Dynamics of two tetradecamer DNA wi

Dynamics of two tetradecamer DNA with AT- and GC alternating sequences, respectively, were simulated in explicit aqueous solution using earlier described protocol.For each duplex, nine 164 ns trajectories of all-atom dynamics were computed with fixed torque values in the range 20 pN  nm, which gives about 3
s of simulations in total. Three additional trajectories were computed for the GC alternating fragment for verification. Below we consider only evaluation of the torsional stiffness. Other methods and protocols are described elsewhere . In the harmonic approximation the torsional free energy of a DNA fragment of length L subjected to external torque  is

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

พลวัตของสอง tetradecamer ดีเอ็นเอโตและ GC สลับลำดับ ตามลำดับ ถูกจำลองในละลายชัดเจนที่ใช้โพรโทคออธิบายไว้ก่อนหน้านี้ สำหรับแต่ละเพล็กซ์ ns 164 เก้า trajectories ของ dynamics อะตอมทั้งหมดมาคำนวณกับค่าคงที่แรงบิด nm pN ช่วง 20 ซึ่งให้ประมาณ 3 ของสถานการณ์จำลองทั้งหมด วิถีเพิ่มเติมสามถูกคำนวณสำหรับส่วนสลับ GC สำหรับการตรวจสอบ ด้านล่างเราพิจารณาเฉพาะการประเมินความแข็งแรงบิด วิธีและโพรโทคออื่นมีอธิบายอื่น ๆ ในการประมาณค่าพลังงานฟรีบิดของส่วน DNA ของความยาว L ถูกแรงบิดภายนอกคือ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การเปลี่ยนแปลงของดีเอ็นเอสอง tetradecamer กับ AT-และ GC สลับลำดับตามลำดับได้จำลองในการแก้ปัญหาน้ำอย่างชัดเจนโดยใช้โปรโตคอลอธิบายไว้ก่อนหน้าแต่ละเพล็กซ์, เก้า 164 NS ลูกทีมทุกอะตอม Dynamics ถูกคำนวณแรงบิดที่มีค่าคงที่ในช่วง 20 PN? นาโนเมตรซึ่งจะช่วยให้ประมาณ 3? ​​s จำลองทั้งหมด สามวิถีเพิ่มเติมคำนวณส่วน GC สลับสำหรับการตรวจสอบ ด้านล่างเราจะพิจารณาประเมินผลเดียวของความมั่นคงบิด วิธีการและโปรโตคอลอื่น ๆ ที่อธิบายไว้ในที่อื่น ในการประมาณประสานพลังงานบิดของชิ้นดีเอ็นเอของความยาว L ยัดเยียดให้แรงบิดภายนอก? คือ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

พลศาสตร์ของทั้งสอง tetradecamer ดีเอ็นเอด้วย - และ GC สลับลำดับ ตามลำดับ ) ในสารละลายที่มีการใช้ก่อนหน้านี้อธิบายโปรโตคอล สำหรับแต่ละห้อง , 164 NS วิถีพลวัตอะตอมทั้งหมดถูกคำนวณด้วยแรงบิดคงที่ค่าในช่วง 20 PN nm ซึ่งจะให้ประมาณ 3 ของแบบจำลองทั้งหมด สามวิถีเพิ่มเติมถูกคำนวณสำหรับ GC สลับชิ้นส่วนสำหรับการตรวจสอบ ด้านล่างนี้เราพิจารณาเฉพาะการประเมินความแข็งแรงบิด . วิธีการอื่น ๆโปรโตคอลและอธิบายไว้ในที่อื่น ในการประมาณค่าพลังงานอิสระการบิดของดีเอ็นเอของความยาว L ภายใต้แรงบิดภายนอก