พงศาวดารพม่าฉบับหอแก้วได้ระบุว่าพระนางมีพระราชโอรสกับพระเจ้าบุเรงนองหนึ่งพระองค์ และในครรภ์อีก 1 พระองค์เมื่อได้พิจารณาถึงระยะเวลาของการสวรรคตของพระเจ้าบุเรงนอง ในปี พ.ศ. 2124 ซึ่งขณะนั้นพระสุพรรณกัลยาคงจะมีพระชนม์ประมาณ 29 พรรษา เพราะพระนางถวายตัวตั้งแต่พระชนม์ 17 พรรษา แสดงว่าเป็นเวลา 12 ปี ที่ทรงเป็นพระมเหสีของพระเจ้าบุเรงนองและใน พ.ศ. 2135 ที่พระนางสิ้นพระชนม์นั้น ถือเป็นระยะเวลาอีก 11 ปี ในแผ่นดินพระเจ้านันทบุเรง และถ้าหากพระสุพรรณกัลยาทรงพระครรภ์ ย่อมแสดงว่าได้เปลี่ยนพระสถานภาพเป็นพระมเหสีของพระเจ้านันทบุเรง