most of the genes
with at least partial sequence coverage in 10 distinct
species, which together span a wide range of the
phylogenetic diversity in this group (Guill
en-Servent
et al., 2003; Stoffberg et al., 2010).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

นับความสำเร็จการจับเหยื่อ และระยะห่างจากรุ่นพันธุ์ทางเราพบไม่มีความสัมพันธ์ระหว่างความสำเร็จของการจับภาพและระยะทางระหว่างการรูปแบบชนิดและสายพันธุ์เป้าหมาย (รูป 2)แม้จะสกัดดีเอ็นเอความเข้มข้นเป็นมาตรฐานในกลุ่มตัวอย่างทั้งหมดก่อนที่จะจับเหยื่อจำนวนประกอบ contigs กู้ได้สูงตัวแปร 6 สายพันธุ์ประกอบประมาณ31 000 contigs ใน ขณะที่สามตัวอย่าง (อาร์ inopsอาร์ bocharicus และอาร์ malayanus) ให้ผลมากตัวเลขที่สูงขึ้น (สูงสุดเหนือ 85 249) และสุ่มตัวอย่าง(อาร์ subrufus) ให้ผลน้อยลงอย่างมาก contigs (ประมาณ23 000) (ตารางที่ 1) อย่างไรก็ตาม ตัวเลขเหล่านี้ไม่ขนาดกับจำนวนของ contigs ที่สามารถแมปเพื่อลำดับเหยื่อ ตัวอย่างเช่นอาจพบเพียงร้อยละ 16.61 ของ 85 249 contigsอาร์ malayanus เทียบกับ 86.55% 52 357 contigsสำหรับอาร์ bocharicus (ตาราง 1) นี้ทำเลขหมายถึงของยีนกู้มาตรฐานมากขึ้นของยีน 3520 ที่รวมอยู่ในเหยื่อ หมายถึงจำนวนของยีนต่อตัวอย่างการกู้คืนถูก 3141(89.2%), มีช่วงจาก 3024 (85.9%) สำหรับBocharicus อาร์ไป 3186 (90.5%) สำหรับอาร์ clivosus อย่างไรก็ตามเมื่อพิจารณาเฉพาะยีนเหล่านั้นด้วยลำดับครอบคลุม≥ 90% หมายถึงได้เท่านั้น1206.8 (34.3%) และโจมตีระยะไกลจาก 662 (18.8%) สำหรับอาร์ malayanaus ไป 1562 (44.4%) สำหรับอาร์ shameli(ตารางที่ 1) โดยรวม 449 ของยีนเหล่านี้คุ้มครองสูงถูกกู้คืนในทุกเป้าหมาย 10 สายพันธุ์อภิปรายการประเมินในเชิงของการจับภาพเป้าหมายลำดับบนเราทำพิพิธภัณฑ์อย่างข้าม clade หลากหลายจับลำดับเป้าหมายของ 3520 ยีนโดยใช้เหยื่อที่ออกแบบจากข้อมูล RNA Seq จากสองสายพันธุ์ของค้างคาวเกือกม้า ทั้งหมด เราก็สามารถที่จะกู้คืนส่วนใหญ่ (89.23%) ของยีนเป้าหมายจากหลาย ก่อนหน้านี้unsequenced เหลืองคั่น โดย Myr ถึง 15(Guill en Servent et al. 2003) เราตรวจพบไม่ชัดเจนกู้คืนรูปแบบของการเปลี่ยนแปลงของยีนในแต่ละพันธุ์ในความสัมพันธ์กับเป้าหมายของพวกเขาระยะทางพันธุ์ 'เหยื่อ' (รูป 2)จริง เรามีความสามารถในการกู้คืนของยีนด้วยลำดับน้อยบางส่วนครอบคลุมในระดับ 10สายพันธุ์ ซึ่งร่วมกันครอบคลุมหลากหลายของการความหลากหลายทางในกลุ่มนี้ (Guill en-Serventet al. 2003 Stoffberg et al. 2010)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ปริมาณความสำเร็จเหยื่อจับภาพและ
ระยะทาง phylogenetic กับรูปแบบชนิด
เราพบความสัมพันธ์ระหว่างความสำเร็จของการจับภาพไม่มี
และระยะทางสายวิวัฒนาการระหว่าง
สายพันธุ์นางแบบและชนิดเป้าหมาย (รูปที่. 2).
แม้จะมีความเข้มข้นของ DNA ที่สกัดถูก
มาตรฐานทั่วทุกตัวอย่างก่อนที่จะ จับเหยื่อ
จำนวน contigs ประกอบการกู้คืนเป็นอย่างมาก
ตัวแปร หกของสายพันธุ์ประกอบประมาณ
31 000 contigs ขณะที่สามตัวอย่าง (อาร์ inops,
อาร์ bocharicus และอาร์ malayanus) ให้ผลมาก
ตัวเลขที่สูง (ถึงข้างต้น 85 249) และเป็นหนึ่งในตัวอย่าง
(ร subrufus) ผล contigs อย่างมีนัยสำคัญน้อยลง (โดยประมาณ
23 000) (ตารางที่ 1) อย่างไรก็ตามตัวเลขเหล่านี้
ไม่ได้ดีขนาดที่มีจำนวนของ contigs ว่า
จะได้รับการแมปไปลำดับเหยื่อ; ตัวอย่างเช่น
เพียง 16.61% ของ 85 249 contigs อาจจะระบุไว้ใน
อาร์ malayanus เมื่อเทียบกับ 86.55% ของ 52 357 contigs
สำหรับอาร์ bocharicus (ตารางที่ 1) นี้ทำให้จำนวนเฉลี่ย
ของยีนหายมาตรฐานมากขึ้น.
ของยีน 3520 รวมอยู่ในเหยื่อที่หมายถึง
จำนวนของยีนที่ฟื้นตัวต่อตัวอย่างเป็น 3141
(89.2%) มีช่วงจาก 3024 (85.9%) สำหรับ
อาร์ เพื่อ bocharicus 3186 (90.5%) สำหรับอาร์ clivosus อย่างไรก็ตาม
เมื่อพิจารณาเฉพาะผู้ที่มียีน
คุ้มครองลำดับของ≥ 90% ค่าเฉลี่ยเป็นเพียง
1,206.8 (34.3%) และตั้งแต่ 662 (18.8%) สำหรับ
อาร์ เพื่อ malayanaus 1562 (44.4%) สำหรับอาร์ shameli
(ตารางที่ 1) โดยรวม, 449 ของยีนเหล่านี้มีความคุ้มครองสูง
ถูกกู้คืนในทุก 10 ชนิดเป้าหมาย.
อภิปราย
เพื่อประเมินศักยภาพของการจับภาพเป้าหมายลำดับใน
พิพิธภัณฑ์ตัวอย่างข้าม clade หลากหลายที่เราดำเนินการ
เป้าหมายการจับลำดับของ 3520 ยีนโดยใช้
เหยื่อการออกแบบจาก RNA-Seq ข้อมูลจากทั้งสองสายพันธุ์
ของค้างคาวเกือกม้า โดยรวมแล้วเราก็สามารถที่จะกู้คืน
มากที่สุด (89.23%) ของยีนเป้าหมายจากหลายก่อนหน้านี้
แท็กซ่า unsequenced คั่นด้วยถึง 15 ล้านปี
(Guill? en-servent et al., 2003) เราตรวจพบไม่มีความชัดเจน
ในรูปแบบของการเปลี่ยนแปลงในจำนวนของยีนที่กู้คืน
ในแต่ละสายพันธุ์เป้าหมายในความสัมพันธ์กับพวกเขา
ระยะทาง phylogenetic สายพันธุ์ 'เหยื่อ' (รูปที่. 2).
อันที่จริงเราก็สามารถที่จะกู้คืนมากที่สุดของยีน
ที่มี คุ้มครองลำดับส่วนน้อยใน 10 ที่แตกต่างกัน
ชนิดซึ่งร่วมกัน span หลากหลายของ
ความหลากหลายทางสายวิวัฒนาการในกลุ่มนี้ (Guill en-servent?
et al, 2003;.. Stoffberg et al, 2010)