When the draft of the human genome

When the draft of the human genome sequence was published in 2001, David Baltimore wrote the following in an accompanying commentary [2]: "Gene-regulatory sequences are now there for all to see, but initial attempts to find them were also disappointing. This is where the genomic sequences of other species - in which the regulatory sequences, but not the functionally insignificant DNA, are likely to be much the same - will open up a cornucopia". This is the basis of the method of 'phylogenetic footprinting'. The idea is that important regulatory modules are under selective pressure during evolution and that comparing two (or more) genomes will identify the conserved sequences that are most likely to be biologically relevant [3]. "Having multiple orthologous genes available provides a tremendous amount of information about what the most important features of the sequences are. It is the most valuable of 'sequence only' data," says computational biologist Gary Stormo (Washington University School of Medicine, St Louis, USA). Guigó adds "in fact, we can say that without the genomes of other species, it will be impossible to fully understand the human genome."

Having assembled the JASPAR database, the second feature of the Wasserman team's approach was to create tools for aligning long stretches of genomic DNA. "The alignment algorithm by Luis Mendoza (originally called DPB and now re-engineered and named ORCA) is part of a bioinformatics system termed OrthoSeq that is undergoing final revisions," says Wasserman. Phylogenetic footprinting approaches have proved powerful in previous studies of particular genomic loci but have rarely been applied on a genome-wide scale [4-7].

The final challenge was to combine the genome-alignment tools with the PWMs to create a system that was easy to use. "The third component, the computer methods, were the focus of a project by Boris Lenhard to create a suite of computer programming resources for researchers engaged in the study of regulatory sequences. This system, the TFBS Perl module, has been available for about a year and is already being broadly used in the field," says Wasserman.

When these three elements were combined, ConSite was born [8]. The authors are eager for their tools to be widely used and have done their best to make them accessible and user-friendly. "This collection is a resource for the global bioinformatics community," says Wasserman. "As opposed to commercial databases of transcription-factor information, we make our data available without restriction to academic research groups. Consistent with the philosophy of Journal of Biology and the Public Library of Science [9], we believe in open data access.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เมื่อร่างของลำดับมมนุษย์ถูกตีพิมพ์ในปีค.ศ. 2001, David บัลติมอร์เขียนต่อไปนี้ในความเห็นมา [2]: "ลำดับยีนกำกับดูแลก็มีให้ดูทุกคน แต่ยังได้เริ่มพยายามค้นหาย่อม อยู่ที่ลำดับ genomic พันธุ์อื่น ๆ -ที่ลำดับกำกับดูแล แต่ไม่สำคัญบริเวณดีเอ็นเอ มักเป็นมากเหมือนกัน - จะเปิดเป็นซาวน่า" นี้เป็นพื้นฐานของวิธีการ 'phylogenetic footprinting' ความคิดเป็นโมดูกฎระเบียบสำคัญภายใต้ความดันที่ใช้ในระหว่างวิวัฒนาการ และที่เปรียบเทียบ genomes สอง (หรือมากกว่า) จะระบุลำดับนำที่มักจะ เกี่ยวข้องชิ้น [3] "มีหลาย orthologous ยีนมีแสดงจำนวนมหาศาลของข้อมูลเกี่ยวกับคุณลักษณะสำคัญของลำดับที่มีการ จะดีที่สุดของข้อมูล 'เฉพาะลำดับ' กล่าวว่า นักชีววิทยาเชิงคำนวณ Gary Stormo (โรงเรียนแพทย์มหาวิทยาลัยวอชิงตัน สหรัฐอเมริกา Louis เซนต์) Guigó เพิ่ม "ความเป็นจริง เราสามารถพูดว่า โดย genomes พันธุ์อื่น ๆ มันจะไปเข้าใจกลุ่มมนุษย์"มีการรวบรวมฐานข้อมูล JASPAR คุณลักษณะที่สองของทีมวาวิธีคือการ สร้างเครื่องมือสำหรับการจัดเรียงยาว genomic DNA "อัลกอริทึมจัดตำแหน่ง โดย Luis เมนโดซา (เดิมเรียกว่า DPB และขณะนี้ได้วางแผนใหม่ และชื่อ ORCA) เป็นส่วนหนึ่งของระบบ bioinformatics เรียกว่า OrthoSeq ที่อยู่ในระหว่างการปรับปรุงขั้นสุดท้าย กล่าวว่า วา แนวทาง phylogenetic footprinting ได้พิสูจน์แล้วว่ามีประสิทธิภาพในการศึกษาก่อนหน้านี้ของ genomic loci เฉพาะ แต่ไม่ค่อยมีการใช้ในระดับทั่วทั้งจีโนม [4-7]ความท้าทายสุดท้ายที่รวมเครื่องมือจัดกลุ่มเข้ากับ PWMs การสร้างระบบที่ใช้งานง่าย "คอมโพเนนต์ที่สาม วิธีคอมพิวเตอร์ มีจุดเน้นของโครงการโดยบอริส Lenhard สร้างห้องคอมพิวเตอร์เขียนโปรแกรมทรัพยากรสำหรับนักวิจัยในการศึกษาลำดับที่กำกับดูแล ระบบนี้ โม TFBS ภาษาเพิร์ล แล้วหาเกี่ยวกับปี และกำลังถูกอย่างกว้างขวางใช้ในฟิลด์ กล่าวว่า วาเมื่อองค์ประกอบเหล่านี้ถูกรวมเข้าด้วยกัน ConSite เป็นครั้งแรก [8] ผู้เขียนมีความกระตือรือร้นในการเครื่องมือที่จะใช้กันอย่างแพร่หลาย และได้ทำดีที่สุดเพื่อให้สามารถเข้าถึง และใช้งานง่าย "คอลเลกชันนี้เป็นทรัพยากรที่ชุมชน bioinformatics ทั่วโลก กล่าวว่า วา "ตรงข้ามกับฐานข้อมูลเชิงพาณิชย์ของ transcription ปัจจัยข้อมูล เราให้ข้อมูลโดยไม่จำกัดกลุ่มงานวิชาการ สอดคล้องกับปรัชญาของสมุดรายวันของชีววิทยาและห้องสมุดของศาสตร์ [9], เราเชื่อในการเข้าถึงข้อมูลที่เปิด

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เมื่อร่างของลำดับจีโนมมนุษย์ถูกตีพิมพ์ในปี 2001 เดวิดบัลติมอร์เขียนต่อไปนี้ในความเห็นประกอบ [2]:. "ลำดับยีนกำกับดูแลอยู่ในขณะนี้มีให้ทุกคนได้เห็น แต่ความพยายามครั้งแรกที่จะพบพวกเขายังเป็นที่น่าผิดหวังนี้ เป็นที่ที่ลำดับจีโนมของสายพันธุ์อื่น ๆ - ซึ่งในลำดับการกำกับดูแล แต่ไม่ดีเอ็นเอที่ไม่มีนัยสำคัญหน้าที่มีแนวโน้มที่จะมากเหมือนกัน - จะเปิดขึ้นอุดมสมบูรณ์ " นี่คือพื้นฐานของวิธีการ 'footprinting สายวิวัฒนาการ' แนวคิดก็คือว่าโมดูลกฎระเบียบที่สำคัญที่อยู่ภายใต้ความดันเลือกระหว่างการวิวัฒนาการและเปรียบเทียบสอง (หรือมากกว่า) จีโนมจะระบุลำดับการอนุรักษ์ที่มีแนวโน้มที่จะมีความเกี่ยวข้องทางชีวภาพ [3] "การมียีน orthologous หลายใช้ได้มีจำนวนมากของข้อมูลเกี่ยวกับสิ่งที่คุณสมบัติที่สำคัญที่สุดของลำดับมี. มันเป็นส่วนใหญ่ที่มีคุณค่าของ 'ลำดับเท่านั้น' ข้อมูล" กล่าวว่านักชีววิทยาการคำนวณแกรี่ Stormo (วอชิงตันโรงเรียนแพทย์ของมหาวิทยาลัยเซนต์หลุยส์ สหรัฐอเมริกา) Guigóเพิ่ม "ในความเป็นจริงเราสามารถพูดได้ว่าไม่มีจีโนมของสายพันธุ์อื่น ๆ ที่มันจะเป็นไปไม่ได้ที่จะเข้าใจจีโนมมนุษย์." มีการประกอบฐานข้อมูล Jaspar, คุณลักษณะที่สองของวิธีการทีม Wasserman ก็คือการสร้างเครื่องมือสำหรับการจัดแนวยาว เหยียดของดีเอ็นเอ "ขั้นตอนวิธีการจัดตำแหน่งโดยหลุยส์เมนโดซา (แต่เดิมเรียกว่า DPB และตอนนี้อีกครั้งวิศวกรรมและตั้งชื่อ ORCA) เป็นส่วนหนึ่งของระบบรสเรียกว่า OrthoSeq ที่อยู่ระหว่างการแก้ไขครั้งสุดท้าย" Wasserman กล่าวว่า Phylogenetic วิธี footprinting ได้พิสูจน์แล้วว่ามีประสิทธิภาพในการศึกษาก่อนหน้านี้ของ loci จีโนมโดยเฉพาะอย่างยิ่ง แต่ไม่ค่อยได้รับการประยุกต์ใช้ในระดับจีโนมทั้ง [4-7]. ท้าทายครั้งสุดท้ายคือการผสมผสานเครื่องมือการจัดตำแหน่งจีโนมที่มี PWMs เพื่อสร้างระบบที่เป็น ง่ายต่อการใช้ "องค์ประกอบที่สามวิธีคอมพิวเตอร์ให้ความสำคัญของโครงการโดยบอริส Lenhard เพื่อสร้างชุดของทรัพยากรการเขียนโปรแกรมคอมพิวเตอร์สำหรับนักวิจัยมีส่วนร่วมในการศึกษาของลำดับการกำกับดูแล. ระบบนี้โมดูล Perl TFBS ได้รับพร้อมสำหรับการเกี่ยวกับ ปีอยู่แล้วจะถูกใช้กันอย่างแพร่หลายในสนาม "กล่าวว่า Wasserman. เมื่อทั้งสามองค์ประกอบถูกรวม ConSite เกิด [8] ผู้เขียนมีความกระตือรือร้นสำหรับเครื่องมือของพวกเขาจะใช้กันอย่างแพร่หลายและมีการทำที่ดีที่สุดของพวกเขาเพื่อให้พวกเขาสามารถเข้าถึงและใช้งานง่าย "คอลเลกชันนี้เป็นทรัพยากรสำหรับชุมชนชีวสารสนเทศทั่วโลก" Wasserman กล่าวว่า "เมื่อเทียบกับฐานข้อมูลเชิงพาณิชย์ของข้อมูลถอดความปัจจัยที่เราทำข้อมูลของเราสามารถใช้ได้โดยไม่มีข้อ จำกัด ในกลุ่มการวิจัยทางวิชาการ. สอดคล้องกับปรัชญาของวารสารชีววิทยาและห้องสมุดสาธารณะวิทยาศาสตร์ [9] เราเชื่อมั่นในการเข้าถึงข้อมูลเปิด

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เมื่อร่างของลำดับจีโนมมนุษย์ที่ถูกตีพิมพ์ในปี 2001 , เดวิด บัลติมอร์เขียนต่อไปนี้ในการประกอบความเห็น [ 2 ] : " ยีนควบคุมลำดับขณะนี้มีให้ทุกคนเห็น แต่ความพยายามครั้งแรกที่จะพบพวกเขาก็ผิดหวัง นี่คือที่ลำดับจีโนมของสายพันธุ์อื่น ๆซึ่งในลำดับการบังคับ แต่ไม่ติดไม่มีดีเอ็นเอมีแนวโน้มที่จะมากเหมือนกัน - จะเปิดเป็นอู่ข้าวอู่น้ำ " นี่คือพื้นฐานของวิธีการต่างๆ footprinting ' ' ความคิดคือว่าโมดูลกฎระเบียบสำคัญอยู่ภายใต้ความดันที่เลือกในระหว่างวิวัฒนาการและการเปรียบเทียบสอง ( หรือมากกว่า ) จะระบุลำดับจีโนมอนุรักษ์ที่มีแนวโน้มมากที่สุดที่จะเป็นชีวภาพที่เกี่ยวข้อง [ 3 ]" มีหลาย orthologous ยีนของมีจำนวนมหาศาลของข้อมูลเกี่ยวกับสิ่งที่คุณสมบัติที่สำคัญที่สุดของลำดับ . มันมีค่ามากที่สุดของ ' ' ข้อมูลลำดับเท่านั้น กล่าวว่า การคำนวณ นักชีววิทยา แกรี่ stormo ( มหาวิทยาลัยวอชิงตันโรงเรียนการแพทย์ เซนต์หลุยส์ สหรัฐอเมริกา ) guig óเพิ่ม " ในความเป็นจริงเราสามารถพูดได้ว่าไม่มีจีโนมของสายพันธุ์อื่น ๆมันจะเป็นไปไม่ได้ที่จะเข้าใจพันธุกรรมมนุษย์ "

มีประกอบฐานข้อมูล jaspar คุณลักษณะที่สองของวิธีการ วา ซอร์แมนของทีมเพื่อสร้างเครื่องมือสำหรับจัดยาวเหยียดของ genomic DNA" วิธีจัดโดย Luis เมนโดซา ( เดิมเรียกว่า dpb และตอนนี้กำลังออกแบบและตั้งชื่อ Orca ) เป็นส่วนหนึ่งของระบบรสน termed orthoseq นั่นคือการแก้ไขสุดท้าย กล่าวว่า วา ซอร์แมน . วิธี footprinting ซึ่งได้พิสูจน์แล้วว่ามีประสิทธิภาพในการศึกษาก่อนหน้านี้ของทางพันธุกรรมโดยเฉพาะ แต่ไม่ค่อยถูกใช้ใน genome-wide มาตราส่วน [ 4-7 ] .

ความท้าทายสุดท้ายคือการรวมโดยเครื่องมือที่มี pwms เพื่อสร้างระบบที่ใช้งานง่าย . องค์ประกอบที่สาม วิธีการทางคอมพิวเตอร์ เป็นโฟกัสของโครงการโดย บอริส lenhard เพื่อสร้างชุดของทรัพยากรการเขียนโปรแกรมคอมพิวเตอร์ นักวิจัยร่วมในการศึกษาของลำดับการบังคับ ระบบนี้ tfbs Perl โมดูลได้รับของประมาณปีและมีการใช้อย่างกว้างขวางในนาม " ว่า วา ซอร์แมน

เมื่อทั้งสามองค์ประกอบรวมกัน consite เกิด [ 8 ] ผู้เขียนมีความกระตือรือร้นสำหรับเครื่องมือของพวกเขาจะใช้กันอย่างแพร่หลาย และทำของพวกเขาที่ดีที่สุดเพื่อให้พวกเขาสามารถเข้าถึงได้และใช้งานง่าย . คอลเลกชันนี้เป็นทรัพยากรสำหรับชุมชนรสนทั่วโลก , " กล่าวว่า วา ซอร์แมน ." เมื่อเทียบกับฐานข้อมูลของข้อมูลเชิงถอดความปัจจัย เราให้ข้อมูลได้จำกัดกลุ่มงานวิจัยวิชาการ สอดคล้องกับปรัชญาของวารสารชีววิทยาและห้องสมุดวิทยาศาสตร์ [ 9 ] , เราเชื่อว่าในการเข้าถึงข้อมูลเปิด