Small samples of DNA (or RNA) are a

Small samples of DNA (or RNA) are added to an electrophoresis gel that contains a denaturing agent. The denaturing gel induces melting of the DNA at various stages. As a result of this melting, the DNA spreads through the gel and can be analyzed for single components.
DGGE (Muyzer et al. 1993) analyses are employed for the separation of double-stranded DNA fragments that are identical in length, but differ in sequence.
In practice, the DNA fragments are usually produced via PCR amplification. The DGGE technique exploits (among other factors) the difference in the stability of G-C pairing (3 hydrogen bonds per pairing) as opposed to A-T pairing (2 hydrogen bonds). A mixture of DNA fragments of different sequence is separated by electrophoresis on an acrylamide gel containing a linearly increasing gradient of DNA denaturants (usually urea and formamide). In general, DNA fragments richer in GC will be more stable and remain double-stranded until reaching higher denaturant concentrations. Double-stranded DNA fragments migrate better in the acrylamide gel, while denatured DNA molecules slow down or stop in the gel. In this manner, DNA fragments of differing sequence can be separated in an acrylamide gel. DGGE is commonly performed for partial 16S rRNA gene, but also functional genes may be used. A GC (guanine plus cytosine) rich sequence can be incorporated into one of the primers used in the PCR to modify the melting behaviour of the fragment of interest and to improve the separation of the fragments. The DGGE gels can be stained with DNA binding fluorescent dyes, such as SYBR Green and visualized under UV light. Known standards may be used for comparing the samples on different gels. Ideally one band on the gel corresponds to one species, and therefore the number of bands gives an idea of the diversity of the sample. The gene fragments can be excised from the gel, eluted e.g. into sterile water and amplified for sequencing. The relative abundance of various microorganisms can be estimated by measuring the intensity of their bands relative to the intensity of all bands in the corresponding sample.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

กลุ่มตัวอย่างของดีเอ็นเอ (RNA) จะถูกเพิ่มไปเจอิที่ประกอบด้วยตัวแทน denaturing เจ denaturing ก่อให้เกิดการละลายของดีเอ็นเอในขั้นตอนต่าง ๆ ผลนี้ละลาย ดีเอ็นเอกระจายผ่านเจ และสามารถวิเคราะห์สำหรับคอมโพเนนต์เดียววิเคราะห์ DGGE (Muyzer et al. 1993) ใช้สำหรับการแยกของสองครั้งที่ควั่นชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่เหมือนกันในความยาว แต่แตกต่างกันในลำดับในทางปฏิบัติ ส่วนของดีเอ็นเอมักจะผลิต ด้วยกระบือ DGGE เทคนิคการใช้ประโยชน์ (ระหว่างปัจจัยอื่น ๆ) ความแตกต่างในความมั่นคงของ G-C (3 พันธะต่อการจับคู่) การจับคู่ตรงข้ามกับ A-T ในการจับคู่ (2 พันธะ) ส่วนผสมของชิ้นส่วนดีเอ็นเอของลำดับต่าง ๆ คั่น ด้วยอิในการเจลอะคริลาไมด์ที่ประกอบด้วยการไล่ระดับ denaturants ดีเอ็นเอ (ยูเรียมักและ formamide) เชิงเส้นเพิ่มขึ้น ทั่วไป ชิ้นส่วนดีเอ็นเอขึ้นใน GC จะมีเสถียรภาพมากขึ้น และยังคงอยู่สองครั้งที่ควั่นจนกว่าจะถึงความเข้มข้นสูง denaturant ชิ้นส่วนดีเอ็นเอสองครั้งที่ควั่นโยกย้ายดีในอะคริลาไมด์เจล ในขณะที่โมเลกุลดีเอ็นเอลแปลงช้าลง หรือหยุดในเจล ในลักษณะนี้ สามารถแยกชิ้นส่วนดีเอ็นเอของลำดับที่แตกต่างกันในตัวอะคริลาไมด์เจล DGGE ทั่วไปดำเนินการสำหรับยีนบางส่วน 16S rRNA แต่ยัง อาจใช้ยีนทำงาน GC (นีนบวกอดี) รวยลำดับที่สามารถติดตั้งในไพรเมอร์ที่ใช้ในการ PCR เพื่อปรับเปลี่ยนพฤติกรรมการหลอมของส่วนของดอกเบี้ย และ การปรับปรุงการแยกชิ้นส่วนอย่างใดอย่างหนึ่ง เจ DGGE สามารถย้อม ด้วย DNA ผูกหลอดฟลูออเรสเซนต์สี เช่น SYBR Green และแสดงเป็นภาพภายใต้แสงยูวี รู้จักมาตรฐานอาจใช้สำหรับการเปรียบเทียบตัวอย่างบนเจแตกต่างกัน แห่งวงหนึ่งบนเจสอดคล้องกับชนิดหนึ่ง และดังนั้น หมายเลขของวงให้ความคิดของความหลากหลายของตัวอย่าง บางส่วนของยีนสามารถสรรพสามิตจากเจ เช่น eluted ลงไปในน้ำที่ผ่านการฆ่าเชื้อ และขยายสำหรับลำดับ จุลินทรีย์ต่าง ๆ มากมายที่ญาติสามารถจะประเมิน โดยการวัดความเข้มของวงพวกเขาสัมพันธ์กับความเข้มของสายทั้งหมดในตัวอย่างที่สอดคล้องกัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ตัวอย่างเล็ก ๆ ของดีเอ็นเอ (หรืออาร์เอ็นเอ) จะถูกเพิ่มเข้าไป gel electrophoresis ที่ประกอบด้วยตัวแทนขั้นเปลี่ยน เจล denaturing ก่อให้เกิดการละลายของดีเอ็นเอในขั้นตอนต่างๆ อันเป็นผลมาจากการละลายนี้ดีเอ็นเอกระจายผ่านเจลและสามารถนำมาวิเคราะห์หาส่วนประกอบเดียว.
DGGE (Muyzer et al. 1993) การวิเคราะห์มีการจ้างงานสำหรับการแยกเกลียวคู่ดีเอ็นเอที่เหมือนกันในความยาว แต่แตกต่างกันใน ลำดับ.
ในทางปฏิบัติดีเอ็นเอมักจะผลิตผ่านการขยาย PCR เทคนิค DGGE ห้าวหาญ (ท่ามกลางปัจจัยอื่น ๆ ) ความแตกต่างในความมั่นคงของประชาคมโลกที่จับคู่ (3 พันธะไฮโดรเจนต่อการจับคู่) เมื่อเทียบกับที่จับคู่ (2 พันธะไฮโดรเจน) มีส่วนผสมของดีเอ็นเอของลำดับที่แตกต่างกันจะถูกคั่นด้วย electrophoresis บนเจลริลาไมด์ที่มีความลาดชันเป็นเส้นตรงที่เพิ่มขึ้นของ denaturants ดีเอ็นเอ (ปกติยูเรียและ formamide) โดยทั่วไปดีเอ็นเอเศษยิ่งขึ้นในประชาคมโลกจะมีเสถียรภาพมากขึ้นและยังคงเป็นเกลียวคู่จนกว่าจะถึงระดับความเข้มข้นที่สูงขึ้น denaturant เกลียวคู่ดีเอ็นเอโยกย้ายที่ดีขึ้นในเจลริลาไมด์ในขณะที่แปลงสภาพโมเลกุลดีเอ็นเอช้าลงหรือหยุดในเจล ในลักษณะนี้ชิ้นส่วนดีเอ็นเอของลำดับที่แตกต่างกันสามารถแยกออกในเจลริลาไมด์ DGGE จะดำเนินการโดยทั่วไปสำหรับบางส่วนของยีน 16S rRNA แต่ยังยีนทำงานอาจถูกนำมาใช้ GC (guanine บวก cytosine) ลำดับที่อุดมไปด้วยสามารถรวมอยู่ในหนึ่งในไพรเมอร์ที่ใช้ใน PCR ในการปรับเปลี่ยนพฤติกรรมการละลายของชิ้นส่วนของดอกเบี้ยและเพื่อปรับปรุงการแยกชิ้นส่วนที่ เจล DGGE สามารถย้อมด้วยสีย้อมดีเอ็นเอผูกพันเรืองแสงเช่น SYBR สีเขียวและมองเห็นภายใต้แสงยูวี มาตรฐานที่รู้จักกันอาจจะใช้สำหรับการเปรียบเทียบตัวอย่างในเจลที่แตกต่างกัน จะเป็นการดีที่หนึ่งวงเจลสอดคล้องกับชนิดหนึ่งและดังนั้นจำนวนของวงดนตรีที่จะช่วยให้ความคิดของความหลากหลายของกลุ่มตัวอย่างที่ ชิ้นส่วนของยีนที่สามารถตัดจากเจลชะลงไปในน้ำเช่นการฆ่าเชื้อและขยายสำหรับลำดับ ความอุดมสมบูรณ์ของญาติของจุลินทรีย์ต่างๆสามารถประเมินโดยการวัดความเข้มของวงดนตรีของพวกเขาเมื่อเทียบกับความเข้มของวงดนตรีทั้งหมดในตัวอย่างที่สอดคล้องกัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ตัวอย่างเล็ก ๆของ DNA หรือ RNA ) เป็นเอนไซม์ที่ประกอบด้วยการเจลี่ตัวแทน ส่วนเจลี่ก่อให้เกิดการหลอมละลายของดีเอ็นเอที่ระยะต่าง ๆ ผลการละลายนี้ ดีเอ็นเอ ที่แพร่กระจายผ่านการเจลและสามารถวิเคราะห์ส่วนประกอบเดียวการทดลอง ( muyzer et al . 1993 ) และจะใช้สำหรับการแยกคู่เกลียวดีเอ็นเอที่เหมือนกันในความยาว แต่แตกต่างกันในลำดับในทางปฏิบัติ ดีเอ็นเอมักจะผลิตผ่านทาง PCR แบบ . การทดลองเทคนิคที่ใช้ประโยชน์ ( ระหว่างปัจจัยอื่น ๆ ) ความแตกต่างในความมั่นคงของ g-c จับคู่ ( 3 พันธะไฮโดรเจนต่อคู่ ) เป็นนอกคอก a-t จับคู่ ( พันธบัตร 2 ไฮโดรเจน ) ส่วนผสมของชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่แตกต่างกันลำดับแยกโดยวิธีอิเล็กโทรโฟรีซีสบนอะครีลาไมด์เจลที่มีลักษณะความลาดชันของดีเอ็นเอที่เพิ่ม denaturants ( ปกติและยูเรียฟอร์มาไมด์ ) โดยทั่วไปชิ้นส่วนดีเอ็นเอยิ่งขึ้นใน GC จะมั่นคงและอยู่คู่เกลียวจนไปถึงสูงทำให้ผิดธรรมชาติเข้มข้น คู่ที่ควั่นดีเอ็นเอโยกย้ายที่ดีในอะคริลาไมด์เจล ในขณะที่ใช้ดีเอ็นเอของโมเลกุลช้าลงหรือหยุดในเจล ในลักษณะนี้ ชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่มีลำดับสามารถแยกในอะคริลาไมด์เจล การทดลองโดยทั่วไปยีน 16S rRNA แสดงบางส่วน แต่ยังยีนที่ทํางานอาจจะใช้ เป็น GC ( กัวนีน บวกกับไซโทซีน ) รวยลำดับสามารถรวมอยู่ในหนึ่งในวิธีที่ใช้ในการตรวจ เพื่อปรับเปลี่ยนพฤติกรรมของชิ้นส่วนหลอมของดอกเบี้ยและเพื่อปรับปรุงการแยกเศษ ในการทดลองเจลสามารถย้อมด้วยสีย้อมฟลูออเรสเซนต์ดีเอ็นเอมัด เช่น SYBR สีเขียวและมองเห็นภายใต้แสงยูวี มาตรฐานที่รู้จักกันอาจจะใช้สำหรับการเปรียบเทียบตัวอย่างในเจลที่แตกต่างกัน ใจกลางวงเดียวบนเจลสอดคล้องกับหนึ่งชนิด ดังนั้นจำนวนวงให้ความคิดของความหลากหลายของตัวอย่าง ยีนสามารถตัดชิ้นส่วนจากเจล ตัวอย่างเช่น ในน้ำหมันและขยายสำหรับการติดตาม . ความอุดมสมบูรณ์สัมพัทธ์ของจุลินทรีย์ต่างๆ สามารถประเมินโดยการวัดความเข้มของวงของพวกเขาเมื่อเทียบกับความเข้มของแถบทั้งหมดในตัวอย่างที่สอดคล้องกัน