Tyrosine phosphatase related to bio

Tyrosine phosphatase related to biofilm formation A (TpbA) is a periplasmic dual-specificity phosphatase (DUSP) that controls biofilm formation in the pathogenic bacterium Pseudomonas aeruginosa. While DUSPs are known to regulate important cellular functions in both prokaryotes and eukaryotes, very few structures of bacterial DUSPs are available. Here, we present the solution structure of TpbA in the ligand-free open conformation, along with an analysis of the structural and dynamic changes that accompany ligand/phosphate binding. While TpbA adopts a typical DUSP fold, it also possesses distinct structural features that distinguish it from eukaryotic DUSPs. These include additional secondary structural elements, β0 and α6, and unique conformations of the variable insert, the α4–α5 loop and helix α5 that impart TpbA with a flat active-site surface. In the absence of ligand, the protein tyrosine phosphatase loop is disordered and the general acid loop adopts an open conformation, placing the catalytic aspartate, Asp105, more than 11 Å away from the active site. Furthermore, the loops surrounding the active site experience motions on multiple timescales, consistent with a combination of conformational heterogeneity and fast (picosecond to nanosecond) timescale dynamics, which are significantly reduced upon ligand binding. Taken together, these data structurally distinguish TpbA and possibly other bacterial DUSPs from eukaryotic DUSPs and provide a rich picture of active-site dynamics in the ligand-free state that are lost upon ligand binding.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ฟอสฟาไทโรซีนเกี่ยวข้องกับการก่อตัวของฟิล์ม (TpbA) เป็น periplasmic คู่ความจำเพาะฟอสฟา (DUSP) ที่ควบคุมการก่อตัวของฟิล์มในการเชื้อแบคทีเรีย Pseudomonas aeruginosa ในขณะที่ DUSPs เป็นที่รู้จักกันในการควบคุมหน้าที่สำคัญเซลล์ prokaryotes และ eukaryotes โครงสร้างน้อยมากของ DUSPs แบคทีเรียมี ที่นี่ เรานำเสนอโครงสร้างโซลูชันของ TpbA ในรูปแบบเปิดฟรีลิแกนด์ พร้อมกับการวิเคราะห์การเปลี่ยนแปลงโครงสร้าง และแบบไดนามิกที่มาพร้อมกับลิแกนด์/ฟอสเฟตผูก ในขณะที่ TpbA adopts พับ DUSP ทั่วไป มันยังมีโครงสร้างลักษณะเด่นที่แตกต่างจาก eukaryotic DUSPs โครงสร้างรองเพิ่มเติม β0 และ α6 และ conformations ไม่ซ้ำกันของตัวแปร แทรก α4 – α5 วนและเกลียว α5 การ TpbA มีพื้นผิวแบนใช้งานเว็บไซต์ ในกรณีที่ไม่มีลิแกนด์ โปรตีนไทโรซีนฟอสฟาห่วงเป็นลำดับ และวงกรดทั่วไปใช้รูปแบบการเปิด วางการเร่งปฏิกิริยาอัลคาไลน์ Asp105 Åมากกว่า 11 ห่างจากไซต์ใช้งาน นอกจากนี้ ลูปรอบประสบการณ์ใช้งานเว็บไซต์ภาพเคลื่อนไหวบนหลาย timescales สอดคล้องกับโครงสร้าง heterogeneity และรวดเร็ว (picosecond ไประดับนาโนวินาที) สเกลของ dynamics ซึ่งลดลงเมื่อลิแกนด์ผูก นำมารวมกัน ข้อมูลเหล่านี้โครงสร้างแยก TpbA และ DUSPs แบคทีเรียอื่น ๆ อาจเกิดจาก eukaryotic DUSPs และให้ภาพสมบูรณ์ของ dynamics ไซต์ใช้งานในสถานะฟรีลิแกนด์ที่หายไปเมื่อลิแกนด์ผูก

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ซายน์ phosphatase ที่เกี่ยวข้องกับการก่อฟิล์ม A (TpbA) เป็น periplasmic แบบ dual-จำเพาะ phosphatase (DUSP) ที่ควบคุมการสร้างไบโอฟิล์มที่ทำให้เกิดโรคในแบคทีเรีย Pseudomonas aeruginosa ในขณะที่ DUSPs เป็นที่รู้จักกันในการควบคุมฟังก์ชั่นโทรศัพท์มือถือมีความสำคัญทั้งในและยูคาริโอ prokaryotes โครงสร้างมากน้อยของ DUSPs แบคทีเรียที่มีอยู่ นี่เรานำเสนอโครงสร้างการแก้ปัญหาของ TpbA ในแกนด์ฟรีรูปแบบเปิดพร้อมกับการวิเคราะห์ของการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างและแบบไดนามิกที่มาพร้อมกับแกนด์ / ฟอสเฟตผูกพัน ในขณะที่ TpbA adopts พับ DUSP ทั่วไปก็ยังมีคุณสมบัติที่มีโครงสร้างแตกต่างกันที่แตกต่างจาก DUSPs eukaryotic เหล่านี้รวมถึงองค์ประกอบเพิ่มเติมรองโครงสร้างβ0และα6และ conformations เอกลักษณ์ของการแทรกตัวแปรα4-α5ห่วงและเกลียวα5ที่บอก TpbA ที่มีพื้นผิวที่ใช้งานเว็บไซต์แบน ในกรณีที่ไม่มีแกนด์, วงโปรตีนซายน์ phosphatase เป็นระเบียบและวงกรดทั่วไป adopts โครงสร้างเปิดวาง aspartate ปัจจัย Asp105 มากกว่า 11 ห่างจากการใช้งานเว็บไซต์ นอกจากนี้ลูปรอบเคลื่อนไหวประสบการณ์การใช้งานเว็บไซต์ในระยะเวลาหลายสอดคล้องกับการรวมกันของเซลล์สืบพันธุ์โครงสร้างและรวดเร็ว (picosecond เพื่อ nanosecond) การเปลี่ยนแปลงระยะเวลาที่จะลดลงอย่างมีนัยสำคัญเมื่อแกนด์ผูกพัน นำมารวมกันข้อมูลเหล่านี้มีโครงสร้างที่แตกต่างและ TpbA DUSPs แบคทีเรียอื่น ๆ อาจจะมาจาก DUSPs eukaryotic และให้ภาพที่อุดมไปด้วยของการเปลี่ยนแปลงที่ใช้งานเว็บไซต์ในรัฐแกนด์ฟรีที่จะหายไปเมื่อแกนด์ที่มีผลผูกพัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ที่เกี่ยวข้องกับการเปลี่ยนแปลงแต่อย่างใด กล่าวคือ ( tpba ) เป็นคู่ periplasmic เปลี่ยนแปลงความจำเพาะ ( dusp ) ที่ควบคุมการสร้างไบโอฟิล์มในแบคทีเรียก่อโรค Pseudomonas aeruginosa ในขณะที่ dusps เป็นที่รู้จักกันเพื่อควบคุมการทำงานของเซลล์โพรคาริโ และที่สำคัญทั้งในยูแคริโอต มากน้อย โครงสร้างของแบคทีเรีย dusps ที่มีอยู่ ที่นี่เรานำเสนอโซลูชั่นในระบบโครงสร้างของ tpba ฟรีเปิดข้อมูลพร้อมการวิเคราะห์โครงสร้างและพลวัตการเปลี่ยนแปลงที่เกี่ยวข้องกับลิแกนด์ / ฟอสเฟตผูกพัน ในขณะที่ tpba adopts พับ dusp ทั่วไป แต่ยังมีคุณสมบัติที่แตกต่างกันมีโครงสร้างที่แตกต่างจาก dusps eukaryotic . เหล่านี้รวมถึงเพิ่มเติมองค์ประกอบโครงสร้างทุติยภูมิ บีตา 0 และα 6 และโครงสร้างที่ไม่ซ้ำกันของตัวแปรแทรก , α 4 –α 5 วงและเกลียวα 5 ที่บอก tpba กับพื้นผิวที่ไซต์งานแบน ในการขาดของลิแกนด์ , โปรตีนไทโรซีนเป็นกรดฟอสฟาเทสลูปปรกติทั่วไปและห่วง adopts โครงสร้างแบบเปิด โดยการวาง , asp105 มากกว่า 11 •ห่างจากไซต์งาน นอกจากนี้ วงรอบการใช้งานเว็บไซต์ประสบการณ์การเคลื่อนไหวในหลาย timescales สอดคล้องกับการรวมกันของโครงสร้างที่สามารถและรวดเร็ว ( พิโกวินาทีกับนาโนวินาที ) เปลี่ยนแปลงเวลา ซึ่งลดลงอย่างมากเมื่อเกิดการรวม ถ่ายกัน ข้อมูลเหล่านี้โครงสร้างแยก tpba และอาจจะอื่น ๆจากแบคทีเรีย dusps เข้ามา dusps และให้ภาพที่อุดมไปด้วยพลวัตของไซต์งานในระบบรัฐอิสระที่สูญหายบนลิแกนด์ผูกพัน