ก่อนเสียกรุง
ต่อมา พระมหาธรรมราชาเสด็จไปเฝ้าพระเจ้าบุเรงนองในปี พ.ศ. 2108 โดยทรงกล่าวโทษว่าอยุธยาวางแผนกำจัดพระองค์ พระเจ้าบุเรงนองจึงให้พระมหาธรรมราชาเป็นเจ้าเมืองประเทศราช ทรงพระนามว่า พระศรีสรรเพชญ์ เจ้าฟ้าพิษณุโลก หรือ เจ้าฟ้าสองแคว อันอยู่ในฐานะกบฏต่ออาณาจักรอยุธยา[6]
พระมหาจักรพรรดิกับพระมหินทร์เสด็จขึ้นไปเมืองพิษณุโลกในขณะที่พระมหาธรรมราชาเสด็จไปหงสาวดีแล้วนำพระวิสุทธิกษัตรีพร้อมด้วยพระเอกาทศรถมาอยู่ที่กรุงศรีอยุธยา เมื่อพระมหาธรรมราชาทราบเรื่องจึงให้ไปเข้ากับหงสาวดีอย่างเปิดเผย ถึงแม้ว่าสมเด็จพระมหาจักรพรรดิจะทรงนำพระชายา พระโอรสและพระธิดาของพระมหาธรรมราชาลงมายังอยุธยา โดยหวังว่าพระมหาธรรมราชาจะไม่ทรงกล้าดำเนินการใด ๆ ต่อกรุงศรีอยุธยา แต่ก็การณ์มิได้เป็นเช่นนั้น[1]เมื่อพระมหาธรรมราชาเมื่อทราบว่าพระอัครชายาและโอรสธิดาถูกจับเป็นองค์ประกันก็ทรงวิตกยิ่งนัก แล้วรีบส่งสาสน์ไปยังพระเจ้าหงสาวดีให้ยกทัพมาตีกรุงศรีอยุธยา
ก่อนการเสียกรุง พ.ศ. 2112 พระมหาธรรมราชาได้ทรงส่งกองทัพมาร่วมล้อมกรุงศรีอยุธยาร่วมกับทัพใหญ่ของพระเจ้าบุเรงนองด้วย และได้ปฏิบัติหน้าที่สำคัญในกองทัพพม่าด้วย และในปี พ.ศ. 2112 พระเจ้าไชยเชษฐาธิราชที่ 1 แห่งล้านช้างทรงส่งกองทัพเข้าช่วยเหลือกรุงศรีอยุธยา พระมหาธรรมราชาก็ทรงปลอมเอกสารลวงให้กองทัพล้านช้างนำทัพผ่านบริเวณที่ทหารพม่าคอยดักอยู่ กองทัพล้านช้างจึงแตกพ่ายกลับไป[7]