AbstractAdaptive radiation unfolds

Abstract
Adaptive radiation unfolds as selection acts on the genetic variation underlying functional
traits. The nature of this variation can be revealed by studying the tips of an
ongoing adaptive radiation. We studied genomic variation at the tips of the Darwin’s
finch radiation; specifically focusing on polymorphism within, and variation among,
three sympatric species of the genus Geospiza. Using restriction site-associated DNA
(RAD-seq), we characterized 32 569 single-nucleotide polymorphisms (SNPs), from
which 11 outlier SNPs for beak and body size were uncovered by a genomewide association
study (GWAS). Principal component analysis revealed that these 11 SNPs
formed four statistically linked groups. Stepwise regression then revealed that the first
PC score, which included 6 of the 11 top SNPs, explained over 80% of the variation in
beak size, suggesting that selection on these traits influences multiple correlated loci.
The two SNPs most strongly associated with beak size were near genes associated with
beak morphology across deeper branches of the radiation: delta-like 1 homologue
(DLK1) and high-mobility group AT-hook 2 (HMGA2). Our results suggest that (i) key
adaptive traits are associated with a small fraction of the genome (11 of 32 569 SNPs),
(ii) SNPs linked to the candidate genes are dispersed throughout the genome (on several
chromosomes), and (iii) micro- and macro-evolutionary variation (roots and tips of
the radiation) involve some shared and some unique genomic regions.
Keywords: adaptive radiation, beak size, Darwin’s finches, genomic regions, RA

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

บทคัดย่อAdaptive รังสีที่แผ่ออกไปเป็นการเลือกการกระทำบนพื้นฐานการทำงานการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมลักษณะ ธรรมชาติของการเปลี่ยนแปลงนี้สามารถถูกเปิดเผย โดยการศึกษาเคล็ดลับของการต่อเนื่อง adaptive รังสี เราศึกษาความผันแปรออกที่ของดาร์วินเรซิเดนซี่รังสี โดยเฉพาะเน้นความแตกต่างภายใน และการเปลี่ยนแปลงระหว่างสามสายพันธุ์ sympatric สกุล Geospiza ใช้ดีเอ็นเอในการเชื่อมโยงไซต์จำกัด(RAD-seq), เราลักษณะ 32 569 เดียวหลากหลายเบื่อหน่าย (SNPs), จากSNPs outlier ซึ่ง 11 สำหรับจะงอยปากและร่างกายขนาดถูกค้นพบ โดยความสัมพันธ์ของ genomewideการศึกษา (GWAS) การวิเคราะห์ส่วนประกอบหลักการเปิดเผยที่ SNPs เหล่านี้ 11เกิดสี่กลุ่มที่เชื่อมโยงทางสถิติ ถดถอยศแล้วเปิดเผยที่แรกคะแนนพีซี ซึ่งรวม 6 ด้าน 11 SNPs อธิบายกว่า 80% ของการเปลี่ยนแปลงในจะงอยปากขนาด แนะนำการเลือกในลักษณะเหล่านี้มีอิทธิพลต่อหลายตำแหน่งอ่อนแอมีความสัมพันธ์SNPs สองที่มากที่สุดเกี่ยวข้องกับจะงอยปากขนาดอยู่ใกล้กับยีนที่เกี่ยวข้องกับจะงอยปากสัณฐานทั่วสาขารังสีลึก: เหมือนเดลต้า 1 homologue(DLK1) และกลุ่มเคลื่อนไหวสูง hook 2 (HMGA2) ผลของเราแนะนำว่า (i) ที่สำคัญปรับลักษณะเกี่ยวข้องกับเทียบจีโน (11 32 569 SNPs),(ii) การเชื่อมโยงกับยีนสมัคร SNPs จะกระจายทั่วจีโน (ในหลายโครโมโซม), และ (iii) ไมโคร และแมโครวิวัฒนาการการเปลี่ยนแปลง (รากและเคล็ดลับของรังสี) เกี่ยวข้องกับบางภูมิภาคออกเฉพาะบางส่วน และใช้ร่วมกันคำสำคัญ: รังสี adaptive จะงอยปากขนาด ฟินช์ดาร์วิน ภูมิภาคออก RA

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บทคัดย่อ
รังสีปรับแผ่เป็นตัวเลือกที่ทำหน้าที่ในการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมพื้นฐานการทำงาน
ลักษณะ ลักษณะของรูปแบบนี้สามารถเปิดเผยได้โดยการศึกษาเคล็ดลับของนั้น
รังสีปรับอย่างต่อเนื่อง เราศึกษาเปลี่ยนแปลงจีโนมที่เคล็ดลับของดาร์วินของ
รังสีกระจอก; โดยเฉพาะมุ่งเน้นไปที่ความแตกต่างภายในและการเปลี่ยนแปลงในหมู่
สามชนิด sympatric ของสกุล Geospiza ข้อ จำกัด การใช้ดีเอ็นเอเว็บไซต์ที่เกี่ยวข้อง
(RAD-seq) เราโดดเด่น 32 569 หลากหลายเดียวเบื่อหน่าย (SNPs) จาก
11 SNPs ค่าผิดปกติสำหรับจะงอยปากและร่างกายขนาดถูกเปิดออกโดยสมาคม genomewide
ศึกษา (GWAS) การวิเคราะห์องค์ประกอบหลักเหล่านี้เปิดเผยว่า 11 SNPs
รูปแบบที่สี่กลุ่มที่เชื่อมโยงทางสถิติ การถดถอยแบบขั้นตอนแล้วเปิดเผยว่าครั้งแรกที่
คะแนน PC ซึ่งรวมถึง 6 จาก 11 SNPs ด้านบนอธิบายกว่า 80% ของการเปลี่ยนแปลงใน
ขนาดจะงอยปากแนะนำการเลือกในลักษณะเหล่านี้ที่มีผลต่อสถานะความสัมพันธ์หลาย.
ทั้งสอง SNPs มากที่สุดที่เกี่ยวข้องกับขนาดจะงอยปาก อยู่ใกล้ยีนที่เกี่ยวข้องกับ
จะงอยปากสัณฐานข้ามสาขาลึกของรังสี: เดลต้าเช่น 1 คล้ายคลึงกัน
(DLK1) และกลุ่มสูงคล่องตัว AT-เบ็ด 2 (HMGA2) ผลของเราแสดงให้เห็นว่า (i) ที่สำคัญ
ลักษณะการปรับตัวที่เกี่ยวข้องกับส่วนเล็ก ๆ ของจีโนม (11 32 569 SNPs) ที่
(ii) SNPs เชื่อมโยงกับยีนที่มีการแพร่ระบาดไปทั่วจีโนม (ในหลาย
โครโมโซม) และ (iii ) ไมโครและแมโครวิวัฒนาการรูปแบบ (รากและเคล็ดลับของ
การฉายรังสี) เกี่ยวข้องกับการบางอย่างร่วมกันและพื้นที่บางส่วนของจีโนมที่ไม่ซ้ำกัน.
คำสำคัญ: รังสีปรับขนาดจะงอยปากของดาร์วินฟินช์ภูมิภาคจีโนม RA

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

บทคัดย่อรังสีแผ่ออกไปเป็นแบบการทำหน้าที่ในทางพันธุกรรมพื้นฐานการทำงานลักษณะ . ธรรมชาติของการเปลี่ยนแปลงนี้สามารถใช้ศึกษาเคล็ดลับของการฉายรังสีแบบต่อเนื่อง เราศึกษาการเปลี่ยนแปลงพันธุกรรมของดาร์วินที่เคล็ดลับรังสี ฟินช์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งการเน้นความหลากหลายภายใน , และการเปลี่ยนแปลงในสามชนิด sympatric ของสกุล geospiza . เว็บไซต์ที่เกี่ยวข้องข้อ จำกัด การใช้ดีเอ็นเอ( RAD seq ) เราลักษณะ 32 หรือความหลากหลายซิงเกิลนิวคลีโอไทด์ ( snps ) จากที่ 11 ค่า snps สำหรับปาก และขนาดของร่างกาย ถูกเปิดเผย โดย genomewide สมาคมการศึกษา ( gwas ) การวิเคราะห์องค์ประกอบหลักทั้ง 11 snps เปิดเผยว่ารูปสี่มีนัยเชื่อมโยงกลุ่ม ถดถอยพหุคูณแบบเพิ่มแล้ว พบว่า ก่อนคะแนน PC ซึ่งรวม 6 จาก 11 ด้านบน snps ได้กว่า 80% ของการเปลี่ยนแปลงในขนาดปากบอกว่าเลือกในคุณลักษณะเหล่านี้มีอิทธิพลหลายความสัมพันธ์ของ .สอง snps อย่างมากที่สุดที่เกี่ยวข้องกับยีนที่เกี่ยวข้องกับขนาดปากอยู่ใกล้ปาก ลักษณะข้ามสาขาลึกของรังสีเดลต้า 1 ผิวเช่น( dlk1 ) และความคล่องตัวสูง กลุ่มที่ 2 ( hmga2 ตะขอ ) จากผลการศึกษาที่ ( ผม ) คีย์ลักษณะการเกี่ยวข้องกับส่วนเล็ก ๆของโครโมโซม ( 11 32 หรือ snps )( 2 ) snps เชื่อมโยงกับผู้สมัครยีนกระจายตัวทั่วจีโนม ( หลาย( 4 ) และ ( 3 ) ไมโคร - และแมโคร ( รากและเคล็ดลับของการวิวัฒนาการรังสี ) เกี่ยวกับที่ใช้ร่วมกันและภูมิภาคที่มีบางส่วนที่ไม่ซ้ำกันคำสำคัญ : รังสีปรับขนาด , จะงอยปาก , ดาร์วินบนภูมิภาคจีโนม รา