ครั้น
ถึงสมัยกรุงธนบุรีและต้นกรุงรัตนโกสินทร์ ก็ยังคงใช้ธงสีแดงเกลี้ยงชักเป็นเครื่องหมายประจำเรือค้าขายกับต่างประเทศอยู่ ธงแดงนี้ใช้ชักขึ้นทั้งในเรือหลวงและเรือราษฎร ต่อมาพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก (รัชกาลที่ ๑) ทรงมีพระราชดำริว่าเรือหลวงกับเรือราษฎรควรมีเครื่องหมายให้เห็นแตกต่างกัน จึงมีพระบรมราชโองการให้ทำรูป "จักร" สีขาวติดไว้กลางธงสีแดงเป็นเครื่องหมายใช้เฉพาะเรือหลวง ส่วนเรือค้าขายของราษฎรทั่วไปนั้น ยังคงใช้สีแดงเกลี้ยงอยู่