ผู้ติดเชื้อไข้สมองอักเสบ จะไม่แสดงอาการ โดยมีเพียง 1 ใน 300-500 คนเท่านั้นที่จะมีอาการ คือ เป็นไข้ ปวดเมื่อย อ่อนเพลีย ต่อไปอาการปวดศีรษะจะมากขึ้น อาเจียน ง่วงซึมจนไม่รู้สึกตัว บางรายอาจมีอาการเกร็งชักกระตุกด้วย อาจมีอาการหายใจไม่สม่ำเสมอ ในรายที่เป็นรุนแรงมากจะถึงแก่กรรมประมาณวันที่ 7-9 ของโรค ถ้าพ้นระยะนี้แล้วจะผ่านเข้าระยะฟื้นตัว ระยะเวลาของโรคทั้งหมดประมาณ 4-7 สัปดาห์ เมื่อหายแล้วประมาณร้อยละ 60 ของผู้ป่วยจะมีความพิการเหลืออยู่ เช่น อัมพาตแบบแข็งเกร็ง (spastic) ของแขนขา มีพฤติกรรมเปลี่ยนแปลง มีสติปัญญาเสื่อม ปัจจุบัน โรคไข้สมองอักเสบ ยังรักษาไม่ได้ แต่ป้องกันได้ด้วยการฉีดวัคซีน 2 ครั้ง ห่างกัน 1 เดือน แล้วฉีดเพิ่มอีก 1 ครั้งหลังจากฉีดเข็มที่ 2 ได้ 1 ปี ควรจะเริ่มให้วัคซีนนี้เมื่ออายุ 1 ปีครึ่ง พร้อมกับการให้ booster dose DTP และ OPV รวมทั้งหลีกเลี่ยงไม่ให้ถูกยุงกัด อันเป็นพาหะของโรค