ผลกระทบจากการสร้างเขื่อนมีทั้งที่เกิดประโยชน์และเกิดปัญหาต่างๆที่กระทบตามมาซึ่งสามารถจำแนกเป็นกลุ่มใหญ่ๆได้ ๒ ประเภท คือ ผลกระทบทางด้านภูมิประเทศ และ ภูมิสังคม โดยทางด้านภูมิประเทศจะเป็นการแก้ปัญหาในเรื่องของปัญหาน้ำท่วม ภัยแล้ง มีการกักเก็บน้าไว้ใช้ในยามที่จำเป็น เป็นตัวที่คอยกันน้ำไม่ให้เกิดน้ำป่าใหลหลาก และยังสามารถกันตลิ่งไม่ให้พังจากการกัดเซาะของน้ำ แต่ก็มีผลในด้านลบเช่นเดียวกัน คือ เป็นการตัดไม้ทำลายป่าเพราะการสร้างเขื่อนต้องใช้พื้นที่เป็นจำนวนมาก ทำให้มีผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมและระบบนิเวศน์เป็นอย่างมาก และเนื่องจากเขื่อนเป็นการสิ่งก่อสร้างขวางลำน้ำ ทำให้น้ำที่ไหลมาสะสมในพื้นที่เหนือเขื่อน จนเป็นผลให้ที่ดินบริเวณเหนือเขื่อนถูกน้ำท่วมขังเป็นเวลานาน ซึ่งที่ดินเหล่านั้นส่วนมากเป็นป่า ธรรมชาติและแหล่งต้นน้ำลำธาร ซึ่งถือได้ว่าเป็นที่ดินที่มีความอุดมสมบูรณ์ ดังนั้นการที่น้ำท่วมขังในพื้นที่ที่มีความอุดมสมบูรณ์ จะทำให้สูญเสียทรัพยากรดินตามไปด้วย นอกจากนี้เมื่อพิจารณาถึงพื้นที่ท้ายเขื่อนพบว่า แร่ธาตุที่รักษาสมดุลของ ระบบนิเวศ ไม่สามารถมาสู่พื้นที่ท้ายน้ำได้ เนื่องจากถูกกักโดยเขื่อนส่งผลให้พื้นที่ท้ายเขื่อนขาดความอุดมสมบูรณ์ด้วยเช่นกัน การสูญเสียสัตว์ป่าในการสร้างเขื่อนในตอนเริ่มต้นเมื่อปริมาณน้ำในอ่างเก็บน้ำเพิ่มขึ้นเรื่อยๆ พื้นที่สูง เช่น ภูเขาจะกลายเป็นเกาะ แก่ง ซึ่งการดำรงชีวิตของสัตว์ป่ามักเคยชินกับพื้นที่เดิม และเมื่อปริมาณน้ำเพิ่มมากขึ้นเรื่อย หากหนีไม่ทันก็จะล้มตาย หากหนีทันก็จะถูกล้อมรอบในพื้นที่จำกัด และเมื่อพื้นที่ถูกตัดขาดออกจากกัน ทำให้ไม่สามารถผสมพันธุ์ข้ามฝูงได้ และการผสมพันธุ์ในฝูงเดียวกันทำให้ รุ่นต่อไปมีลักษณะด้อยและอ่อนแอ การเปลี่ยนแปลงระบบนิเวศในแหล่งน้ำ เนื่องจากในระบบนิเวศเดิม พันธุ์ปลาที่อาศัยอยู่ในแหล่งน้ำ จะเป็นปลาที่ดำรงชีพในแหล่งน้ำไหล แต่เมื่อสร้างเขื่อนแล้วเสร็จนั้นปลาที่ชอบระบบนิเวศอ่างเก็บน้ำซึ่งเป็นแหล่งน้ำนิ่ง สามารถขยายพันธุ์ได้อย่างรวดเร็ว ปลาที่ชอบระบบนิเวศที่มีน้ำไหลก็จะลดปริมาณทำให้ระบบนิเวศในแหล่งน้ำเปลี่ยนแปลงไปอย่างรวดเร็ว ซึ่งปลาบางชนิดอาจสูญพันธุ์ไปจากแหล่งน้ำนั้นเลยก็ได้