For gene expression calculations (l

For gene expression calculations (level and divergence), we first normalized the number of reads aligned per gene per individual by the median expression of each library. Normalization via the common approach of Reads per Kilobase per Million Mapped Reads (RPKM) can be strongly biased by a relatively small proportion of highly expressed gene and we therefore decided against using it . Given that we were also interested in interpreting differences in expression between genes, we normalized all expression data by gene length. Then, we used the r package deseq to calculate expression divergence per gene, as the absolute mean value of expression for species 1 divided by expression for species 2 on a base two logarithmic scale.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

สำหรับยีนคำนวณนิพจน์ (ระดับและ divergence), เราก่อนตามปกติจำนวนอ่านชิดต่อยีนต่อบุคคล โดยค่ามัธยฐานของไลบรารีแต่ละ ฟื้นฟูผ่านวิธีการทั่วไปของผู้อ่านต่อ Kilobase ต่อล้านแมปอ่าน (RPKM) สามารถจะขอลำเอียง โดยสัดส่วนค่อนข้างเล็กของยีนแสดงสูง และเราจึงตัดสินใจกับการใช้ ระบุว่าเรามีความสนใจในการตีความแตกต่างในนิพจน์ระหว่างยีน เราตามปกติข้อมูลนิพจน์ทั้งหมดตามความยาวของยีน แล้ว เราใช้ deseq แพคเกจ r ในการคำนวณนิพจน์ divergence ต่อยีน หมายถึงค่าสัมบูรณ์ของนิพจน์สำหรับสปีชีส์ 1 หารนิพจน์สำหรับพันธุ์ 2 มาตราส่วนลอการิทึมฐานสอง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

สำหรับการคำนวณการแสดงออกของยีน (ระดับและแตกต่าง) ครั้งแรกที่เราปกติจำนวนของการอ่านชิดต่อยีนต่อบุคคลโดยแบ่งการแสดงออกของแต่ละห้องสมุด ปกติผ่านทางวิธีการทั่วไปของอ่านต่อ Kilobase ต่อล้านแมป Reads (RPKM) สามารถลำเอียงอย่างมากโดยสัดส่วนที่ค่อนข้างเล็กของยีนที่แสดงออกมากและเราจึงตัดสินใจใช้มัน ระบุว่าเราก็มีความสนใจในการตีความที่แตกต่างกันในการแสดงออกของยีนระหว่างเราปกติข้อมูลการแสดงทั้งหมดโดยความยาวยีน จากนั้นเราจะใช้แพคเกจ R deseq การคำนวณแตกต่างแสดงออกต่อยีนเป็นค่าเฉลี่ยที่แน่นอนของการแสดงออกสำหรับสายพันธุ์ที่ 1 โดยแบ่งการแสดงออกสำหรับสายพันธุ์ที่ 2 บนฐานสองลอการิทึม

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

สำหรับการคำนวณการแสดงออกของยีน ( ระดับและความแตกต่าง ) ครั้งแรกที่เราปกติจำนวนอ่านชิดต่อยีนต่อบุคคลโดยการแสดงออกค่ามัธยฐานของแต่ละห้องสมุด บรรทัดฐานทางทั่วไปวิธีการอ่านต่อกิโลเบสต่อล้านแผนที่ อ่าน rpkm ) สามารถขอลำเอียง โดยสัดส่วนที่ค่อนข้างเล็กของขอแสดงยีนและดังนั้นเราจึงตัดสินใจที่จะใช้มันระบุว่าเรายังสนใจในการตีความแตกต่างกันในการแสดงออกระหว่างยีน เราปกติข้อมูลการแสดงออกทั้งหมด โดยความยาวของยีน แล้วเราใช้ R ชุด deseq คำนวณความแตกต่างการแสดงออกต่อจีน เป็น สัมบูรณ์หมายถึงค่าของนิพจน์สำหรับชนิดที่ 1 แบ่งตามการแสดงออกชนิด 2 บนฐานสองลอการิทึมเกล็ด