Bacterial diversity in the outdoor

Bacterial diversity in the outdoor air
There is a need for baseline information about the normal abundance, distribution and composition of bacteria in the atmosphere to support many applications related to public health and international security. Such studies face significant challenges, including the broad diversity of bacteria that can be carried into the air from soil and plant sources, and the tremendous variability (both locally and regionally) in microbial load and composition owing to seasonal effects, local climate, weather patterns, local human activities, and local wind currents [27].
Bacterial community fingerprints have been used to broadly assess the composition of bacteria in urban aerosols [28] (C Kuske, unpublished). Automated ribosomal intergenic spacer analysis (ARISA) was recently used to compare bacterial composition in two aerosol samples in the Paris, France area [28], and 16S rRNA gene terminal restriction fragment length polymorphism (TRFLP) profiles were used to document the temporal, local and geographic variability of total bacterial composition in four US cities (Figure 1; C Kuske unpublished). Such community fingerprinting methods are rapid, easily replicated in spatial and temporal studies, and inexpensive (relative to the methods described below). However, they do not provide sufficient resolution to identify species when used with broadly inclusive genes like the rRNA genes, and can resolve only the more abundant types in complex samples. When calibrated using sequenced clone libraries (Figure 1), they can be useful for determining large differences in community structure. Narrowing the phylogenetic scope of the study can improve the resolution capability using community fingerprints; for example, a fingerprinting method based on heteroduplex formation was recently used to survey a large set of aerosol samples from 11 US cities for the presence of three groups of Bacillusspecies differing in relatedness to Bacillus anthracis [29 and 30].

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ความหลากหลายที่แบคทีเรียในอากาศกลางแจ้งมีความจำเป็นเพื่อสนับสนุนโปรแกรมประยุกต์หลายโปรแกรมที่เกี่ยวข้องกับสาธารณสุขและรักษาความปลอดภัยสากลสำหรับข้อมูลพื้นฐานเกี่ยวกับความอุดมสมบูรณ์ปกติ การแจกจ่าย และองค์ประกอบของแบคทีเรียในบรรยากาศ การศึกษาดังกล่าวเผชิญความท้าทายที่สำคัญ รวมหลากหลายสิ่งของแบคทีเรียที่สามารถดำเนินการไปในอากาศจากแหล่งดินและพืช และความแปรปรวนอย่างมาก (ทั้งในประเทศ และภูมิภาค) โหลดจุลินทรีย์และองค์ประกอบเนื่องจากผลของฤดูกาล สภาพภูมิอากาศท้องถิ่น รูปแบบสภาพอากาศ กิจกรรมของมนุษย์ในท้องถิ่น และกระแสลมในท้องถิ่น [27]ชุมชนเชื้อแบคทีเรียรอยนิ้วมือมีการใช้อย่างกว้างขวางในการประเมินองค์ประกอบของแบคทีเรียในสเปรย์ในเมือง [28] (C Kuske ยกเลิกประกาศ) เพิ่งมีใช้สเปเซอร์ intergenic ribosomal อัตโนมัติวิเคราะห์ (ARISA) เปรียบเทียบองค์ประกอบของเชื้อแบคทีเรียในขวดตัวอย่างสองในปารีส ฝรั่งเศสตั้ง [28], และ 16S rRNA ยีนเทอร์มินัลจำกัดส่วนความยาวแตกต่าง (TRFLP) โพรไฟล์ใช้เอกสารชั่วคราว ท้องถิ่น และทางภูมิศาสตร์ความแปรปรวนขององค์ประกอบของแบคทีเรียรวมในเมืองสหรัฐสี่ (รูปที่ 1 C Kuske ยกเลิกประกาศ) วิธี fingerprinting ชุมชนดังกล่าวได้อย่างรวดเร็ว จำลองแบบ ในการ ศึกษาเชิงพื้นที่ และกาลเวลา และราคาไม่แพง (เมื่อเทียบกับวิธีการอธิบายไว้ด้านล่าง) อย่างไรก็ตาม พวกเขาไม่มีความละเอียดเพียงพอในการระบุสายพันธุ์ที่เมื่อใช้กับอย่างกว้างขวางรวมยีนเช่นยีน rRNA และสามารถแก้ปัญหาเฉพาะชนิดมากในตัวอย่างที่ซับซ้อน เมื่อปรับใช้ไลบรารีโคลนตามลำดับ (รูปที่ 1), พวกเขาสามารถใช้สำหรับการกำหนดความแตกต่างใหญ่ในโครงสร้างชุมชน จำกัดให้แคบลงขอบเขตทางของการศึกษาสามารถปรับปรุงความสามารถในความละเอียดที่ใช้ชุมชนรอยนิ้วมือ ตัวอย่างเช่น วิธี fingerprinting อิง heteroduplex ก่อนั้นใช้เพื่อสำรวจชุดใหญ่อย่างสเปรย์จากเมืองในสหรัฐอเมริกา 11 สำหรับการปรากฏตัวของสามกลุ่มแตกต่างกันใน relatedness การ Bacillus anthracis [29 และ 30] Bacillusspecies

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ความหลากหลายของเชื้อแบคทีเรียในอากาศกลางแจ้ง
ไม่จำเป็นต้องมีข้อมูลพื้นฐานเกี่ยวกับความอุดมสมบูรณ์ตามปกติการจัดจำหน่ายและองค์ประกอบของแบคทีเรียในบรรยากาศที่จะรองรับการใช้งานมากมายที่เกี่ยวข้องกับสุขภาพของประชาชนและความมั่นคงระหว่างประเทศคือ การศึกษาดังกล่าวต้องเผชิญกับความท้าทายที่สำคัญรวมทั้งความหลากหลายในวงกว้างของเชื้อแบคทีเรียที่สามารถดำเนินการไปในอากาศจากดินและพืชแหล่งที่มาและความแปรปรวนอย่างมาก (ทั้งในประเทศและระดับภูมิภาค) ในปริมาณจุลินทรีย์และองค์ประกอบเนื่องจากผลของฤดูกาลสภาพภูมิอากาศในท้องถิ่นรูปแบบสภาพอากาศ กิจกรรมของมนุษย์ในท้องถิ่นและกระแสลมท้องถิ่น [27].
ลายนิ้วมือกับชุมชนของแบคทีเรียได้ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในการประเมินองค์ประกอบของแบคทีเรียในละอองเมือง [28] (C Kuske, ไม่ถูกเผยแพร่) อัตโนมัติโซมอลวิเคราะห์ intergenic spacer (Arisa) ถูกนำมาใช้เมื่อเร็ว ๆ นี้เพื่อเปรียบเทียบองค์ประกอบของแบคทีเรียในสองตัวอย่างสเปรย์ในกรุงปารีสประเทศฝรั่งเศสพื้นที่ [28] และ 16S rRNA ขั้วยีนยาวข้อ จำกัด ชิ้นส่วน polymorphism (TRFLP) โปรไฟล์ถูกนำมาใช้ในเอกสารชั่วคราวท้องถิ่น และความแปรปรวนทางภูมิศาสตร์ขององค์ประกอบแบคทีเรียรวมในสี่เมืองของสหรัฐ (รูปที่ 1; C Kuske ไม่ถูกเผยแพร่) วิธีการพิมพ์ลายนิ้วมือกับชุมชนดังกล่าวเป็นอย่างรวดเร็ว, การจำลองแบบได้อย่างง่ายดายในการศึกษาพื้นที่และเวลาและราคาไม่แพง (เทียบกับวิธีการที่อธิบายด้านล่าง) แต่พวกเขาไม่ได้ให้ความละเอียดเพียงพอที่จะระบุชนิดเมื่อใช้กับยีนรวมในวงกว้างเช่นยีน rRNA และสามารถแก้ปัญหาเฉพาะประเภทมากยิ่งขึ้นในสารตัวอย่างที่ซับซ้อน เมื่อการสอบเทียบการใช้ติดใจห้องสมุดโคลน (รูปที่ 1) พวกเขาจะมีประโยชน์สำหรับการกำหนดแตกต่างกันมากในโครงสร้างชุมชน การลดขอบเขตสายวิวัฒนาการของการศึกษาสามารถปรับปรุงความสามารถในการใช้ความละเอียดในการพิมพ์ลายนิ้วมือของชุมชน เช่นวิธีการพิมพ์ลายนิ้วมือบนพื้นฐานของการก่อ heteroduplex ได้ถูกใช้ในเร็ว ๆ นี้เพื่อสำรวจชุดใหญ่ของกลุ่มตัวอย่างละอองจาก 11 เมืองของสหรัฐสำหรับการปรากฏตัวของสามกลุ่ม Bacillusspecies แตกต่างกันในความสัมพันธ์ที่จะ Bacillus anthracis [29 และ 30] ที่

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ความหลากหลายของแบคทีเรียในอากาศกลางแจ้งต้องมีพื้นฐานข้อมูลเกี่ยวกับปริมาณปกติ การกระจาย และองค์ประกอบของแบคทีเรียในบรรยากาศเพื่อรองรับการใช้งานหลายที่เกี่ยวข้องกับสุขภาพของประชาชน และความมั่นคงระหว่างประเทศ การศึกษาดังกล่าวต้องเผชิญกับความท้าทายที่สำคัญ ได้แก่ กว้างความหลากหลายของแบคทีเรียที่สามารถดำเนินการได้ในอากาศจากดินและแหล่งโรงงาน และความผันแปรอย่างมาก ( ทั้งในประเทศและในภูมิภาค ) ในการโหลดของจุลินทรีย์และส่วนประกอบเนื่องจากสภาพอากาศตามฤดูกาลต่อภูมิอากาศท้องถิ่น , มนุษย์ , กิจกรรมท้องถิ่นและท้องถิ่นลมกระแส [ 27 ]ลายนิ้วมือชุมชนแบคทีเรียได้ใช้วงกว้าง ประเมินองค์ประกอบของแบคทีเรียในเขตเมืองละอองลอย [ 28 ] ( C kuske ประกาศ , ) การวิเคราะห์ spacer ribosomal ส่าอัตโนมัติ ( ริซ่า ) เพิ่งเคยเปรียบเทียบแบคทีเรียในตัวอย่างสององค์ประกอบละอองลอยในปารีส , ฝรั่งเศส พื้นที่ [ 28 ] และเบส 16S rRNA ยีนเทอร์มินัลจำกัด fragment length polymorphism ( trflp ) โปรไฟล์ใช้เอกสารและตัวแปรท้องถิ่นและภูมิศาสตร์ของจำนวนแบคทีเรียองค์ประกอบในสี่เมือง ( รูปที่ 1 ; C kuske unpublished ) ชุมชนเช่นลายวิธีการอย่างรวดเร็วได้อย่างง่ายดายซ้ำในพื้นที่และเวลาศึกษาและราคาไม่แพง ( เมื่อเทียบกับวิธีการที่อธิบายด้านล่าง ) แต่พวกเขาไม่ได้มีความละเอียดเพียงพอที่จะระบุชนิดเมื่อใช้กับยีนรวมวงกว้างเช่น rRNA ยีน และสามารถแก้ปัญหาเฉพาะมากมายประเภทเพิ่มเติมในตัวอย่างที่ซับซ้อน เมื่อเทียบการใช้ลำดับห้องสมุดโคลน ( รูปที่ 1 ) , พวกเขาสามารถเป็นประโยชน์เพื่อกำหนดความแตกต่างในโครงสร้างชุมชน การลดขอบเขตของการศึกษา ซึ่งสามารถเพิ่มความละเอียดในการใช้ลายนิ้วมือในชุมชน เช่น วิธีการขึ้นอยู่กับรูปแบบลาย heteroduplex เพิ่งเคยสำรวจชุดใหญ่ของตัวอย่างละอองลอยจาก 11 เมืองสหรัฐสำหรับการปรากฏตัวของกลุ่ม bacillusspecies ที่มีสัมพันธ์กับบาซิลลัส แอนทราซีส [ 29 และ 30 ]