we reviewed processes for succinic

we reviewed processes for succinic acid production
from renewable resources by bacterial fermentation. The
best candidates for succinic acid production including A. succinogenes,
M.succiniciproducens andA.succiniciproducens use
PEP carboxylation pathway to form succinic acid. The enzymes
that catalyze the reactions competing with succinic acid pathway,
such as pyruvate kinase, phosphotransacetylase/acetate
kinase, lactate dehydrogenase, pyruvate:formate lyase and alcohol
dehydrogenase, are responsible for the formation of byproducts,
which increase the cost of purification and decrease the
yield of succinic acid. Although a few variant strains capable
of producing less byproducts were obtained by mutagenesis,
the formation of byproducts still persisted. This problem can be
solved by rational metabolic engineering based on the systematic
genome-wide analysis. Thanks to the availability of the complete
genome sequence of M. succiniciproducens, it is possible
to carry out genome-scale metabolic flux analysis, and genomewide
transcriptome and proteome analysis. This will allow us to
develop metabolic engineering strategies for the enhanced production
of succinic acid by considering the followings. In silico
metabolic flux analysis will allow us to determine intracellular
flux distribution under various genetic and environmental perturbations.
The genetic and environmental conditions that lead to
higher flux toward succinic acid with reduced fluxes to byproducts
will be selected and verified experimentally. During this
process, the results of transcriptome and proteome analyses can
be incorporated to fine-tune the constraints. Engineering targets
can be selected directly from transcriptome and proteome analysis
as well. Those genes and proteins found to be interesting from
the transcriptome and proteome analyses can be manipulated to
enhance the metabolic performance.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เราได้ตรวจสอบกระบวนการผลิตกรดจากทรัพยากรทดแทนโดยการหมักของแบคทีเรีย ที่ดีที่สุดสำหรับการผลิตกรดได้แก่ A. succinogenesใช้ andA.succiniciproducens M.succiniciproducensPEP carboxylation ระดับกรดแบบฟอร์ม เอนไซม์ที่สถาบันปฏิกิริยาแข่งขันกับทางเดินของกรดเช่น pyruvate kinase, phosphotransacetylase/acetatekinase, lactate dehydrogenase, lyase pyruvate: รูปแบบเอกสาร และแอลกอฮอล์dehydrogenase มีความรับผิดชอบในการก่อตัวของสารซึ่งเพิ่มต้นทุนลดลงและทำให้บริสุทธิ์การผลตอบแทนของกรด แม้ว่าบางตัวแปรสายพันธุ์สามารถผลิตน้อยพลอยได้รับมา โดย mutagenesisการก่อตัวของสารที่ยังคงมีอยู่ ปัญหานี้ได้แก้ไข โดยวิศวกรรมเผาผลาญเชือดตามที่ระบบการวิเคราะห์ทั้งจีโนม ขอขอบคุณความสมบูรณ์ลำดับกลุ่มของ succiniciproducens เมตร เป็นไปได้การดำเนินการวิเคราะห์จีโนมอัตราไหลเผาผลาญ และ genomewideวิเคราะห์ transcriptome และ proteome นี้จะช่วยให้เราพัฒนากลยุทธ์เผาผลาญวิศวกรรมการผลิตขั้นสูงของกรดโดยพิจารณาต่อไปนี้ ใน silicoวิเคราะห์การไหลที่เผาผลาญจะให้เรากำหนด intracellularกระจายไหลใต้ perturbations พันธุกรรม และสิ่งแวดล้อมต่าง ๆเงื่อนไขทางพันธุกรรม และสิ่งแวดล้อมที่นำไปสู่ไหลขึ้นไปทางกรดกับ fluxes ลดการก่อจะเลือก และตรวจสอบ experimentally ในระหว่างนี้กระบวนการ ผลลัพธ์ของ transcriptome และ proteome วิเคราะห์สามารถสามารถรวมการปรับข้อจำกัด เป้าหมายวิศวกรรมสามารถเลือกได้โดยตรงจากการวิ transcriptome และ proteomeเป็นอย่างดี ยีนและโปรตีนที่พบมีความน่าสนใจจากนั้นวิเคราะห์ proteome และ transcriptome ที่สามารถจัดการกับเพิ่มประสิทธิภาพการเผาผลาญ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เราตรวจสอบกระบวนการในการผลิตกรดอินทรีย์ชนิดจากแหล่งพลังงานทดแทนโดยการหมักแบคทีเรีย
สมัครที่ดีที่สุดสำหรับการผลิตกรดอินทรีย์ชนิดรวมทั้ง succinogenes เอ
M.succiniciproducens andA.succiniciproducens
ใช้ทางเดินcarboxylation PEP ทำให้เกิดกรดอินทรีย์ชนิด
เอนไซม์ที่กระตุ้นปฏิกิริยาการแข่งขันกับทางเดินกรดอินทรีย์ชนิด,
เช่นไคเนสไพรู phosphotransacetylase /
อะซิเตทไคเนส, นม dehydrogenase ไพรู: ไอเลสรูปแบบและเครื่องดื่มแอลกอฮอล์
dehydrogenase,
มีความรับผิดชอบในการก่อตัวของสารที่ซึ่งเพิ่มค่าใช้จ่ายของการทำให้บริสุทธิ์และลด
ผลผลิตของกรดอินทรีย์ชนิด
แม้จะเป็นสายพันธุ์ที่แตกต่างกันไม่กี่ที่มีความสามารถในการผลิตผลพลอยได้น้อยที่ได้รับจากการกลายพันธุ์,
การก่อตัวของสารยังคงยืนกราน ปัญหานี้สามารถแก้ไขได้โดยการเผาผลาญวิศวกรรมเหตุผลบนพื้นฐานของระบบการวิเคราะห์จีโนมทั้ง ขอบคุณที่ความพร้อมของที่สมบูรณ์ลำดับจีโนมของเอ็ม succiniciproducens ก็เป็นไปได้ที่จะดำเนินการในระดับจีโนมการวิเคราะห์การไหลของการเผาผลาญอาหารและgenomewide ยีนและการวิเคราะห์โปรตีน นี้จะช่วยให้เราสามารถพัฒนากลยุทธ์การเผาผลาญวิศวกรรมการผลิตที่เพิ่มขึ้นของกรดซัโดยพิจารณาดังต่อไปนี้ ใน silico วิเคราะห์การไหลของการเผาผลาญอาหารจะช่วยให้เราตรวจสอบภายในเซลล์กระจายฟลักซ์ภายใต้การรบกวนทางพันธุกรรมและสิ่งแวดล้อมต่างๆ. เงื่อนไขทางพันธุกรรมและสิ่งแวดล้อมที่นำไปสู่การไหลของสูงต่อกรดซัฟลักซ์ที่มีการลดลงที่จะเกิดจะได้รับการคัดเลือกและตรวจสอบการทดลอง ในระหว่างนี้กระบวนการผลของยีนและการวิเคราะห์โปรตีนสามารถได้รับการจัดตั้งขึ้นเพื่อปรับจำกัด เป้าหมายวิศวกรรมสามารถเลือกได้โดยตรงจากยีนและการวิเคราะห์โปรตีนเช่นกัน ยีนและโปรตีนเหล่านั้นพบว่ามีความน่าสนใจจากยีนและการวิเคราะห์โปรตีนสามารถจัดการเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการเผาผลาญอาหาร

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เราดูกระบวนการผลิตน้ำตาล
จากแหล่งพลังงานหมุนเวียนโดยแบคทีเรียที่หมัก
ผู้สมัครที่ดีที่สุดสำหรับผลิตกรดซัคซินิกรวมทั้ง . succinogenes

ให้กำลังใจ , m.succiniciproducens anda.succiniciproducens ใช้คาร์บอกซิเลชันทางเดินแบบน้ำตาล . ของเอนไซม์ที่เร่งปฏิกิริยา
แข่งขันกับน้ำตาลทางเดิน
เช่นไคเนสไพรูเวท ,phosphotransacetylase acetate kinase /
, lactate dehydrogenase , ไพรูเวทและแอลกอฮอล์
: lyase ฟอร์เมตดีไฮโดรจีเนส มีความรับผิดชอบในการก่อตัวของผลพลอยได้
ที่เพิ่มต้นทุนของการลด
ผลผลิตน้ำตาล . แม้ว่าไม่กี่สายพันธุ์ที่สามารถผลิตสารตัว
น้อยกว่าที่ได้รับจากการก่อตัวของผลพลอยได้
, ยังคงยืนกราน .ปัญหานี้สามารถแก้ไขได้โดยการสลาย
วิศวกรรมบนพื้นฐานของการวิเคราะห์ระบบ genome-wide

ขอบคุณกับความพร้อมของสมบูรณ์
จีโนมลำดับของม. succiniciproducens เป็นไปได้
เนินขนาดการเผาผลาญอาหารการวิเคราะห์จีโนมฟลักซ์และทราน ริปโตม genomewide
และวิเคราะห์โปรตีโอม . นี้จะช่วยให้เรา

พัฒนากลยุทธ์ด้านวิศวกรรมเพื่อเพิ่มการเผาผลาญของน้ำตาลที่ผลิต
โดยพิจารณาดังต่อไปนี้ สำหรับการสลาย
การวิเคราะห์จะช่วยให้เราเพื่อตรวจสอบการไหลภายใต้เซลล์พันธุกรรมและสภาพแวดล้อมต่าง ๆได้
.
พันธุกรรมสิ่งแวดล้อมและเงื่อนไขที่ทำให้เกิดฟลักซ์สูงกว่าน้ำตาล

ต่อด้วยการลดฟลักซ์ผลพลอยได้
จะถูกเลือกและตรวจสอบนี้ ในระหว่างกระบวนการนี้
, ผลของทราน ริปโตมและวิเคราะห์โปรตีโอมสามารถ
ถูกรวมเพื่อปรับแต่งข้อจํากัด วิศวกรรมเป้าหมาย
สามารถเลือกได้โดยตรงจากทราน ริปโตมและ
การวิเคราะห์โปรตีนเช่นกัน ยีนและโปรตีนเหล่านั้นพบว่าเป็นที่น่าสนใจจาก
ทราน ริปโตมและวิเคราะห์โปรตีโอมสามารถจัดการ

เพิ่มประสิทธิภาพการเผาผลาญอาหาร .